MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Aliivibrio salmonicida LFI1238 plasmid pVSAL320

Total Repeats: 285

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011314	ACT	2	6	413	418	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	209967946
2	NC_011314	TCA	2	6	448	453	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	209967946
3	NC_011314	AGT	3	9	468	476	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209967946
4	NC_011314	ATT	2	6	525	530	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	209967946
5	NC_011314	ATT	2	6	576	581	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	209967946
6	NC_011314	GAA	2	6	582	587	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	209967946
7	NC_011314	TTA	2	6	592	597	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	209967946
8	NC_011314	ATT	2	6	622	627	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	209967946
9	NC_011314	TAT	2	6	641	646	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	209967946
10	NC_011314	TCA	2	6	661	666	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	209967946
11	NC_011314	TTA	2	6	709	714	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	209967946
12	NC_011314	GTT	2	6	736	741	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	209967946
13	NC_011314	AAT	2	6	864	869	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	209967946
14	NC_011314	AAT	3	9	966	974	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	209967946
15	NC_011314	GGT	2	6	1071	1076	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	209967946
16	NC_011314	ATG	2	6	1633	1638	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209967947
17	NC_011314	CAT	2	6	1731	1736	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	209967947
18	NC_011314	ATG	2	6	1738	1743	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209967947
19	NC_011314	ATG	2	6	1779	1784	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209967947
20	NC_011314	GGC	2	6	1796	1801	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	209967947
21	NC_011314	GGA	2	6	2125	2130	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	209967948
22	NC_011314	ATC	2	6	2151	2156	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	209967948
23	NC_011314	AGG	2	6	2217	2222	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	209967948
24	NC_011314	AAC	2	6	2480	2485	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	209967949
25	NC_011314	TTC	2	6	2488	2493	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	209967949
26	NC_011314	AAG	2	6	2521	2526	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	209967949
27	NC_011314	CAT	2	6	2613	2618	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	209967949
28	NC_011314	CTT	2	6	3106	3111	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	209967950
29	NC_011314	GTC	2	6	3167	3172	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	209967950
30	NC_011314	AAC	2	6	3384	3389	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	209967950
31	NC_011314	CAA	2	6	3431	3436	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	209967950
32	NC_011314	ATC	2	6	3494	3499	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	209967950
33	NC_011314	TGT	2	6	3567	3572	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	209967950
34	NC_011314	AAG	2	6	3581	3586	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	209967950
35	NC_011314	ACA	2	6	3711	3716	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	209967950
36	NC_011314	TAG	2	6	3952	3957	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209967950
37	NC_011314	CTG	2	6	4128	4133	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	209967951
38	NC_011314	CAC	2	6	4197	4202	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	209967951
39	NC_011314	TAC	2	6	4212	4217	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	209967951
40	NC_011314	TGG	2	6	4255	4260	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	209967951
41	NC_011314	TAT	2	6	4275	4280	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	209967951
42	NC_011314	CAA	2	6	4348	4353	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	209967952
43	NC_011314	TTA	2	6	4380	4385	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	209967952
44	NC_011314	ATT	2	6	4508	4513	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	209967952
45	NC_011314	ATC	2	6	4616	4621	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	209967952
46	NC_011314	TGA	2	6	4652	4657	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209967952
47	NC_011314	GGC	2	6	4696	4701	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	209967952
48	NC_011314	TGT	2	6	4769	4774	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	209967952
49	NC_011314	TTG	2	6	4777	4782	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	209967952
50	NC_011314	TCT	2	6	4802	4807	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	209967952
51	NC_011314	TGC	3	9	4830	4838	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	209967952
52	NC_011314	TAT	2	6	4870	4875	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	209967952
53	NC_011314	CTC	2	6	4921	4926	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	209967952
54	NC_011314	ATA	2	6	4953	4958	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	209967952
55	NC_011314	ATT	2	6	4968	4973	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	209967952
56	NC_011314	AAT	2	6	5217	5222	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	209967953
57	NC_011314	TCA	2	6	5283	5288	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	209967953
58	NC_011314	GCA	2	6	5424	5429	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209967954
59	NC_011314	TAA	2	6	5499	5504	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	209967954
60	NC_011314	CCA	2	6	5508	5513	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	209967954
61	NC_011314	ATG	2	6	5531	5536	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209967954
62	NC_011314	TCA	2	6	5570	5575	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	209967954
63	NC_011314	ATA	2	6	5612	5617	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	209967954
64	NC_011314	ATG	2	6	5822	5827	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209967954
65	NC_011314	CTT	2	6	5884	5889	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	209967954
