MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304 plasmid pRLG203

Total Repeats: 231

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011370	GAAAG	2	10	1583	1592	60 %	0 %	40 %	0 %	209551941
2	NC_011370	CCTCG	2	10	2285	2294	0 %	20 %	20 %	60 %	209551941
3	NC_011370	TGGGC	2	10	3245	3254	0 %	20 %	60 %	20 %	209551943
4	NC_011370	TCCGC	2	10	3840	3849	0 %	20 %	20 %	60 %	209551943
5	NC_011370	CCATC	2	10	4233	4242	20 %	20 %	0 %	60 %	209551943
6	NC_011370	CGCGG	2	10	5112	5121	0 %	0 %	60 %	40 %	209551944
7	NC_011370	CGTGG	2	10	7023	7032	0 %	20 %	60 %	20 %	209551946
8	NC_011370	AGGCG	2	10	9606	9615	20 %	0 %	60 %	20 %	209551948
9	NC_011370	ACGCA	2	10	11189	11198	40 %	0 %	20 %	40 %	209551950
10	NC_011370	ACGGA	2	10	11724	11733	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
11	NC_011370	AGCGA	2	10	15243	15252	40 %	0 %	40 %	20 %	209551955
12	NC_011370	TCTCG	2	10	16393	16402	0 %	40 %	20 %	40 %	209551956
13	NC_011370	CGGCG	2	10	18999	19008	0 %	0 %	60 %	40 %	209551959
14	NC_011370	ACGAT	2	10	19629	19638	40 %	20 %	20 %	20 %	209551959
15	NC_011370	ATGCC	2	10	20079	20088	20 %	20 %	20 %	40 %	209551959
16	NC_011370	CGAAC	2	10	25445	25454	40 %	0 %	20 %	40 %	209551963
17	NC_011370	AGCGA	2	10	26017	26026	40 %	0 %	40 %	20 %	209551963
18	NC_011370	TCGCG	2	10	28682	28691	0 %	20 %	40 %	40 %	209551965
19	NC_011370	CTTCG	2	10	30615	30624	0 %	40 %	20 %	40 %	209551968
20	NC_011370	GGCGA	2	10	30805	30814	20 %	0 %	60 %	20 %	209551968
21	NC_011370	ATCAA	2	10	34189	34198	60 %	20 %	0 %	20 %	209551970
22	NC_011370	AGCGA	2	10	34564	34573	40 %	0 %	40 %	20 %	209551970
23	NC_011370	CCAGC	2	10	39206	39215	20 %	0 %	20 %	60 %	209551975
24	NC_011370	TCGGG	2	10	40578	40587	0 %	20 %	60 %	20 %	209551976
25	NC_011370	TGCGA	2	10	42259	42268	20 %	20 %	40 %	20 %	209551977
26	NC_011370	AACCA	2	10	42643	42652	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
27	NC_011370	GCGGA	2	10	42688	42697	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
28	NC_011370	CGGTT	2	10	49669	49678	0 %	40 %	40 %	20 %	209551980
29	NC_011370	CCTGC	2	10	50139	50148	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
30	NC_011370	AGCGA	2	10	50782	50791	40 %	0 %	40 %	20 %	209551981
31	NC_011370	CTTGC	2	10	53191	53200	0 %	40 %	20 %	40 %	209551983
32	NC_011370	CGAGC	2	10	55027	55036	20 %	0 %	40 %	40 %	209551984
33	NC_011370	GCGTT	2	10	55599	55608	0 %	40 %	40 %	20 %	209551984
34	NC_011370	GAACG	2	10	56694	56703	40 %	0 %	40 %	20 %	209551985
35	NC_011370	TAAAT	2	10	58211	58220	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_011370	TGTTC	2	10	60118	60127	0 %	60 %	20 %	20 %	209551986
37	NC_011370	TCGCC	2	10	61636	61645	0 %	20 %	20 %	60 %	209551988
38	NC_011370	CTCGC	2	10	64104	64113	0 %	20 %	20 %	60 %	209551990
39	NC_011370	CCAGA	2	10	64355	64364	40 %	0 %	20 %	40 %	209551990
40	NC_011370	GGCTC	2	10	65803	65812	0 %	20 %	40 %	40 %	209551991
41	NC_011370	GTCAA	2	10	66159	66168	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_011370	ATTTC	2	10	66196	66205	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_011370	GGGAA	2	10	66976	66985	40 %	0 %	60 %	0 %	209551992
