MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Coxiella burnetii CbuK_Q154 chromosome

Total Repeats: 495

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011528	TTTCT	2	10	53	62	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_011528	CCCCT	2	10	1513	1522	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
3	NC_011528	TGCGC	2	10	17784	17793	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
4	NC_011528	TTAAT	2	10	23376	23385	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_011528	GCGAA	2	10	23424	23433	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
6	NC_011528	GCTTC	2	10	25984	25993	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
7	NC_011528	CGCTT	2	10	35786	35795	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
8	NC_011528	CTATC	2	10	41514	41523	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
9	NC_011528	ATTGG	2	10	42924	42933	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
10	NC_011528	TGCGC	2	10	53592	53601	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
11	NC_011528	TGCCA	2	10	81517	81526	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
12	NC_011528	ATCCC	2	10	82336	82345	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
13	NC_011528	TCGCT	2	10	95209	95218	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
14	NC_011528	AGCGA	2	10	103292	103301	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
15	NC_011528	TCGCT	2	10	103344	103353	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
16	NC_011528	AAATC	2	10	107029	107038	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_011528	AAAAT	2	10	107052	107061	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_011528	ATTTT	2	10	107138	107147	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_011528	AAAAT	2	10	111004	111013	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_011528	TTAAT	2	10	111642	111651	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_011528	GAGAT	2	10	112500	112509	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
22	NC_011528	TTTTC	2	10	118475	118484	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_011528	AGCGA	2	10	122219	122228	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
24	NC_011528	TCGCT	2	10	122269	122278	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
25	NC_011528	ATGGT	2	10	131673	131682	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
26	NC_011528	CGAAA	2	10	144141	144150	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_011528	AATTT	2	10	172617	172626	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_011528	GAAGG	2	10	177394	177403	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
29	NC_011528	TAACA	2	10	183019	183028	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_011528	ATAAA	2	10	189455	189464	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_011528	GCACA	2	10	191403	191412	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
32	NC_011528	TAAGC	2	10	197858	197867	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
33	NC_011528	AATAA	2	10	202224	202233	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_011528	TTTCG	2	10	206547	206556	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_011528	ATTAA	2	10	209727	209736	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_011528	CTTAA	2	10	225259	225268	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_011528	TTTAT	2	10	225968	225977	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_011528	CCAAC	2	10	248275	248284	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
39	NC_011528	AGTTA	2	10	249204	249213	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_011528	CGCTT	2	10	255116	255125	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
41	NC_011528	TATTT	2	10	262085	262094	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_011528	GAAGA	2	10	262165	262174	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
43	NC_011528	AACCG	2	10	262938	262947	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
44	NC_011528	GGCTT	2	10	264027	264036	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
45	NC_011528	ATTTT	2	10	264077	264086	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_011528	GAAGC	2	10	272705	272714	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
47	NC_011528	TCATT	2	10	276158	276167	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_011528	CTCTC	2	10	276653	276662	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
49	NC_011528	ATTTC	2	10	283751	283760	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
50	NC_011528	TATTT	2	10	285009	285018	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_011528	ATATA	2	10	292147	292156	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_011528	CTGCG	2	10	294085	294094	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
53	NC_011528	AAAAT	2	10	295038	295047	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_011528	ATTTA	2	10	296510	296519	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_011528	TTAAT	2	10	297589	297598	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_011528	CTTAA	2	10	297762	297771	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_011528	GTAAG	2	10	299835	299844	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
58	NC_011528	ATTTC	2	10	302844	302853	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_011528	AATAA	2	10	303011	303020	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_011528	TTCGT	2	10	303619	303628	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
61	NC_011528	ATTTG	2	10	305502	305511	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_011528	AGCGA	2	10	306466	306475	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
63	NC_011528	TACTT	2	10	306536	306545	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_011528	GTGTT	2	10	309343	309352	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
65	NC_011528	AGCGA	2	10	312032	312041	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
66	NC_011528	TCGCT	2	10	312081	312090	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
67	NC_011528	GAGAA	2	10	312223	312232	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
68	NC_011528	ATATC	2	10	312879	312888	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_011528	AAAAT	2	10	313991	314000	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_011528	TTAAT	2	10	323716	323725	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_011528	AGCGA	2	10	324056	324065	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
72	NC_011528	CTTCT	2	10	325679	325688	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
73	NC_011528	ATTTT	2	10	325780	325789	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_011528	CCCAA	2	10	326706	326715	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
75	NC_011528	TCGTG	2	10	338374	338383	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
76	NC_011528	GTAAA	2	10	339234	339243	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_011528	AGATG	2	10	340737	340746	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
78	NC_011528	ATTCC	2	10	343724	343733	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
79	NC_011528	ATTTA	2	10	344333	344342	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_011528	TTTTG	2	10	345209	345218	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_011528	ATTTA	2	10	346708	346717	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_011528	GTAAT	2	10	346818	346827	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_011528	GAATA	2	10	348932	348941	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_011528	CGCTC	2	10	349076	349085	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
