MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Thermosipho africanus TCF52B chromosome

Total Repeats: 337

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011653	TGCAA	2	10	14916	14925	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
2	NC_011653	ATTAA	2	10	17378	17387	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_011653	CGCTC	2	10	24815	24824	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
4	NC_011653	ATTTT	2	10	37387	37396	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_011653	ATTAT	2	10	57139	57148	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_011653	CTTAA	2	10	65107	65116	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_011653	GGGAT	2	10	65289	65298	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
8	NC_011653	ATTAA	2	10	90031	90040	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_011653	ATTAA	2	10	104966	104975	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_011653	AAATT	2	10	112078	112087	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_011653	TATAA	2	10	121055	121064	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_011653	GTAAT	2	10	141510	141519	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_011653	TATAT	2	10	150015	150024	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_011653	CATTT	2	10	162304	162313	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_011653	ATTCA	2	10	162992	163001	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_011653	ATTGG	2	10	163219	163228	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
17	NC_011653	GAAAG	2	10	251801	251810	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
18	NC_011653	TTTAG	2	10	259322	259331	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_011653	AGGAA	2	10	259487	259496	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
20	NC_011653	TTATC	2	10	282729	282738	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_011653	TAAAT	2	10	282747	282756	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_011653	AAATA	2	10	307340	307349	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_011653	TATTT	2	10	309386	309395	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_011653	TTTTC	2	10	310128	310137	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_011653	TAAAT	2	10	312065	312074	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_011653	AAACA	2	10	327548	327557	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_011653	TCTTT	2	10	329873	329882	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_011653	AGCAA	2	10	329974	329983	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_011653	TATCT	2	10	346006	346015	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_011653	AAAAC	2	10	348323	348332	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_011653	TCTTT	2	10	367819	367828	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_011653	GTTTA	2	10	369316	369325	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_011653	TTATT	2	10	369930	369939	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_011653	TTTAG	2	10	369952	369961	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_011653	TTGTT	2	10	370210	370219	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_011653	CTTCT	2	10	370768	370777	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
37	NC_011653	CAAAA	2	10	371613	371622	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_011653	TTAAA	2	10	380460	380469	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_011653	AAAAT	2	10	380633	380642	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_011653	ATTAT	2	10	380657	380666	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_011653	AATAA	2	10	382275	382284	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_011653	CTTTA	2	10	382460	382469	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_011653	TAATT	2	10	383364	383373	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_011653	CTATA	2	10	383742	383751	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_011653	ATAAA	2	10	387592	387601	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_011653	ATGAT	2	10	397387	397396	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_011653	AAAAT	2	10	397397	397406	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_011653	TGATA	2	10	404551	404560	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_011653	TTATT	2	10	404568	404577	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_011653	ATTAT	2	10	412829	412838	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_011653	TATAT	2	10	414992	415001	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_011653	GTTAA	2	10	415005	415014	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_011653	TCTAT	2	10	438440	438449	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_011653	TAAAA	2	10	484862	484871	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_011653	ATCTC	2	10	492725	492734	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
56	NC_011653	ATTTT	2	10	494898	494907	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_011653	TTTAA	2	10	498542	498551	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_011653	AGGGA	2	10	499818	499827	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
59	NC_011653	GATTT	2	10	500479	500488	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_011653	AATTG	2	10	501619	501628	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_011653	TTTAT	2	10	523453	523462	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_011653	GGTGA	2	10	562150	562159	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
63	NC_011653	ATTAT	2	10	568221	568230	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_011653	ATTTT	2	10	581839	581848	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_011653	TCTTA	2	10	588321	588330	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_011653	TGTAT	2	10	608165	608174	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_011653	CTGTT	2	10	608197	608206	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
68	NC_011653	TTTCC	2	10	611291	611300	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
