MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304 plasmid pRLG202

Total Repeats: 334

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011366	TTGAT	2	10	2335	2344	20 %	60 %	20 %	0 %	209546001
2	NC_011366	TCGGC	2	10	5320	5329	0 %	20 %	40 %	40 %	209546003
3	NC_011366	CGGCA	2	10	7614	7623	20 %	0 %	40 %	40 %	209546005
4	NC_011366	CGGGT	2	10	9520	9529	0 %	20 %	60 %	20 %	209546006
5	NC_011366	GGCTG	2	10	10209	10218	0 %	20 %	60 %	20 %	209546007
6	NC_011366	GTCCT	2	10	10437	10446	0 %	40 %	20 %	40 %	209546007
7	NC_011366	GGCAG	2	10	11321	11330	20 %	0 %	60 %	20 %	209546008
8	NC_011366	GCGTC	2	10	11991	12000	0 %	20 %	40 %	40 %	209546009
9	NC_011366	CAGTC	2	10	12054	12063	20 %	20 %	20 %	40 %	209546009
10	NC_011366	GGCAG	2	10	12643	12652	20 %	0 %	60 %	20 %	209546010
11	NC_011366	AAGGC	2	10	15077	15086	40 %	0 %	40 %	20 %	209546012
12	NC_011366	CGACC	2	10	18495	18504	20 %	0 %	20 %	60 %	209546016
13	NC_011366	GTTCG	2	10	22466	22475	0 %	40 %	40 %	20 %	209546018
14	NC_011366	TGGGC	2	10	22971	22980	0 %	20 %	60 %	20 %	209546020
15	NC_011366	GGGAT	2	10	23238	23247	20 %	20 %	60 %	0 %	209546020
16	NC_011366	CGGAC	2	10	26196	26205	20 %	0 %	40 %	40 %	209546023
17	NC_011366	CGGCT	2	10	27694	27703	0 %	20 %	40 %	40 %	209546024
18	NC_011366	CGACA	2	10	27969	27978	40 %	0 %	20 %	40 %	209546025
19	NC_011366	GCGCC	2	10	28221	28230	0 %	0 %	40 %	60 %	209546025
20	NC_011366	CGCGC	2	10	30050	30059	0 %	0 %	40 %	60 %	209546026
21	NC_011366	CGCGC	2	10	30299	30308	0 %	0 %	40 %	60 %	209546026
22	NC_011366	GAATG	2	10	30417	30426	40 %	20 %	40 %	0 %	209546026
23	NC_011366	TCCGC	2	10	35433	35442	0 %	20 %	20 %	60 %	209546032
24	NC_011366	CGTGA	2	10	37334	37343	20 %	20 %	40 %	20 %	209546033
25	NC_011366	TGCCG	2	10	37856	37865	0 %	20 %	40 %	40 %	209546034
26	NC_011366	TGGAC	2	10	38031	38040	20 %	20 %	40 %	20 %	209546034
27	NC_011366	CATCT	2	10	38072	38081	20 %	40 %	0 %	40 %	209546034
28	NC_011366	CGGCG	2	10	40740	40749	0 %	0 %	60 %	40 %	209546038
29	NC_011366	CTGCC	2	10	42607	42616	0 %	20 %	20 %	60 %	209546041
30	NC_011366	GGCGC	2	10	42783	42792	0 %	0 %	60 %	40 %	209546041
31	NC_011366	ATCTG	2	10	42854	42863	20 %	40 %	20 %	20 %	209546041
32	NC_011366	CTGGA	2	10	45181	45190	20 %	20 %	40 %	20 %	209546042
33	NC_011366	TGCGG	2	10	48021	48030	0 %	20 %	60 %	20 %	209546044
34	NC_011366	CGATG	2	10	49683	49692	20 %	20 %	40 %	20 %	209546045
35	NC_011366	GGCCA	2	10	52104	52113	20 %	0 %	40 %	40 %	209546048
36	NC_011366	GCATC	2	10	56396	56405	20 %	20 %	20 %	40 %	209546050