44	NC_011370	GAACG	2	10	67832	67841	40 %	0 %	40 %	20 %	209551992
45	NC_011370	GTCAA	2	10	68671	68680	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
46	NC_011370	CATAG	2	10	68986	68995	40 %	20 %	20 %	20 %	209551993
47	NC_011370	AGATG	2	10	69078	69087	40 %	20 %	40 %	0 %	209551993
48	NC_011370	TCCCC	2	10	70574	70583	0 %	20 %	0 %	80 %	209551995
49	NC_011370	GAATT	2	10	71437	71446	40 %	40 %	20 %	0 %	209551995
50	NC_011370	CATCG	2	10	72905	72914	20 %	20 %	20 %	40 %	209551996
51	NC_011370	GACGC	2	10	73182	73191	20 %	0 %	40 %	40 %	209551996
52	NC_011370	GCGCC	2	10	73969	73978	0 %	0 %	40 %	60 %	209551996
53	NC_011370	TCGTG	2	10	74373	74382	0 %	40 %	40 %	20 %	209551998
54	NC_011370	CCGCC	2	10	75381	75390	0 %	0 %	20 %	80 %	209551998
55	NC_011370	CGACG	2	10	75855	75864	20 %	0 %	40 %	40 %	209551998
56	NC_011370	GCCGC	2	10	77335	77344	0 %	0 %	40 %	60 %	209551999
57	NC_011370	CGAGG	2	10	79177	79186	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
58	NC_011370	GCGAG	2	10	79776	79785	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
59	NC_011370	TGCCC	2	10	80607	80616	0 %	20 %	20 %	60 %	209552003
60	NC_011370	AGGGA	2	10	82095	82104	40 %	0 %	60 %	0 %	209552004
61	NC_011370	CGCGA	2	10	82589	82598	20 %	0 %	40 %	40 %	209552005
62	NC_011370	AGCGG	2	10	82888	82897	20 %	0 %	60 %	20 %	209552005
63	NC_011370	TTGAT	2	10	83880	83889	20 %	60 %	20 %	0 %	209552006
64	NC_011370	GTTGG	2	10	84362	84371	0 %	40 %	60 %	0 %	209552006
65	NC_011370	GTGCC	2	10	84480	84489	0 %	20 %	40 %	40 %	209552007
66	NC_011370	GAGCC	2	10	85507	85516	20 %	0 %	40 %	40 %	209552007
67	NC_011370	ATCCA	2	10	85931	85940	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
68	NC_011370	GGCCT	2	10	87663	87672	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
69	NC_011370	AATCA	2	10	88487	88496	60 %	20 %	0 %	20 %	209552008
70	NC_011370	CAAGT	2	10	90652	90661	40 %	20 %	20 %	20 %	209552010
71	NC_011370	TGCAG	2	10	90913	90922	20 %	20 %	40 %	20 %	209552010
72	NC_011370	GTTTG	2	10	91973	91982	0 %	60 %	40 %	0 %	209552012
73	NC_011370	GAAAG	2	10	94107	94116	60 %	0 %	40 %	0 %	209552012
74	NC_011370	ACTTC	2	10	96144	96153	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
75	NC_011370	CCGCG	2	10	96418	96427	0 %	0 %	40 %	60 %	209552014
76	NC_011370	CTCCC	2	10	97629	97638	0 %	20 %	0 %	80 %	209552016
77	NC_011370	AGCGG	2	10	97673	97682	20 %	0 %	60 %	20 %	209552016
78	NC_011370	GGCTG	2	10	97861	97870	0 %	20 %	60 %	20 %	209552016
79	NC_011370	GCTGG	2	10	98329	98338	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
80	NC_011370	GTCCG	2	10	98649	98658	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
81	NC_011370	AGGGG	2	10	99242	99251	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
82	NC_011370	CGTTT	2	10	99290	99299	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
83	NC_011370	ACGAG	2	10	99795	99804	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
