MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304 plasmid pRLG204

Total Repeats: 192

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011371	CGGCT	2	10	147	156	0 %	20 %	40 %	40 %	209552196
2	NC_011371	CATGC	2	10	4965	4974	20 %	20 %	20 %	40 %	209552200
3	NC_011371	TGACG	2	10	5349	5358	20 %	20 %	40 %	20 %	209552200
4	NC_011371	CGGCG	2	10	7658	7667	0 %	0 %	60 %	40 %	209552202
5	NC_011371	TGGCT	2	10	7872	7881	0 %	40 %	40 %	20 %	209552202
6	NC_011371	GCCTG	2	10	8547	8556	0 %	20 %	40 %	40 %	209552203
7	NC_011371	CGCGG	2	10	9023	9032	0 %	0 %	60 %	40 %	209552204
8	NC_011371	TGAGG	2	10	9688	9697	20 %	20 %	60 %	0 %	209552204
9	NC_011371	CTGCG	2	10	10712	10721	0 %	20 %	40 %	40 %	209552206
10	NC_011371	AGGGG	2	10	11024	11033	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
11	NC_011371	TTTCC	2	10	11317	11326	0 %	60 %	0 %	40 %	209552207
12	NC_011371	GATCG	2	10	15757	15766	20 %	20 %	40 %	20 %	209552212
13	NC_011371	GTGAC	2	10	16560	16569	20 %	20 %	40 %	20 %	209552213
14	NC_011371	GCCGC	2	10	16919	16928	0 %	0 %	40 %	60 %	209552213
15	NC_011371	GGGCA	2	10	18609	18618	20 %	0 %	60 %	20 %	209552215
16	NC_011371	GGCAA	2	10	19561	19570	40 %	0 %	40 %	20 %	209552216
17	NC_011371	GCAGG	2	10	20211	20220	20 %	0 %	60 %	20 %	209552216
18	NC_011371	TCGCG	2	10	23359	23368	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
19	NC_011371	GCCGC	2	10	24928	24937	0 %	0 %	40 %	60 %	209552220
20	NC_011371	CATCG	2	10	28063	28072	20 %	20 %	20 %	40 %	209552221
21	NC_011371	GATCT	2	10	30112	30121	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_011371	GTTAT	2	10	30230	30239	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_011371	TGTCG	2	10	30340	30349	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
24	NC_011371	CGGCG	2	10	32678	32687	0 %	0 %	60 %	40 %	209552225
25	NC_011371	TGATC	2	10	38918	38927	20 %	40 %	20 %	20 %	209552231
26	NC_011371	ATGCC	2	10	39767	39776	20 %	20 %	20 %	40 %	209552231
27	NC_011371	TGCGC	2	10	40529	40538	0 %	20 %	40 %	40 %	209552232
28	NC_011371	CGGCG	2	10	43592	43601	0 %	0 %	60 %	40 %	209552234
29	NC_011371	GATCG	2	10	45684	45693	20 %	20 %	40 %	20 %	209552237
30	NC_011371	GCCGG	2	10	46079	46088	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
31	NC_011371	ATGCT	2	10	47457	47466	20 %	40 %	20 %	20 %	209552240
32	NC_011371	ATGAA	2	10	47768	47777	60 %	20 %	20 %	0 %	209552240
33	NC_011371	GAACG	2	10	49215	49224	40 %	0 %	40 %	20 %	209552242
34	NC_011371	ATTTC	2	10	49866	49875	20 %	60 %	0 %	20 %	209552243
35	NC_011371	CCCTT	2	10	52089	52098	0 %	40 %	0 %	60 %	209552244
36	NC_011371	CACGC	2	10	52926	52935	20 %	0 %	20 %	60 %	209552245
37	NC_011371	GCTGC	2	10	53853	53862	0 %	20 %	40 %	40 %	209552245
38	NC_011371	TCTCC	2	10	54821	54830	0 %	40 %	0 %	60 %	209552247
39	NC_011371	GCACG	2	10	55383	55392	20 %	0 %	40 %	40 %	209552247
40	NC_011371	CCGTT	2	10	57441	57450	0 %	40 %	20 %	40 %	209552248
41	NC_011371	CGTCC	2	10	57886	57895	0 %	20 %	20 %	60 %	209552248