85	NC_011528	TACCT	2	10	369850	369859	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
86	NC_011528	CTTGA	2	10	378195	378204	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
87	NC_011528	CCATT	2	10	378559	378568	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
88	NC_011528	GAGCG	2	10	395178	395187	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
89	NC_011528	GAGAA	2	10	411722	411731	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
90	NC_011528	AAAGC	2	10	417011	417020	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
91	NC_011528	TGCTT	2	10	417189	417198	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
92	NC_011528	CGAAA	2	10	426120	426129	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
93	NC_011528	TTAAA	2	10	443245	443254	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_011528	GTTAT	2	10	458846	458855	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_011528	TGCGC	2	10	460301	460310	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
96	NC_011528	TAAAT	2	10	460372	460381	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_011528	ATTTT	2	10	475669	475678	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_011528	TCCCT	2	10	476138	476147	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
99	NC_011528	AATGG	2	10	482739	482748	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
100	NC_011528	AATTC	2	10	492619	492628	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
101	NC_011528	CCTTC	2	10	501655	501664	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
102	NC_011528	AAATA	2	10	501721	501730	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_011528	CGAGC	2	10	504189	504198	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
104	NC_011528	GTGGA	2	10	504441	504450	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
105	NC_011528	TACAG	2	10	504800	504809	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_011528	TGCAT	2	10	505030	505039	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_011528	ATTCA	2	10	505853	505862	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
108	NC_011528	GCCAG	2	10	506064	506073	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
109	NC_011528	GTTAA	2	10	506949	506958	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_011528	CTCCC	2	10	516583	516592	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
111	NC_011528	TTCGA	2	10	516802	516811	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
112	NC_011528	GCAGA	2	10	517839	517848	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
113	NC_011528	CTTTA	2	10	522370	522379	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
114	NC_011528	AGGGG	2	10	523016	523025	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
115	NC_011528	TGAAA	2	10	523185	523194	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
116	NC_011528	ATTGA	2	10	525296	525305	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_011528	ATTGT	2	10	526029	526038	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
118	NC_011528	TCATT	2	10	547072	547081	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_011528	TATAA	2	10	547090	547099	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_011528	AGGTA	2	10	547238	547247	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
121	NC_011528	TCGCT	2	10	551676	551685	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
122	NC_011528	TCGCT	2	10	555814	555823	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
123	NC_011528	AGCGA	2	10	565631	565640	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
124	NC_011528	TCGCT	2	10	565681	565690	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
125	NC_011528	AAGAA	2	10	566193	566202	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_011528	TATTT	2	10	567330	567339	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_011528	ATTTA	2	10	568982	568991	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_011528	TCTAT	2	10	571960	571969	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
129	NC_011528	GAAGC	2	10	572913	572922	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
130	NC_011528	GATTA	2	10	572936	572945	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
131	NC_011528	AAATC	2	10	578920	578929	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
132	NC_011528	TTTGG	2	10	578959	578968	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
133	NC_011528	CGCGG	2	10	579110	579119	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
134	NC_011528	TTTCT	2	10	592209	592218	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_011528	AAATA	2	10	592470	592479	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_011528	GAAAG	2	10	593713	593722	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
137	NC_011528	ATTTA	2	10	599177	599186	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_011528	AAGCG	2	10	599382	599391	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
139	NC_011528	GTTGG	2	10	607793	607802	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
140	NC_011528	TACGA	2	10	610859	610868	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
141	NC_011528	TAAAA	2	10	612201	612210	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_011528	TTTAA	2	10	614311	614320	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_011528	AAATT	2	10	614396	614405	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_011528	TATCA	2	10	616097	616106	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
145	NC_011528	TATAC	2	10	622307	622316	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
146	NC_011528	ATTTT	2	10	631077	631086	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_011528	TTTGT	2	10	631255	631264	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
148	NC_011528	GCACG	2	10	632180	632189	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
149	NC_011528	ATTAA	2	10	633170	633179	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_011528	AGCGA	2	10	676660	676669	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
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152	NC_011528	TTTAT	2	10	677452	677461	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_011528	AGCGA	2	10	684540	684549	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
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155	NC_011528	ATTTT	2	10	689279	689288	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_011528	CTAAA	2	10	689471	689480	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
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158	NC_011528	CATTG	2	10	700984	700993	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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163	NC_011528	TGATT	2	10	748116	748125	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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165	NC_011528	TAAAA	2	10	750100	750109	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
166	NC_011528	GGGGT	2	10	750170	750179	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
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170	NC_011528	ATGCT	2	10	756727	756736	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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286	NC_011528	AGCGA	2	10	1188752	1188761	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
287	NC_011528	TCGCT	2	10	1188801	1188810	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
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493	NC_011528	TTAAA	2	10	2055023	2055032	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.