MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304 plasmid pRLG203

Total Repeats: 184

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011370	GAAAG	2	10	1583	1592	60 %	0 %	40 %	0 %	209551941
2	NC_011370	CCTCG	2	10	2285	2294	0 %	20 %	20 %	60 %	209551941
3	NC_011370	TGGGC	2	10	3245	3254	0 %	20 %	60 %	20 %	209551943
4	NC_011370	TCCGC	2	10	3840	3849	0 %	20 %	20 %	60 %	209551943
5	NC_011370	CCATC	2	10	4233	4242	20 %	20 %	0 %	60 %	209551943
6	NC_011370	CGCGG	2	10	5112	5121	0 %	0 %	60 %	40 %	209551944
7	NC_011370	CGTGG	2	10	7023	7032	0 %	20 %	60 %	20 %	209551946
8	NC_011370	AGGCG	2	10	9606	9615	20 %	0 %	60 %	20 %	209551948
9	NC_011370	ACGCA	2	10	11189	11198	40 %	0 %	20 %	40 %	209551950
10	NC_011370	AGCGA	2	10	15243	15252	40 %	0 %	40 %	20 %	209551955
11	NC_011370	TCTCG	2	10	16393	16402	0 %	40 %	20 %	40 %	209551956
12	NC_011370	CGGCG	2	10	18999	19008	0 %	0 %	60 %	40 %	209551959
13	NC_011370	ACGAT	2	10	19629	19638	40 %	20 %	20 %	20 %	209551959
14	NC_011370	ATGCC	2	10	20079	20088	20 %	20 %	20 %	40 %	209551959
15	NC_011370	CGAAC	2	10	25445	25454	40 %	0 %	20 %	40 %	209551963
16	NC_011370	AGCGA	2	10	26017	26026	40 %	0 %	40 %	20 %	209551963
17	NC_011370	TCGCG	2	10	28682	28691	0 %	20 %	40 %	40 %	209551965
18	NC_011370	CTTCG	2	10	30615	30624	0 %	40 %	20 %	40 %	209551968
19	NC_011370	GGCGA	2	10	30805	30814	20 %	0 %	60 %	20 %	209551968
20	NC_011370	ATCAA	2	10	34189	34198	60 %	20 %	0 %	20 %	209551970
21	NC_011370	AGCGA	2	10	34564	34573	40 %	0 %	40 %	20 %	209551970
22	NC_011370	CCAGC	2	10	39206	39215	20 %	0 %	20 %	60 %	209551975
23	NC_011370	TCGGG	2	10	40578	40587	0 %	20 %	60 %	20 %	209551976
24	NC_011370	TGCGA	2	10	42259	42268	20 %	20 %	40 %	20 %	209551977
25	NC_011370	CGGTT	2	10	49669	49678	0 %	40 %	40 %	20 %	209551980
26	NC_011370	AGCGA	2	10	50782	50791	40 %	0 %	40 %	20 %	209551981
27	NC_011370	CTTGC	2	10	53191	53200	0 %	40 %	20 %	40 %	209551983
28	NC_011370	CGAGC	2	10	55027	55036	20 %	0 %	40 %	40 %	209551984
29	NC_011370	GCGTT	2	10	55599	55608	0 %	40 %	40 %	20 %	209551984
30	NC_011370	GAACG	2	10	56694	56703	40 %	0 %	40 %	20 %	209551985
31	NC_011370	TGTTC	2	10	60118	60127	0 %	60 %	20 %	20 %	209551986
32	NC_011370	TCGCC	2	10	61636	61645	0 %	20 %	20 %	60 %	209551988
33	NC_011370	CTCGC	2	10	64104	64113	0 %	20 %	20 %	60 %	209551990
34	NC_011370	CCAGA	2	10	64355	64364	40 %	0 %	20 %	40 %	209551990
35	NC_011370	GGCTC	2	10	65803	65812	0 %	20 %	40 %	40 %	209551991
36	NC_011370	GGGAA	2	10	66976	66985	40 %	0 %	60 %	0 %	209551992
37	NC_011370	GAACG	2	10	67832	67841	40 %	0 %	40 %	20 %	209551992
38	NC_011370	CATAG	2	10	68986	68995	40 %	20 %	20 %	20 %	209551993
39	NC_011370	AGATG	2	10	69078	69087	40 %	20 %	40 %	0 %	209551993
40	NC_011370	TCCCC	2	10	70574	70583	0 %	20 %	0 %	80 %	209551995
41	NC_011370	GAATT	2	10	71437	71446	40 %	40 %	20 %	0 %	209551995
42	NC_011370	CATCG	2	10	72905	72914	20 %	20 %	20 %	40 %	209551996
43	NC_011370	GACGC	2	10	73182	73191	20 %	0 %	40 %	40 %	209551996
44	NC_011370	GCGCC	2	10	73969	73978	0 %	0 %	40 %	60 %	209551996
45	NC_011370	TCGTG	2	10	74373	74382	0 %	40 %	40 %	20 %	209551998
46	NC_011370	CCGCC	2	10	75381	75390	0 %	0 %	20 %	80 %	209551998
