MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Lactobacillus casei str. Zhang plasmid plca36

Total Repeats: 412

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011352	CAA	2	6	11	16	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	209401053
2	NC_011352	CAA	2	6	168	173	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	209401053
3	NC_011352	TGA	2	6	180	185	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209401053
4	NC_011352	TAC	2	6	432	437	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	209401053
5	NC_011352	ATA	2	6	605	610	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	209401053
6	NC_011352	TGA	2	6	717	722	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209401053
7	NC_011352	TCT	2	6	755	760	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	209401053
8	NC_011352	ACT	2	6	780	785	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	209401053
9	NC_011352	CAA	2	6	808	813	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	209401053
10	NC_011352	GCG	2	6	816	821	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	209401053
11	NC_011352	TGA	2	6	920	925	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209401053
12	NC_011352	CGA	2	6	963	968	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209401053
13	NC_011352	TGG	2	6	1030	1035	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	209401053
14	NC_011352	CAA	2	6	1039	1044	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	209401053
15	NC_011352	GAA	3	9	1075	1083	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	209401053
16	NC_011352	TAC	2	6	1114	1119	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	209401053
17	NC_011352	ATA	2	6	1437	1442	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	209401010
18	NC_011352	AGC	2	6	1519	1524	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209401010
19	NC_011352	TTA	2	6	1867	1872	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	209401011
20	NC_011352	TTG	2	6	1917	1922	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	209401012
21	NC_011352	TGA	2	6	2002	2007	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209401012
22	NC_011352	AGA	2	6	2068	2073	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	209401012
23	NC_011352	AAC	2	6	2079	2084	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	209401012
24	NC_011352	ACA	2	6	2126	2131	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	209401012
25	NC_011352	TAT	2	6	2202	2207	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	209401012
26	NC_011352	ATA	2	6	2370	2375	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	209401012
27	NC_011352	AAT	2	6	2498	2503	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	209401012
28	NC_011352	TTA	2	6	2566	2571	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	209401012
29	NC_011352	TTC	2	6	2637	2642	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	209401013
30	NC_011352	TTG	2	6	2805	2810	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	209401013
31	NC_011352	TGA	2	6	2964	2969	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209401014
32	NC_011352	GTT	2	6	2985	2990	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	209401014
33	NC_011352	CTT	2	6	3042	3047	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	209401014
34	NC_011352	TGA	2	6	3682	3687	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209401015
35	NC_011352	GGC	2	6	3918	3923	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	209401015
36	NC_011352	GAT	2	6	4013	4018	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209401015
37	NC_011352	CAA	2	6	4076	4081	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	209401015
38	NC_011352	AAC	2	6	4118	4123	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	209401015
39	NC_011352	GGT	2	6	4192	4197	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	209401015
40	NC_011352	GAT	2	6	4247	4252	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209401015
41	NC_011352	ATT	2	6	4327	4332	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	209401015
42	NC_011352	CAA	2	6	4343	4348	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	209401015
43	NC_011352	TGA	2	6	4537	4542	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209401015
44	NC_011352	TTG	2	6	4544	4549	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	209401015
45	NC_011352	CAA	2	6	4553	4558	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	209401015
46	NC_011352	TTA	2	6	4598	4603	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	209401015
47	NC_011352	CAA	2	6	4607	4612	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	209401015
48	NC_011352	TGA	2	6	4647	4652	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209401015
49	NC_011352	CCA	2	6	4946	4951	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	209401015
50	NC_011352	ATC	2	6	5028	5033	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	209401015
51	NC_011352	ATG	2	6	5055	5060	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209401015
52	NC_011352	CAA	2	6	5150	5155	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	209401015
53	NC_011352	GAC	2	6	5162	5167	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209401015
54	NC_011352	CTA	2	6	5230	5235	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	209401015
55	NC_011352	ATG	2	6	5283	5288	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209401015
56	NC_011352	AAG	2	6	5497	5502	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	209401016
57	NC_011352	GTA	2	6	5549	5554	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209401016
58	NC_011352	CAG	2	6	5694	5699	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209401016
