MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304 plasmid pRLG203

Total Repeats: 79

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011370	TCCGAG	2	12	7002	7013	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	209551946
2	NC_011370	GCTGTC	2	12	10176	10187	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	209551949
3	NC_011370	ACATCA	2	12	12173	12184	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	209551951
4	NC_011370	CGTGGC	2	12	18127	18138	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	209551958
5	NC_011370	CAAGCT	2	12	20794	20805	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	209551960
6	NC_011370	CAACAT	2	12	28652	28663	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	209551965
7	NC_011370	CCATAG	2	12	30947	30958	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	209551968
8	NC_011370	GGCAGC	2	12	31947	31958	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	209551969
9	NC_011370	TCAAGG	2	12	36381	36392	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	209551971
10	NC_011370	GCCGTC	2	12	38803	38814	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	209551974
11	NC_011370	TTAAAT	2	12	43190	43201	50 %	50 %	0 %	0 %	209551978
12	NC_011370	ACCATC	2	12	43655	43666	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	209551978
13	NC_011370	CGGCCT	2	12	48610	48621	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	209551980
14	NC_011370	TCGCCC	2	12	55818	55829	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	209551984
15	NC_011370	ACGGTC	2	12	62157	62168	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	209551988
16	NC_011370	TACCGC	2	12	67898	67909	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	209551992
17	NC_011370	CCTGAG	2	12	68392	68403	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	209551992
18	NC_011370	GGCGCG	2	12	70533	70544	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	209551995
19	NC_011370	TCCTGC	2	12	71128	71139	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	209551995
20	NC_011370	GGATCG	2	12	74829	74840	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	209551998
21	NC_011370	AGCTTT	2	12	77762	77773	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	209552000
22	NC_011370	GATGGC	2	12	81875	81886	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	209552004
23	NC_011370	GGGATG	2	12	81913	81924	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	209552004
24	NC_011370	CTGCAG	2	12	88807	88818	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	209552008
25	NC_011370	ATCTGA	2	12	103759	103770	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	209552019
26	NC_011370	CCATCG	2	12	110660	110671	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	209552025
27	NC_011370	CATGAA	2	12	115560	115571	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	209552029
28	NC_011370	TTGGAA	2	12	116727	116738	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209552031
29	NC_011370	CGCTAT	2	12	118075	118086	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	209552032
30	NC_011370	ACCGAG	2	12	129415	129426	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209552040
31	NC_011370	TTCCTG	2	12	130967	130978	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	209552042
32	NC_011370	CTCTGG	2	12	132194	132205	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	209552044
33	NC_011370	TGATCG	2	12	132897	132908	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	209552044
34	NC_011370	TCGACG	2	12	135935	135946	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	209552044
35	NC_011370	CCTATC	2	12	139092	139103	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	209552048
36	NC_011370	GGAACT	2	12	140586	140597	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	209552050
37	NC_011370	GCTCGC	2	12	152695	152706	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	209552062
38	NC_011370	GGAGCC	2	12	155136	155147	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	209552064
39	NC_011370	GGGCGT	2	12	155295	155306	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	209552065
40	NC_011370	CATCGT	2	12	161162	161173	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	209552069
41	NC_011370	AGGCGT	2	12	163907	163918	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	209552073
42	NC_011370	CCGGCG	2	12	163999	164010	0 %	0 %	50 %	50 %	209552073
43	NC_011370	CGGTAT	2	12	165988	165999	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	209552076
44	NC_011370	GCGCCG	2	12	168334	168345	0 %	0 %	50 %	50 %	209552081
45	NC_011370	AGGCGG	2	12	168346	168357	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	209552081
46	NC_011370	TCAGCG	2	12	168753	168764	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	209552081
47	NC_011370	ATGGGA	2	12	169492	169503	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	209552081
48	NC_011370	ATCGGG	2	12	169986	169997	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	209552081
49	NC_011370	GGATCG	2	12	171084	171095	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	209552082
50	NC_011370	TCGCTC	2	12	173045	173056	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	209552084
51	NC_011370	GGCATA	2	12	175575	175586	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	209552086
52	NC_011370	ACCGGC	2	12	184806	184817	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	209552093
53	NC_011370	TCGTGC	2	12	186889	186900	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	209552095
54	NC_011370	CGATGG	2	12	204471	204482	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	209552110
55	NC_011370	GCGAAG	2	12	205217	205228	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	209552110
56	NC_011370	GGATCG	2	12	206445	206456	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	209552111
57	NC_011370	GAAGTT	2	12	209359	209370	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209552115
58	NC_011370	CAAATG	2	12	213937	213948	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	209552118
59	NC_011370	CGCGAC	2	12	218229	218240	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	209552121
60	NC_011370	TTTCGA	2	12	219321	219332	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	209552122
61	NC_011370	GTTGAT	2	12	221240	221251	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	209552123
62	NC_011370	GATCAA	2	12	230345	230356	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	209552127
63	NC_011370	GCATTT	2	12	231177	231188	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	209552128
64	NC_011370	CTTGCA	2	12	231810	231821	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	209552129
65	NC_011370	TCGGCA	2	12	249776	249787	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	209552144
66	NC_011370	CCGAGA	2	12	250241	250252	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209552144
67	NC_011370	AAGAGC	2	12	253989	254000	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	209552147
68	NC_011370	CATCGC	2	12	258062	258073	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	209552152
69	NC_011370	GCGTCC	2	12	262739	262750	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	209552156
70	NC_011370	GGGCAA	2	12	273716	273727	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	209552165
71	NC_011370	ATGCAT	2	12	274617	274628	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	209552166
72	NC_011370	GGCGCC	2	12	277594	277605	0 %	0 %	50 %	50 %	209552168
73	NC_011370	CCACGA	2	12	282445	282456	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	209552172
74	NC_011370	CGCTCT	2	12	288775	288786	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	209552178
75	NC_011370	CTCTTC	2	12	288974	288985	0 %	50 %	0 %	50 %	209552178
76	NC_011370	CGAGCC	2	12	291313	291324	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	209552180
77	NC_011370	GTTGAA	2	12	292310	292321	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209552182
78	NC_011370	CGCAAC	2	12	296030	296041	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	209552186
79	NC_011370	TCGCGT	2	12	306258	306269	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	209552193

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.