42	NC_011371	CATCG	2	10	58252	58261	20 %	20 %	20 %	40 %	209552248
43	NC_011371	GTGCC	2	10	63500	63509	0 %	20 %	40 %	40 %	209552250
44	NC_011371	GCCGT	2	10	64180	64189	0 %	20 %	40 %	40 %	209552250
45	NC_011371	GTGCC	2	10	64520	64529	0 %	20 %	40 %	40 %	209552250
46	NC_011371	GTGCC	2	10	65345	65354	0 %	20 %	40 %	40 %	209552250
47	NC_011371	GCCGT	2	10	66025	66034	0 %	20 %	40 %	40 %	209552250
48	NC_011371	GTGCC	2	10	66365	66374	0 %	20 %	40 %	40 %	209552250
49	NC_011371	ACATC	2	10	66572	66581	40 %	20 %	0 %	40 %	209552250
50	NC_011371	GCCGA	2	10	68655	68664	20 %	0 %	40 %	40 %	209552250
51	NC_011371	CGATA	2	10	68672	68681	40 %	20 %	20 %	20 %	209552250
52	NC_011371	CCTTT	2	10	69783	69792	0 %	60 %	0 %	40 %	209552250
53	NC_011371	GCCCC	2	10	70228	70237	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
54	NC_011371	GCAAA	2	10	70259	70268	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
55	NC_011371	GAACC	2	10	71819	71828	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
56	NC_011371	CAGCG	2	10	76340	76349	20 %	0 %	40 %	40 %	209552256
57	NC_011371	CGAGC	2	10	77339	77348	20 %	0 %	40 %	40 %	209552256
58	NC_011371	GCCTC	2	10	77430	77439	0 %	20 %	20 %	60 %	209552257
59	NC_011371	GTTTC	2	10	79031	79040	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
60	NC_011371	GCAAA	2	10	80367	80376	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
61	NC_011371	CCCTG	2	10	81220	81229	0 %	20 %	20 %	60 %	209552260
62	NC_011371	GGAAA	2	10	81992	82001	60 %	0 %	40 %	0 %	209552260
63	NC_011371	CAGCG	2	10	82904	82913	20 %	0 %	40 %	40 %	209552261
64	NC_011371	CGGGC	2	10	86110	86119	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
65	NC_011371	CCATC	2	10	87436	87445	20 %	20 %	0 %	60 %	209552264
66	NC_011371	ACCCG	2	10	88943	88952	20 %	0 %	20 %	60 %	209552265
67	NC_011371	GGCAA	2	10	89516	89525	40 %	0 %	40 %	20 %	209552265
68	NC_011371	CGAAC	2	10	91213	91222	40 %	0 %	20 %	40 %	209552267
69	NC_011371	TGCCG	2	10	91395	91404	0 %	20 %	40 %	40 %	209552268
70	NC_011371	GCCGT	2	10	91588	91597	0 %	20 %	40 %	40 %	209552268
71	NC_011371	AGTGA	2	10	94079	94088	40 %	20 %	40 %	0 %	209552270
72	NC_011371	AACTG	2	10	98204	98213	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
73	NC_011371	GCTTC	2	10	99517	99526	0 %	40 %	20 %	40 %	209552274
74	NC_011371	ATCCG	2	10	99532	99541	20 %	20 %	20 %	40 %	209552274
75	NC_011371	TATGT	2	10	102182	102191	20 %	60 %	20 %	0 %	209552278
76	NC_011371	TCCGA	2	10	104164	104173	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
77	NC_011371	GCCCT	2	10	104245	104254	0 %	20 %	20 %	60 %	209552280
78	NC_011371	CGGTG	2	10	104513	104522	0 %	20 %	60 %	20 %	209552280
79	NC_011371	GCAGC	2	10	105312	105321	20 %	0 %	40 %	40 %	209552281
80	NC_011371	GATCG	2	10	105429	105438	20 %	20 %	40 %	20 %	209552281
81	NC_011371	TCAGC	2	10	106666	106675	20 %	20 %	20 %	40 %	209552282
82	NC_011371	TCGCC	2	10	106714	106723	0 %	20 %	20 %	60 %	209552282
83	NC_011371	GATCG	2	10	109880	109889	20 %	20 %	40 %	20 %	209552285
