MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Repeats of Aliivibrio salmonicida LFI1238 plasmid pVSAL840

Total Repeats: 144

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011311	AT	3	6	169	174	50 %	50 %	0 %	0 %	215778351
2	NC_011311	TC	3	6	578	583	0 %	50 %	0 %	50 %	215778352
3	NC_011311	GT	3	6	1989	1994	0 %	50 %	50 %	0 %	215778355
4	NC_011311	AG	3	6	2699	2704	50 %	0 %	50 %	0 %	215778356
5	NC_011311	CT	3	6	5172	5177	0 %	50 %	0 %	50 %	215778358
6	NC_011311	TC	3	6	5327	5332	0 %	50 %	0 %	50 %	215778358
7	NC_011311	AG	3	6	5960	5965	50 %	0 %	50 %	0 %	215778358
8	NC_011311	CT	3	6	6225	6230	0 %	50 %	0 %	50 %	215778358
9	NC_011311	CA	3	6	6877	6882	50 %	0 %	0 %	50 %	215778359
10	NC_011311	GT	3	6	7763	7768	0 %	50 %	50 %	0 %	215778361
11	NC_011311	TG	3	6	8508	8513	0 %	50 %	50 %	0 %	215778361
12	NC_011311	GC	3	6	9205	9210	0 %	0 %	50 %	50 %	215778362
13	NC_011311	AG	3	6	9283	9288	50 %	0 %	50 %	0 %	215778362
14	NC_011311	CT	5	10	9827	9836	0 %	50 %	0 %	50 %	215778363
15	NC_011311	CT	3	6	9857	9862	0 %	50 %	0 %	50 %	215778363
16	NC_011311	AG	3	6	10045	10050	50 %	0 %	50 %	0 %	215778363
17	NC_011311	AG	3	6	12109	12114	50 %	0 %	50 %	0 %	215778364
18	NC_011311	TC	3	6	12430	12435	0 %	50 %	0 %	50 %	215778365
19	NC_011311	GC	3	6	12781	12786	0 %	0 %	50 %	50 %	215778365
20	NC_011311	TC	3	6	13309	13314	0 %	50 %	0 %	50 %	215778366
21	NC_011311	CA	3	6	14068	14073	50 %	0 %	0 %	50 %	215778367
22	NC_011311	AC	3	6	14160	14165	50 %	0 %	0 %	50 %	215778367
23	NC_011311	CA	3	6	14193	14198	50 %	0 %	0 %	50 %	215778367
24	NC_011311	TC	3	6	14233	14238	0 %	50 %	0 %	50 %	215778367
25	NC_011311	CT	3	6	14273	14278	0 %	50 %	0 %	50 %	215778367
26	NC_011311	CT	3	6	15352	15357	0 %	50 %	0 %	50 %	215778368
27	NC_011311	AG	3	6	15373	15378	50 %	0 %	50 %	0 %	215778368
28	NC_011311	CT	3	6	16066	16071	0 %	50 %	0 %	50 %	215778368
29	NC_011311	CT	3	6	16162	16167	0 %	50 %	0 %	50 %	215778368
30	NC_011311	GA	3	6	18195	18200	50 %	0 %	50 %	0 %	215778369
31	NC_011311	TC	3	6	19495	19500	0 %	50 %	0 %	50 %	215778370
32	NC_011311	TC	3	6	19905	19910	0 %	50 %	0 %	50 %	215778370
33	NC_011311	AC	3	6	21436	21441	50 %	0 %	0 %	50 %	215778371
34	NC_011311	TC	3	6	22040	22045	0 %	50 %	0 %	50 %	215778371
35	NC_011311	AC	3	6	22251	22256	50 %	0 %	0 %	50 %	215778371
36	NC_011311	AG	3	6	22912	22917	50 %	0 %	50 %	0 %	215778371
37	NC_011311	CT	3	6	23449	23454	0 %	50 %	0 %	50 %	215778371
38	NC_011311	AC	3	6	24431	24436	50 %	0 %	0 %	50 %	215778371
39	NC_011311	CG	4	8	25522	25529	0 %	0 %	50 %	50 %	215778371
40	NC_011311	TC	3	6	26454	26459	0 %	50 %	0 %	50 %	215778372
41	NC_011311	CT	3	6	26759	26764	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
42	NC_011311	GT	3	6	27164	27169	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
43	NC_011311	GA	3	6	27602	27607	50 %	0 %	50 %	0 %	215778373
44	NC_011311	AT	3	6	28629	28634	50 %	50 %	0 %	0 %	215778375
45	NC_011311	CT	3	6	28834	28839	0 %	50 %	0 %	50 %	215778375
46	NC_011311	GC	3	6	29024	29029	0 %	0 %	50 %	50 %	215778375
47	NC_011311	TC	3	6	29351	29356	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
