MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Listeria monocytogenes HCC23 chromosome

Total Repeats: 364

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011660	GGGTG	2	10	231	240	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
2	NC_011660	TAAAA	2	10	3639	3648	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_011660	TATAA	2	10	4054	4063	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_011660	ATGAT	2	10	20772	20781	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_011660	TATAA	2	10	29939	29948	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_011660	CTTTT	2	10	32309	32318	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_011660	ATAAA	2	10	33101	33110	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_011660	GACTT	2	10	33111	33120	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
9	NC_011660	TATTT	2	10	33140	33149	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_011660	GTTAT	2	10	39353	39362	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_011660	CTTTC	2	10	46472	46481	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
12	NC_011660	CAAAC	2	10	58327	58336	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
13	NC_011660	TTTTA	2	10	76123	76132	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_011660	AAAGC	2	10	76137	76146	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
15	NC_011660	ACAGC	2	10	83815	83824	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
16	NC_011660	ATGGT	2	10	89140	89149	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
17	NC_011660	TATGA	2	10	90583	90592	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_011660	AAGAT	2	10	93335	93344	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_011660	TATTT	2	10	95964	95973	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_011660	TTTCC	2	10	101301	101310	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
21	NC_011660	ATAAA	2	10	103318	103327	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_011660	TTTGC	2	10	103456	103465	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_011660	TAAAA	2	10	129328	129337	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_011660	ATAAA	2	10	129476	129485	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_011660	GAGAA	2	10	130442	130451	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
26	NC_011660	TTGAT	2	10	130455	130464	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_011660	TTTGA	2	10	142609	142618	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_011660	TTCAT	2	10	142632	142641	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_011660	TACAA	2	10	146424	146433	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_011660	GTAGC	2	10	146437	146446	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
31	NC_011660	AAAAC	2	10	161139	161148	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_011660	AAATA	2	10	170668	170677	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_011660	CTTAT	2	10	170685	170694	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_011660	GTTAC	2	10	185017	185026	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_011660	AAATA	2	10	185130	185139	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_011660	AATAA	2	10	190584	190593	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_011660	CATAA	2	10	192976	192985	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_011660	GGTTT	2	10	201257	201266	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
39	NC_011660	GCTTT	2	10	201390	201399	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_011660	GGAAG	2	10	201453	201462	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
41	NC_011660	GCTTT	2	10	201539	201548	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_011660	GTTAT	2	10	206082	206091	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_011660	AACTT	2	10	216424	216433	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_011660	GAAAG	2	10	222511	222520	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
45	NC_011660	TAATT	2	10	229624	229633	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_011660	TCGTG	2	10	230784	230793	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
47	NC_011660	AAGGT	2	10	232504	232513	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
48	NC_011660	AAATT	2	10	243887	243896	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_011660	TATAG	2	10	258001	258010	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_011660	TATGT	2	10	283573	283582	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_011660	GCGTA	2	10	288080	288089	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
52	NC_011660	TATAT	2	10	295414	295423	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_011660	CTTTC	2	10	309438	309447	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
54	NC_011660	TCTCC	2	10	310361	310370	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
55	NC_011660	CATAA	2	10	328136	328145	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_011660	ACTCC	2	10	329285	329294	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
57	NC_011660	TTTAA	2	10	329773	329782	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_011660	CTTTA	2	10	335987	335996	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_011660	TAAGA	2	10	355486	355495	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_011660	ATAGA	2	10	359479	359488	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_011660	TAACA	2	10	380978	380987	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_011660	TTATT	2	10	391468	391477	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_011660	TCTCT	2	10	391485	391494	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
64	NC_011660	GCAAA	2	10	404086	404095	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
65	NC_011660	TTTAC	2	10	406235	406244	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_011660	CTTTT	2	10	409134	409143	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_011660	TTTTC	2	10	411784	411793	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_011660	TAGTG	2	10	415090	415099	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
