MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Coprothermobacter proteolyticus DSM 5265 chromosome

Total Repeats: 317

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011295	ACTT	2	8	7895	7902	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
2	NC_011295	TTTG	2	8	23598	23605	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
3	NC_011295	GTTT	2	8	25856	25863	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_011295	ATTT	2	8	26105	26112	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_011295	GAGG	2	8	39574	39581	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
6	NC_011295	AAGG	2	8	41155	41162	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
7	NC_011295	TGCG	2	8	43189	43196	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
8	NC_011295	AGAA	2	8	45802	45809	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
9	NC_011295	TAAG	2	8	46736	46743	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
10	NC_011295	CCTA	2	8	47780	47787	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
11	NC_011295	GGTA	2	8	49478	49485	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
12	NC_011295	AGGA	2	8	52545	52552	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
13	NC_011295	TTAG	2	8	63632	63639	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_011295	GGAG	2	8	63735	63742	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
15	NC_011295	AGAA	2	8	67323	67330	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_011295	TTCT	2	8	73269	73276	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
17	NC_011295	ATTA	2	8	73321	73328	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_011295	TAAG	2	8	74586	74593	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_011295	AAAG	2	8	76828	76835	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_011295	AGCA	2	8	76875	76882	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
21	NC_011295	GAGG	2	8	77988	77995	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
22	NC_011295	TCAC	2	8	83570	83577	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
23	NC_011295	GTTG	2	8	83855	83862	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
24	NC_011295	AGTA	2	8	86760	86767	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
25	NC_011295	GAAA	2	8	87253	87260	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_011295	TTAG	2	8	87534	87541	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_011295	CCCG	2	8	89024	89031	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
28	NC_011295	CTGA	2	8	89523	89530	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
29	NC_011295	AGGC	2	8	91986	91993	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
30	NC_011295	GGAG	2	8	92014	92021	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
31	NC_011295	ATTT	3	12	94399	94410	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_011295	ATTA	2	8	104372	104379	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_011295	AAAT	2	8	110932	110939	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_011295	GTTT	2	8	112399	112406	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
35	NC_011295	TTGT	2	8	112424	112431	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_011295	CACG	2	8	115717	115724	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
37	NC_011295	ATGA	2	8	123578	123585	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
38	NC_011295	TGCT	2	8	139618	139625	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
39	NC_011295	GAAT	2	8	139673	139680	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_011295	CCTT	2	8	141564	141571	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
41	NC_011295	AAGA	2	8	142825	142832	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_011295	AAAG	2	8	157265	157272	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
43	NC_011295	TTTG	2	8	174530	174537	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
44	NC_011295	AAGC	2	8	189672	189679	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
45	NC_011295	CATG	2	8	201468	201475	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
46	NC_011295	TGAC	2	8	209127	209134	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
47	NC_011295	AAGT	2	8	209171	209178	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_011295	ACCC	2	8	209219	209226	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
49	NC_011295	GGCA	2	8	209263	209270	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
50	NC_011295	CATT	2	8	209293	209300	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
51	NC_011295	TTCT	2	8	250517	250524	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
52	NC_011295	ATGC	2	8	252294	252301	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
53	NC_011295	CAAA	2	8	253164	253171	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
54	NC_011295	TTTG	2	8	253184	253191	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
55	NC_011295	AAAG	2	8	253806	253813	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_011295	AGCC	2	8	265494	265501	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
57	NC_011295	TCAG	2	8	265520	265527	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
58	NC_011295	CTTA	2	8	265543	265550	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
59	NC_011295	ATCT	2	8	265775	265782	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
60	NC_011295	AGGG	2	8	278556	278563	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
61	NC_011295	TCCA	2	8	292604	292611	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
62	NC_011295	TCGA	2	8	305890	305897	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
63	NC_011295	CACC	2	8	329115	329122	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
64	NC_011295	CACC	2	8	333338	333345	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
65	NC_011295	GTAA	2	8	334601	334608	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
66	NC_011295	TTAG	2	8	334611	334618	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_011295	TTCC	2	8	339119	339126	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
68	NC_011295	TTTG	2	8	349669	349676	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
69	NC_011295	AAGG	2	8	377948	377955	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
70	NC_011295	TGTT	2	8	382998	383005	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
71	NC_011295	ATGC	2	8	383026	383033	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
72	NC_011295	TTTC	2	8	392242	392249	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
73	NC_011295	CTAT	2	8	396017	396024	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
74	NC_011295	AAGC	2	8	396212	396219	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
75	NC_011295	CTTA	3	12	410453	410464	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
76	NC_011295	TTGG	2	8	416045	416052	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
77	NC_011295	CTTT	2	8	416067	416074	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
78	NC_011295	GGAG	2	8	417138	417145	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
79	NC_011295	GAGG	2	8	419040	419047	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
80	NC_011295	TCCC	2	8	421680	421687	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
81	NC_011295	CTTG	2	8	421849	421856	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
82	NC_011295	ATTA	2	8	428112	428119	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_011295	GCAG	2	8	429150	429157	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
84	NC_011295	AAAT	2	8	429195	429202	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_011295	TAGG	2	8	429651	429658	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
86	NC_011295	TTGG	2	8	431245	431252	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
87	NC_011295	ATGT	2	8	437767	437774	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
88	NC_011295	TGGT	2	8	461347	461354	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
