MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Candidatus Azobacteroides pseudotrichonymphae genomovar. CFP2 chromosome

Total Repeats: 440

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011565	TATTT	2	10	1599	1608	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_011565	ATGAA	2	10	5282	5291	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_011565	ATCTA	2	10	17307	17316	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
4	NC_011565	TATTT	2	10	24130	24139	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_011565	ACATG	2	10	25846	25855	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
6	NC_011565	TTTTA	2	10	34402	34411	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_011565	TAGGA	2	10	38469	38478	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
8	NC_011565	TAATG	2	10	39149	39158	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_011565	TAAAA	2	10	39850	39859	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_011565	AAGAA	2	10	46532	46541	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_011565	TATCT	2	10	48893	48902	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_011565	GTGTA	2	10	62245	62254	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
13	NC_011565	GATTT	2	10	63615	63624	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_011565	ATTTT	2	10	64055	64064	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_011565	TTAAA	2	10	67819	67828	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_011565	TAGTT	2	10	67935	67944	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_011565	AAGAG	2	10	67980	67989	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
18	NC_011565	TAAAA	2	10	68086	68095	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_011565	TACTT	2	10	68157	68166	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_011565	TAATT	2	10	75803	75812	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_011565	ATCAA	2	10	80187	80196	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_011565	TCTAA	2	10	80584	80593	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_011565	TAATT	2	10	80982	80991	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_011565	TTTTA	2	10	82991	83000	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_011565	GAATT	2	10	94284	94293	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_011565	TTAAC	2	10	99805	99814	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_011565	TCTTT	2	10	107305	107314	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_011565	ATATA	2	10	110930	110939	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_011565	TATAA	2	10	114315	114324	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_011565	ATTGC	2	10	114452	114461	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_011565	CACCC	2	10	114547	114556	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
32	NC_011565	AAACG	2	10	116370	116379	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
33	NC_011565	ATTTC	2	10	116548	116557	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_011565	CAACG	2	10	116823	116832	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
35	NC_011565	ACACT	2	10	117329	117338	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
36	NC_011565	TGCAG	2	10	117393	117402	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
37	NC_011565	ACTAG	2	10	118022	118031	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
38	NC_011565	CTTTT	2	10	118389	118398	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_011565	TAGGA	2	10	118399	118408	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
40	NC_011565	TGGCA	2	10	119443	119452	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
41	NC_011565	TAATG	2	10	143246	143255	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_011565	ATTTC	2	10	146503	146512	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_011565	TTAAG	8	40	148990	149029	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_011565	TCTGA	2	10	158790	158799	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
45	NC_011565	ACTAA	2	10	166156	166165	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_011565	ATATA	2	10	166703	166712	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_011565	TGTAC	2	10	174321	174330	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
48	NC_011565	AAAAT	2	10	174539	174548	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_011565	GTATT	2	10	176317	176326	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_011565	AATTG	2	10	181629	181638	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_011565	ATTTT	2	10	182308	182317	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_011565	ATGAA	2	10	185021	185030	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_011565	ATGTA	2	10	186229	186238	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_011565	TGGAA	2	10	186919	186928	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
55	NC_011565	TTTTA	2	10	195161	195170	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_011565	CTATA	2	10	196199	196208	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_011565	AATCT	2	10	196783	196792	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_011565	CTTAT	2	10	196826	196835	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_011565	TTCAA	2	10	197670	197679	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_011565	CATAA	2	10	198996	199005	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_011565	CCATC	2	10	202833	202842	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
62	NC_011565	TAGAA	2	10	203121	203130	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_011565	AAAAG	2	10	207338	207347	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_011565	GTTAA	2	10	207361	207370	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_011565	CTTTC	2	10	211127	211136	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
66	NC_011565	TTTGA	2	10	211180	211189	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_011565	ACAAT	2	10	211389	211398	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_011565	CACTA	2	10	211409	211418	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
