MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Coxiella burnetii CbuG_Q212 chromosome

Total Repeats: 145

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011527	AAATTA	2	12	60988	60999	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_011527	TCATAT	2	12	71329	71340	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_011527	TACGCG	2	12	73925	73936	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_011527	TTGATG	2	12	75901	75912	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_011527	ATTTTA	2	12	93316	93327	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_011527	ATTTCT	2	12	97157	97168	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_011527	ACTAAA	2	12	99036	99047	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_011527	GAAATG	2	12	107367	107378	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_011527	TCCTCA	2	12	108219	108230	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
10	NC_011527	TCGATC	2	12	109180	109191	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_011527	AAATAA	2	12	120546	120557	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_011527	AAATGA	2	12	148055	148066	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_011527	CCTGTA	2	12	159863	159874	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_011527	GAAGAG	2	12	163131	163142	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
15	NC_011527	AAAATG	2	12	163466	163477	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_011527	TACTCG	2	12	189611	189622	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_011527	CAACGC	2	12	221790	221801	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
18	NC_011527	TTGGAT	2	12	225930	225941	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_011527	AAAATT	2	12	229198	229209	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_011527	AGACAT	2	12	239057	239068	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_011527	ATTTTT	2	12	239171	239182	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_011527	ACCATT	3	18	239213	239230	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_011527	ATTATA	2	12	256997	257008	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_011527	GTTATG	2	12	258352	258363	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
25	NC_011527	TTTTCT	2	12	261220	261231	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_011527	TATAAT	2	12	265381	265392	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_011527	GCGCTT	2	12	271312	271323	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_011527	TTTTCT	2	12	307411	307422	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_011527	AAAGAA	2	12	317600	317611	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_011527	AGAAAA	2	12	350985	350996	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_011527	ACCCCC	2	12	378372	378383	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
32	NC_011527	TTTTTC	2	12	385910	385921	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_011527	TAAAGA	2	12	395427	395438	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_011527	TTTTGT	2	12	407295	407306	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_011527	GGATTT	2	12	414845	414856	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_011527	ACCGAA	2	12	414876	414887	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_011527	TTTTCG	2	12	419777	419788	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_011527	ATTTAT	2	12	431480	431491	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_011527	TTTCGA	2	12	440698	440709	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_011527	TTAACG	2	12	476164	476175	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_011527	ATAAAA	2	12	512565	512576	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_011527	TTGCAA	2	12	521877	521888	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_011527	TATTAA	2	12	550658	550669	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_011527	AAAATG	2	12	554729	554740	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_011527	GACTCT	2	12	555138	555149	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_011527	GTTTTT	2	12	560732	560743	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_011527	CTTTTT	2	12	570204	570215	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_011527	TTAACC	2	12	570407	570418	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_011527	AATTTT	2	12	607278	607289	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_011527	TAGAAT	2	12	639755	639766	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_011527	TAAAAA	2	12	646116	646127	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_011527	GGCATT	2	12	673480	673491	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_011527	GATTGG	2	12	677836	677847	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
54	NC_011527	TACGCT	2	12	685217	685228	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_011527	CACTTA	2	12	686145	686156	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_011527	CAAAAT	2	12	743845	743856	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_011527	ATGAAA	2	12	749953	749964	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_011527	CCCCCA	2	12	767349	767360	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
59	NC_011527	CAAATT	2	12	767856	767867	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_011527	TACGGC	2	12	774771	774782	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_011527	AAAGGA	2	12	812953	812964	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
62	NC_011527	TTTGCT	2	12	824163	824174	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_011527	ATAAGT	2	12	827201	827212	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_011527	TTTTGA	2	12	828562	828573	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_011527	TGGGTG	2	12	841186	841197	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_011527	GCTCTG	2	12	847045	847056	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_011527	GATGGT	2	12	859766	859777	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
68	NC_011527	TTCTTT	4	24	875164	875187	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_011527	CTTTTT	2	12	875194	875205	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_011527	TCAAAC	2	12	898186	898197	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_011527	TAATAT	2	12	908158	908169	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_011527	AAAAAT	2	12	911750	911761	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_011527	CAACAG	2	12	915406	915417	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_011527	AAAAAT	2	12	929899	929910	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_011527	CAGTGA	2	12	930076	930087	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_011527	CTCACC	2	12	931016	931027	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