47	NC_011370	CGACG	2	10	75855	75864	20 %	0 %	40 %	40 %	209551998
48	NC_011370	GCCGC	2	10	77335	77344	0 %	0 %	40 %	60 %	209551999
49	NC_011370	TGCCC	2	10	80607	80616	0 %	20 %	20 %	60 %	209552003
50	NC_011370	AGGGA	2	10	82095	82104	40 %	0 %	60 %	0 %	209552004
51	NC_011370	CGCGA	2	10	82589	82598	20 %	0 %	40 %	40 %	209552005
52	NC_011370	AGCGG	2	10	82888	82897	20 %	0 %	60 %	20 %	209552005
53	NC_011370	TTGAT	2	10	83880	83889	20 %	60 %	20 %	0 %	209552006
54	NC_011370	GTTGG	2	10	84362	84371	0 %	40 %	60 %	0 %	209552006
55	NC_011370	GTGCC	2	10	84480	84489	0 %	20 %	40 %	40 %	209552007
56	NC_011370	GAGCC	2	10	85507	85516	20 %	0 %	40 %	40 %	209552007
57	NC_011370	AATCA	2	10	88487	88496	60 %	20 %	0 %	20 %	209552008
58	NC_011370	CAAGT	2	10	90652	90661	40 %	20 %	20 %	20 %	209552010
59	NC_011370	TGCAG	2	10	90913	90922	20 %	20 %	40 %	20 %	209552010
60	NC_011370	GTTTG	2	10	91973	91982	0 %	60 %	40 %	0 %	209552012
61	NC_011370	GAAAG	2	10	94107	94116	60 %	0 %	40 %	0 %	209552012
62	NC_011370	CCGCG	2	10	96418	96427	0 %	0 %	40 %	60 %	209552014
63	NC_011370	CTCCC	2	10	97629	97638	0 %	20 %	0 %	80 %	209552016
64	NC_011370	AGCGG	2	10	97673	97682	20 %	0 %	60 %	20 %	209552016
65	NC_011370	GGCTG	2	10	97861	97870	0 %	20 %	60 %	20 %	209552016
66	NC_011370	CGGGG	2	10	103874	103883	0 %	0 %	80 %	20 %	209552019
67	NC_011370	GAGGG	2	10	104107	104116	20 %	0 %	80 %	0 %	209552019
68	NC_011370	GAGGC	2	10	105669	105678	20 %	0 %	60 %	20 %	209552021
69	NC_011370	CGTTG	2	10	107406	107415	0 %	40 %	40 %	20 %	209552022
70	NC_011370	ATCTG	2	10	109098	109107	20 %	40 %	20 %	20 %	209552023
71	NC_011370	GGCCG	2	10	110212	110221	0 %	0 %	60 %	40 %	209552025
72	NC_011370	GCCTT	2	10	112468	112477	0 %	40 %	20 %	40 %	209552027
73	NC_011370	TGCCG	2	10	113069	113078	0 %	20 %	40 %	40 %	209552027
74	NC_011370	ATGGC	2	10	113602	113611	20 %	20 %	40 %	20 %	209552027
75	NC_011370	CTGGC	2	10	115528	115537	0 %	20 %	40 %	40 %	209552029
76	NC_011370	GGGGT	2	10	116106	116115	0 %	20 %	80 %	0 %	209552030
77	NC_011370	CGCGG	2	10	117900	117909	0 %	0 %	60 %	40 %	209552032
78	NC_011370	GCGCC	2	10	118866	118875	0 %	0 %	40 %	60 %	209552032
79	NC_011370	CGGAC	2	10	120541	120550	20 %	0 %	40 %	40 %	209552033
80	NC_011370	GGAAA	2	10	122688	122697	60 %	0 %	40 %	0 %	209552035
81	NC_011370	GGCGC	2	10	123822	123831	0 %	0 %	60 %	40 %	209552036
82	NC_011370	CCCGA	2	10	125581	125590	20 %	0 %	20 %	60 %	209552038
83	NC_011370	CAGGG	3	15	133943	133957	20 %	0 %	60 %	20 %	209552044
84	NC_011370	CGTGT	2	10	133988	133997	0 %	40 %	40 %	20 %	209552044
85	NC_011370	AGCGC	2	10	138087	138096	20 %	0 %	40 %	40 %	209552046
86	NC_011370	TCGGC	2	10	147726	147735	0 %	20 %	40 %	40 %	209552057
87	NC_011370	AACGG	2	10	149873	149882	40 %	0 %	40 %	20 %	209552058
88	NC_011370	AGCCG	2	10	150982	150991	20 %	0 %	40 %	40 %	209552059
89	NC_011370	TGCCG	2	10	151276	151285	0 %	20 %	40 %	40 %	209552059
90	NC_011370	CGATG	2	10	151919	151928	20 %	20 %	40 %	20 %	209552060
91	NC_011370	TCGGC	2	10	152781	152790	0 %	20 %	40 %	40 %	209552062
92	NC_011370	GGCCG	2	10	154417	154426	0 %	0 %	60 %	40 %	209552064
93	NC_011370	TTCCA	2	10	157088	157097	20 %	40 %	0 %	40 %	209552066
94	NC_011370	TGTCG	2	10	157157	157166	0 %	40 %	40 %	20 %	209552066