48	NC_011311	GA	3	6	29934	29939	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
49	NC_011311	AC	3	6	30934	30939	50 %	0 %	0 %	50 %	215778377
50	NC_011311	AG	4	8	31275	31282	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
51	NC_011311	CA	3	6	31383	31388	50 %	0 %	0 %	50 %	215778378
52	NC_011311	AG	3	6	32341	32346	50 %	0 %	50 %	0 %	215778380
53	NC_011311	TC	3	6	32947	32952	0 %	50 %	0 %	50 %	215778382
54	NC_011311	TG	3	6	33539	33544	0 %	50 %	50 %	0 %	215778383
55	NC_011311	TA	3	6	34376	34381	50 %	50 %	0 %	0 %	215778384
56	NC_011311	AC	4	8	34443	34450	50 %	0 %	0 %	50 %	215778384
57	NC_011311	TG	3	6	35098	35103	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
58	NC_011311	AT	3	6	35597	35602	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_011311	CA	3	6	35795	35800	50 %	0 %	0 %	50 %	215778385
60	NC_011311	GT	4	8	37524	37531	0 %	50 %	50 %	0 %	215778386
61	NC_011311	TA	3	6	37644	37649	50 %	50 %	0 %	0 %	215778386
62	NC_011311	AT	3	6	38526	38531	50 %	50 %	0 %	0 %	215778386
63	NC_011311	GT	3	6	39385	39390	0 %	50 %	50 %	0 %	215778388
64	NC_011311	TG	3	6	39451	39456	0 %	50 %	50 %	0 %	215778388
65	NC_011311	GA	3	6	39458	39463	50 %	0 %	50 %	0 %	215778388
66	NC_011311	AG	3	6	40758	40763	50 %	0 %	50 %	0 %	215778388
67	NC_011311	GA	3	6	41415	41420	50 %	0 %	50 %	0 %	215778388
68	NC_011311	AG	3	6	41695	41700	50 %	0 %	50 %	0 %	215778389
69	NC_011311	AC	3	6	43049	43054	50 %	0 %	0 %	50 %	215778390
70	NC_011311	AG	3	6	43429	43434	50 %	0 %	50 %	0 %	215778390
71	NC_011311	AT	3	6	45205	45210	50 %	50 %	0 %	0 %	215778391
72	NC_011311	GA	3	6	46232	46237	50 %	0 %	50 %	0 %	215778392
73	NC_011311	TC	3	6	48451	48456	0 %	50 %	0 %	50 %	215778395
74	NC_011311	TA	3	6	49253	49258	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_011311	CT	3	6	49823	49828	0 %	50 %	0 %	50 %	215778396
76	NC_011311	TC	3	6	49950	49955	0 %	50 %	0 %	50 %	215778396
77	NC_011311	GA	3	6	50092	50097	50 %	0 %	50 %	0 %	215778396
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79	NC_011311	TG	3	6	50293	50298	0 %	50 %	50 %	0 %	215778396
80	NC_011311	TG	3	6	50545	50550	0 %	50 %	50 %	0 %	215778396
81	NC_011311	AG	3	6	52620	52625	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
82	NC_011311	AT	3	6	53318	53323	50 %	50 %	0 %	0 %	215778399
83	NC_011311	AC	3	6	53934	53939	50 %	0 %	0 %	50 %	215778399
84	NC_011311	GA	3	6	53993	53998	50 %	0 %	50 %	0 %	215778399
85	NC_011311	AT	3	6	54006	54011	50 %	50 %	0 %	0 %	215778399
86	NC_011311	AT	3	6	54288	54293	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_011311	TC	4	8	54486	54493	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
88	NC_011311	AT	3	6	54526	54531	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_011311	GC	3	6	55939	55944	0 %	0 %	50 %	50 %	215778400
90	NC_011311	AC	3	6	56023	56028	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
91	NC_011311	AT	5	10	56046	56055	50 %	50 %	0 %	0 %	215778401
92	NC_011311	AC	3	6	56126	56131	50 %	0 %	0 %	50 %	215778401
93	NC_011311	AT	3	6	56247	56252	50 %	50 %	0 %	0 %	215778401
94	NC_011311	TC	3	6	57109	57114	0 %	50 %	0 %	50 %	215778402
