MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Aliivibrio salmonicida LFI1238 plasmid pVSAL840

Total Repeats: 69

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011311	TCTTT	2	10	1643	1652	0 %	80 %	0 %	20 %	215778355
2	NC_011311	TTGCC	2	10	1860	1869	0 %	40 %	20 %	40 %	215778355
3	NC_011311	CAACA	2	10	3942	3951	60 %	0 %	0 %	40 %	215778357
4	NC_011311	TCAAC	2	10	4319	4328	40 %	20 %	0 %	40 %	215778358
5	NC_011311	GATGC	2	10	6693	6702	20 %	20 %	40 %	20 %	215778358
6	NC_011311	GTCTT	2	10	7848	7857	0 %	60 %	20 %	20 %	215778361
7	NC_011311	TGGAT	2	10	8862	8871	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
8	NC_011311	TGCCG	2	10	9698	9707	0 %	20 %	40 %	40 %	215778362
9	NC_011311	CCAAG	2	10	9937	9946	40 %	0 %	20 %	40 %	215778363
10	NC_011311	ATGGA	2	10	10483	10492	40 %	20 %	40 %	0 %	215778363
11	NC_011311	TGCGT	2	10	12873	12882	0 %	40 %	40 %	20 %	215778365
12	NC_011311	TCAAA	2	10	13915	13924	60 %	20 %	0 %	20 %	215778367
13	NC_011311	GCAAA	2	10	14467	14476	60 %	0 %	20 %	20 %	215778367
14	NC_011311	CAAAA	2	10	15826	15835	80 %	0 %	0 %	20 %	215778368
15	NC_011311	AAGAA	2	10	17918	17927	80 %	0 %	20 %	0 %	215778369
16	NC_011311	TTTGA	2	10	20842	20851	20 %	60 %	20 %	0 %	215778371
17	NC_011311	TTGGT	2	10	21035	21044	0 %	60 %	40 %	0 %	215778371
18	NC_011311	ACCCA	2	10	21844	21853	40 %	0 %	0 %	60 %	215778371
19	NC_011311	CACTC	2	10	22083	22092	20 %	20 %	0 %	60 %	215778371
20	NC_011311	AAACC	2	10	23541	23550	60 %	0 %	0 %	40 %	215778371
21	NC_011311	AGAGC	2	10	24585	24594	40 %	0 %	40 %	20 %	215778371
22	NC_011311	CAACA	2	10	25879	25888	60 %	0 %	0 %	40 %	215778371
23	NC_011311	TTGAG	2	10	29277	29286	20 %	40 %	40 %	0 %	215778375
24	NC_011311	TCATT	2	10	31050	31059	20 %	60 %	0 %	20 %	215778377
25	NC_011311	AAAGA	2	10	31912	31921	80 %	0 %	20 %	0 %	215778379
26	NC_011311	AAATA	2	10	32497	32506	80 %	20 %	0 %	0 %	215778381
27	NC_011311	CGACT	2	10	33148	33157	20 %	20 %	20 %	40 %	215778382
28	NC_011311	TGTAA	2	10	33566	33575	40 %	40 %	20 %	0 %	215778383
29	NC_011311	AGAAA	2	10	37895	37904	80 %	0 %	20 %	0 %	215778386
30	NC_011311	AATAA	2	10	38986	38995	80 %	20 %	0 %	0 %	215778387
31	NC_011311	GGGTA	2	10	40991	41000	20 %	20 %	60 %	0 %	215778388
32	NC_011311	ACTTT	2	10	41297	41306	20 %	60 %	0 %	20 %	215778388
33	NC_011311	TTTTC	2	10	41797	41806	0 %	80 %	0 %	20 %	215778389
34	NC_011311	CATAC	2	10	41898	41907	40 %	20 %	0 %	40 %	215778389
35	NC_011311	TTTTA	2	10	42752	42761	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_011311	TAATT	2	10	42944	42953	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_011311	ACTGT	2	10	43912	43921	20 %	40 %	20 %	20 %	215778390
38	NC_011311	TAGTC	2	10	46550	46559	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
39	NC_011311	ATCGC	2	10	47374	47383	20 %	20 %	20 %	40 %	215778394
40	NC_011311	TTTCA	2	10	49639	49648	20 %	60 %	0 %	20 %	215778396
41	NC_011311	TCATT	2	10	49786	49795	20 %	60 %	0 %	20 %	215778396
42	NC_011311	TTTAT	2	10	49913	49922	20 %	80 %	0 %	0 %	215778396
43	NC_011311	CACAG	2	10	50452	50461	40 %	0 %	20 %	40 %	215778396
44	NC_011311	AAGAA	2	10	50703	50712	80 %	0 %	20 %	0 %	215778396
45	NC_011311	ATGAA	2	10	50904	50913	60 %	20 %	20 %	0 %	215778396
46	NC_011311	ATATG	2	10	54166	54175	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_011311	TAGTC	2	10	55017	55026	20 %	40 %	20 %	20 %	215778400
48	NC_011311	TAAAG	2	10	55419	55428	60 %	20 %	20 %	0 %	215778400
49	NC_011311	TAACA	2	10	56696	56705	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
50	NC_011311	TATGA	2	10	58447	58456	40 %	40 %	20 %	0 %	215778403
51	NC_011311	TTATC	2	10	58556	58565	20 %	60 %	0 %	20 %	215778403
52	NC_011311	AATTC	2	10	59804	59813	40 %	40 %	0 %	20 %	215778405
53	NC_011311	TGATC	2	10	60511	60520	20 %	40 %	20 %	20 %	215778405
54	NC_011311	AAAAT	2	10	62289	62298	80 %	20 %	0 %	0 %	215778406
55	NC_011311	CAGAA	2	10	63261	63270	60 %	0 %	20 %	20 %	215778406
56	NC_011311	CATGA	2	10	63527	63536	40 %	20 %	20 %	20 %	215778406
57	NC_011311	AAGAA	2	10	64519	64528	80 %	0 %	20 %	0 %	215778406
58	NC_011311	TACTT	2	10	64896	64905	20 %	60 %	0 %	20 %	215778407
59	NC_011311	TGATT	2	10	67279	67288	20 %	60 %	20 %	0 %	215778407
60	NC_011311	TAAAT	2	10	67778	67787	60 %	40 %	0 %	0 %	215778408
61	NC_011311	AAATA	2	10	68308	68317	80 %	20 %	0 %	0 %	215778408
62	NC_011311	TTCTT	2	10	68426	68435	0 %	80 %	0 %	20 %	215778408
63	NC_011311	GAAAT	2	10	69704	69713	60 %	20 %	20 %	0 %	215778409
64	NC_011311	CATTT	2	10	71063	71072	20 %	60 %	0 %	20 %	215778410
65	NC_011311	TTCCA	2	10	71163	71172	20 %	40 %	0 %	40 %	215778411
66	NC_011311	CTTTT	2	10	75528	75537	0 %	80 %	0 %	20 %	215778415
67	NC_011311	ATGCA	2	10	79935	79944	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
68	NC_011311	AATCA	2	10	81357	81366	60 %	20 %	0 %	20 %	215778421
69	NC_011311	TATAT	2	10	83021	83030	40 %	60 %	0 %	0 %	215778422

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.