84	NC_011370	CGGGG	2	10	103874	103883	0 %	0 %	80 %	20 %	209552019
85	NC_011370	GAGGG	2	10	104107	104116	20 %	0 %	80 %	0 %	209552019
86	NC_011370	AAACG	2	10	104655	104664	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
87	NC_011370	GAGGC	2	10	105669	105678	20 %	0 %	60 %	20 %	209552021
88	NC_011370	CGTTG	2	10	107406	107415	0 %	40 %	40 %	20 %	209552022
89	NC_011370	GCGCT	2	10	108323	108332	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
90	NC_011370	ATCTG	2	10	109098	109107	20 %	40 %	20 %	20 %	209552023
91	NC_011370	GGCCG	2	10	110212	110221	0 %	0 %	60 %	40 %	209552025
92	NC_011370	GCCTT	2	10	112468	112477	0 %	40 %	20 %	40 %	209552027
93	NC_011370	TGCCG	2	10	113069	113078	0 %	20 %	40 %	40 %	209552027
94	NC_011370	ATGGC	2	10	113602	113611	20 %	20 %	40 %	20 %	209552027
95	NC_011370	CTGGC	2	10	115528	115537	0 %	20 %	40 %	40 %	209552029
96	NC_011370	GGGGT	2	10	116106	116115	0 %	20 %	80 %	0 %	209552030
97	NC_011370	CGCGG	2	10	117900	117909	0 %	0 %	60 %	40 %	209552032
98	NC_011370	GCGCC	2	10	118866	118875	0 %	0 %	40 %	60 %	209552032
99	NC_011370	CCCTT	2	10	120072	120081	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
100	NC_011370	CGGAC	2	10	120541	120550	20 %	0 %	40 %	40 %	209552033
101	NC_011370	AGAGA	2	10	121730	121739	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
102	NC_011370	GGAAA	2	10	122688	122697	60 %	0 %	40 %	0 %	209552035
103	NC_011370	GGCGC	2	10	123822	123831	0 %	0 %	60 %	40 %	209552036
104	NC_011370	AGGGG	2	10	124494	124503	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
105	NC_011370	CCCGA	2	10	125581	125590	20 %	0 %	20 %	60 %	209552038
106	NC_011370	CACGG	2	10	126464	126473	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
107	NC_011370	CAGGG	3	15	133943	133957	20 %	0 %	60 %	20 %	209552044
108	NC_011370	CGTGT	2	10	133988	133997	0 %	40 %	40 %	20 %	209552044
109	NC_011370	AGCGC	2	10	138087	138096	20 %	0 %	40 %	40 %	209552046
110	NC_011370	CTCCG	2	10	141395	141404	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
111	NC_011370	GCTTC	2	10	141760	141769	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
112	NC_011370	TCGGC	2	10	147726	147735	0 %	20 %	40 %	40 %	209552057
113	NC_011370	AACGG	2	10	149873	149882	40 %	0 %	40 %	20 %	209552058
114	NC_011370	AGCCG	2	10	150982	150991	20 %	0 %	40 %	40 %	209552059
115	NC_011370	TGCCG	2	10	151276	151285	0 %	20 %	40 %	40 %	209552059
116	NC_011370	CGATG	2	10	151919	151928	20 %	20 %	40 %	20 %	209552060
117	NC_011370	TCGGC	2	10	152781	152790	0 %	20 %	40 %	40 %	209552062
118	NC_011370	GGCCG	2	10	154417	154426	0 %	0 %	60 %	40 %	209552064
119	NC_011370	TTCCA	2	10	157088	157097	20 %	40 %	0 %	40 %	209552066
120	NC_011370	TGTCG	2	10	157157	157166	0 %	40 %	40 %	20 %	209552066
121	NC_011370	GGCAA	2	10	158351	158360	40 %	0 %	40 %	20 %	209552067
122	NC_011370	GGGGA	2	10	158845	158854	20 %	0 %	80 %	0 %	209552067
123	NC_011370	CGCAA	2	10	162001	162010	40 %	0 %	20 %	40 %	209552069
124	NC_011370	CGTGA	2	10	162955	162964	20 %	20 %	40 %	20 %	209552071
