MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304 plasmid pRLG204

Total Repeats: 134

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011371	CGCCTG	2	12	1202	1213	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	209552196
2	NC_011371	ACAGCG	2	12	2333	2344	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209552198
3	NC_011371	CGATCG	2	12	2717	2728	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	209552198
4	NC_011371	GAATGA	2	12	2933	2944	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	209552198
5	NC_011371	CGCCAG	2	12	3246	3257	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	209552198
6	NC_011371	ATGCCG	2	12	11483	11494	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	209552207
7	NC_011371	GTGATG	2	12	12576	12587	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	209552208
8	NC_011371	ATCGAA	2	12	12998	13009	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	209552210
9	NC_011371	GGCGAT	2	12	13665	13676	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	209552211
10	NC_011371	TCGCCG	2	12	17364	17375	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	209552213
11	NC_011371	GCCGAG	2	12	17782	17793	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	209552214
12	NC_011371	GACGGT	2	12	18480	18491	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	209552215
13	NC_011371	ATCAGC	2	12	18937	18948	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	209552215
14	NC_011371	CCGTCT	2	12	20066	20077	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	209552216
15	NC_011371	CATCGA	2	12	20291	20302	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	209552216
16	NC_011371	GCCAGC	2	12	26055	26066	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	209552220
17	NC_011371	GATCGC	2	12	26162	26173	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	209552220
18	NC_011371	CCTATG	2	12	29749	29760	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	209552222
19	NC_011371	CGAAGG	2	12	32768	32779	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	209552225
20	NC_011371	TTGGTA	2	12	36314	36325	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	209552229
21	NC_011371	AGCTTG	2	12	37276	37287	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	209552230
22	NC_011371	CATGAT	2	12	37470	37481	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	209552230
23	NC_011371	CAGCGC	2	12	40647	40658	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	209552232
24	NC_011371	TCACCC	2	12	44648	44659	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	209552235
25	NC_011371	GCCGGC	2	12	45847	45858	0 %	0 %	50 %	50 %	209552237
26	NC_011371	ATGCCC	2	12	47494	47505	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	209552240
27	NC_011371	TGTCGA	2	12	48790	48801	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	209552242
28	NC_011371	GGCATC	2	12	52290	52301	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	209552245
29	NC_011371	GAAGGT	2	12	53679	53690	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	209552245
30	NC_011371	CCACAT	2	12	56040	56051	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	209552248
31	NC_011371	ATCGCC	2	12	56689	56700	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	209552248
32	NC_011371	CATCGG	2	12	57489	57500	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	209552248
33	NC_011371	GGTGCC	2	12	58405	58416	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	209552248
34	NC_011371	GGTGAC	2	12	58855	58866	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	209552248
35	NC_011371	GGGCGG	2	12	60894	60905	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	209552248
36	NC_011371	GTATAG	2	12	64465	64476	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209552250
37	NC_011371	GTATAG	2	12	66310	66321	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209552250
38	NC_011371	CGCGCT	2	12	66621	66632	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	209552250
39	NC_011371	CGGTGA	2	12	67037	67048	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	209552250
40	NC_011371	GTCGCA	2	12	67531	67542	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	209552250
41	NC_011371	GTTCCC	2	12	68947	68958	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	209552250
42	NC_011371	CCGCAC	2	12	69211	69222	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	209552250
43	NC_011371	ACCCTG	2	12	72823	72834	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	209552252
44	NC_011371	GCGACA	2	12	73432	73443	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209552253
45	NC_011371	ATACCC	2	12	78424	78435	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	209552257
46	NC_011371	GCGCCG	2	12	78568	78579	0 %	0 %	50 %	50 %	209552258
47	NC_011371	GTCAAA	2	12	79610	79621	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	209552259
48	NC_011371	TTGGTG	2	12	82062	82073	0 %	50 %	50 %	0 %	209552260
49	NC_011371	CACTGT	2	12	86551	86562	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	209552264
50	NC_011371	CCGGTC	2	12	86871	86882	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	209552264
51	NC_011371	GAGCCA	2	12	88672	88683	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209552265
52	NC_011371	CCATAT	2	12	92672	92683	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	209552269
53	NC_011371	ACGACT	2	12	92767	92778	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	209552269
54	NC_011371	TGCCGC	2	12	95227	95238	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	209552270
55	NC_011371	ATGGCT	2	12	98623	98634	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	209552274
56	NC_011371	CTGACG	2	12	98696	98707	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	209552274
57	NC_011371	ATCGCA	2	12	99416	99427	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	209552274
58	NC_011371	TCGGCA	2	12	105610	105621	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	209552281
59	NC_011371	CTGGCG	2	12	106241	106252	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	209552282
60	NC_011371	ACGCCG	2	12	108238	108249	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	209552284
61	NC_011371	TGATCA	2	12	109240	109251	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	209552285
62	NC_011371	GCTTCG	2	12	111003	111014	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	209552286
63	NC_011371	ATCGAT	2	12	111058	111069	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	209552286
64	NC_011371	CGATCG	2	12	114547	114558	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	209552289
65	NC_011371	TCGGCA	2	12	114580	114591	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	209552289
66	NC_011371	GCAGGC	2	12	116356	116367	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	209552290
67	NC_011371	CGCCTC	2	12	121528	121539	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	209552295
