MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Candidatus Azobacteroides pseudotrichonymphae genomovar. CFP2 chromosome

Total Repeats: 306

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011565	GAAAAA	2	12	3226	3237	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	212550359
2	NC_011565	TTTCTT	2	12	9028	9039	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	212550362
3	NC_011565	CATTTC	2	12	19247	19258	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	212550370
4	NC_011565	ATCAAA	2	12	21071	21082	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	212550371
5	NC_011565	GCAAAT	2	12	21384	21395	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	212550371
6	NC_011565	ATAATC	2	12	22593	22604	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	212550372
7	NC_011565	TCCAGC	2	12	26169	26180	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	212550377
8	NC_011565	CAAAAT	2	12	26699	26710	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	212550377
9	NC_011565	CTTATC	2	12	30262	30273	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	212550381
10	NC_011565	ATTTCT	2	12	30611	30622	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	212550381
11	NC_011565	ATACAA	2	12	30920	30931	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	212550381
12	NC_011565	TTTTGA	2	12	31785	31796	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	212550382
13	NC_011565	CATCAG	2	12	32669	32680	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	212550383
14	NC_011565	ATCTTT	2	12	33259	33270	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	212550383
15	NC_011565	CCTACA	2	12	37711	37722	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	212550386
16	NC_011565	AGTAAA	2	12	42944	42955	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	212550389
17	NC_011565	ATTACA	2	12	50061	50072	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	212550397
18	NC_011565	AGAAAA	2	12	51482	51493	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	212550398
19	NC_011565	ATCAAA	2	12	53056	53067	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	212550399
20	NC_011565	GAAAAA	2	12	53512	53523	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	212550400
21	NC_011565	AGCATT	2	12	55992	56003	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	212550401
22	NC_011565	TGTATC	2	12	56339	56350	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	212550402
23	NC_011565	CATCTA	2	12	59833	59844	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	212550405
24	NC_011565	CCTGTT	2	12	60606	60617	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	212550405
25	NC_011565	GCATCT	2	12	65222	65233	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	212550407
26	NC_011565	TCTTTT	2	12	67346	67357	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	212550408
27	NC_011565	GATAAA	2	12	69646	69657	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	212550410
28	NC_011565	TCCTAA	2	12	70203	70214	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	212550410
29	NC_011565	ATTAAA	2	12	72526	72537	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	212550411
30	NC_011565	ATAAAA	2	12	76555	76566	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	212550414
31	NC_011565	CATTAA	2	12	78741	78752	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	212550415
32	NC_011565	ACAAAG	2	12	79774	79785	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	212550416
33	NC_011565	CATCCA	2	12	81270	81281	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	212550417
34	NC_011565	TAAAGC	2	12	82269	82280	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	212550417
35	NC_011565	AAACAG	2	12	82283	82294	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	212550417
36	NC_011565	CATTTT	2	12	85441	85452	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	212550420
37	NC_011565	GTTTAA	2	12	93003	93014	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	212550426
38	NC_011565	TTTTCC	2	12	94330	94341	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	212550429
39	NC_011565	CCCTTA	2	12	98886	98897	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	212550436
40	NC_011565	AATCAT	2	12	102371	102382	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	212550444
41	NC_011565	CTTTAC	2	12	102524	102535	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	212550444
42	NC_011565	CTTGAC	2	12	102596	102607	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	212550444
43	NC_011565	TTCCTT	2	12	102883	102894	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	212550445
44	NC_011565	ACTTTT	2	12	105557	105568	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	212550450
45	NC_011565	CTACAT	2	12	106382	106393	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	212550451
46	NC_011565	CCTAAT	2	12	107110	107121	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	212550452
47	NC_011565	TTTTAT	2	12	107613	107624	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	212550453
48	NC_011565	CCAATT	2	12	108419	108430	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	212550453
49	NC_011565	TCCTTT	2	12	120142	120153	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	212550459
50	NC_011565	ATTTCT	2	12	127649	127660	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	212550466
51	NC_011565	GAGGGA	2	12	135836	135847	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	212550473
52	NC_011565	ATATGA	2	12	136935	136946	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	212550474
53	NC_011565	ATTAGA	2	12	138645	138656	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	212550475
54	NC_011565	TCCAAT	2	12	143490	143501	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	212550480
55	NC_011565	ACAAAA	2	12	148502	148513	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	212550486
56	NC_011565	GGAAAA	2	12	150343	150354	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	212550487
57	NC_011565	ACAAAT	2	12	150752	150763	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	212550487
58	NC_011565	CCCATT	2	12	159162	159173	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	212550496
59	NC_011565	ATCTAT	2	12	160888	160899	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	212550496
60	NC_011565	AAATAT	2	12	164697	164708	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	212550499
61	NC_011565	ACAGCT	2	12	164830	164841	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	212550499
62	NC_011565	AATAGG	2	12	165408	165419	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	212550499
63	NC_011565	TTTATC	2	12	168970	168981	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	212550501
64	NC_011565	AGTATT	2	12	175569	175580	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	212550505
65	NC_011565	TCGTTT	2	12	177402	177413	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	212550506
66	NC_011565	AGCAAT	2	12	178589	178600	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	212550506
67	NC_011565	AATTTT	2	12	179328	179339	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	212550506
68	NC_011565	ATGCTC	2	12	183540	183551	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	212550510
69	NC_011565	AAATAT	2	12	183572	183583	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	212550510
70	NC_011565	AAAATT	2	12	183990	184001	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	212550510
71	NC_011565	AAATCA	2	12	188769	188780	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	212550513