95	NC_011311	TC	3	6	57495	57500	0 %	50 %	0 %	50 %	215778402
96	NC_011311	AG	4	8	57872	57879	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
97	NC_011311	TA	3	6	58182	58187	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_011311	GA	3	6	58981	58986	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
99	NC_011311	TA	3	6	59594	59599	50 %	50 %	0 %	0 %	215778405
100	NC_011311	TA	4	8	60309	60316	50 %	50 %	0 %	0 %	215778405
101	NC_011311	TA	3	6	60839	60844	50 %	50 %	0 %	0 %	215778405
102	NC_011311	GA	3	6	61486	61491	50 %	0 %	50 %	0 %	215778405
103	NC_011311	TA	3	6	61601	61606	50 %	50 %	0 %	0 %	215778405
104	NC_011311	AT	3	6	61659	61664	50 %	50 %	0 %	0 %	215778405
105	NC_011311	AC	3	6	62217	62222	50 %	0 %	0 %	50 %	215778406
106	NC_011311	TA	3	6	62505	62510	50 %	50 %	0 %	0 %	215778406
107	NC_011311	TA	3	6	63567	63572	50 %	50 %	0 %	0 %	215778406
108	NC_011311	AT	3	6	64111	64116	50 %	50 %	0 %	0 %	215778406
109	NC_011311	AT	3	6	64595	64600	50 %	50 %	0 %	0 %	215778406
110	NC_011311	CA	4	8	65453	65460	50 %	0 %	0 %	50 %	215778407
111	NC_011311	GA	3	6	65838	65843	50 %	0 %	50 %	0 %	215778407
112	NC_011311	TC	3	6	66876	66881	0 %	50 %	0 %	50 %	215778407
113	NC_011311	TA	4	8	66980	66987	50 %	50 %	0 %	0 %	215778407
114	NC_011311	TA	4	8	67388	67395	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_011311	TA	3	6	67426	67431	50 %	50 %	0 %	0 %	215778408
116	NC_011311	AT	3	6	67658	67663	50 %	50 %	0 %	0 %	215778408
117	NC_011311	TA	4	8	67699	67706	50 %	50 %	0 %	0 %	215778408
118	NC_011311	AT	3	6	67942	67947	50 %	50 %	0 %	0 %	215778408
119	NC_011311	TA	3	6	68119	68124	50 %	50 %	0 %	0 %	215778408
120	NC_011311	AT	3	6	68170	68175	50 %	50 %	0 %	0 %	215778408
121	NC_011311	AT	3	6	68272	68277	50 %	50 %	0 %	0 %	215778408
122	NC_011311	TC	3	6	68337	68342	0 %	50 %	0 %	50 %	215778408
123	NC_011311	AT	3	6	69052	69057	50 %	50 %	0 %	0 %	215778408
124	NC_011311	GT	3	6	69559	69564	0 %	50 %	50 %	0 %	215778409
125	NC_011311	AC	3	6	70920	70925	50 %	0 %	0 %	50 %	215778410
126	NC_011311	GA	3	6	70974	70979	50 %	0 %	50 %	0 %	215778410
127	NC_011311	CT	3	6	71098	71103	0 %	50 %	0 %	50 %	215778411
128	NC_011311	CT	3	6	71624	71629	0 %	50 %	0 %	50 %	215778411
129	NC_011311	AC	3	6	71641	71646	50 %	0 %	0 %	50 %	215778411
130	NC_011311	AT	3	6	71729	71734	50 %	50 %	0 %	0 %	215778412
131	NC_011311	TC	3	6	72189	72194	0 %	50 %	0 %	50 %	215778412
132	NC_011311	AT	3	6	72310	72315	50 %	50 %	0 %	0 %	215778412
133	NC_011311	TC	3	6	72673	72678	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
134	NC_011311	AT	3	6	73548	73553	50 %	50 %	0 %	0 %	215778414
135	NC_011311	AG	3	6	74227	74232	50 %	0 %	50 %	0 %	215778414
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139	NC_011311	AT	3	6	76974	76979	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_011311	GA	3	6	78416	78421	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
141	NC_011311	AC	4	8	79037	79044	50 %	0 %	0 %	50 %	215778418
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144	NC_011311	TA	3	6	82708	82713	50 %	50 %	0 %	0 %	215778422

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.