MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Borrelia recurrentis A1 plasmid pl53

Total Repeats: 226

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011260	ATTC	2	8	268	275	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
2	NC_011260	TCCT	2	8	326	333	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
3	NC_011260	AAAT	2	8	543	550	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_011260	ATTA	2	8	667	674	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_011260	GATT	2	8	675	682	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_011260	ATTT	3	12	844	855	25 %	75 %	0 %	0 %	203288437
7	NC_011260	TTTA	2	8	1540	1547	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_011260	ATAA	2	8	1580	1587	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_011260	TAAA	2	8	1678	1685	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_011260	GCTT	2	8	1990	1997	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
11	NC_011260	AATC	2	8	2308	2315	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
12	NC_011260	ATTA	2	8	2624	2631	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_011260	GTCA	2	8	3334	3341	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
14	NC_011260	CAAA	2	8	3739	3746	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
15	NC_011260	ATAA	2	8	3762	3769	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_011260	ACCT	2	8	4064	4071	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
17	NC_011260	AAAT	2	8	4092	4099	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_011260	TTTA	2	8	4164	4171	25 %	75 %	0 %	0 %	203288438
19	NC_011260	TTTA	2	8	4191	4198	25 %	75 %	0 %	0 %	203288438
20	NC_011260	TTTA	2	8	4716	4723	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_011260	CAAA	2	8	4957	4964	75 %	0 %	0 %	25 %	203288439
22	NC_011260	ATTA	2	8	5054	5061	50 %	50 %	0 %	0 %	203288439
23	NC_011260	CAAA	2	8	5066	5073	75 %	0 %	0 %	25 %	203288439
24	NC_011260	GTCA	2	8	5399	5406	25 %	25 %	25 %	25 %	203288439
25	NC_011260	ATAA	2	8	5738	5745	75 %	25 %	0 %	0 %	203288440
26	NC_011260	ATTT	2	8	5871	5878	25 %	75 %	0 %	0 %	203288440
27	NC_011260	ATTG	2	8	6309	6316	25 %	50 %	25 %	0 %	203288441
28	NC_011260	ATGA	2	8	6448	6455	50 %	25 %	25 %	0 %	203288441
29	NC_011260	TTTG	2	8	6881	6888	0 %	75 %	25 %	0 %	203288441
30	NC_011260	TTTG	2	8	7047	7054	0 %	75 %	25 %	0 %	203288442
31	NC_011260	AGGA	2	8	8289	8296	50 %	0 %	50 %	0 %	203288443
32	NC_011260	AAGG	2	8	8311	8318	50 %	0 %	50 %	0 %	203288443
33	NC_011260	GAAA	2	8	8445	8452	75 %	0 %	25 %	0 %	203288443
34	NC_011260	TTAA	2	8	8846	8853	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_011260	GAAG	2	8	9206	9213	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
36	NC_011260	TAAG	2	8	9271	9278	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_011260	ATCA	2	8	9584	9591	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
38	NC_011260	TTTC	2	8	9799	9806	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
39	NC_011260	TCTT	2	8	10120	10127	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
40	NC_011260	TATT	2	8	10145	10152	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_011260	ACAA	2	8	10185	10192	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
42	NC_011260	ATTA	2	8	10336	10343	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_011260	GATT	2	8	10344	10351	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
44	NC_011260	AATA	2	8	10413	10420	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_011260	TAGA	2	8	10500	10507	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
46	NC_011260	TATC	2	8	10624	10631	25 %	50 %	0 %	25 %	203288444
47	NC_011260	AATA	2	8	11136	11143	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_011260	ATTC	2	8	11796	11803	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
49	NC_011260	ATAA	2	8	12124	12131	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_011260	ATTT	2	8	12558	12565	25 %	75 %	0 %	0 %	203288445
51	NC_011260	TTAC	2	8	12799	12806	25 %	50 %	0 %	25 %	203288445
52	NC_011260	AATT	2	8	12939	12946	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_011260	AACA	2	8	13330	13337	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
54	NC_011260	ATTT	2	8	13404	13411	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_011260	AAAG	2	8	13437	13444	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_011260	ATTG	2	8	13543	13550	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
57	NC_011260	GTAA	2	8	13736	13743	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
58	NC_011260	GAAG	2	8	13771	13778	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
59	NC_011260	AAAG	2	8	13818	13825	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
60	NC_011260	AAAG	2	8	13992	13999	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
61	NC_011260	TGAA	2	8	14137	14144	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
62	NC_011260	AAAT	2	8	14472	14479	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_011260	ATAA	2	8	14500	14507	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_011260	AATG	2	8	14814	14821	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
65	NC_011260	CAAT	2	8	14877	14884	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
66	NC_011260	CATT	2	8	15139	15146	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
67	NC_011260	ATTA	2	8	15583	15590	50 %	50 %	0 %	0 %	203288446
68	NC_011260	ATCC	2	8	15938	15945	25 %	25 %	0 %	50 %	203288446
69	NC_011260	GCTA	2	8	16244	16251	25 %	25 %	25 %	25 %	203288447
70	NC_011260	TAAA	2	8	16582	16589	75 %	25 %	0 %	0 %	203288447
71	NC_011260	TTTC	2	8	16933	16940	0 %	75 %	0 %	25 %	203288448
72	NC_011260	AATC	2	8	17559	17566	50 %	25 %	0 %	25 %	203288449
73	NC_011260	TGTT	2	8	18181	18188	0 %	75 %	25 %	0 %	203288449
74	NC_011260	TATT	2	8	18524	18531	25 %	75 %	0 %	0 %	203288449
75	NC_011260	AGAT	2	8	18988	18995	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
76	NC_011260	ATTA	2	8	19000	19007	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_011260	GTCT	2	8	19248	19255	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
78	NC_011260	AATA	2	8	20251	20258	75 %	25 %	0 %	0 %	203288450
