MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Borrelia recurrentis A1 plasmid pl33

Total Repeats: 135

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011253	TAAA	3	12	276	287	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_011253	ACTT	2	8	530	537	25 %	50 %	0 %	25 %	203288383
3	NC_011253	AATT	2	8	557	564	50 %	50 %	0 %	0 %	203288383
4	NC_011253	ATCT	2	8	642	649	25 %	50 %	0 %	25 %	203288383
5	NC_011253	AATC	2	8	659	666	50 %	25 %	0 %	25 %	203288383
6	NC_011253	TTAT	2	8	826	833	25 %	75 %	0 %	0 %	203288383
7	NC_011253	AATT	2	8	846	853	50 %	50 %	0 %	0 %	203288383
8	NC_011253	TAAT	2	8	916	923	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_011253	CTTC	2	8	1240	1247	0 %	50 %	0 %	50 %	203288384
10	NC_011253	CTTT	2	8	1936	1943	0 %	75 %	0 %	25 %	203288385
11	NC_011253	TTAG	2	8	2153	2160	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
12	NC_011253	ATTC	2	8	2728	2735	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
13	NC_011253	AATA	2	8	2800	2807	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_011253	ATTT	2	8	3583	3590	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_011253	CTTG	2	8	3606	3613	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
16	NC_011253	ACCA	2	8	3812	3819	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
17	NC_011253	CATT	2	8	4204	4211	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
18	NC_011253	TAAA	2	8	4248	4255	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_011253	CTAG	2	8	4346	4353	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
20	NC_011253	CTTA	2	8	4388	4395	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
21	NC_011253	TGAT	2	8	4634	4641	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_011253	TCTT	2	8	4904	4911	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
23	NC_011253	TCTT	2	8	5062	5069	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
24	NC_011253	ACTC	2	8	5874	5881	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
25	NC_011253	AATT	2	8	6075	6082	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_011253	TTCC	2	8	6151	6158	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
27	NC_011253	AAAT	2	8	6176	6183	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_011253	TAAA	2	8	6244	6251	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_011253	TAAT	2	8	6520	6527	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_011253	AATT	2	8	6915	6922	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_011253	ATAA	2	8	7483	7490	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_011253	ATTA	2	8	7491	7498	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_011253	TATC	2	8	7987	7994	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
34	NC_011253	TATC	2	8	8053	8060	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
35	NC_011253	TAAT	2	8	8261	8268	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_011253	ATTA	2	8	8299	8306	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_011253	AAAT	2	8	8398	8405	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_011253	TAAT	2	8	8411	8418	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_011253	AAAT	2	8	8426	8433	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_011253	CTAA	2	8	8704	8711	50 %	25 %	0 %	25 %	203288386
41	NC_011253	CATA	2	8	8822	8829	50 %	25 %	0 %	25 %	203288386
42	NC_011253	TAAA	2	8	8840	8847	75 %	25 %	0 %	0 %	203288386
43	NC_011253	GTCA	2	8	9004	9011	25 %	25 %	25 %	25 %	203288386
44	NC_011253	TAAT	2	8	9017	9024	50 %	50 %	0 %	0 %	203288386
45	NC_011253	GAAA	2	8	9184	9191	75 %	0 %	25 %	0 %	203288386
46	NC_011253	AAAT	2	8	9193	9200	75 %	25 %	0 %	0 %	203288386
47	NC_011253	GAAA	2	8	9215	9222	75 %	0 %	25 %	0 %	203288387
48	NC_011253	TTTA	2	8	9436	9443	25 %	75 %	0 %	0 %	203288387
49	NC_011253	ATTC	2	8	9626	9633	25 %	50 %	0 %	25 %	203288387
50	NC_011253	ATCA	2	8	9795	9802	50 %	25 %	0 %	25 %	203288388
51	NC_011253	GAAA	2	8	10660	10667	75 %	0 %	25 %	0 %	203288389
52	NC_011253	CTTA	2	8	10797	10804	25 %	50 %	0 %	25 %	203288389
53	NC_011253	AGCT	2	8	11936	11943	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
54	NC_011253	TGAT	2	8	11975	11982	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
55	NC_011253	TAAA	2	8	12370	12377	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_011253	ATGG	2	8	12408	12415	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
57	NC_011253	TTTC	2	8	12474	12481	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
58	NC_011253	GCAA	2	8	12618	12625	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
59	NC_011253	TAAG	2	8	12645	12652	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
60	NC_011253	AAAG	2	8	12655	12662	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
61	NC_011253	AGAT	2	8	12907	12914	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
62	NC_011253	ATTT	2	8	13000	13007	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_011253	GATT	2	8	13264	13271	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
64	NC_011253	TTTA	2	8	13353	13360	25 %	75 %	0 %	0 %	203288390
65	NC_011253	GATT	2	8	13379	13386	25 %	50 %	25 %	0 %	203288390
66	NC_011253	TTAT	2	8	13476	13483	25 %	75 %	0 %	0 %	203288390
67	NC_011253	AGGA	2	8	13542	13549	50 %	0 %	50 %	0 %	203288390