69	NC_011565	AATAG	2	10	218379	218388	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_011565	ATACT	2	10	220032	220041	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_011565	TCTCC	2	10	220206	220215	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
72	NC_011565	TCCAA	2	10	225240	225249	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
73	NC_011565	GAAAA	2	10	225370	225379	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_011565	ATTTT	2	10	226227	226236	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_011565	AGAAA	2	10	227867	227876	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_011565	TAAAA	2	10	229109	229118	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_011565	TCCTT	2	10	230679	230688	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
78	NC_011565	TAATA	2	10	233915	233924	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_011565	AACAA	2	10	234963	234972	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
80	NC_011565	AAAAC	2	10	251463	251472	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_011565	AGAAT	2	10	252253	252262	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_011565	GTATT	2	10	253864	253873	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_011565	ACAAA	2	10	255165	255174	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_011565	TAAAA	2	10	255309	255318	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_011565	AAAAC	2	10	255446	255455	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_011565	TTTCT	2	10	255773	255782	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_011565	ATAAA	2	10	255926	255935	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_011565	AAATT	2	10	258951	258960	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_011565	AATTG	2	10	260002	260011	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_011565	ATTTT	2	10	265095	265104	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_011565	ATTTT	2	10	265178	265187	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_011565	AAATA	2	10	269127	269136	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_011565	AGAAA	2	10	269404	269413	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_011565	CTATA	2	10	269853	269862	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_011565	TAAAA	2	10	272865	272874	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_011565	ACTTG	2	10	273143	273152	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
97	NC_011565	ATAAG	2	10	276608	276617	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_011565	GTAAA	2	10	277397	277406	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_011565	TAAAA	2	10	278392	278401	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_011565	TAAAT	2	10	278492	278501	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_011565	TTTTA	2	10	278773	278782	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_011565	CCAAT	2	10	279027	279036	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
103	NC_011565	TAATT	2	10	282795	282804	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_011565	AGAAA	2	10	284184	284193	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_011565	TTTTC	2	10	284949	284958	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_011565	TCTCT	2	10	286115	286124	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
107	NC_011565	TTATT	2	10	286384	286393	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_011565	CATAT	2	10	286472	286481	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_011565	GAAAG	2	10	287773	287782	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
110	NC_011565	CTTTC	2	10	288420	288429	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
111	NC_011565	TCCGC	2	10	288843	288852	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
112	NC_011565	ATGCT	2	10	289885	289894	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
113	NC_011565	AACTG	2	10	290922	290931	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
114	NC_011565	AATAA	2	10	292943	292952	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_011565	ATTGT	2	10	292986	292995	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
116	NC_011565	AAATC	2	10	293798	293807	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
117	NC_011565	TGGAA	2	10	294065	294074	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
118	NC_011565	TTTAT	2	10	294183	294192	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_011565	GTTAC	2	10	298469	298478	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
120	NC_011565	TTTGA	2	10	306636	306645	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_011565	ATATG	2	10	308998	309007	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_011565	TAGTT	6	30	310409	310438	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
123	NC_011565	AACAT	2	10	310563	310572	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
124	NC_011565	CCTGT	2	10	310734	310743	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
125	NC_011565	AAAGA	2	10	310968	310977	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_011565	TGCCC	2	10	311308	311317	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
127	NC_011565	TAAAA	2	10	326527	326536	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_011565	TACAG	2	10	336019	336028	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
129	NC_011565	CAAAA	2	10	336117	336126	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
130	NC_011565	GAAAA	2	10	340909	340918	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
131	NC_011565	AAAAT	2	10	345846	345855	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_011565	AAAAT	2	10	351190	351199	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_011565	ATTTG	2	10	358338	358347	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
134	NC_011565	CAATT	2	10	359905	359914	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_011565	AGTTA	2	10	359990	359999	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
136	NC_011565	AGTTT	2	10	360000	360009	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
137	NC_011565	ATTTG	2	10	360324	360333	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
138	NC_011565	ACTCA	2	10	361363	361372	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
