MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Escherichia coli SE11 plasmid pSE11-2

Total Repeats: 84

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011413	GGAAA	2	10	406	415	60 %	0 %	40 %	0 %	209916830
2	NC_011413	TTTGG	2	10	528	537	0 %	60 %	40 %	0 %	209916830
3	NC_011413	GTTGG	2	10	822	831	0 %	40 %	60 %	0 %	209916831
4	NC_011413	GTCAT	2	10	3215	3224	20 %	40 %	20 %	20 %	209916831
5	NC_011413	AATGC	2	10	4812	4821	40 %	20 %	20 %	20 %	209916834
6	NC_011413	CGGCC	2	10	5439	5448	0 %	0 %	40 %	60 %	209916835
7	NC_011413	TGACA	2	10	6214	6223	40 %	20 %	20 %	20 %	209916838
8	NC_011413	TCGCT	2	10	6279	6288	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
9	NC_011413	GCTGG	2	10	8508	8517	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
10	NC_011413	CAGTG	2	10	9009	9018	20 %	20 %	40 %	20 %	209916842
11	NC_011413	TTAAT	2	10	9798	9807	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_011413	ATCGA	2	10	11266	11275	40 %	20 %	20 %	20 %	209916844
13	NC_011413	TGCAG	2	10	12879	12888	20 %	20 %	40 %	20 %	209916845
14	NC_011413	TACTG	2	10	13198	13207	20 %	40 %	20 %	20 %	209916845
15	NC_011413	CGCTT	2	10	13359	13368	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
16	NC_011413	GGAAA	2	10	13778	13787	60 %	0 %	40 %	0 %	209916846
17	NC_011413	GTGGG	2	10	14257	14266	0 %	20 %	80 %	0 %	209916846
18	NC_011413	TTTAA	2	10	16664	16673	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_011413	ACTAG	2	10	18123	18132	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
20	NC_011413	TGGGG	2	10	20548	20557	0 %	20 %	80 %	0 %	209916851
21	NC_011413	CTTTT	2	10	22479	22488	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_011413	CGCGG	2	10	23872	23881	0 %	0 %	60 %	40 %	209916855
23	NC_011413	ACGGG	2	10	23923	23932	20 %	0 %	60 %	20 %	209916855
24	NC_011413	GCTGG	2	10	24568	24577	0 %	20 %	60 %	20 %	209916856
25	NC_011413	CCGCC	2	10	26241	26250	0 %	0 %	20 %	80 %	209916859
26	NC_011413	GGCAC	2	10	26709	26718	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
27	NC_011413	ACCGT	2	10	26998	27007	20 %	20 %	20 %	40 %	209916860
28	NC_011413	TGTAC	2	10	27233	27242	20 %	40 %	20 %	20 %	209916861
29	NC_011413	GGAAG	2	10	27909	27918	40 %	0 %	60 %	0 %	209916863
30	NC_011413	CCGGG	2	10	29352	29361	0 %	0 %	60 %	40 %	209916866
31	NC_011413	GCCCC	2	10	32548	32557	0 %	0 %	20 %	80 %	209916871
32	NC_011413	AAGTG	2	10	33596	33605	40 %	20 %	40 %	0 %	209916872
33	NC_011413	ACTGA	2	10	34928	34937	40 %	20 %	20 %	20 %	209916873
34	NC_011413	GCAGA	2	10	35758	35767	40 %	0 %	40 %	20 %	209916874
35	NC_011413	CATTC	2	10	35816	35825	20 %	40 %	0 %	40 %	209916874
36	NC_011413	GGCGG	2	10	37109	37118	0 %	0 %	80 %	20 %	209916878
37	NC_011413	AATAA	2	10	40937	40946	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_011413	GCCTG	2	10	43318	43327	0 %	20 %	40 %	40 %	209916890
39	NC_011413	GGTGT	2	10	44191	44200	0 %	40 %	60 %	0 %	209916891
40	NC_011413	GGTCT	2	10	45737	45746	0 %	40 %	40 %	20 %	209916892
41	NC_011413	CCGGA	2	10	46655	46664	20 %	0 %	40 %	40 %	209916893
