MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Aliivibrio salmonicida LFI1238 plasmid pVSAL320

Total Repeats: 88

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011314	TGGT	2	8	1508	1515	0 %	50 %	50 %	0 %	209967947
2	NC_011314	ACCA	2	8	1703	1710	50 %	0 %	0 %	50 %	209967947
3	NC_011314	CAAT	2	8	1768	1775	50 %	25 %	0 %	25 %	209967947
4	NC_011314	TCAA	2	8	2323	2330	50 %	25 %	0 %	25 %	209967948
5	NC_011314	AAAT	2	8	2657	2664	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_011314	AATT	2	8	2707	2714	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_011314	TCAC	2	8	2747	2754	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
8	NC_011314	GCTT	2	8	3123	3130	0 %	50 %	25 %	25 %	209967950
9	NC_011314	AACA	2	8	3785	3792	75 %	0 %	0 %	25 %	209967950
10	NC_011314	GATA	2	8	3920	3927	50 %	25 %	25 %	0 %	209967950
11	NC_011314	CATT	2	8	4573	4580	25 %	50 %	0 %	25 %	209967952
12	NC_011314	TAAT	2	8	5076	5083	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_011314	TAAT	2	8	5134	5141	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_011314	AATT	2	8	5590	5597	50 %	50 %	0 %	0 %	209967954
15	NC_011314	TCTT	2	8	5813	5820	0 %	75 %	0 %	25 %	209967954
16	NC_011314	GCTC	2	8	5874	5881	0 %	25 %	25 %	50 %	209967954
17	NC_011314	ATAC	2	8	6372	6379	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
18	NC_011314	CTGG	2	8	7105	7112	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
19	NC_011314	ATTT	2	8	7211	7218	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_011314	ATAC	2	8	8911	8918	50 %	25 %	0 %	25 %	209967957
21	NC_011314	ATTT	2	8	9281	9288	25 %	75 %	0 %	0 %	209967957
22	NC_011314	GAAA	2	8	9623	9630	75 %	0 %	25 %	0 %	209967958
23	NC_011314	ACTA	2	8	9688	9695	50 %	25 %	0 %	25 %	209967958
24	NC_011314	GATT	2	8	9906	9913	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
25	NC_011314	CTCA	2	8	10251	10258	25 %	25 %	0 %	50 %	209967959
26	NC_011314	AGCA	2	8	10417	10424	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
27	NC_011314	TGAG	2	8	10463	10470	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
28	NC_011314	ACTT	2	8	10954	10961	25 %	50 %	0 %	25 %	209967960
29	NC_011314	TTTC	2	8	11131	11138	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
30	NC_011314	TAAA	2	8	11799	11806	75 %	25 %	0 %	0 %	209967961
31	NC_011314	TCAG	2	8	12610	12617	25 %	25 %	25 %	25 %	209967961
32	NC_011314	TTCT	2	8	12829	12836	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
33	NC_011314	ATCC	2	8	12852	12859	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
34	NC_011314	CGCA	2	8	13106	13113	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
35	NC_011314	AATT	2	8	13312	13319	50 %	50 %	0 %	0 %	209967962
36	NC_011314	TGAA	2	8	13390	13397	50 %	25 %	25 %	0 %	209967962
37	NC_011314	CTTT	2	8	13583	13590	0 %	75 %	0 %	25 %	209967962
38	NC_011314	GCTT	2	8	13766	13773	0 %	50 %	25 %	25 %	209967962
39	NC_011314	TAAA	2	8	14533	14540	75 %	25 %	0 %	0 %	209967963
40	NC_011314	TTCA	2	8	14826	14833	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
41	NC_011314	ATCA	2	8	15001	15008	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
42	NC_011314	GACG	2	8	15238	15245	25 %	0 %	50 %	25 %	209967964
