MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Escherichia coli O127:H6 str. E2348/69 plasmid pMAR2

Total Repeats: 82

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011603	GTCAG	2	10	4860	4869	20 %	20 %	40 %	20 %	215276196
2	NC_011603	GGGAA	2	10	5992	6001	40 %	0 %	60 %	0 %	215276197
3	NC_011603	AAACA	2	10	7032	7041	80 %	0 %	0 %	20 %	215276199
4	NC_011603	ACGGC	2	10	7922	7931	20 %	0 %	40 %	40 %	215276199
5	NC_011603	GTTTA	2	10	11415	11424	20 %	60 %	20 %	0 %	215276202
6	NC_011603	TAAAG	2	10	11796	11805	60 %	20 %	20 %	0 %	215276203
7	NC_011603	AAAAG	2	10	11898	11907	80 %	0 %	20 %	0 %	215276204
8	NC_011603	GAAAA	2	10	12085	12094	80 %	0 %	20 %	0 %	215276204
9	NC_011603	TCTTT	2	10	12386	12395	0 %	80 %	0 %	20 %	215276204
10	NC_011603	AAGAA	2	10	12427	12436	80 %	0 %	20 %	0 %	215276205
11	NC_011603	TTATA	2	10	13055	13064	40 %	60 %	0 %	0 %	215276206
12	NC_011603	GTTAT	2	10	13451	13460	20 %	60 %	20 %	0 %	215276206
13	NC_011603	TGTCT	2	10	13600	13609	0 %	60 %	20 %	20 %	215276207
14	NC_011603	GCAAC	2	10	16761	16770	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
15	NC_011603	AGTTA	2	10	17028	17037	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_011603	TAAGA	2	10	17298	17307	60 %	20 %	20 %	0 %	215276210
17	NC_011603	AAACA	2	10	18223	18232	80 %	0 %	0 %	20 %	215276211
18	NC_011603	AAATT	2	10	18750	18759	60 %	40 %	0 %	0 %	215276212
19	NC_011603	CAGAA	2	10	18893	18902	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
20	NC_011603	TCAGT	2	10	19131	19140	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_011603	CTGGG	2	10	20205	20214	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
22	NC_011603	AAACA	2	10	20435	20444	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_011603	AATTG	2	10	22124	22133	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_011603	TGAAC	2	10	22354	22363	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_011603	TTCCT	2	10	24442	24451	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
26	NC_011603	TAAAT	2	10	24859	24868	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_011603	AGAAA	2	10	24871	24880	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_011603	ATTGT	2	10	25740	25749	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_011603	TGATT	2	10	26090	26099	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_011603	TGTAG	2	10	27131	27140	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
31	NC_011603	ACCTT	2	10	28015	28024	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
32	NC_011603	GTTCG	2	10	28453	28462	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
33	NC_011603	AAGGT	2	10	28802	28811	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
34	NC_011603	AGCGC	2	10	29202	29211	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
35	NC_011603	TGAGT	2	10	29405	29414	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
36	NC_011603	AATGA	2	10	32669	32678	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_011603	GACCA	2	10	36795	36804	40 %	0 %	20 %	40 %	215276221
38	NC_011603	GTGTT	2	10	36853	36862	0 %	60 %	40 %	0 %	215276221
39	NC_011603	CAGGT	2	10	37134	37143	20 %	20 %	40 %	20 %	215276222
40	NC_011603	ACGGC	2	10	37672	37681	20 %	0 %	40 %	40 %	215276222
41	NC_011603	CGCTG	2	10	39002	39011	0 %	20 %	40 %	40 %	215276222
42	NC_011603	AGGTC	2	10	41921	41930	20 %	20 %	40 %	20 %	215276222
43	NC_011603	CAGCA	2	10	44008	44017	40 %	0 %	20 %	40 %	215276225
44	NC_011603	ACCAG	2	10	45572	45581	40 %	0 %	20 %	40 %	215276226
45	NC_011603	CACTG	2	10	47587	47596	20 %	20 %	20 %	40 %	215276228
46	NC_011603	CCCAG	2	10	49188	49197	20 %	0 %	20 %	60 %	215276228
47	NC_011603	AGAAA	2	10	52859	52868	80 %	0 %	20 %	0 %	215276235
48	NC_011603	CAGAC	2	10	54896	54905	40 %	0 %	20 %	40 %	215276238
49	NC_011603	TTCAC	2	10	55216	55225	20 %	40 %	0 %	40 %	215276238
50	NC_011603	GCACT	2	10	55381	55390	20 %	20 %	20 %	40 %	215276238
51	NC_011603	GGACT	2	10	56714	56723	20 %	20 %	40 %	20 %	215276240
52	NC_011603	GCTTC	2	10	57406	57415	0 %	40 %	20 %	40 %	215276240
53	NC_011603	TCAGA	2	10	60354	60363	40 %	20 %	20 %	20 %	215276243
54	NC_011603	AACTG	2	10	61725	61734	40 %	20 %	20 %	20 %	215276245
55	NC_011603	CATTT	2	10	62777	62786	20 %	60 %	0 %	20 %	215276248
56	NC_011603	GCTCT	2	10	63369	63378	0 %	40 %	20 %	40 %	215276249
57	NC_011603	CCGGG	2	10	64204	64213	0 %	0 %	60 %	40 %	215276249
58	NC_011603	TGTCC	2	10	64303	64312	0 %	40 %	20 %	40 %	215276249
59	NC_011603	CACGG	2	10	64720	64729	20 %	0 %	40 %	40 %	215276250
60	NC_011603	CGCTT	2	10	65568	65577	0 %	40 %	20 %	40 %	215276251
61	NC_011603	TTTTA	2	10	68281	68290	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_011603	TGCCA	2	10	68722	68731	20 %	20 %	20 %	40 %	215276257
63	NC_011603	CTTCC	2	10	76128	76137	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
64	NC_011603	ACAGT	2	10	76801	76810	40 %	20 %	20 %	20 %	215276263
65	NC_011603	ACGGT	2	10	77039	77048	20 %	20 %	40 %	20 %	215276264
66	NC_011603	GTGCC	2	10	77329	77338	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
67	NC_011603	GGCAC	2	10	77545	77554	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
68	NC_011603	GAATG	2	10	78280	78289	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
69	NC_011603	TGGGC	2	10	80628	80637	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
70	NC_011603	CTGTC	2	10	80956	80965	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
71	NC_011603	CACTT	2	10	82419	82428	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
72	NC_011603	TGTGA	2	10	83339	83348	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
73	NC_011603	TATTT	2	10	83977	83986	20 %	80 %	0 %	0 %	215276267
74	NC_011603	TGGCT	2	10	84449	84458	0 %	40 %	40 %	20 %	215276267
75	NC_011603	GTACG	2	10	87614	87623	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
76	NC_011603	TGAAC	2	10	88076	88085	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
77	NC_011603	CATCA	2	10	89147	89156	40 %	20 %	0 %	40 %	215276272
78	NC_011603	GGAAG	2	10	89897	89906	40 %	0 %	60 %	0 %	215276273
79	NC_011603	GATGC	2	10	93559	93568	20 %	20 %	40 %	20 %	215276278
80	NC_011603	GCATG	2	10	94295	94304	20 %	20 %	40 %	20 %	215276278
81	NC_011603	CGTCC	2	10	95853	95862	0 %	20 %	20 %	60 %	215276279
82	NC_011603	CCGCG	2	10	96192	96201	0 %	0 %	40 %	60 %	215276280

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.