89	NC_011295	GTAT	2	8	465225	465232	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
90	NC_011295	AAGG	2	8	467719	467726	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
91	NC_011295	GCTG	2	8	493759	493766	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
92	NC_011295	TACC	2	8	493849	493856	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
93	NC_011295	GTTT	2	8	493875	493882	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
94	NC_011295	ATGG	2	8	499160	499167	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
95	NC_011295	TAAT	2	8	502863	502870	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_011295	TGGC	2	8	503651	503658	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
97	NC_011295	TGAT	2	8	507134	507141	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
98	NC_011295	AAAT	2	8	519534	519541	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_011295	ATGT	2	8	526659	526666	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
100	NC_011295	TGGT	2	8	537543	537550	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
101	NC_011295	TAAG	2	8	537575	537582	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
102	NC_011295	ATTG	2	8	537597	537604	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
103	NC_011295	AGCA	2	8	546144	546151	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
104	NC_011295	CCTT	2	8	561116	561123	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
105	NC_011295	GGGA	2	8	561278	561285	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
106	NC_011295	AAAC	2	8	562290	562297	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
107	NC_011295	AAAG	2	8	578023	578030	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
108	NC_011295	TTAG	2	8	590419	590426	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
109	NC_011295	TCCC	2	8	590509	590516	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
110	NC_011295	CCGC	2	8	594437	594444	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
111	NC_011295	CCGC	2	8	598835	598842	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
112	NC_011295	ACAA	2	8	608564	608571	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
113	NC_011295	TTTA	2	8	608583	608590	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_011295	AGCA	2	8	670883	670890	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
115	NC_011295	TTCT	2	8	673803	673810	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
116	NC_011295	ATTG	2	8	679948	679955	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
117	NC_011295	GCTT	2	8	683133	683140	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
118	NC_011295	AAGC	2	8	688322	688329	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
119	NC_011295	TGAG	2	8	704215	704222	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
120	NC_011295	CTTT	2	8	704239	704246	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
121	NC_011295	TAAC	2	8	726409	726416	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
122	NC_011295	ACGC	2	8	730184	730191	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
123	NC_011295	AGCC	2	8	730203	730210	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
124	NC_011295	CCGC	2	8	732034	732041	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
125	NC_011295	CTAA	2	8	742561	742568	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
126	NC_011295	TTCC	2	8	749707	749714	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
127	NC_011295	CACC	2	8	749716	749723	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
128	NC_011295	GAAA	2	8	774180	774187	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
129	NC_011295	ACTT	2	8	779468	779475	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
130	NC_011295	AGTG	2	8	780792	780799	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
131	NC_011295	CAGG	2	8	805046	805053	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
132	NC_011295	CTTG	2	8	805614	805621	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
133	NC_011295	GTTA	2	8	805779	805786	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
134	NC_011295	GCTT	2	8	805889	805896	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
135	NC_011295	GCAA	2	8	805898	805905	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
136	NC_011295	CTTG	2	8	807763	807770	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
137	NC_011295	TCAA	2	8	807937	807944	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
138	NC_011295	ATCA	2	8	849494	849501	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
139	NC_011295	GTAA	2	8	853521	853528	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
140	NC_011295	GGAG	2	8	856279	856286	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
141	NC_011295	ATCC	2	8	858328	858335	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
142	NC_011295	GAAT	2	8	858636	858643	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
143	NC_011295	GACG	2	8	880659	880666	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
144	NC_011295	CTCA	2	8	889873	889880	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
145	NC_011295	AAAG	2	8	920207	920214	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
146	NC_011295	TCAG	2	8	923638	923645	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
147	NC_011295	TGTT	2	8	926225	926232	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
148	NC_011295	TACT	2	8	926289	926296	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
149	NC_011295	TATT	2	8	927883	927890	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_011295	AAAC	2	8	929207	929214	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
151	NC_011295	GCAC	2	8	933967	933974	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
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295	NC_011295	GAAT	2	8	1360176	1360183	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
296	NC_011295	ACCA	2	8	1361130	1361137	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
297	NC_011295	GCTC	2	8	1367530	1367537	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
298	NC_011295	CCTG	2	8	1390108	1390115	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
299	NC_011295	ACCT	2	8	1392559	1392566	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
300	NC_011295	AGAA	2	8	1392625	1392632	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
301	NC_011295	TATT	2	8	1392661	1392668	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
302	NC_011295	GTTT	2	8	1394532	1394539	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
303	NC_011295	TGGC	2	8	1394723	1394730	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
304	NC_011295	ATTC	2	8	1395694	1395701	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
305	NC_011295	TGCA	2	8	1398614	1398621	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
306	NC_011295	TTTG	2	8	1398726	1398733	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
307	NC_011295	ATAG	2	8	1399031	1399038	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
308	NC_011295	AAAC	2	8	1399041	1399048	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
309	NC_011295	TTCT	2	8	1406269	1406276	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
310	NC_011295	TCTT	2	8	1406459	1406466	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
311	NC_011295	TCTT	2	8	1408272	1408279	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
312	NC_011295	TCCA	2	8	1412808	1412815	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
313	NC_011295	TAAC	2	8	1412887	1412894	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
314	NC_011295	AAAT	2	8	1412966	1412973	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
315	NC_011295	TAAT	2	8	1419866	1419873	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
316	NC_011295	ACTC	2	8	1422540	1422547	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
317	NC_011295	TGTT	2	8	1422647	1422654	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.