MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Borrelia recurrentis A1 plasmid pl33

Total Repeats: 161

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011253	ATC	2	6	684	689	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288383
2	NC_011253	CAT	2	6	708	713	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288383
3	NC_011253	GAA	2	6	722	727	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288383
4	NC_011253	ATA	2	6	750	755	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288383
5	NC_011253	TAT	2	6	782	787	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288383
6	NC_011253	ATC	2	6	840	845	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288383
7	NC_011253	ATT	2	6	1212	1217	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288384
8	NC_011253	TCT	2	6	1270	1275	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	203288384
9	NC_011253	AAT	2	6	1278	1283	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288384
10	NC_011253	ATC	2	6	1690	1695	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288385
11	NC_011253	AAT	2	6	1703	1708	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288385
12	NC_011253	TCT	2	6	1838	1843	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	203288385
13	NC_011253	TTC	2	6	1919	1924	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	203288385
14	NC_011253	ATA	2	6	1968	1973	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288385
15	NC_011253	GGA	2	6	8523	8528	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	203288386
16	NC_011253	AAT	2	6	8631	8636	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288386
17	NC_011253	ATT	2	6	8677	8682	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288386
18	NC_011253	AAT	2	6	8724	8729	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288386
19	NC_011253	TAA	2	6	8769	8774	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288386
20	NC_011253	TAT	2	6	8778	8783	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288386
21	NC_011253	ATT	2	6	8893	8898	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288386
22	NC_011253	ATG	2	6	8903	8908	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288386
23	NC_011253	TAA	2	6	9068	9073	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288386
24	NC_011253	AGA	2	6	9117	9122	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288386
25	NC_011253	GAA	2	6	9145	9150	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288386
26	NC_011253	AGA	3	9	9370	9378	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288387
27	NC_011253	AGA	3	9	9454	9462	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288387
28	NC_011253	GAT	2	6	9527	9532	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288387
29	NC_011253	TAC	2	6	9572	9577	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288387
30	NC_011253	TAA	2	6	9636	9641	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288387
31	NC_011253	TAA	2	6	9724	9729	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288387
32	NC_011253	GGA	2	6	9743	9748	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	203288387
33	NC_011253	GTG	2	6	9806	9811	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	203288388
34	NC_011253	TTG	2	6	9847	9852	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	203288388
35	NC_011253	TAG	2	6	9875	9880	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288388
36	NC_011253	ACT	2	6	9901	9906	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288388
37	NC_011253	TTA	2	6	9909	9914	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288388
38	NC_011253	TGT	2	6	9945	9950	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	203288388
39	NC_011253	ATA	2	6	10016	10021	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288388
40	NC_011253	TTA	2	6	10061	10066	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288388
41	NC_011253	CAG	2	6	10220	10225	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	203288388
42	NC_011253	ATA	2	6	10322	10327	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288388
43	NC_011253	ATG	2	6	10424	10429	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288388
44	NC_011253	GAA	2	6	10537	10542	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288389
45	NC_011253	TGT	2	6	10543	10548	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	203288389
46	NC_011253	ATA	2	6	10572	10577	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288389
47	NC_011253	TAA	2	6	10590	10595	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288389
48	NC_011253	TAT	2	6	10670	10675	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288389
49	NC_011253	TAT	2	6	10882	10887	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288389
50	NC_011253	ATT	2	6	11043	11048	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288389
51	NC_011253	ATT	2	6	11056	11061	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288389
52	NC_011253	GTT	2	6	11096	11101	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	203288389
53	NC_011253	AAT	2	6	11130	11135	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288389
54	NC_011253	CAT	2	6	13412	13417	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288390
55	NC_011253	TGA	2	6	13608	13613	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288390
56	NC_011253	TAG	2	6	13649	13654	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288390
57	NC_011253	GAG	2	6	13696	13701	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	203288390
58	NC_011253	ATT	2	6	13734	13739	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288390
59	NC_011253	TTG	2	6	13801	13806	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	203288390
60	NC_011253	TGA	2	6	13854	13859	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288390
61	NC_011253	ATA	2	6	13931	13936	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288390
62	NC_011253	CTA	2	6	13955	13960	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288390
63	NC_011253	AAG	2	6	13987	13992	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288390
64	NC_011253	TAA	2	6	13995	14000	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288390
65	NC_011253	TTA	2	6	14012	14017	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288390
66	NC_011253	TGA	2	6	14055	14060	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288390
67	NC_011253	ATA	2	6	14099	14104	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288390
68	NC_011253	TCT	2	6	14143	14148	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	203288390
69	NC_011253	AAT	2	6	14200	14205	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288390
70	NC_011253	TTC	2	6	14694	14699	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	203288391
71	NC_011253	TTG	2	6	14750	14755	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	203288391
72	NC_011253	ATA	3	9	14933	14941	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288391
73	NC_011253	ATG	2	6	15936	15941	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288392
74	NC_011253	ATT	2	6	16233	16238	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288392
75	NC_011253	TCC	2	6	16252	16257	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	203288392