69	NC_011660	GTTTT	2	10	421429	421438	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_011660	TAAAT	2	10	422988	422997	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_011660	TTTAA	2	10	423085	423094	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_011660	CTTTA	2	10	427749	427758	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_011660	TTAGT	2	10	444755	444764	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_011660	TATGT	2	10	454198	454207	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_011660	ATTTA	2	10	455585	455594	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_011660	TAAAT	2	10	455791	455800	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_011660	ACAAA	2	10	474088	474097	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_011660	AATTA	2	10	478428	478437	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_011660	TTCTT	2	10	480580	480589	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
80	NC_011660	TATAG	2	10	487248	487257	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_011660	ATGCT	2	10	488116	488125	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
82	NC_011660	TAGAA	2	10	496154	496163	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_011660	TGAAG	2	10	531118	531127	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
84	NC_011660	ATCGT	2	10	537260	537269	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
85	NC_011660	TTGTC	2	10	544443	544452	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
86	NC_011660	GAAAT	2	10	544472	544481	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_011660	AAAAG	2	10	559503	559512	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_011660	TCTTT	2	10	566991	567000	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_011660	AAATT	2	10	580546	580555	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_011660	AGCAA	2	10	588537	588546	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
91	NC_011660	ATGTT	2	10	592870	592879	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_011660	GTTAT	2	10	601655	601664	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_011660	TATTT	2	10	622269	622278	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_011660	GCTAG	2	10	634709	634718	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
95	NC_011660	AAATT	2	10	634813	634822	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_011660	TGCTA	2	10	646824	646833	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
97	NC_011660	ATTCT	2	10	654834	654843	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_011660	AATGA	2	10	661276	661285	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_011660	ATTCT	2	10	679141	679150	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_011660	AGAAC	2	10	681141	681150	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
101	NC_011660	ATTTA	2	10	681177	681186	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_011660	CTTTA	2	10	690291	690300	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_011660	GAGTG	2	10	695590	695599	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
104	NC_011660	TAGTA	2	10	698135	698144	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_011660	AAATG	2	10	708665	708674	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_011660	TATGA	2	10	719311	719320	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_011660	TCTTT	2	10	725824	725833	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
108	NC_011660	TTATT	2	10	725868	725877	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_011660	TAAAA	2	10	738321	738330	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_011660	TGTAT	2	10	740128	740137	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_011660	GTGAA	2	10	762946	762955	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
112	NC_011660	ATTGA	2	10	771711	771720	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_011660	ATAGA	2	10	777311	777320	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_011660	TAATT	2	10	791547	791556	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_011660	TCGTG	2	10	792706	792715	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
116	NC_011660	AAGGT	2	10	794174	794183	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
117	NC_011660	AACCT	2	10	800339	800348	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
118	NC_011660	ATAAA	2	10	812317	812326	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_011660	CTTTT	2	10	821974	821983	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
120	NC_011660	TAAAA	2	10	826772	826781	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_011660	GTAAG	2	10	840441	840450	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
122	NC_011660	AAAGA	2	10	850055	850064	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
123	NC_011660	GAGTA	2	10	859198	859207	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
124	NC_011660	ATCTT	2	10	865811	865820	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
125	NC_011660	ATGAA	2	10	868657	868666	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_011660	ATGAT	2	10	896405	896414	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_011660	TAATT	2	10	896582	896591	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_011660	TCGTG	2	10	897741	897750	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
129	NC_011660	AAGGT	2	10	899209	899218	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
130	NC_011660	TATGA	2	10	924087	924096	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
131	NC_011660	ATTTA	2	10	933594	933603	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_011660	TTTTA	2	10	935084	935093	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_011660	GTAAA	2	10	969178	969187	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
134	NC_011660	TTGAC	2	10	977579	977588	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
135	NC_011660	AAATT	2	10	984426	984435	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_011660	CTTTT	2	10	990443	990452	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
137	NC_011660	AGTAT	2	10	996559	996568	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
138	NC_011660	TAAAA	2	10	997220	997229	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_011660	TATAT	2	10	1001597	1001606	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_011660	GAGAG	2	10	1008873	1008882	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
141	NC_011660	ATAGA	2	10	1014228	1014237	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
