MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Candidatus Azobacteroides pseudotrichonymphae genomovar. CFP2 chromosome

Total Repeats: 205

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011565	AACTTG	2	12	32034	32045	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_011565	AACTAG	2	12	32231	32242	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_011565	TTTTAC	2	12	35119	35130	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_011565	TATGAT	2	12	38251	38262	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_011565	TTCATC	2	12	39565	39576	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_011565	TAAAGA	2	12	75208	75219	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_011565	TGAAAT	2	12	80814	80825	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_011565	CATACC	2	12	86046	86057	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
9	NC_011565	ATGCCT	2	12	97762	97773	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_011565	TAACTC	2	12	110755	110766	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_011565	ATAATT	2	12	114664	114675	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_011565	ATATTT	2	12	116246	116257	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_011565	GAAAAC	2	12	118360	118371	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_011565	GAATAT	2	12	118950	118961	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_011565	GGGAAA	2	12	119234	119245	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
16	NC_011565	TCTTTT	2	12	145418	145429	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_011565	AATTTT	2	12	148137	148148	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_011565	ATTCTA	2	12	153194	153205	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_011565	AAAATA	2	12	155188	155199	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_011565	TGAGCC	2	12	166352	166363	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_011565	AAATAG	2	12	173976	173987	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_011565	TATGTG	2	12	174282	174293	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23	NC_011565	TACATT	2	12	174660	174671	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_011565	TAATTG	2	12	176400	176411	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_011565	TGTATT	2	12	186844	186855	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_011565	TCGCTT	2	12	198908	198919	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_011565	AAATAT	2	12	207247	207258	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_011565	TCTGTT	2	12	211246	211257	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_011565	AAGCAA	2	12	215004	215015	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_011565	AGAATA	2	12	216601	216612	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_011565	ATCCAA	2	12	220860	220871	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_011565	AAGTTG	2	12	226378	226389	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_011565	GCTCTT	2	12	226420	226431	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_011565	CAATTC	2	12	226462	226473	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_011565	ATGCTA	2	12	226793	226804	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_011565	AACAAA	2	12	229178	229189	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_011565	ATTTAA	2	12	230624	230635	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_011565	AAATAA	2	12	234174	234185	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_011565	GCCAAC	2	12	235196	235207	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
40	NC_011565	TACATA	2	12	244624	244635	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_011565	TTCTTT	2	12	244739	244750	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_011565	AAATTT	2	12	250123	250134	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_011565	TAGTTA	2	12	250170	250181	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_011565	GAAAAA	2	12	252291	252302	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_011565	CATTTT	2	12	256867	256878	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_011565	CTGCTT	2	12	265251	265262	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_011565	AAGCAG	2	12	265263	265274	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_011565	CCATTT	2	12	266256	266267	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_011565	GCCATT	2	12	282470	282481	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_011565	ATATGA	2	12	285820	285831	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_011565	CGCTGA	2	12	289767	289778	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_011565	TTTCTC	2	12	291124	291135	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_011565	TTTCTC	2	12	294636	294647	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_011565	CCATTC	2	12	298351	298362	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
55	NC_011565	TCCTTA	2	12	308640	308651	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_011565	TTAAAA	2	12	308882	308893	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_011565	TCAAAA	2	12	309088	309099	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_011565	GTTCTC	2	12	310660	310671	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_011565	AGTACA	2	12	311350	311361	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_011565	ATTTTT	2	12	311398	311409	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_011565	AAGCAT	2	12	313745	313756	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_011565	GAAAAA	2	12	328863	328874	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_011565	GGTTTA	2	12	346011	346022	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_011565	ATTTTT	2	12	346945	346956	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_011565	TTTAAT	2	12	349190	349201	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_011565	TGGAAA	2	12	362679	362690	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
67	NC_011565	AAATAC	2	12	362717	362728	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_011565	TTTCTA	2	12	370292	370303	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_011565	AATAAA	2	12	378664	378675	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_011565	AGTGAT	2	12	404458	404469	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_011565	AGTTTT	2	12	417455	417466	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_011565	AACGAA	2	12	421319	421330	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_011565	ATTTCT	2	12	423140	423151	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_011565	TAGGGG	2	12	427592	427603	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_011565	ATATTT	2	12	447900	447911	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_011565	TACATA	2	12	450967	450978	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_011565	TAAAAT	2	12	451979	451990	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_011565	CAATTC	2	12	459771	459782	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_011565	TATTTT	2	12	460259	460270	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_011565	AAATAT	2	12	465138	465149	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_011565	AAAAAG	2	12	478458	478469	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_011565	TGGAAA	2	12	483008	483019	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
83	NC_011565	TTCATT	2	12	488816	488827	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_011565	CAAGTT	2	12	494570	494581	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_011565	TTATTT	2	12	496892	496903	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_011565	ATATAA	2	12	497093	497104	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_011565	TAAAAA	2	12	503593	503604	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_011565	TTGGGT	2	12	509342	509353	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
89	NC_011565	AAATAA	2	12	516113	516124	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_011565	GTTTTT	2	12	516281	516292	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
91	NC_011565	TTTAAA	2	12	538098	538109	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_011565	ATTTCT	2	12	538308	538319	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_011565	ACAATT	2	12	541285	541296	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_011565	TGAGAT	2	12	547172	547183	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_011565	TTATGT	2	12	549042	549053	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
96	NC_011565	TTGTTT	2	12	551000	551011	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_011565	ATTTTT	2	12	558336	558347	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_011565	TTCTAT	2	12	564386	564397	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_011565	TCAAAT	2	12	564539	564550	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_011565	AAATTT	2	12	565616	565627	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_011565	TGTAAA	2	12	565804	565815	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
102	NC_011565	CAAATG	5	30	577373	577402	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_011565	TAGTAA	2	12	577420	577431	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_011565	ATATTT	2	12	583811	583822	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_011565	ATGGTG	2	12	593158	593169	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
106	NC_011565	TCTATT	2	12	596464	596475	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_011565	TATGAA	2	12	602711	602722	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
108	NC_011565	TGGAGT	2	12	602760	602771	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
109	NC_011565	TTCATT	2	12	605797	605808	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_011565	TATCTT	2	12	628772	628783	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_011565	TATTTT	2	12	632609	632620	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_011565	TCTATA	2	12	632845	632856	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_011565	ATTTGT	2	12	643358	643369	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
114	NC_011565	CAATTT	2	12	659913	659924	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_011565	CTTGAT	2	12	661336	661347	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_011565	ATTTTT	2	12	662111	662122	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_011565	TCTCTT	2	12	662134	662145	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_011565	ATCAAA	5	30	663681	663710	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_011565	TTTTTC	2	12	663901	663912	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_011565	TACAGA	2	12	668880	668891	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_011565	GTAGAC	2	12	669811	669822	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_011565	TGATAA	2	12	670796	670807	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
123	NC_011565	AAATTC	2	12	694502	694513	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_011565	AATTAT	2	12	697647	697658	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_011565	AGCAAA	2	12	698947	698958	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_011565	TCATGG	2	12	702731	702742	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_011565	AATATT	2	12	719982	719993	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_011565	TCTACA	2	12	720119	720130	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_011565	TGTTTT	2	12	727395	727406	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
130	NC_011565	TTCAAA	2	12	728307	728318	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.