77	NC_011527	TGTAAT	2	12	944819	944830	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
78	NC_011527	TTTTTG	2	12	947376	947387	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_011527	GAATGA	2	12	954356	954367	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
80	NC_011527	ATAGAA	2	12	954663	954674	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_011527	AAGAAA	2	12	955821	955832	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_011527	ATCTTT	2	12	963118	963129	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_011527	TTAAAT	2	12	964131	964142	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_011527	CTTACT	2	12	965748	965759	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_011527	AATAAA	2	12	970290	970301	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_011527	TAATAT	2	12	987298	987309	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_011527	CCTTAT	2	12	1014225	1014236	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_011527	TGAAAT	2	12	1015086	1015097	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_011527	ATTGTT	2	12	1020077	1020088	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_011527	TTTAAT	2	12	1026419	1026430	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_011527	TAAAAA	2	12	1058524	1058535	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_011527	TCCTTA	2	12	1074089	1074100	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_011527	TTCTTA	2	12	1074101	1074112	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_011527	ATTTTC	2	12	1143646	1143657	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_011527	CTCAAT	2	12	1147672	1147683	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_011527	TCGTCA	2	12	1148780	1148791	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_011527	TAAAAA	2	12	1173315	1173326	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_011527	AAATAA	2	12	1186868	1186879	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_011527	TAAAAA	2	12	1191645	1191656	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_011527	CTACGG	2	12	1205137	1205148	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_011527	TTCCAT	2	12	1245885	1245896	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_011527	GGGCCG	2	12	1247062	1247073	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_011527	CAGCGA	2	12	1281741	1281752	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_011527	CAAAAT	2	12	1282423	1282434	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_011527	GTCTTC	2	12	1311982	1311993	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_011527	CGGTTT	2	12	1359026	1359037	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_011527	TTATCT	2	12	1415197	1415208	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_011527	CTTTTT	2	12	1415438	1415449	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_011527	GCCCAT	2	12	1415638	1415649	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
110	NC_011527	CTGGCG	2	12	1429072	1429083	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_011527	ACCGGA	2	12	1449797	1449808	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_011527	TTTTGG	2	12	1452536	1452547	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_011527	CCCCAA	2	12	1465561	1465572	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
114	NC_011527	CGGAAT	2	12	1488252	1488263	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_011527	TTTTTC	2	12	1528266	1528277	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_011527	GAAACA	2	12	1533256	1533267	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_011527	ATCCCA	2	12	1535293	1535304	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
118	NC_011527	ACGTAA	2	12	1535914	1535925	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_011527	CTTGCA	2	12	1547259	1547270	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_011527	TTATAT	2	12	1551982	1551993	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_011527	TATTGG	2	12	1611347	1611358	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
122	NC_011527	TATCGG	2	12	1626060	1626071	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_011527	TCAGTT	2	12	1628269	1628280	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_011527	GCCCCG	2	12	1643183	1643194	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
125	NC_011527	CCCTTC	2	12	1681570	1681581	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
126	NC_011527	CAAAAA	2	12	1717740	1717751	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_011527	ATCCTT	2	12	1720182	1720193	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_011527	AAAAAC	2	12	1746285	1746296	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_011527	TCAGGA	2	12	1747350	1747361	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_011527	AAACCA	2	12	1749286	1749297	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_011527	ATTTCA	2	12	1752380	1752391	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
132	NC_011527	ATAATT	2	12	1773453	1773464	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_011527	TTGAAG	2	12	1777956	1777967	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
134	NC_011527	TGCCAA	2	12	1782465	1782476	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_011527	ATATCC	2	12	1784690	1784701	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_011527	CCATTT	2	12	1800587	1800598	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_011527	TGGTCT	2	12	1874799	1874810	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
138	NC_011527	ACTTTC	2	12	1894104	1894115	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_011527	GGAAAA	2	12	1913618	1913629	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
140	NC_011527	CAAGAG	2	12	1919268	1919279	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
141	NC_011527	GAAAAA	2	12	1956691	1956702	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
142	NC_011527	ACGGTT	2	12	1963571	1963582	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
143	NC_011527	CGAGCT	2	12	1970091	1970102	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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145	NC_011527	TTGTTC	2	12	1980956	1980967	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.