68	NC_011253	AGTA	2	8	13716	13723	50 %	25 %	25 %	0 %	203288390
69	NC_011253	CAAG	2	8	14040	14047	50 %	0 %	25 %	25 %	203288390
70	NC_011253	CTTT	2	8	14979	14986	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
71	NC_011253	AGAA	2	8	15258	15265	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
72	NC_011253	TAAT	2	8	15554	15561	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_011253	AAAT	2	8	15746	15753	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_011253	GGAT	2	8	15780	15787	25 %	25 %	50 %	0 %	203288392
75	NC_011253	GTTT	2	8	15824	15831	0 %	75 %	25 %	0 %	203288392
76	NC_011253	TGAG	2	8	17306	17313	25 %	25 %	50 %	0 %	203288393
77	NC_011253	TAAG	2	8	17540	17547	50 %	25 %	25 %	0 %	203288393
78	NC_011253	ATTT	2	8	17762	17769	25 %	75 %	0 %	0 %	203288393
79	NC_011253	AAAG	2	8	17991	17998	75 %	0 %	25 %	0 %	203288393
80	NC_011253	ATAA	2	8	18178	18185	75 %	25 %	0 %	0 %	203288393
81	NC_011253	AGGT	2	8	18960	18967	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
82	NC_011253	AAAG	2	8	19015	19022	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
83	NC_011253	AGGG	2	8	19311	19318	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
84	NC_011253	AAAT	2	8	19468	19475	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_011253	TTAT	2	8	19649	19656	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_011253	AATT	2	8	20032	20039	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_011253	AATT	2	8	20549	20556	50 %	50 %	0 %	0 %	203288394
88	NC_011253	GTAA	2	8	21056	21063	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_011253	TTAA	2	8	21090	21097	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_011253	AATA	2	8	21342	21349	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_011253	TTAT	2	8	21630	21637	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_011253	AGAT	2	8	22780	22787	50 %	25 %	25 %	0 %	203288395
93	NC_011253	AGAT	2	8	22867	22874	50 %	25 %	25 %	0 %	203288395
94	NC_011253	AGAT	2	8	22954	22961	50 %	25 %	25 %	0 %	203288395
95	NC_011253	GATA	2	8	23042	23049	50 %	25 %	25 %	0 %	203288395
96	NC_011253	AGAT	2	8	23128	23135	50 %	25 %	25 %	0 %	203288395
97	NC_011253	AGAT	2	8	23182	23189	50 %	25 %	25 %	0 %	203288395
98	NC_011253	ATAA	2	8	23568	23575	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_011253	TAAT	2	8	23621	23628	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_011253	ATTT	2	8	23751	23758	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_011253	GGAT	2	8	23886	23893	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
102	NC_011253	AGCT	2	8	24548	24555	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
103	NC_011253	TGAT	2	8	24587	24594	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
104	NC_011253	TAAA	2	8	24969	24976	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_011253	ATTG	2	8	25075	25082	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
106	NC_011253	GAAA	2	8	25455	25462	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
107	NC_011253	ATAA	2	8	26303	26310	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_011253	CAAT	2	8	27371	27378	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
109	NC_011253	AGTA	2	8	27530	27537	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
110	NC_011253	AATT	2	8	27596	27603	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_011253	AAAC	2	8	27737	27744	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
112	NC_011253	AAGA	2	8	27797	27804	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
113	NC_011253	GCAA	2	8	27908	27915	50 %	0 %	25 %	25 %	203288397
114	NC_011253	GAAA	2	8	28048	28055	75 %	0 %	25 %	0 %	203288397
115	NC_011253	TAAA	2	8	28231	28238	75 %	25 %	0 %	0 %	203288397
116	NC_011253	GTAA	2	8	28517	28524	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
117	NC_011253	TAAA	2	8	28766	28773	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_011253	TAAA	2	8	28949	28956	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_011253	AAAG	2	8	29235	29242	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
120	NC_011253	GAGT	2	8	29684	29691	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
121	NC_011253	TAAA	2	8	29696	29703	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_011253	GAAG	2	8	30031	30038	50 %	0 %	50 %	0 %	203288398
123	NC_011253	TGAG	2	8	30159	30166	25 %	25 %	50 %	0 %	203288398
124	NC_011253	AAAG	2	8	30811	30818	75 %	0 %	25 %	0 %	203288398
125	NC_011253	AAAG	2	8	30838	30845	75 %	0 %	25 %	0 %	203288398
126	NC_011253	AAAT	2	8	31023	31030	75 %	25 %	0 %	0 %	203288398
127	NC_011253	AAGG	2	8	31049	31056	50 %	0 %	50 %	0 %	203288398
128	NC_011253	TAAT	2	8	31078	31085	50 %	50 %	0 %	0 %	203288398
129	NC_011253	AAAG	2	8	31790	31797	75 %	0 %	25 %	0 %	203288399
130	NC_011253	TAGA	2	8	31801	31808	50 %	25 %	25 %	0 %	203288399
131	NC_011253	CGAT	2	8	31864	31871	25 %	25 %	25 %	25 %	203288399
132	NC_011253	AATA	2	8	31991	31998	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_011253	AATT	2	8	32642	32649	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_011253	TTAG	2	8	32706	32713	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
135	NC_011253	AGTA	2	8	33131	33138	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.