79	NC_011260	TATT	2	8	20343	20350	25 %	75 %	0 %	0 %	203288450
80	NC_011260	TGTT	2	8	20550	20557	0 %	75 %	25 %	0 %	203288450
81	NC_011260	ATCT	2	8	20650	20657	25 %	50 %	0 %	25 %	203288450
82	NC_011260	TAAA	2	8	20707	20714	75 %	25 %	0 %	0 %	203288450
83	NC_011260	TTCT	2	8	20764	20771	0 %	75 %	0 %	25 %	203288450
84	NC_011260	ATTT	2	8	20983	20990	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_011260	TTCT	2	8	21081	21088	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
86	NC_011260	TTTA	2	8	21209	21216	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_011260	CTTT	2	8	21247	21254	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
88	NC_011260	TTGT	2	8	21853	21860	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_011260	CTTT	2	8	21910	21917	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
90	NC_011260	ATCT	2	8	22032	22039	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
91	NC_011260	ATTA	2	8	22158	22165	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_011260	GGAA	2	8	22184	22191	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
93	NC_011260	TATT	2	8	22255	22262	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_011260	ATTT	2	8	22376	22383	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_011260	AATG	2	8	22716	22723	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
96	NC_011260	ATGT	2	8	22774	22781	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
97	NC_011260	TTTA	2	8	22975	22982	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_011260	AATA	2	8	23230	23237	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_011260	AATT	2	8	23266	23273	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_011260	TTAT	2	8	23331	23338	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_011260	AGAT	2	8	24600	24607	50 %	25 %	25 %	0 %	203288452
102	NC_011260	ATAA	2	8	24813	24820	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_011260	TAAT	2	8	24910	24917	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_011260	AAAG	2	8	25076	25083	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
105	NC_011260	AGAA	2	8	25093	25100	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
106	NC_011260	AATT	2	8	25563	25570	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_011260	CTAA	2	8	25577	25584	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
108	NC_011260	CTAG	2	8	25586	25593	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
109	NC_011260	GCTT	2	8	25792	25799	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
110	NC_011260	AGTA	2	8	26147	26154	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
111	NC_011260	AAAT	2	8	26259	26266	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_011260	TTTA	2	8	26314	26321	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_011260	AAGA	2	8	26413	26420	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
114	NC_011260	AACA	2	8	26452	26459	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
115	NC_011260	ATTC	2	8	26477	26484	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
116	NC_011260	GAAA	2	8	26929	26936	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
117	NC_011260	TGAT	2	8	27144	27151	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
118	NC_011260	CTTA	2	8	27455	27462	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
119	NC_011260	CTTC	2	8	27520	27527	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
120	NC_011260	AACA	2	8	27717	27724	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
121	NC_011260	TTAA	2	8	27884	27891	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_011260	ATTA	2	8	27894	27901	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_011260	CTTT	2	8	28284	28291	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
124	NC_011260	CCTT	2	8	28419	28426	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
125	NC_011260	TCCT	2	8	28441	28448	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
126	NC_011260	TCCT	2	8	28570	28577	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
127	NC_011260	CAAA	2	8	28657	28664	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
128	NC_011260	AATA	2	8	28671	28678	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_011260	TAAA	2	8	28721	28728	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_011260	ACTT	2	8	28786	28793	25 %	50 %	0 %	25 %	203288453
131	NC_011260	CCTT	2	8	28984	28991	0 %	50 %	0 %	50 %	203288453
132	NC_011260	TCTT	2	8	29032	29039	0 %	75 %	0 %	25 %	203288453
133	NC_011260	CACT	2	8	29186	29193	25 %	25 %	0 %	50 %	203288453
134	NC_011260	TACT	2	8	29207	29214	25 %	50 %	0 %	25 %	203288453
135	NC_011260	TCCT	2	8	29463	29470	0 %	50 %	0 %	50 %	203288453
136	NC_011260	CTTA	2	8	29475	29482	25 %	50 %	0 %	25 %	203288453
137	NC_011260	CTTC	2	8	29567	29574	0 %	50 %	0 %	50 %	203288453
138	NC_011260	CTTC	2	8	29823	29830	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
139	NC_011260	CTAT	2	8	29888	29895	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
140	NC_011260	AGTA	2	8	30132	30139	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
141	NC_011260	ATCA	2	8	30143	30150	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
142	NC_011260	TGAA	2	8	30231	30238	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
143	NC_011260	TTAC	2	8	31318	31325	25 %	50 %	0 %	25 %	203288454
144	NC_011260	AGCA	2	8	31486	31493	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
145	NC_011260	AAAT	2	8	31509	31516	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_011260	CTAA	2	8	31598	31605	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
147	NC_011260	ACTT	2	8	31793	31800	25 %	50 %	0 %	25 %	203288455
148	NC_011260	TCAT	2	8	32275	32282	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
149	NC_011260	ATTT	2	8	32421	32428	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_011260	AAAC	2	8	32715	32722	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
151	NC_011260	ATTT	2	8	32899	32906	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_011260	ATAA	2	8	33418	33425	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_011260	TTTA	2	8	33718	33725	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.