142	NC_011660	GCAAA	2	10	1015096	1015105	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
143	NC_011660	AATTT	2	10	1046245	1046254	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_011660	CTATT	2	10	1056013	1056022	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
145	NC_011660	TTAAT	2	10	1057821	1057830	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_011660	CTTTT	2	10	1071563	1071572	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
147	NC_011660	TCAAT	2	10	1092065	1092074	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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283	NC_011660	CAAAA	2	10	2227972	2227981	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
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287	NC_011660	TTTCA	2	10	2266482	2266491	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
288	NC_011660	TCTCC	2	10	2271811	2271820	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
289	NC_011660	TTATT	2	10	2274109	2274118	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
290	NC_011660	ATATA	2	10	2274805	2274814	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
291	NC_011660	AGACT	2	10	2297668	2297677	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
292	NC_011660	AAAAT	2	10	2309116	2309125	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
293	NC_011660	TTTAT	2	10	2323205	2323214	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
294	NC_011660	TTAGT	2	10	2342444	2342453	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
295	NC_011660	ATGTA	2	10	2371429	2371438	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
296	NC_011660	ATGCC	2	10	2371593	2371602	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
297	NC_011660	TTACC	2	10	2388889	2388898	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
298	NC_011660	CACGA	2	10	2390359	2390368	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
299	NC_011660	AATTA	2	10	2391518	2391527	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
300	NC_011660	TTACC	2	10	2394911	2394920	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
301	NC_011660	CACGA	2	10	2396381	2396390	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
302	NC_011660	AATTA	2	10	2397540	2397549	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
303	NC_011660	CTATT	2	10	2399425	2399434	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
304	NC_011660	TTTTC	2	10	2402513	2402522	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
305	NC_011660	CGGCT	2	10	2411044	2411053	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
306	NC_011660	CACTC	2	10	2419223	2419232	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
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308	NC_011660	TTATA	2	10	2427240	2427249	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
309	NC_011660	TTTTG	2	10	2434973	2434982	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
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311	NC_011660	TCTAT	2	10	2440862	2440871	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
312	NC_011660	TACAA	2	10	2461535	2461544	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
313	NC_011660	CTTAT	2	10	2481050	2481059	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
314	NC_011660	ACTTT	2	10	2498921	2498930	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
315	NC_011660	CAGTA	2	10	2501159	2501168	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
316	NC_011660	TCTCT	2	10	2502599	2502608	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
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318	NC_011660	TTGTT	2	10	2516305	2516314	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
319	NC_011660	TTCCT	2	10	2520079	2520088	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
320	NC_011660	CTACC	2	10	2520196	2520205	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
321	NC_011660	ATTTT	2	10	2555758	2555767	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
322	NC_011660	TTTTG	2	10	2558108	2558117	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
323	NC_011660	TGATG	2	10	2564224	2564233	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
324	NC_011660	GTCAT	2	10	2564349	2564358	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
325	NC_011660	ATGAG	2	10	2580228	2580237	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
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330	NC_011660	TAGCA	2	10	2609172	2609181	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
331	NC_011660	CATTT	2	10	2631216	2631225	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
332	NC_011660	ATGTA	2	10	2653723	2653732	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
333	NC_011660	ATATG	2	10	2654711	2654720	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
334	NC_011660	TAGAA	2	10	2724056	2724065	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
335	NC_011660	TATGA	2	10	2725969	2725978	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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337	NC_011660	GTTAA	2	10	2739990	2739999	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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339	NC_011660	AATAT	2	10	2788146	2788155	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
340	NC_011660	CTATA	2	10	2806227	2806236	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
341	NC_011660	ATCCA	2	10	2812413	2812422	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
342	NC_011660	AAAAG	2	10	2822920	2822929	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
343	NC_011660	GTTTG	2	10	2829595	2829604	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
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348	NC_011660	TCTAA	2	10	2896565	2896574	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
349	NC_011660	TTGTA	2	10	2896786	2896795	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
350	NC_011660	ATATG	2	10	2899203	2899212	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
351	NC_011660	TTGAC	2	10	2899259	2899268	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
352	NC_011660	ATTAA	2	10	2901566	2901575	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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362	NC_011660	TAATT	2	10	2970866	2970875	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.