139	NC_011565	AAAAC	2	10	361472	361481	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
140	NC_011565	AAAAC	2	10	362000	362009	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
141	NC_011565	TTCTT	2	10	362273	362282	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
142	NC_011565	AAAAT	2	10	365195	365204	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_011565	CAATT	2	10	368445	368454	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
144	NC_011565	AGAAA	2	10	368814	368823	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
145	NC_011565	ATTAT	2	10	383139	383148	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_011565	ACTTG	2	10	396364	396373	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
147	NC_011565	TAAAT	2	10	400721	400730	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_011565	TTTGG	2	10	402666	402675	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
149	NC_011565	TCCTT	2	10	403910	403919	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
150	NC_011565	AAAAT	2	10	404514	404523	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_011565	TTTGT	2	10	411031	411040	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
152	NC_011565	CTTAT	2	10	411289	411298	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
153	NC_011565	CTGTT	2	10	411330	411339	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
154	NC_011565	TTTTA	2	10	411343	411352	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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157	NC_011565	ATTTT	2	10	417388	417397	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_011565	TTAAG	2	10	417480	417489	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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164	NC_011565	GCTTG	2	10	422299	422308	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
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168	NC_011565	TTGTT	2	10	428911	428920	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
169	NC_011565	TGTTT	2	10	443521	443530	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
170	NC_011565	TTTAT	2	10	447940	447949	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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172	NC_011565	TTTGA	2	10	451264	451273	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
173	NC_011565	CATTA	2	10	451832	451841	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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178	NC_011565	TTTCG	2	10	463913	463922	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
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186	NC_011565	TATAA	2	10	474781	474790	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
187	NC_011565	AATTG	2	10	485353	485362	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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191	NC_011565	TTAAT	2	10	490839	490848	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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201	NC_011565	TAATA	2	10	516004	516013	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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226	NC_011565	CCTGT	2	10	579386	579395	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
227	NC_011565	TAAAA	2	10	583791	583800	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
228	NC_011565	TTTGG	2	10	593718	593727	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
229	NC_011565	TTTTG	2	10	596442	596451	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
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254	NC_011565	ACAAT	2	10	668261	668270	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
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256	NC_011565	TGTCT	2	10	670516	670525	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
257	NC_011565	TGCAA	2	10	671026	671035	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
258	NC_011565	TTTAA	2	10	671598	671607	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
259	NC_011565	TTTTA	2	10	674787	674796	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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263	NC_011565	AAGCA	2	10	684527	684536	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
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270	NC_011565	CTTCT	2	10	697854	697863	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
271	NC_011565	CTTTT	2	10	698112	698121	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
272	NC_011565	AAATT	2	10	698976	698985	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
273	NC_011565	GAGAG	2	10	704994	705003	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
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276	NC_011565	TCTTT	2	10	720269	720278	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
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278	NC_011565	GAATT	2	10	727522	727531	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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416	NC_011565	CATAT	2	10	1039596	1039605	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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430	NC_011565	ATCCT	2	10	1092905	1092914	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
431	NC_011565	ATAAA	2	10	1092915	1092924	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
432	NC_011565	CTCCC	2	10	1093013	1093022	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
433	NC_011565	TACAC	2	10	1094393	1094402	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
434	NC_011565	ACAGA	2	10	1101813	1101822	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
435	NC_011565	GGGAA	2	10	1102346	1102355	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
436	NC_011565	TAATC	2	10	1103200	1103209	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
437	NC_011565	TTCTG	2	10	1104814	1104823	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
438	NC_011565	ATTAA	2	10	1105580	1105589	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
439	NC_011565	GTTAT	2	10	1108815	1108824	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
440	NC_011565	GAAGT	2	10	1113768	1113777	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.