76	NC_011253	TCT	2	6	16259	16264	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	203288392
77	NC_011253	TGG	2	6	16303	16308	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	203288392
78	NC_011253	TAA	2	6	16373	16378	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288392
79	NC_011253	AGT	2	6	17229	17234	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288393
80	NC_011253	TGA	3	9	17246	17254	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288393
81	NC_011253	AGT	2	6	17451	17456	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288393
82	NC_011253	AGA	2	6	17481	17486	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288393
83	NC_011253	GAA	2	6	17551	17556	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288393
84	NC_011253	AGC	2	6	17568	17573	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	203288393
85	NC_011253	GTG	2	6	17576	17581	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	203288393
86	NC_011253	GTG	2	6	17585	17590	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	203288393
87	NC_011253	AGG	2	6	17591	17596	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	203288393
88	NC_011253	CTA	2	6	17609	17614	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288393
89	NC_011253	AGT	2	6	17691	17696	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288393
90	NC_011253	GAT	2	6	17740	17745	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288393
91	NC_011253	ATG	2	6	17774	17779	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288393
92	NC_011253	AGT	2	6	17835	17840	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288393
93	NC_011253	GTG	2	6	17843	17848	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	203288393
94	NC_011253	TAC	2	6	17898	17903	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288393
95	NC_011253	GCA	2	6	17929	17934	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	203288393
96	NC_011253	AAG	2	6	17965	17970	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288393
97	NC_011253	TTC	2	6	20304	20309	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	203288394
98	NC_011253	TAT	2	6	20378	20383	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288394
99	NC_011253	TCA	2	6	20443	20448	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288394
100	NC_011253	TAA	2	6	20461	20466	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288394
101	NC_011253	TCT	2	6	20470	20475	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	203288394
102	NC_011253	TAT	2	6	20484	20489	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288394
103	NC_011253	ATT	3	9	20502	20510	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288394
104	NC_011253	TTC	2	6	20568	20573	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	203288394
105	NC_011253	ATT	2	6	20583	20588	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288394
106	NC_011253	TAA	2	6	20600	20605	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288394
107	NC_011253	CTT	2	6	20627	20632	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	203288394
108	NC_011253	ACT	2	6	20721	20726	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288394
109	NC_011253	TTG	2	6	20816	20821	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	203288394
110	NC_011253	AAT	2	6	20875	20880	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288394
111	NC_011253	ATT	2	6	22493	22498	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288395
112	NC_011253	TAA	2	6	22502	22507	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288395
113	NC_011253	TAC	2	6	22649	22654	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288395
114	NC_011253	ATA	2	6	22741	22746	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288395
115	NC_011253	ATA	2	6	22807	22812	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288395
116	NC_011253	ATA	2	6	22894	22899	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288395
117	NC_011253	ATA	2	6	22981	22986	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288395
118	NC_011253	ATA	2	6	23068	23073	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288395
119	NC_011253	ATT	2	6	23247	23252	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288395
120	NC_011253	ATT	2	6	25759	25764	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288396
121	NC_011253	TAA	2	6	25768	25773	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288396
122	NC_011253	GAT	2	6	25880	25885	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288396
123	NC_011253	TAC	2	6	25915	25920	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288396
124	NC_011253	TTG	2	6	26022	26027	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	203288396
125	NC_011253	TAT	2	6	26164	26169	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288396
126	NC_011253	TGG	3	9	27850	27858	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	203288397
127	NC_011253	TGA	2	6	28025	28030	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288397
128	NC_011253	GCT	2	6	28062	28067	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	203288397
129	NC_011253	ATG	2	6	28201	28206	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288397
130	NC_011253	CTG	2	6	28252	28257	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	203288397
131	NC_011253	AAG	2	6	28267	28272	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288397
132	NC_011253	GAA	2	6	28292	28297	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288397
133	NC_011253	CTT	2	6	28302	28307	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	203288397
134	NC_011253	GAT	2	6	28401	28406	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288397
135	NC_011253	AGA	2	6	28424	28429	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288397
136	NC_011253	AGG	2	6	29967	29972	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	203288398
137	NC_011253	GAA	2	6	29974	29979	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288398
138	NC_011253	AGA	2	6	29986	29991	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288398
139	NC_011253	AAT	2	6	30065	30070	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288398
140	NC_011253	GAT	3	9	30085	30093	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288398
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142	NC_011253	GGA	2	6	30128	30133	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	203288398
143	NC_011253	TTG	2	6	30381	30386	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	203288398
144	NC_011253	AAG	2	6	30417	30422	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288398
145	NC_011253	TGC	2	6	30457	30462	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	203288398
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149	NC_011253	GAT	2	6	30587	30592	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288398
150	NC_011253	TGA	2	6	30619	30624	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288398
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161	NC_011253	CTG	2	6	31933	31938	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	203288399

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.