37	NC_011366	CATCG	2	10	57566	57575	20 %	20 %	20 %	40 %	209546051
38	NC_011366	CGCTG	2	10	62318	62327	0 %	20 %	40 %	40 %	209546054
39	NC_011366	GCTCC	2	10	63638	63647	0 %	20 %	20 %	60 %	209546055
40	NC_011366	CGCAT	2	10	64143	64152	20 %	20 %	20 %	40 %	209546056
41	NC_011366	CCGGG	2	10	65663	65672	0 %	0 %	60 %	40 %	209546058
42	NC_011366	GGCGC	2	10	66282	66291	0 %	0 %	60 %	40 %	209546058
43	NC_011366	GCCCG	2	10	66576	66585	0 %	0 %	40 %	60 %	209546058
44	NC_011366	GCCGA	2	10	72018	72027	20 %	0 %	40 %	40 %	209546062
45	NC_011366	CTCGC	2	10	72925	72934	0 %	20 %	20 %	60 %	209546063
46	NC_011366	GTCAC	2	10	72937	72946	20 %	20 %	20 %	40 %	209546063
47	NC_011366	AAACG	2	10	73639	73648	60 %	0 %	20 %	20 %	209546064
48	NC_011366	AGCCG	2	10	73830	73839	20 %	0 %	40 %	40 %	209546064
49	NC_011366	CGCGC	2	10	82683	82692	0 %	0 %	40 %	60 %	209546069
50	NC_011366	TTCTT	2	10	86824	86833	0 %	80 %	0 %	20 %	209546072
51	NC_011366	CACCG	2	10	87046	87055	20 %	0 %	20 %	60 %	209546073
52	NC_011366	AGCCG	2	10	89907	89916	20 %	0 %	40 %	40 %	209546075
53	NC_011366	GGCGC	2	10	90594	90603	0 %	0 %	60 %	40 %	209546076
54	NC_011366	TCCGG	2	10	94056	94065	0 %	20 %	40 %	40 %	209546079
55	NC_011366	GCCTC	2	10	97154	97163	0 %	20 %	20 %	60 %	209546082
56	NC_011366	ACCCA	2	10	97581	97590	40 %	0 %	0 %	60 %	209546082
57	NC_011366	CCGGC	2	10	98080	98089	0 %	0 %	40 %	60 %	209546083
58	NC_011366	GATGA	2	10	99349	99358	40 %	20 %	40 %	0 %	209546084
59	NC_011366	GCCGG	2	10	99682	99691	0 %	0 %	60 %	40 %	209546084
60	NC_011366	GCCCG	2	10	101552	101561	0 %	0 %	40 %	60 %	209546088
61	NC_011366	GCTGC	2	10	101623	101632	0 %	20 %	40 %	40 %	209546088
62	NC_011366	CGACG	2	10	101636	101645	20 %	0 %	40 %	40 %	209546088
63	NC_011366	TGGGC	2	10	105592	105601	0 %	20 %	60 %	20 %	209546090
64	NC_011366	GCCGG	2	10	105784	105793	0 %	0 %	60 %	40 %	209546090
65	NC_011366	CGATC	2	10	111446	111455	20 %	20 %	20 %	40 %	209546096
66	NC_011366	GGCGA	2	10	113167	113176	20 %	0 %	60 %	20 %	209546097
67	NC_011366	CGATC	2	10	115345	115354	20 %	20 %	20 %	40 %	209546099
68	NC_011366	GCGCC	2	10	117648	117657	0 %	0 %	40 %	60 %	209546102
69	NC_011366	CTGGG	2	10	119100	119109	0 %	20 %	60 %	20 %	209546104
70	NC_011366	CCGCT	2	10	121450	121459	0 %	20 %	20 %	60 %	209546106
71	NC_011366	TGCAT	2	10	121759	121768	20 %	40 %	20 %	20 %	209546106
72	NC_011366	CCATC	2	10	121986	121995	20 %	20 %	0 %	60 %	209546106
73	NC_011366	TGGCG	2	10	123054	123063	0 %	20 %	60 %	20 %	209546107