95	NC_011370	GGCAA	2	10	158351	158360	40 %	0 %	40 %	20 %	209552067
96	NC_011370	GGGGA	2	10	158845	158854	20 %	0 %	80 %	0 %	209552067
97	NC_011370	CGCAA	2	10	162001	162010	40 %	0 %	20 %	40 %	209552069
98	NC_011370	CGTGA	2	10	162955	162964	20 %	20 %	40 %	20 %	209552071
99	NC_011370	TCGCG	2	10	163047	163056	0 %	20 %	40 %	40 %	209552071
100	NC_011370	GCCAT	2	10	163549	163558	20 %	20 %	20 %	40 %	209552072
101	NC_011370	GCGTC	2	10	164459	164468	0 %	20 %	40 %	40 %	209552074
102	NC_011370	CGGGT	2	10	165023	165032	0 %	20 %	60 %	20 %	209552075
103	NC_011370	CTCGG	2	10	168499	168508	0 %	20 %	40 %	40 %	209552081
104	NC_011370	GCGCT	2	10	171340	171349	0 %	20 %	40 %	40 %	209552083
105	NC_011370	CCATC	2	10	171537	171546	20 %	20 %	0 %	60 %	209552083
106	NC_011370	ATGCA	2	10	171901	171910	40 %	20 %	20 %	20 %	209552083
107	NC_011370	AGGGC	2	10	177208	177217	20 %	0 %	60 %	20 %	209552087
108	NC_011370	CGTAG	2	10	177331	177340	20 %	20 %	40 %	20 %	209552087
109	NC_011370	TCGCG	2	10	177960	177969	0 %	20 %	40 %	40 %	209552087
110	NC_011370	TGCGC	2	10	180186	180195	0 %	20 %	40 %	40 %	209552089
111	NC_011370	TTCGA	2	10	180219	180228	20 %	40 %	20 %	20 %	209552089
112	NC_011370	TGTCC	2	10	180799	180808	0 %	40 %	20 %	40 %	209552090
113	NC_011370	CCATT	2	10	186235	186244	20 %	40 %	0 %	40 %	209552094
114	NC_011370	CCTGC	2	10	189331	189340	0 %	20 %	20 %	60 %	209552097
115	NC_011370	GCGCA	2	10	190583	190592	20 %	0 %	40 %	40 %	209552098
116	NC_011370	CGATC	2	10	191650	191659	20 %	20 %	20 %	40 %	209552099
117	NC_011370	CGAAA	2	10	192565	192574	60 %	0 %	20 %	20 %	209552099
118	NC_011370	ACAGA	2	10	194270	194279	60 %	0 %	20 %	20 %	209552101
119	NC_011370	CCTGC	2	10	198283	198292	0 %	20 %	20 %	60 %	209552104
120	NC_011370	GGCAT	2	10	199278	199287	20 %	20 %	40 %	20 %	209552106
121	NC_011370	GAAGA	2	10	200804	200813	60 %	0 %	40 %	0 %	209552108
122	NC_011370	TGCCG	2	10	200939	200948	0 %	20 %	40 %	40 %	209552108
123	NC_011370	CACCG	2	10	201289	201298	20 %	0 %	20 %	60 %	209552108
124	NC_011370	TGTTT	2	10	203085	203094	0 %	80 %	20 %	0 %	209552109
125	NC_011370	GCACC	2	10	204488	204497	20 %	0 %	20 %	60 %	209552110
126	NC_011370	CAATC	2	10	204714	204723	40 %	20 %	0 %	40 %	209552110
127	NC_011370	AATCA	2	10	205688	205697	60 %	20 %	0 %	20 %	209552111
128	NC_011370	GAATC	2	10	206867	206876	40 %	20 %	20 %	20 %	209552112
129	NC_011370	AGGGC	2	10	208088	208097	20 %	0 %	60 %	20 %	209552114
130	NC_011370	CCGGA	2	10	208749	208758	20 %	0 %	40 %	40 %	209552114
131	NC_011370	GGGCG	2	10	209068	209077	0 %	0 %	80 %	20 %	209552115
132	NC_011370	GCATG	2	10	209136	209145	20 %	20 %	40 %	20 %	209552115
133	NC_011370	CCAGC	2	10	213576	213585	20 %	0 %	20 %	60 %	209552118
134	NC_011370	GAAAA	2	10	214372	214381	80 %	0 %	20 %	0 %	209552118
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174	NC_011370	TCGCG	2	10	280971	280980	0 %	20 %	40 %	40 %	209552170
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177	NC_011370	GGCGT	2	10	289141	289150	0 %	20 %	60 %	20 %	209552178
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182	NC_011370	AATCA	2	10	304063	304072	60 %	20 %	0 %	20 %	209552191
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.