42	NC_011413	GTCGC	2	10	46681	46690	0 %	20 %	40 %	40 %	209916893
43	NC_011413	CTGGC	2	10	48473	48482	0 %	20 %	40 %	40 %	209916893
44	NC_011413	GGAAG	2	10	48921	48930	40 %	0 %	60 %	0 %	209916894
45	NC_011413	GAGCA	2	10	49244	49253	40 %	0 %	40 %	20 %	209916896
46	NC_011413	CAGGA	2	10	50135	50144	40 %	0 %	40 %	20 %	209916897
47	NC_011413	TTTCT	2	10	51191	51200	0 %	80 %	0 %	20 %	209916898
48	NC_011413	GAAGT	2	10	51992	52001	40 %	20 %	40 %	0 %	209916899
49	NC_011413	TGGAG	2	10	53341	53350	20 %	20 %	60 %	0 %	209916901
50	NC_011413	CATAC	2	10	53573	53582	40 %	20 %	0 %	40 %	209916901
51	NC_011413	GCGTG	2	10	58816	58825	0 %	20 %	60 %	20 %	209916906
52	NC_011413	GTTTG	2	10	59530	59539	0 %	60 %	40 %	0 %	209916906
53	NC_011413	ACAGC	2	10	59586	59595	40 %	0 %	20 %	40 %	209916906
54	NC_011413	GCAGA	2	10	60839	60848	40 %	0 %	40 %	20 %	209916906
55	NC_011413	CAGAA	2	10	61017	61026	60 %	0 %	20 %	20 %	209916906
56	NC_011413	TATCG	2	10	62084	62093	20 %	40 %	20 %	20 %	209916908
57	NC_011413	GCATT	2	10	63125	63134	20 %	40 %	20 %	20 %	209916909
58	NC_011413	GAACA	2	10	65802	65811	60 %	0 %	20 %	20 %	209916911
59	NC_011413	TGGCC	2	10	70695	70704	0 %	20 %	40 %	40 %	209916912
60	NC_011413	GGCGG	2	10	71571	71580	0 %	0 %	80 %	20 %	209916913
61	NC_011413	TTCTG	2	10	71690	71699	0 %	60 %	20 %	20 %	209916913
62	NC_011413	CTTCC	2	10	72790	72799	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
63	NC_011413	GCCGT	2	10	72934	72943	0 %	20 %	40 %	40 %	209916915
64	NC_011413	CAGAG	2	10	73114	73123	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
65	NC_011413	CTGTC	2	10	73328	73337	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
66	NC_011413	GAAAA	2	10	73460	73469	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_011413	AATAA	2	10	74078	74087	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_011413	TCATT	2	10	74630	74639	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_011413	GCAGC	2	10	76134	76143	20 %	0 %	40 %	40 %	209916920
70	NC_011413	GCCGC	2	10	76714	76723	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
71	NC_011413	CTGAA	2	10	77311	77320	40 %	20 %	20 %	20 %	209916921
72	NC_011413	TGGCC	2	10	77665	77674	0 %	20 %	40 %	40 %	209916922
73	NC_011413	CAGAT	2	10	79251	79260	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
74	NC_011413	TTTGT	2	10	80812	80821	0 %	80 %	20 %	0 %	209916928
75	NC_011413	AAAAG	2	10	82266	82275	80 %	0 %	20 %	0 %	209916928
76	NC_011413	CCCAG	2	10	83754	83763	20 %	0 %	20 %	60 %	209916931
77	NC_011413	TGACC	2	10	84538	84547	20 %	20 %	20 %	40 %	209916932
78	NC_011413	AGCGT	2	10	85798	85807	20 %	20 %	40 %	20 %	209916933
79	NC_011413	CAGCG	2	10	85923	85932	20 %	0 %	40 %	40 %	209916933
80	NC_011413	ATGAA	2	10	86670	86679	60 %	20 %	20 %	0 %	209916935
81	NC_011413	ACATA	2	10	88319	88328	60 %	20 %	0 %	20 %	209916936
82	NC_011413	TGGGA	2	10	88873	88882	20 %	20 %	60 %	0 %	209916937
83	NC_011413	TTTTC	2	10	89067	89076	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_011413	TGTGC	2	10	89473	89482	0 %	40 %	40 %	20 %	209916938

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.