74	NC_011366	ATCGC	2	10	125209	125218	20 %	20 %	20 %	40 %	209546110
75	NC_011366	GCAAG	2	10	126430	126439	40 %	0 %	40 %	20 %	209546111
76	NC_011366	ATGCT	2	10	127242	127251	20 %	40 %	20 %	20 %	209546111
77	NC_011366	GCAGG	2	10	127494	127503	20 %	0 %	60 %	20 %	209546112
78	NC_011366	GGCAA	2	10	127713	127722	40 %	0 %	40 %	20 %	209546112
79	NC_011366	CGGGC	2	10	127832	127841	0 %	0 %	60 %	40 %	209546112
80	NC_011366	GGGCA	2	10	128543	128552	20 %	0 %	60 %	20 %	209546113
81	NC_011366	CGGCG	2	10	129423	129432	0 %	0 %	60 %	40 %	209546114
82	NC_011366	CGATG	2	10	131862	131871	20 %	20 %	40 %	20 %	209546116
83	NC_011366	GCCTT	2	10	132999	133008	0 %	40 %	20 %	40 %	209546117
84	NC_011366	CCGGC	2	10	134651	134660	0 %	0 %	40 %	60 %	209546119
85	NC_011366	AGCGC	2	10	135824	135833	20 %	0 %	40 %	40 %	209546120
86	NC_011366	AGCGA	2	10	136953	136962	40 %	0 %	40 %	20 %	209546121
87	NC_011366	GAAGG	2	10	137156	137165	40 %	0 %	60 %	0 %	209546121
88	NC_011366	GAGCG	2	10	137189	137198	20 %	0 %	60 %	20 %	209546121
89	NC_011366	CGGCC	2	10	137557	137566	0 %	0 %	40 %	60 %	209546121
90	NC_011366	GCGCT	2	10	140955	140964	0 %	20 %	40 %	40 %	209546124
91	NC_011366	ACCGG	2	10	143461	143470	20 %	0 %	40 %	40 %	209546125
92	NC_011366	TGTTT	2	10	146053	146062	0 %	80 %	20 %	0 %	209546127
93	NC_011366	TGGCC	2	10	149182	149191	0 %	20 %	40 %	40 %	209546130
94	NC_011366	AGGAA	2	10	152277	152286	60 %	0 %	40 %	0 %	209546133
95	NC_011366	GAAGA	2	10	155006	155015	60 %	0 %	40 %	0 %	209546135
96	NC_011366	GTGCA	2	10	156658	156667	20 %	20 %	40 %	20 %	209546136
97	NC_011366	GGCCC	2	10	162328	162337	0 %	0 %	40 %	60 %	209546142
98	NC_011366	CGAGC	2	10	163319	163328	20 %	0 %	40 %	40 %	209546142
99	NC_011366	CTTGC	2	10	165195	165204	0 %	40 %	20 %	40 %	209546143
100	NC_011366	CGGCA	2	10	165587	165596	20 %	0 %	40 %	40 %	209546144
101	NC_011366	TGATT	2	10	166826	166835	20 %	60 %	20 %	0 %	209546145
102	NC_011366	TCGGC	2	10	167499	167508	0 %	20 %	40 %	40 %	209546146
103	NC_011366	CGGAG	2	10	170118	170127	20 %	0 %	60 %	20 %	209546148
104	NC_011366	TCGTA	2	10	172767	172776	20 %	40 %	20 %	20 %	209546151
105	NC_011366	TGGTT	2	10	174213	174222	0 %	60 %	40 %	0 %	209546152
106	NC_011366	CTGAC	2	10	175912	175921	20 %	20 %	20 %	40 %	209546152
107	NC_011366	GCCGC	2	10	176599	176608	0 %	0 %	40 %	60 %	209546152
108	NC_011366	CGATG	2	10	176748	176757	20 %	20 %	40 %	20 %	209546152
109	NC_011366	GGAAC	2	10	178214	178223	40 %	0 %	40 %	20 %	209546152
