MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Borrelia recurrentis A1 plasmid pl124

Total Repeats: 71

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011246	ATTAGA	2	12	150	161	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	203288273
2	NC_011246	AAAAAG	2	12	278	289	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	203288273
3	NC_011246	TTAGAG	2	12	409	420	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288273
4	NC_011246	TTTGTT	2	12	8385	8396	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	203288280
5	NC_011246	CAAGCC	2	12	9142	9153	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	203288281
6	NC_011246	TTCAAT	2	12	11237	11248	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_011246	TCTTAT	2	12	12988	12999	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_011246	ATAGTA	2	12	14950	14961	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	203288283
9	NC_011246	TCTTCA	2	12	17436	17447	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_011246	TAACAT	2	12	17633	17644	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_011246	AAATTA	2	12	18024	18035	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_011246	TATTTT	2	12	18150	18161	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_011246	ATAAAA	2	12	19191	19202	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_011246	ATAAAA	2	12	23785	23796	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_011246	GCCTTG	2	12	25681	25692	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	203288289
16	NC_011246	CTCTTA	2	12	25751	25762	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	203288289
17	NC_011246	TATCAT	2	12	26227	26238	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	203288290
18	NC_011246	ATTATA	2	12	28418	28429	50 %	50 %	0 %	0 %	203288292
19	NC_011246	TATCTC	2	12	37217	37228	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	203288298
20	NC_011246	AAATTA	2	12	38417	38428	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288300
21	NC_011246	CTCATA	2	12	39949	39960	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288302
22	NC_011246	TCAAAA	2	12	40955	40966	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	203288303
23	NC_011246	TATTTT	2	12	42989	43000	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_011246	CTTTAT	2	12	45586	45597	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	203288307
25	NC_011246	CAGCAC	2	12	49497	49508	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	203288310
26	NC_011246	TTAAAT	2	12	49961	49972	50 %	50 %	0 %	0 %	203288310
27	NC_011246	ATATTC	2	12	52230	52241	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	203288313
28	NC_011246	TTCTTT	2	12	54051	54062	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	203288315
29	NC_011246	ATTAAC	2	12	57824	57835	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	203288318
30	NC_011246	AAAATC	2	12	58931	58942	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	203288319
31	NC_011246	CATTTA	2	12	58978	58989	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	203288319
32	NC_011246	AAATTT	2	12	59217	59228	50 %	50 %	0 %	0 %	203288319
33	NC_011246	TTGGAA	2	12	60494	60505	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288322
34	NC_011246	TTAAAT	2	12	61938	61949	50 %	50 %	0 %	0 %	203288324
35	NC_011246	ATATTA	2	12	63696	63707	50 %	50 %	0 %	0 %	203288327
36	NC_011246	ATTTAA	2	12	64989	65000	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_011246	TAAAAT	2	12	65324	65335	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_011246	TATACA	2	12	66590	66601	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_011246	AAACAG	2	12	67474	67485	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	203288328
40	NC_011246	ATCTTT	2	12	67790	67801	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	203288328
41	NC_011246	ATTAAT	2	12	69482	69493	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_011246	ATTAAA	2	12	72154	72165	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_011246	TAAAAT	2	12	74157	74168	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_011246	TATGCA	2	12	75768	75779	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	203288332
45	NC_011246	GATGCA	2	12	78111	78122	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_011246	TAATAT	2	12	79407	79418	50 %	50 %	0 %	0 %	203288334
47	NC_011246	ACTTAA	2	12	80530	80541	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	203288334
48	NC_011246	TTAAAA	2	12	82232	82243	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288335
49	NC_011246	ACCTTA	2	12	83525	83536	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_011246	AAATAA	2	12	84995	85006	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	203288338
51	NC_011246	AAAATA	2	12	85063	85074	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	203288338
52	NC_011246	AAATAA	2	12	86059	86070	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	203288339
53	NC_011246	GAAAAT	2	12	87166	87177	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	203288340
54	NC_011246	TTTTTA	2	12	94716	94727	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_011246	ATGTCT	2	12	97690	97701	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	203288351
56	NC_011246	TGATAT	2	12	99537	99548	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	203288352
57	NC_011246	TAGTGA	2	12	100894	100905	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288353
58	NC_011246	AATTTT	2	12	103535	103546	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288354
59	NC_011246	TTGAAA	2	12	103899	103910	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	203288354
60	NC_011246	TATTAA	2	12	104267	104278	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_011246	TAAAGA	2	12	104976	104987	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_011246	ATATTT	2	12	105577	105588	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_011246	ATTCTA	2	12	107238	107249	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_011246	ATTTAG	2	12	109776	109787	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_011246	ATGGGT	2	12	111285	111296	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	203288356
66	NC_011246	TAGGTA	2	12	112969	112980	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
67	NC_011246	AAATTT	2	12	115351	115362	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_011246	TTCCTG	2	12	115474	115485	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	203288358
69	NC_011246	AGATGA	2	12	116780	116791	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	203288359
70	NC_011246	GATGTT	2	12	120398	120409	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	203288362
71	NC_011246	ATTTAT	2	12	122688	122699	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.