69	NC_011653	AATTT	2	10	611410	611419	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_011653	TAATT	2	10	612571	612580	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_011653	TTTAA	2	10	614048	614057	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_011653	ATTTT	2	10	614281	614290	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_011653	ATTTT	2	10	614306	614315	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_011653	ATTAT	2	10	638428	638437	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_011653	TTTAA	2	10	641028	641037	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_011653	ACTTT	2	10	645224	645233	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_011653	CAAAA	2	10	656094	656103	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_011653	TAAAA	2	10	660204	660213	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_011653	GTAAA	2	10	660239	660248	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_011653	TAAAT	2	10	671332	671341	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_011653	TGCCT	2	10	671438	671447	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
82	NC_011653	GAGAG	2	10	686445	686454	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
83	NC_011653	AGCTG	2	10	686685	686694	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
84	NC_011653	ACCGA	2	10	687066	687075	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
85	NC_011653	CATCC	2	10	687700	687709	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
86	NC_011653	AATAT	2	10	700011	700020	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_011653	TCTAC	2	10	707894	707903	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
88	NC_011653	TTAAA	2	10	717735	717744	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_011653	TTTTC	2	10	723644	723653	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_011653	AAAAT	2	10	723801	723810	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_011653	GATGT	2	10	732490	732499	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
92	NC_011653	ACTTC	2	10	732621	732630	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
93	NC_011653	TATAA	2	10	735998	736007	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_011653	ATATT	2	10	738751	738760	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_011653	TTTGA	2	10	739275	739284	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_011653	TATAA	2	10	743985	743994	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_011653	ATTTT	2	10	746828	746837	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_011653	AGAAA	2	10	753712	753721	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_011653	ATTAT	2	10	763087	763096	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_011653	TTTTG	2	10	769515	769524	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_011653	GTACA	3	15	781380	781394	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
102	NC_011653	AATAA	2	10	790405	790414	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_011653	AAAAT	2	10	790455	790464	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_011653	TATTT	2	10	825005	825014	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_011653	TAAAA	2	10	828864	828873	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_011653	TAAAA	2	10	829036	829045	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_011653	AATAT	2	10	829046	829055	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_011653	ATGTT	2	10	832851	832860	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_011653	GTATG	2	10	833494	833503	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
110	NC_011653	ATTTT	2	10	837066	837075	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_011653	TAAAA	2	10	837524	837533	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_011653	AAAAT	2	10	845317	845326	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_011653	ATTAA	2	10	849522	849531	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_011653	ATGAG	2	10	857118	857127	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
115	NC_011653	ACCTT	2	10	867331	867340	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
116	NC_011653	ATTTC	2	10	884384	884393	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
117	NC_011653	AAGGT	2	10	884398	884407	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
118	NC_011653	AAGGT	2	10	884465	884474	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
119	NC_011653	AAGGT	2	10	884533	884542	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
120	NC_011653	AAGGT	2	10	884598	884607	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
121	NC_011653	AAGGT	2	10	884666	884675	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
122	NC_011653	AAGGT	2	10	884733	884742	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
123	NC_011653	AAGGT	2	10	884799	884808	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
124	NC_011653	AAGGT	2	10	884865	884874	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
125	NC_011653	AAGGT	2	10	884931	884940	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
126	NC_011653	AAGGT	2	10	885131	885140	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
127	NC_011653	AAGGT	2	10	885197	885206	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
128	NC_011653	AAGGT	2	10	885262	885271	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
129	NC_011653	AAGGT	2	10	885330	885339	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
130	NC_011653	AAGGT	2	10	885395	885404	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
131	NC_011653	AAGGT	2	10	885462	885471	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
132	NC_011653	AAGGT	2	10	885799	885808	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
133	NC_011653	TTATT	2	10	886073	886082	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_011653	TCATT	2	10	914485	914494	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_011653	AGATT	2	10	914796	914805	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
136	NC_011653	AAACC	2	10	916437	916446	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
137	NC_011653	AAAAT	2	10	931818	931827	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_011653	TATAT	2	10	952919	952928	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_011653	TAAAT	2	10	968675	968684	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_011653	TTTAA	2	10	1016056	1016065	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_011653	CAAAT	2	10	1016342	1016351	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
142	NC_011653	CAAAT	2	10	1023510	1023519	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
143	NC_011653	TTAAA	2	10	1031365	1031374	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_011653	ATGAG	2	10	1031380	1031389	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
145	NC_011653	TTTAT	2	10	1038344	1038353	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_011653	TTAAA	2	10	1038481	1038490	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_011653	AACAC	2	10	1038538	1038547	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.