68	NC_011371	ATCGAA	2	12	124381	124392	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	209552298
69	NC_011371	ACCCCC	2	12	126739	126750	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	209552300
70	NC_011371	TTGCCA	2	12	127271	127282	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	209552300
71	NC_011371	CAGGCC	2	12	127857	127868	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	209552301
72	NC_011371	TTCTCG	2	12	129463	129474	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	209552302
73	NC_011371	TTTCCT	2	12	130982	130993	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	209552302
74	NC_011371	TGTCCG	2	12	134452	134463	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	209552307
75	NC_011371	CCGGCG	2	12	140737	140748	0 %	0 %	50 %	50 %	209552313
76	NC_011371	GTCGAG	2	12	149297	149308	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	209552322
77	NC_011371	TGACGG	2	12	151700	151711	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	209552324
78	NC_011371	CGGTTC	2	12	152008	152019	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	209552324
79	NC_011371	GCGCCA	2	12	152281	152292	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	209552325
80	NC_011371	TCACCA	2	12	161472	161483	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	209552333
81	NC_011371	CCCGAT	2	12	161968	161979	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	209552333
82	NC_011371	TCTGCG	2	12	166876	166887	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	209552338
83	NC_011371	GGTCGA	2	12	167404	167415	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	209552338
84	NC_011371	TGCCGC	2	12	167479	167490	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	209552338
85	NC_011371	TCGGCT	2	12	171645	171656	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	209552342
86	NC_011371	CTGCCG	2	12	171929	171940	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	209552342
87	NC_011371	CTCTTC	2	12	172082	172093	0 %	50 %	0 %	50 %	209552342
88	NC_011371	CTTTGC	2	12	173610	173621	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	209552344
89	NC_011371	CTCGAT	2	12	178308	178319	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	209552348
90	NC_011371	GAAGCT	2	12	182791	182802	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	209552351
91	NC_011371	GCCGAT	2	12	183406	183417	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	209552351
92	NC_011371	GCCTGC	2	12	183581	183592	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	209552352
93	NC_011371	CGCCGG	2	12	184331	184342	0 %	0 %	50 %	50 %	209552353
94	NC_011371	GGCCGA	2	12	187605	187616	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	209552354
95	NC_011371	ATGCCG	2	12	188855	188866	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	209552354
96	NC_011371	GTCATC	2	12	190004	190015	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	209552355
97	NC_011371	GCGCCA	2	12	191213	191224	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	209552357
98	NC_011371	GATGCG	2	12	191705	191716	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	209552358
99	NC_011371	ATGCGG	2	12	194368	194379	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	209552360
100	NC_011371	CAATGC	2	12	196813	196824	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	209552362
101	NC_011371	GGCGCG	2	12	201408	201419	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	209552366
102	NC_011371	GCCAGA	2	12	201976	201987	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209552366
103	NC_011371	TGGCGA	2	12	203256	203267	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	209552368
104	NC_011371	GCCGGC	2	12	206134	206145	0 %	0 %	50 %	50 %	209552371
105	NC_011371	GCGAGA	2	12	207426	207437	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	209552372
106	NC_011371	AGGCCG	2	12	208155	208166	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	209552372
107	NC_011371	TCGCCG	2	12	209315	209326	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	209552373
108	NC_011371	ACCATC	2	12	211742	211753	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	209552375
109	NC_011371	GAAGCC	2	12	213856	213867	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209552377
110	NC_011371	CTGGAC	2	12	217043	217054	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	209552380
111	NC_011371	ACGGTG	2	12	217928	217939	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	209552381
112	NC_011371	CAGGTG	2	12	218489	218500	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	209552381
113	NC_011371	TGAAGG	2	12	218954	218965	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	209552382
114	NC_011371	ATCGCC	2	12	226502	226513	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	209552389
115	NC_011371	CCGGCA	2	12	228728	228739	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	209552391
116	NC_011371	CCTCGA	2	12	229289	229300	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	209552391
117	NC_011371	CTGCCG	2	12	229675	229686	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	209552392
118	NC_011371	CGTCAG	2	12	230150	230161	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	209552392
119	NC_011371	ACGCTG	2	12	230707	230718	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	209552393
120	NC_011371	CCAAGA	2	12	231343	231354	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	209552394
121	NC_011371	AGAGCC	2	12	232768	232779	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209552395
122	NC_011371	GTGACG	2	12	236990	237001	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	209552398
123	NC_011371	TTCATT	2	12	238990	239001	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	209552400
124	NC_011371	CAATGC	2	12	240560	240571	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	209552401
125	NC_011371	AAGCAG	2	12	243989	244000	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	209552405
126	NC_011371	GGCCAA	2	12	247423	247434	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209552408
127	NC_011371	TCCTGA	2	12	249614	249625	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	209552410
128	NC_011371	CCAGCG	2	12	250532	250543	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	209552411
129	NC_011371	CGATCG	2	12	251647	251658	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	209552412
130	NC_011371	ATCGAC	2	12	252416	252427	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	209552413
131	NC_011371	GCCGGA	2	12	253199	253210	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	209552413
132	NC_011371	TCGCCG	2	12	253233	253244	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	209552413
133	NC_011371	ACAGGA	2	12	253851	253862	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	209552414
134	NC_011371	TCAGCA	2	12	254519	254530	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	209552415

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.