MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Escherichia coli SE11 plasmid pSE11-3

Total Repeats: 70

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011416	GGGAT	2	10	141	150	20 %	20 %	60 %	0 %	209921876
2	NC_011416	AGGCG	2	10	1572	1581	20 %	0 %	60 %	20 %	209921877
3	NC_011416	TACCG	2	10	1591	1600	20 %	20 %	20 %	40 %	209921877
4	NC_011416	GAGCA	2	10	3111	3120	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
5	NC_011416	AAATT	2	10	3783	3792	60 %	40 %	0 %	0 %	209921879
6	NC_011416	GCACT	2	10	5443	5452	20 %	20 %	20 %	40 %	209921881
7	NC_011416	CAAGT	2	10	5927	5936	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
8	NC_011416	ATAGT	2	10	7049	7058	40 %	40 %	20 %	0 %	209921883
9	NC_011416	TTGCG	2	10	8310	8319	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
10	NC_011416	TCCTT	2	10	8395	8404	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
11	NC_011416	AGCAG	2	10	9435	9444	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
12	NC_011416	ACATA	2	10	9445	9454	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_011416	GCGTG	2	10	11676	11685	0 %	20 %	60 %	20 %	209921888
14	NC_011416	ATTGA	2	10	11784	11793	40 %	40 %	20 %	0 %	209921888
15	NC_011416	GTCTG	2	10	11982	11991	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
16	NC_011416	GGCCT	2	10	12764	12773	0 %	20 %	40 %	40 %	209921890
17	NC_011416	GAACG	2	10	13011	13020	40 %	0 %	40 %	20 %	209921890
18	NC_011416	GATGT	2	10	13483	13492	20 %	40 %	40 %	0 %	209921891
19	NC_011416	CCGGA	2	10	13959	13968	20 %	0 %	40 %	40 %	209921891
20	NC_011416	CGTTA	2	10	14534	14543	20 %	40 %	20 %	20 %	209921892
21	NC_011416	CTGAG	2	10	15019	15028	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
22	NC_011416	TCAGC	2	10	15046	15055	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
23	NC_011416	CGTAC	2	10	15337	15346	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
24	NC_011416	GGGGA	2	10	15684	15693	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
25	NC_011416	AGTAA	2	10	16414	16423	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_011416	AGTGC	2	10	16610	16619	20 %	20 %	40 %	20 %	209921895
27	NC_011416	TCAAC	2	10	17124	17133	40 %	20 %	0 %	40 %	209921895
28	NC_011416	CAGAG	2	10	20148	20157	40 %	0 %	40 %	20 %	209921898
29	NC_011416	CCTGC	2	10	21276	21285	0 %	20 %	20 %	60 %	209921899
30	NC_011416	GCATC	2	10	23287	23296	20 %	20 %	20 %	40 %	209921900
31	NC_011416	CGCTG	2	10	24406	24415	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
32	NC_011416	ATAAA	2	10	24584	24593	80 %	20 %	0 %	0 %	209921902
33	NC_011416	GTCAG	2	10	24754	24763	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
34	NC_011416	TCGCT	2	10	25436	25445	0 %	40 %	20 %	40 %	209921903
35	NC_011416	CAGCA	2	10	26388	26397	40 %	0 %	20 %	40 %	209921904
36	NC_011416	TTTTC	2	10	26764	26773	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_011416	TGTGC	2	10	27170	27179	0 %	40 %	40 %	20 %	209921905
38	NC_011416	GGCAG	2	10	29247	29256	20 %	0 %	60 %	20 %	209921906
39	NC_011416	GAATG	2	10	29665	29674	40 %	20 %	40 %	0 %	209921906
40	NC_011416	GCAGA	2	10	31436	31445	40 %	0 %	40 %	20 %	209921907
41	NC_011416	TTTAT	2	10	32207	32216	20 %	80 %	0 %	0 %	209921909
42	NC_011416	TTTGA	2	10	33447	33456	20 %	60 %	20 %	0 %	209921910
43	NC_011416	TGCAG	2	10	35045	35054	20 %	20 %	40 %	20 %	209921912
44	NC_011416	CTGGC	2	10	35056	35065	0 %	20 %	40 %	40 %	209921912
45	NC_011416	AATAA	2	10	39354	39363	80 %	20 %	0 %	0 %	209921918
46	NC_011416	TGTGC	2	10	39804	39813	0 %	40 %	40 %	20 %	209921919
47	NC_011416	TACAA	2	10	39843	39852	60 %	20 %	0 %	20 %	209921919
48	NC_011416	ACCCA	2	10	40096	40105	40 %	0 %	0 %	60 %	209921919
49	NC_011416	ATTGC	2	10	41429	41438	20 %	40 %	20 %	20 %	209921920
50	NC_011416	CAGGC	2	10	41661	41670	20 %	0 %	40 %	40 %	209921920
51	NC_011416	CCCCG	2	10	41824	41833	0 %	0 %	20 %	80 %	209921920
52	NC_011416	CGTTT	2	10	42478	42487	0 %	60 %	20 %	20 %	209921920
53	NC_011416	TGAAA	2	10	42813	42822	60 %	20 %	20 %	0 %	209921921
54	NC_011416	AAATA	2	10	43566	43575	80 %	20 %	0 %	0 %	209921921
55	NC_011416	GGTAT	2	10	45093	45102	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
56	NC_011416	GAACG	2	10	46325	46334	40 %	0 %	40 %	20 %	209921926
57	NC_011416	GACGT	2	10	47587	47596	20 %	20 %	40 %	20 %	209921927
58	NC_011416	TGGGC	2	10	48741	48750	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
59	NC_011416	ATATT	2	10	49727	49736	40 %	60 %	0 %	0 %	209921932
60	NC_011416	GACAG	2	10	49752	49761	40 %	0 %	40 %	20 %	209921932
61	NC_011416	AGGAT	2	10	51430	51439	40 %	20 %	40 %	0 %	209921934
62	NC_011416	ATTCC	2	10	51859	51868	20 %	40 %	0 %	40 %	209921934
63	NC_011416	CAACT	2	10	52062	52071	40 %	20 %	0 %	40 %	209921934
64	NC_011416	CCTGA	2	10	52839	52848	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
65	NC_011416	TTTTA	2	10	53116	53125	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_011416	CCCAT	2	10	53372	53381	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
67	NC_011416	CAATT	2	10	53915	53924	40 %	40 %	0 %	20 %	209921935
68	NC_011416	ACTGT	2	10	56349	56358	20 %	40 %	20 %	20 %	209921936
69	NC_011416	TGTTT	2	10	56762	56771	0 %	80 %	20 %	0 %	209921936
70	NC_011416	CAGAA	2	10	60077	60086	60 %	0 %	20 %	20 %	209921941

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.