59	NC_011352	CCT	2	6	5751	5756	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	209401016
60	NC_011352	GTT	2	6	5794	5799	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	209401016
61	NC_011352	ATG	2	6	5882	5887	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209401017
62	NC_011352	AGC	2	6	5936	5941	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209401017
63	NC_011352	GGT	2	6	5962	5967	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	209401017
64	NC_011352	TCG	2	6	5985	5990	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	209401017
65	NC_011352	AAG	2	6	6001	6006	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	209401017
66	NC_011352	CCA	2	6	6031	6036	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	209401017
67	NC_011352	TCA	2	6	6063	6068	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	209401017
68	NC_011352	CTT	2	6	6180	6185	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	209401017
69	NC_011352	AGA	2	6	6390	6395	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	209401017
70	NC_011352	AGA	2	6	6429	6434	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	209401017
71	NC_011352	AGG	2	6	6443	6448	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	209401017
72	NC_011352	ACT	2	6	6485	6490	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	209401018
73	NC_011352	TGA	2	6	6516	6521	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209401018
74	NC_011352	GGT	2	6	6529	6534	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	209401018
75	NC_011352	GGT	2	6	6548	6553	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	209401018
76	NC_011352	GAA	2	6	6813	6818	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	209401019
77	NC_011352	TTG	2	6	6983	6988	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	209401019
78	NC_011352	GCG	2	6	7036	7041	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	209401019
79	NC_011352	GAA	2	6	7044	7049	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	209401019
80	NC_011352	GAA	2	6	7122	7127	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	209401019
81	NC_011352	GAA	2	6	7150	7155	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	209401019
82	NC_011352	TGG	2	6	7216	7221	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	209401020
83	NC_011352	TGA	2	6	7234	7239	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209401020
84	NC_011352	AAC	2	6	7350	7355	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	209401020
85	NC_011352	TGA	2	6	7411	7416	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209401020
86	NC_011352	CGA	2	6	7437	7442	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209401020
87	NC_011352	GAC	2	6	7456	7461	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209401020
88	NC_011352	CGG	2	6	7481	7486	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	209401020
89	NC_011352	ACC	2	6	7506	7511	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	209401020
90	NC_011352	GAC	2	6	7588	7593	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209401020
91	NC_011352	AGG	2	6	7800	7805	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	209401020
92	NC_011352	GTA	2	6	7892	7897	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209401021
93	NC_011352	AAG	2	6	8152	8157	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	209401021
94	NC_011352	AGA	2	6	8210	8215	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	209401021
95	NC_011352	GAC	2	6	8335	8340	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209401021
96	NC_011352	CAG	2	6	8493	8498	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209401021
97	NC_011352	GAC	2	6	8512	8517	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209401021
98	NC_011352	GTT	2	6	8632	8637	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	209401021
99	NC_011352	AAC	2	6	8661	8666	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	209401021
100	NC_011352	AGA	2	6	8678	8683	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	209401021
101	NC_011352	ATT	2	6	8719	8724	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	209401021
102	NC_011352	GAA	2	6	8830	8835	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	209401021
103	NC_011352	TGA	2	6	8847	8852	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209401021
104	NC_011352	TGA	2	6	8958	8963	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209401021
105	NC_011352	GTG	2	6	8990	8995	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	209401021
106	NC_011352	CTA	2	6	9120	9125	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	209401021
107	NC_011352	TGA	2	6	9327	9332	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209401021
108	NC_011352	GCC	2	6	9361	9366	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	209401021
109	NC_011352	CCA	2	6	9375	9380	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	209401021
110	NC_011352	ATT	2	6	9490	9495	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	209401021
111	NC_011352	TGA	2	6	9543	9548	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209401021
112	NC_011352	CGT	2	6	9604	9609	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	209401021
113	NC_011352	TGA	2	6	9626	9631	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209401021
114	NC_011352	GAA	3	9	9673	9681	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	209401021
115	NC_011352	AAC	2	6	9737	9742	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	209401021
116	NC_011352	GTT	2	6	10007	10012	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	209401022
117	NC_011352	ATG	2	6	10221	10226	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209401022