43	NC_011314	ATAA	2	8	15509	15516	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_011314	ATCA	2	8	15985	15992	50 %	25 %	0 %	25 %	209967965
45	NC_011314	AGAA	3	12	16068	16079	75 %	0 %	25 %	0 %	209967965
46	NC_011314	AATG	2	8	16269	16276	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_011314	ATCT	2	8	16799	16806	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
48	NC_011314	CCCA	2	8	17481	17488	25 %	0 %	0 %	75 %	209967967
49	NC_011314	CAGT	2	8	17512	17519	25 %	25 %	25 %	25 %	209967967
50	NC_011314	TTTA	2	8	17735	17742	25 %	75 %	0 %	0 %	209967967
51	NC_011314	ATCT	2	8	17764	17771	25 %	50 %	0 %	25 %	209967967
52	NC_011314	TGAT	2	8	17909	17916	25 %	50 %	25 %	0 %	209967967
53	NC_011314	TGGA	2	8	18476	18483	25 %	25 %	50 %	0 %	209967967
54	NC_011314	CAAA	2	8	19467	19474	75 %	0 %	0 %	25 %	209967967
55	NC_011314	CTAT	2	8	19722	19729	25 %	50 %	0 %	25 %	209967967
56	NC_011314	ATCC	2	8	19788	19795	25 %	25 %	0 %	50 %	209967967
57	NC_011314	CGAT	2	8	20210	20217	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
58	NC_011314	AAAT	2	8	20599	20606	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_011314	AGCA	2	8	20791	20798	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
60	NC_011314	GTTA	2	8	20897	20904	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
61	NC_011314	TAAA	2	8	20928	20935	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_011314	CTGA	2	8	21133	21140	25 %	25 %	25 %	25 %	209967968
63	NC_011314	CTGT	2	8	21444	21451	0 %	50 %	25 %	25 %	209967968
64	NC_011314	AATA	2	8	22398	22405	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_011314	TACA	2	8	22733	22740	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
66	NC_011314	CAAT	2	8	23536	23543	50 %	25 %	0 %	25 %	209967969
67	NC_011314	TGCA	2	8	23647	23654	25 %	25 %	25 %	25 %	209967969
68	NC_011314	TTTA	2	8	24190	24197	25 %	75 %	0 %	0 %	209967970
69	NC_011314	GCTA	2	8	24259	24266	25 %	25 %	25 %	25 %	209967970
70	NC_011314	GTTA	2	8	24523	24530	25 %	50 %	25 %	0 %	209967970
71	NC_011314	ATTT	2	8	24566	24573	25 %	75 %	0 %	0 %	209967970
72	NC_011314	TTGG	2	8	24714	24721	0 %	50 %	50 %	0 %	209967970
73	NC_011314	GTGG	2	8	24936	24943	0 %	25 %	75 %	0 %	209967970
74	NC_011314	AGCG	2	8	25299	25306	25 %	0 %	50 %	25 %	209967971
75	NC_011314	CTTT	2	8	25736	25743	0 %	75 %	0 %	25 %	209967972
76	NC_011314	TTGC	2	8	26103	26110	0 %	50 %	25 %	25 %	209967972
77	NC_011314	TTAC	2	8	26337	26344	25 %	50 %	0 %	25 %	209967972
78	NC_011314	ATCT	2	8	26431	26438	25 %	50 %	0 %	25 %	209967972
79	NC_011314	ATTA	2	8	26941	26948	50 %	50 %	0 %	0 %	209967972
80	NC_011314	TTAT	2	8	27160	27167	25 %	75 %	0 %	0 %	209967973
81	NC_011314	GATT	2	8	27195	27202	25 %	50 %	25 %	0 %	209967973
82	NC_011314	ACGG	2	8	27582	27589	25 %	0 %	50 %	25 %	209967973
83	NC_011314	TTTG	2	8	27730	27737	0 %	75 %	25 %	0 %	209967973
84	NC_011314	AATA	2	8	28000	28007	75 %	25 %	0 %	0 %	209967973
85	NC_011314	TAAC	2	8	28365	28372	50 %	25 %	0 %	25 %	209967973
86	NC_011314	CAGC	2	8	28880	28887	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
87	NC_011314	TAAA	2	8	29364	29371	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_011314	TCAG	2	8	30574	30581	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.