66	NC_011314	CAT	2	6	6426	6431	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	209967955
67	NC_011314	TTC	2	6	6439	6444	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	209967955
68	NC_011314	GCT	2	6	6458	6463	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	209967955
69	NC_011314	TTG	2	6	6568	6573	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	209967955
70	NC_011314	ATA	2	6	6632	6637	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	209967955
71	NC_011314	ATT	2	6	6701	6706	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	209967955
72	NC_011314	CAG	2	6	7531	7536	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209967956
73	NC_011314	ATT	2	6	7553	7558	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	209967956
74	NC_011314	CTT	2	6	7579	7584	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	209967956
75	NC_011314	AAT	2	6	7661	7666	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	209967956
76	NC_011314	CTT	2	6	7759	7764	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	209967956
77	NC_011314	TCT	2	6	7881	7886	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	209967956
78	NC_011314	CCA	2	6	7944	7949	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	209967956
79	NC_011314	GTC	2	6	7996	8001	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	209967956
80	NC_011314	ATT	2	6	8012	8017	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	209967956
81	NC_011314	TTC	2	6	8075	8080	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	209967956
82	NC_011314	GGC	2	6	8109	8114	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	209967956
83	NC_011314	GCA	2	6	8137	8142	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209967956
84	NC_011314	ACG	2	6	8144	8149	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209967956
85	NC_011314	CTT	2	6	8183	8188	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	209967956
86	NC_011314	TCA	2	6	8196	8201	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	209967956
87	NC_011314	CAA	2	6	8203	8208	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	209967956
88	NC_011314	CAT	2	6	8269	8274	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	209967956
89	NC_011314	TCA	2	6	8332	8337	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	209967956
90	NC_011314	AAT	2	6	8780	8785	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	209967957
91	NC_011314	ATC	2	6	8792	8797	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	209967957
92	NC_011314	ATC	2	6	8897	8902	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	209967957
93	NC_011314	AAT	2	6	8930	8935	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	209967957
94	NC_011314	TAA	2	6	9085	9090	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	209967957
95	NC_011314	CAG	2	6	9100	9105	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209967957
96	NC_011314	TAC	2	6	9134	9139	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	209967957
97	NC_011314	ATC	2	6	9152	9157	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	209967957
98	NC_011314	ATA	2	6	9214	9219	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	209967957
99	NC_011314	TTG	2	6	9352	9357	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	209967957
100	NC_011314	CAA	2	6	9680	9685	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	209967958
101	NC_011314	TGA	2	6	10219	10224	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209967959
102	NC_011314	AGC	2	6	10537	10542	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209967960
103	NC_011314	TGA	2	6	10772	10777	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209967960
104	NC_011314	TTC	2	6	10874	10879	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	209967960
105	NC_011314	TAA	2	6	10892	10897	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	209967960
106	NC_011314	GCA	2	6	10905	10910	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209967960
107	NC_011314	ATT	2	6	11002	11007	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	209967960
108	NC_011314	CCA	2	6	11059	11064	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	209967960
109	NC_011314	TTG	2	6	11599	11604	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	209967961
110	NC_011314	CAA	2	6	11705	11710	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	209967961
111	NC_011314	TGC	2	6	11818	11823	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	209967961
112	NC_011314	CTG	2	6	11831	11836	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	209967961
113	NC_011314	TTG	2	6	12007	12012	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	209967961
114	NC_011314	TTA	2	6	12046	12051	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	209967961
115	NC_011314	GAA	2	6	12071	12076	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	209967961
116	NC_011314	TAA	2	6	12091	12096	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	209967961
117	NC_011314	TCG	2	6	12133	12138	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	209967961
118	NC_011314	AAT	2	6	12167	12172	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	209967961
119	NC_011314	CGA	2	6	12180	12185	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209967961
120	NC_011314	ATT	2	6	12273	12278	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	209967961
121	NC_011314	AAC	2	6	12295	12300	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	209967961
122	NC_011314	AGA	2	6	12322	12327	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	209967961
123	NC_011314	GAT	2	6	12328	12333	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209967961
124	NC_011314	TAG	2	6	12342	12347	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209967961
125	NC_011314	GAT	2	6	12373	12378	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209967961
126	NC_011314	TAC	2	6	12383	12388	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	209967961
127	NC_011314	GTC	2	6	12543	12548	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	209967961
128	NC_011314	GCA	2	6	12626	12631	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209967961
129	NC_011314	TAA	2	6	12632	12637	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	209967961
130	NC_011314	ATT	2	6	13213	13218	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	209967962
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.