118	NC_011352	CTA	2	6	10298	10303	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	209401022
119	NC_011352	AAG	2	6	10314	10319	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	209401022
120	NC_011352	TGA	2	6	10336	10341	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209401022
121	NC_011352	ACA	2	6	10348	10353	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	209401022
122	NC_011352	CGT	2	6	10368	10373	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	209401022
123	NC_011352	AAC	2	6	10464	10469	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	209401022
124	NC_011352	GTT	2	6	10760	10765	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	209401022
125	NC_011352	ACG	2	6	10913	10918	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209401022
126	NC_011352	AAG	2	6	11087	11092	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	209401022
127	NC_011352	GAT	2	6	11096	11101	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209401022
128	NC_011352	CAA	2	6	11104	11109	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	209401022
129	NC_011352	TGA	2	6	11113	11118	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209401022
130	NC_011352	AAG	2	6	11141	11146	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	209401022
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254	NC_011352	AAG	2	6	20673	20678	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	209401034
255	NC_011352	TAA	2	6	20728	20733	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	209401034
256	NC_011352	CAA	3	9	20750	20758	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	209401034
257	NC_011352	CAA	2	6	20780	20785	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	209401034
258	NC_011352	CAT	2	6	20819	20824	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	209401034
259	NC_011352	AAC	2	6	20886	20891	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	209401034
260	NC_011352	ATT	3	9	21387	21395	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	209401035
261	NC_011352	GCA	2	6	21437	21442	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209401035
262	NC_011352	TGA	2	6	21443	21448	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209401035
263	NC_011352	GGA	2	6	21486	21491	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	209401035
264	NC_011352	TAC	2	6	21560	21565	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	209401035
265	NC_011352	TAA	2	6	21572	21577	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	209401035
266	NC_011352	GTG	2	6	21580	21585	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	209401035
267	NC_011352	TGG	2	6	21622	21627	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	209401035
268	NC_011352	TGA	2	6	21629	21634	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209401035
269	NC_011352	AAG	2	6	21717	21722	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	209401035
270	NC_011352	AAG	2	6	21817	21822	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	209401035
271	NC_011352	GAA	2	6	21833	21838	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	209401035
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275	NC_011352	AGT	2	6	22152	22157	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209401035
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279	NC_011352	TAT	2	6	22307	22312	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	209401035
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283	NC_011352	AAG	2	6	23638	23643	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	209401037
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285	NC_011352	AAG	2	6	23767	23772	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	209401037
286	NC_011352	ATT	2	6	23773	23778	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	209401037
287	NC_011352	TAT	2	6	23779	23784	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	209401037
288	NC_011352	TGA	2	6	23789	23794	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209401037
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373	NC_011352	AGC	2	6	31778	31783	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209401045
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378	NC_011352	CTT	2	6	32351	32356	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	209401046
379	NC_011352	AAT	2	6	32597	32602	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	209401046
380	NC_011352	CCT	2	6	33072	33077	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	209401047
381	NC_011352	CGA	2	6	33114	33119	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209401047
382	NC_011352	GAG	2	6	33209	33214	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	209401047
383	NC_011352	GGT	2	6	33262	33267	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	209401047
384	NC_011352	AGA	2	6	33290	33295	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	209401047
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386	NC_011352	GGA	2	6	33544	33549	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	209401047
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392	NC_011352	AAT	2	6	34161	34166	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	209401049
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409	NC_011352	AAT	2	6	35226	35231	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	209401050
410	NC_011352	AAT	2	6	35296	35301	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	209401050
411	NC_011352	AAG	2	6	35408	35413	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	209401051
412	NC_011352	ATT	2	6	35605	35610	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	209401052

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.