72	NC_011565	ATAATC	2	12	189662	189673	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	212550513
73	NC_011565	TGATTT	2	12	191425	191436	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	212550514
74	NC_011565	GGAAAA	2	12	194160	194171	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	212550515
75	NC_011565	TAAAGT	2	12	194517	194528	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	212550515
76	NC_011565	TCTGTT	2	12	203638	203649	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	212550521
77	NC_011565	GGGAAA	2	12	204588	204599	50 %	0 %	50 %	0 %	212550522
78	NC_011565	AGATTT	2	12	207727	207738	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	212550524
79	NC_011565	CGTCAT	2	12	208895	208906	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	212550524
80	NC_011565	GGAGAA	2	12	211805	211816	50 %	0 %	50 %	0 %	212550526
81	NC_011565	CCATTG	2	12	212265	212276	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	212550526
82	NC_011565	ATGATT	2	12	222637	222648	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	212550531
83	NC_011565	TTATAT	2	12	223198	223209	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	212550532
84	NC_011565	TTTCTA	2	12	225766	225777	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	212550534
85	NC_011565	TCTCCC	2	12	232596	232607	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	212550536
86	NC_011565	TTTAGC	2	12	233095	233106	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	212550536
87	NC_011565	TTGAAC	2	12	236963	236974	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	212550538
88	NC_011565	TAGGAT	2	12	237778	237789	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	212550539
89	NC_011565	TTTCAT	2	12	238876	238887	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	212550540
90	NC_011565	CGAATG	2	12	247402	247413	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	212550547
91	NC_011565	AAAAGA	2	12	253288	253299	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	212550549
92	NC_011565	TAACAA	2	12	254824	254835	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	212550550
93	NC_011565	TATTTC	2	12	256670	256681	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	212550551
94	NC_011565	TCATAG	2	12	260197	260208	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	212550554
95	NC_011565	TGAAAT	2	12	270749	270760	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	212550561
96	NC_011565	TCAAAA	2	12	274598	274609	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	212550563
97	NC_011565	ACTTTT	2	12	280063	280074	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	212550564
98	NC_011565	CAAAAT	2	12	280187	280198	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	212550564
99	NC_011565	CTTACG	2	12	285365	285376	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	212550566
100	NC_011565	AATAGT	2	12	285418	285429	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	212550566
101	NC_011565	AGGATT	2	12	298132	298143	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	212550570
102	NC_011565	AATCGG	2	12	307609	307620	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	212550578
103	NC_011565	TTTTTC	2	12	308188	308199	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	212550579
104	NC_011565	TATTTT	2	12	308306	308317	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	212550579
105	NC_011565	TTTTCT	2	12	314860	314871	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	212550582
106	NC_011565	TTCTAT	2	12	314967	314978	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	212550582
107	NC_011565	ATCAAT	2	12	319023	319034	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	212550584
108	NC_011565	AAATAG	2	12	319562	319573	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	212550584
109	NC_011565	TTCAAT	2	12	321311	321322	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	212550585
110	NC_011565	ATTCAA	2	12	322822	322833	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	212550587
111	NC_011565	AAAGAA	2	12	332635	332646	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	212550595
112	NC_011565	ATATGG	2	12	334990	335001	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	212550597
113	NC_011565	TAAATC	2	12	335884	335895	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	212550597
114	NC_011565	AATTGC	2	12	336949	336960	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	212550599
115	NC_011565	ATTTTG	2	12	340140	340151	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	212550601
116	NC_011565	GATATT	2	12	342437	342448	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	212550602
117	NC_011565	ACAATT	2	12	344832	344843	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	212550603
118	NC_011565	ACACAA	2	12	357761	357772	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	212550615
119	NC_011565	GTATTT	2	12	358714	358725	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	212550616
120	NC_011565	GGAGAT	2	12	366633	366644	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	212550621
121	NC_011565	GCAATA	2	12	373701	373712	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	212550625
122	NC_011565	TTTCAA	2	12	374600	374611	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	212550625
123	NC_011565	AATTTT	2	12	375074	375085	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	212550625
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133	NC_011565	TATTAA	2	12	396518	396529	50 %	50 %	0 %	0 %	212550645
134	NC_011565	CTATTT	2	12	398090	398101	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	212550646
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140	NC_011565	AAGGCT	2	12	432212	432223	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	212550669
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148	NC_011565	TATGCA	2	12	455356	455367	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	212550684
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220	NC_011565	ATTATA	2	12	734020	734031	50 %	50 %	0 %	0 %	212550868
221	NC_011565	TTTTGG	2	12	735208	735219	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	212550869
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228	NC_011565	GCTATT	2	12	765288	765299	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	212550890
229	NC_011565	TTTTGA	2	12	771489	771500	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	212550895
230	NC_011565	TCTATT	2	12	774287	774298	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	212550898
231	NC_011565	CGTGGA	2	12	784244	784255	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	212550904
232	NC_011565	ATCATT	2	12	799867	799878	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	212550913
233	NC_011565	TCATAG	2	12	801531	801542	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	212550914
234	NC_011565	TGCAAA	2	12	806344	806355	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	212550918
235	NC_011565	CTTACG	2	12	816418	816429	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	212550921
236	NC_011565	AATAGT	2	12	816471	816482	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	212550921
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239	NC_011565	GAATTT	2	12	824283	824294	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	212550927
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260	NC_011565	ATTCCA	2	12	899958	899969	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	212550976
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.