125	NC_011370	TCGCG	2	10	163047	163056	0 %	20 %	40 %	40 %	209552071
126	NC_011370	GCCAT	2	10	163549	163558	20 %	20 %	20 %	40 %	209552072
127	NC_011370	GCGTC	2	10	164459	164468	0 %	20 %	40 %	40 %	209552074
128	NC_011370	CGGGT	2	10	165023	165032	0 %	20 %	60 %	20 %	209552075
129	NC_011370	CTCGG	2	10	168499	168508	0 %	20 %	40 %	40 %	209552081
130	NC_011370	GCGCT	2	10	171340	171349	0 %	20 %	40 %	40 %	209552083
131	NC_011370	CCATC	2	10	171537	171546	20 %	20 %	0 %	60 %	209552083
132	NC_011370	ATGCA	2	10	171901	171910	40 %	20 %	20 %	20 %	209552083
133	NC_011370	AAACG	2	10	172111	172120	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
134	NC_011370	AGATC	2	10	175216	175225	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
135	NC_011370	AGGGC	2	10	177208	177217	20 %	0 %	60 %	20 %	209552087
136	NC_011370	CGTAG	2	10	177331	177340	20 %	20 %	40 %	20 %	209552087
137	NC_011370	TCGCG	2	10	177960	177969	0 %	20 %	40 %	40 %	209552087
138	NC_011370	TGCGC	2	10	180186	180195	0 %	20 %	40 %	40 %	209552089
139	NC_011370	TTCGA	2	10	180219	180228	20 %	40 %	20 %	20 %	209552089
140	NC_011370	CGAGT	2	10	180539	180548	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
141	NC_011370	TGTCC	2	10	180799	180808	0 %	40 %	20 %	40 %	209552090
142	NC_011370	TGCCT	2	10	181222	181231	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
143	NC_011370	CATTC	2	10	183147	183156	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
144	NC_011370	CCGGG	2	10	184502	184511	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
145	NC_011370	CCATT	2	10	186235	186244	20 %	40 %	0 %	40 %	209552094
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147	NC_011370	CCATC	2	10	189827	189836	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
148	NC_011370	GCGCA	2	10	190583	190592	20 %	0 %	40 %	40 %	209552098
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169	NC_011370	CCAGC	2	10	213576	213585	20 %	0 %	20 %	60 %	209552118
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176	NC_011370	GCGCT	2	10	223976	223985	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
177	NC_011370	TACGG	2	10	224418	224427	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
178	NC_011370	GACAA	2	10	225383	225392	60 %	0 %	20 %	20 %	209552124
179	NC_011370	TCGGG	2	10	225722	225731	0 %	20 %	60 %	20 %	209552124
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184	NC_011370	GCCTC	2	10	233929	233938	0 %	20 %	20 %	60 %	209552130
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195	NC_011370	CGTCA	2	10	247510	247519	20 %	20 %	20 %	40 %	209552142
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228	NC_011370	CCACG	2	10	303204	303213	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
229	NC_011370	AATCA	2	10	304063	304072	60 %	20 %	0 %	20 %	209552191
230	NC_011370	GCCGT	2	10	306522	306531	0 %	20 %	40 %	40 %	209552193
231	NC_011370	CGTTG	2	10	308103	308112	0 %	40 %	40 %	20 %	209552194

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.