MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Borrelia recurrentis A1 plasmid pl35

Total Repeats: 105

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011255	TTAC	2	8	716	723	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
2	NC_011255	TCTA	2	8	745	752	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_011255	TCTA	2	8	911	918	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
4	NC_011255	CTCA	2	8	1400	1407	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
5	NC_011255	TTAC	2	8	2201	2208	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
6	NC_011255	TATT	2	8	2274	2281	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_011255	GTAA	2	8	2476	2483	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_011255	AAAC	2	8	2576	2583	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
9	NC_011255	ATTT	2	8	2643	2650	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_011255	ATCA	2	8	2994	3001	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
11	NC_011255	TACA	2	8	3296	3303	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
12	NC_011255	ACTA	2	8	4605	4612	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
13	NC_011255	ATTA	2	8	4621	4628	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_011255	TCTT	2	8	4870	4877	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
15	NC_011255	TCTT	2	8	4897	4904	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
16	NC_011255	AACA	2	8	5097	5104	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
17	NC_011255	TCTT	2	8	5116	5123	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
18	NC_011255	CTTA	2	8	5322	5329	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
19	NC_011255	CTTT	2	8	5744	5751	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
20	NC_011255	TTAT	2	8	5769	5776	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_011255	ATTA	2	8	5934	5941	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_011255	TTAT	2	8	5987	5994	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_011255	AATA	2	8	7157	7164	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_011255	AATT	2	8	7755	7762	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_011255	AATA	2	8	7950	7957	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_011255	TACA	2	8	8637	8644	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
27	NC_011255	TTAA	2	8	8698	8705	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_011255	AATT	2	8	8776	8783	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_011255	TAAA	2	8	10278	10285	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_011255	AGAA	2	8	10410	10417	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_011255	TATT	2	8	10437	10444	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_011255	ATAC	2	8	10512	10519	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
33	NC_011255	AAGA	2	8	10725	10732	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_011255	TTTA	2	8	10783	10790	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_011255	AATA	2	8	11148	11155	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_011255	AAGT	2	8	11648	11655	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_011255	TTGC	2	8	12318	12325	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
38	NC_011255	CTAA	2	8	12492	12499	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
39	NC_011255	TAAT	2	8	12847	12854	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_011255	TTCT	2	8	13023	13030	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
41	NC_011255	TAAA	2	8	13806	13813	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_011255	AAAG	2	8	14102	14109	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
43	NC_011255	ATTA	2	8	14478	14485	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_011255	TTAA	2	8	14671	14678	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_011255	TAAA	2	8	14820	14827	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_011255	GTCT	2	8	14994	15001	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
47	NC_011255	AAAT	2	8	15127	15134	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_011255	AATG	2	8	15221	15228	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
49	NC_011255	TATC	2	8	15392	15399	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
50	NC_011255	ATTT	2	8	15545	15552	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_011255	TAAA	2	8	15634	15641	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_011255	TAAT	2	8	15646	15653	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_011255	TTTA	2	8	18474	18481	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_011255	ATGC	2	8	18589	18596	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
55	NC_011255	GAAT	2	8	18836	18843	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_011255	GTAA	2	8	18931	18938	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
57	NC_011255	TATT	2	8	19175	19182	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_011255	GTAG	2	8	19254	19261	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
59	NC_011255	TGGT	2	8	19292	19299	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
60	NC_011255	CAGA	2	8	19850	19857	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
61	NC_011255	ATTA	2	8	20041	20048	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_011255	GTGA	2	8	20488	20495	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
63	NC_011255	ATTA	2	8	20986	20993	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_011255	AATT	2	8	21341	21348	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_011255	AATA	2	8	21661	21668	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_011255	TATT	2	8	21753	21760	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_011255	GTTT	2	8	21961	21968	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
68	NC_011255	TAAA	2	8	22117	22124	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_011255	TCTT	2	8	22402	22409	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
70	NC_011255	TTTA	2	8	22470	22477	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_011255	CTTT	2	8	22521	22528	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
72	NC_011255	AATG	2	8	23036	23043	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
73	NC_011255	TTTA	2	8	23044	23051	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_011255	ATTA	2	8	23105	23112	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_011255	CTTA	2	8	23583	23590	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
76	NC_011255	AATT	2	8	24025	24032	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_011255	ATCT	2	8	24625	24632	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
78	NC_011255	TAAA	2	8	24745	24752	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_011255	TTAT	2	8	24848	24855	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_011255	TTAT	2	8	25104	25111	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_011255	AAAG	2	8	27508	27515	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
82	NC_011255	ATAA	2	8	27731	27738	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_011255	TAAA	2	8	27966	27973	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_011255	AGAA	2	8	28007	28014	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
85	NC_011255	GAAT	2	8	28900	28907	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
86	NC_011255	AGGA	2	8	28984	28991	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
87	NC_011255	TAAG	2	8	30060	30067	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
88	NC_011255	AAGA	2	8	30266	30273	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_011255	TGTT	2	8	30289	30296	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
90	NC_011255	AAGA	2	8	30489	30496	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
91	NC_011255	AAAG	2	8	30515	30522	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
92	NC_011255	TAAT	2	8	30765	30772	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_011255	TTAG	2	8	30780	30787	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
94	NC_011255	TGTA	2	8	32090	32097	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
95	NC_011255	TTGA	2	8	32391	32398	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
96	NC_011255	CTTA	2	8	32625	32632	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
97	NC_011255	ATCA	2	8	32745	32752	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
98	NC_011255	TGTT	2	8	32809	32816	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
99	NC_011255	CTTA	2	8	32909	32916	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
100	NC_011255	AATA	2	8	33007	33014	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_011255	AAAT	2	8	33111	33118	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_011255	TGAG	2	8	33130	33137	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
103	NC_011255	GTAA	2	8	33185	33192	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
104	NC_011255	ATTT	2	8	34649	34656	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_011255	GTAA	2	8	34670	34677	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.