84	NC_011371	GATCG	2	10	111208	111217	20 %	20 %	40 %	20 %	209552286
85	NC_011371	CGCAT	2	10	113992	114001	20 %	20 %	20 %	40 %	209552288
86	NC_011371	ACGAG	2	10	116698	116707	40 %	0 %	40 %	20 %	209552291
87	NC_011371	GGCAC	2	10	117002	117011	20 %	0 %	40 %	40 %	209552291
88	NC_011371	AAATG	2	10	118950	118959	60 %	20 %	20 %	0 %	209552292
89	NC_011371	ATTTA	2	10	120526	120535	40 %	60 %	0 %	0 %	209552293
90	NC_011371	GCGCT	2	10	121053	121062	0 %	20 %	40 %	40 %	209552294
91	NC_011371	CATCC	2	10	122055	122064	20 %	20 %	0 %	60 %	209552296
92	NC_011371	AATGG	2	10	122352	122361	40 %	20 %	40 %	0 %	209552296
93	NC_011371	CCGGC	2	10	122616	122625	0 %	0 %	40 %	60 %	209552296
94	NC_011371	CGCGC	2	10	128171	128180	0 %	0 %	40 %	60 %	209552301
95	NC_011371	ACCGG	2	10	130129	130138	20 %	0 %	40 %	40 %	209552302
96	NC_011371	TCGTT	2	10	132397	132406	0 %	60 %	20 %	20 %	209552304
97	NC_011371	GTTCC	2	10	133138	133147	0 %	40 %	20 %	40 %	209552305
98	NC_011371	GCGGA	2	10	136337	136346	20 %	0 %	60 %	20 %	209552308
99	NC_011371	TCGCA	2	10	137031	137040	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
100	NC_011371	CGGCG	2	10	140411	140420	0 %	0 %	60 %	40 %	209552313
101	NC_011371	GCAGA	2	10	140758	140767	40 %	0 %	40 %	20 %	209552313
102	NC_011371	GGCGA	2	10	142548	142557	20 %	0 %	60 %	20 %	209552313
103	NC_011371	GATGC	2	10	142752	142761	20 %	20 %	40 %	20 %	209552313
104	NC_011371	CGATG	2	10	146326	146335	20 %	20 %	40 %	20 %	209552317
105	NC_011371	GCTGC	2	10	146655	146664	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
106	NC_011371	CGATC	2	10	147344	147353	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
107	NC_011371	TCGCA	2	10	147365	147374	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
108	NC_011371	AGAAC	2	10	147740	147749	60 %	0 %	20 %	20 %	209552319
109	NC_011371	GGCCT	2	10	147941	147950	0 %	20 %	40 %	40 %	209552320
110	NC_011371	GAAGG	2	10	148108	148117	40 %	0 %	60 %	0 %	209552320
111	NC_011371	TCCCT	2	10	151257	151266	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
112	NC_011371	TGCCG	2	10	152583	152592	0 %	20 %	40 %	40 %	209552325
113	NC_011371	GTTCA	2	10	154299	154308	20 %	40 %	20 %	20 %	209552326
114	NC_011371	GACCA	2	10	156904	156913	40 %	0 %	20 %	40 %	209552328
115	NC_011371	TTTCG	2	10	157116	157125	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
116	NC_011371	CCTGC	2	10	157910	157919	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
117	NC_011371	CTGGA	2	10	159349	159358	20 %	20 %	40 %	20 %	209552332
118	NC_011371	CGCTG	2	10	159540	159549	0 %	20 %	40 %	40 %	209552332
119	NC_011371	GCCGG	3	15	160144	160158	0 %	0 %	60 %	40 %	209552332
120	NC_011371	CAGGA	2	10	160568	160577	40 %	0 %	40 %	20 %	209552333
121	NC_011371	CGCGC	2	10	161132	161141	0 %	0 %	40 %	60 %	209552333
122	NC_011371	CGAAA	2	10	162175	162184	60 %	0 %	20 %	20 %	209552333
123	NC_011371	GATCA	2	10	162726	162735	40 %	20 %	20 %	20 %	209552334
124	NC_011371	CGGCG	2	10	164201	164210	0 %	0 %	60 %	40 %	209552336