110	NC_011366	GCGTC	2	10	178745	178754	0 %	20 %	40 %	40 %	209546152
111	NC_011366	TGCTC	2	10	181553	181562	0 %	40 %	20 %	40 %	209546152
112	NC_011366	GACCG	2	10	182826	182835	20 %	0 %	40 %	40 %	209546154
113	NC_011366	GCCGC	2	10	183833	183842	0 %	0 %	40 %	60 %	209546156
114	NC_011366	CGGCC	2	10	184661	184670	0 %	0 %	40 %	60 %	209546156
115	NC_011366	TGCAC	2	10	187490	187499	20 %	20 %	20 %	40 %	209546158
116	NC_011366	CGGCC	2	10	188703	188712	0 %	0 %	40 %	60 %	209546160
117	NC_011366	ACGAC	2	10	189466	189475	40 %	0 %	20 %	40 %	209546161
118	NC_011366	CCAGT	2	10	196408	196417	20 %	20 %	20 %	40 %	209546168
119	NC_011366	GTCAT	2	10	197380	197389	20 %	40 %	20 %	20 %	209546169
120	NC_011366	GCGCG	2	10	197774	197783	0 %	0 %	60 %	40 %	209546170
121	NC_011366	TGGCA	2	10	201325	201334	20 %	20 %	40 %	20 %	209546174
122	NC_011366	ATCGC	2	10	201735	201744	20 %	20 %	20 %	40 %	209546174
123	NC_011366	GCACC	2	10	203910	203919	20 %	0 %	20 %	60 %	209546176
124	NC_011366	CGGCC	2	10	204510	204519	0 %	0 %	40 %	60 %	209546178
125	NC_011366	GGCGC	2	10	205146	205155	0 %	0 %	60 %	40 %	209546179
126	NC_011366	GCCCG	2	10	207453	207462	0 %	0 %	40 %	60 %	209546182
127	NC_011366	TCGCA	2	10	209827	209836	20 %	20 %	20 %	40 %	209546182
128	NC_011366	TGGCC	2	10	210112	210121	0 %	20 %	40 %	40 %	209546183
129	NC_011366	TCGTC	2	10	210617	210626	0 %	40 %	20 %	40 %	209546183
130	NC_011366	TGGGA	2	10	210832	210841	20 %	20 %	60 %	0 %	209546183
131	NC_011366	TCGCC	2	10	212109	212118	0 %	20 %	20 %	60 %	209546185
132	NC_011366	TCGCC	2	10	213182	213191	0 %	20 %	20 %	60 %	209546186
133	NC_011366	CGCGC	2	10	213876	213885	0 %	0 %	40 %	60 %	209546187
134	NC_011366	CGAGC	2	10	214455	214464	20 %	0 %	40 %	40 %	209546187
135	NC_011366	GATCG	2	10	215458	215467	20 %	20 %	40 %	20 %	209546189
136	NC_011366	CGAGG	2	10	215860	215869	20 %	0 %	60 %	20 %	209546189
137	NC_011366	CATCG	2	10	216088	216097	20 %	20 %	20 %	40 %	209546189
138	NC_011366	GGCGC	2	10	218022	218031	0 %	0 %	60 %	40 %	209546190
139	NC_011366	CGCGC	2	10	221261	221270	0 %	0 %	40 %	60 %	209546193
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148	NC_011366	CGATG	2	10	242210	242219	20 %	20 %	40 %	20 %	209546214
149	NC_011366	TGACC	2	10	242325	242334	20 %	20 %	20 %	40 %	209546214
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261	NC_011366	GAGGC	2	10	402404	402413	20 %	0 %	60 %	20 %	209546364
262	NC_011366	TGCCG	2	10	405402	405411	0 %	20 %	40 %	40 %	209546366
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.