125	NC_011371	TGCCC	2	10	164248	164257	0 %	20 %	20 %	60 %	209552336
126	NC_011371	GCCTC	2	10	165269	165278	0 %	20 %	20 %	60 %	209552336
127	NC_011371	CTTTT	2	10	165551	165560	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
128	NC_011371	CAGGG	2	10	166376	166385	20 %	0 %	60 %	20 %	209552337
129	NC_011371	GACAT	2	10	167007	167016	40 %	20 %	20 %	20 %	209552338
130	NC_011371	GGCAA	2	10	167945	167954	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
131	NC_011371	GGGGA	2	10	169659	169668	20 %	0 %	80 %	0 %	209552340
132	NC_011371	CGGCA	2	10	171264	171273	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
133	NC_011371	CTCGG	2	10	172094	172103	0 %	20 %	40 %	40 %	209552342
134	NC_011371	CGCGC	2	10	173564	173573	0 %	0 %	40 %	60 %	209552344
135	NC_011371	ATCAC	2	10	173858	173867	40 %	20 %	0 %	40 %	209552344
136	NC_011371	AGCGA	2	10	175291	175300	40 %	0 %	40 %	20 %	209552345
137	NC_011371	GGCCG	2	10	176776	176785	0 %	0 %	60 %	40 %	209552347
138	NC_011371	CTTGC	2	10	177393	177402	0 %	40 %	20 %	40 %	209552347
139	NC_011371	TGCTC	2	10	182487	182496	0 %	40 %	20 %	40 %	209552351
140	NC_011371	GCCGT	2	10	182882	182891	0 %	20 %	40 %	40 %	209552351
141	NC_011371	GCTCG	2	10	183094	183103	0 %	20 %	40 %	40 %	209552351
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143	NC_011371	CCCGG	2	10	185864	185873	0 %	0 %	40 %	60 %	209552354
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146	NC_011371	ACCGC	2	10	192527	192536	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
147	NC_011371	ATGCC	2	10	195415	195424	20 %	20 %	20 %	40 %	209552361
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151	NC_011371	TGCCA	2	10	202164	202173	20 %	20 %	20 %	40 %	209552366
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155	NC_011371	GAGGC	2	10	206245	206254	20 %	0 %	60 %	20 %	209552371
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159	NC_011371	GATTT	2	10	211164	211173	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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176	NC_011371	CGGAG	2	10	231906	231915	20 %	0 %	60 %	20 %	209552394
177	NC_011371	GCCGG	2	10	237946	237955	0 %	0 %	60 %	40 %	209552399
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179	NC_011371	TGCGA	2	10	238109	238118	20 %	20 %	40 %	20 %	209552399
180	NC_011371	TGCCG	2	10	240599	240608	0 %	20 %	40 %	40 %	209552401
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182	NC_011371	GCCTT	2	10	243217	243226	0 %	40 %	20 %	40 %	209552404
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187	NC_011371	CGGTG	2	10	250892	250901	0 %	20 %	60 %	20 %	209552411
188	NC_011371	CCGGA	2	10	251563	251572	20 %	0 %	40 %	40 %	209552412
189	NC_011371	CGGCT	2	10	251901	251910	0 %	20 %	40 %	40 %	209552412
190	NC_011371	ATGCG	2	10	253834	253843	20 %	20 %	40 %	20 %	209552414
191	NC_011371	GTCGT	2	10	255762	255771	0 %	40 %	40 %	20 %	209552416
192	NC_011371	CCGGC	2	10	256867	256876	0 %	0 %	40 %	60 %	209552417

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.