MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Borrelia recurrentis A1 plasmid pl124

Total Repeats: 179

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011246	AAATA	2	10	1296	1305	80 %	20 %	0 %	0 %	203288274
2	NC_011246	ATTTA	2	10	3723	3732	40 %	60 %	0 %	0 %	203288276
3	NC_011246	CTTTA	2	10	3765	3774	20 %	60 %	0 %	20 %	203288276
4	NC_011246	AATTA	2	10	4343	4352	60 %	40 %	0 %	0 %	203288277
5	NC_011246	AAATT	2	10	5684	5693	60 %	40 %	0 %	0 %	203288278
6	NC_011246	ATAAA	2	10	9014	9023	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_011246	ATGTA	2	10	10041	10050	40 %	40 %	20 %	0 %	203288281
8	NC_011246	TCTCT	2	10	11515	11524	0 %	60 %	0 %	40 %	203288282
9	NC_011246	CATAT	2	10	11624	11633	40 %	40 %	0 %	20 %	203288282
10	NC_011246	AAATC	2	10	11881	11890	60 %	20 %	0 %	20 %	203288282
11	NC_011246	TTACA	2	10	12199	12208	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_011246	ATATA	3	15	12316	12330	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_011246	TCAAA	2	10	13588	13597	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_011246	AATAT	2	10	15118	15127	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_011246	AAATA	2	10	15382	15391	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_011246	AATTT	2	10	15882	15891	40 %	60 %	0 %	0 %	203288284
17	NC_011246	AACAT	2	10	16417	16426	60 %	20 %	0 %	20 %	203288284
18	NC_011246	ATTAA	2	10	16460	16469	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_011246	TAAAA	2	10	16566	16575	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_011246	AAATG	2	10	19032	19041	60 %	20 %	20 %	0 %	203288285
21	NC_011246	TTAAA	2	10	19240	19249	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_011246	TAAAG	2	10	20368	20377	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_011246	TAATA	2	10	22268	22277	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_011246	CAATA	2	10	23481	23490	60 %	20 %	0 %	20 %	203288288
25	NC_011246	CTTTT	2	10	24621	24630	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_011246	ATTAA	2	10	25973	25982	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_011246	TAATT	2	10	25999	26008	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_011246	CATAT	2	10	26585	26594	40 %	40 %	0 %	20 %	203288290
29	NC_011246	TAAAA	2	10	27782	27791	80 %	20 %	0 %	0 %	203288291
30	NC_011246	AAACT	2	10	28634	28643	60 %	20 %	0 %	20 %	203288293
31	NC_011246	TAAAC	2	10	28685	28694	60 %	20 %	0 %	20 %	203288293
32	NC_011246	TAACA	2	10	28874	28883	60 %	20 %	0 %	20 %	203288293
33	NC_011246	ATACC	2	10	29632	29641	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
34	NC_011246	TATAA	2	10	29978	29987	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_011246	TTTAA	2	10	31471	31480	40 %	60 %	0 %	0 %	203288294
36	NC_011246	CAAAA	2	10	32333	32342	80 %	0 %	0 %	20 %	203288294
37	NC_011246	AATGA	2	10	32944	32953	60 %	20 %	20 %	0 %	203288295
38	NC_011246	TAGCA	2	10	33596	33605	40 %	20 %	20 %	20 %	203288296
39	NC_011246	AAATA	2	10	34605	34614	80 %	20 %	0 %	0 %	203288296
40	NC_011246	TATAA	2	10	34712	34721	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_011246	ATCAC	2	10	34749	34758	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
42	NC_011246	AAAAT	2	10	35458	35467	80 %	20 %	0 %	0 %	203288297
43	NC_011246	TTTAA	2	10	35536	35545	40 %	60 %	0 %	0 %	203288297
44	NC_011246	AAGAT	2	10	35720	35729	60 %	20 %	20 %	0 %	203288297
45	NC_011246	ATATG	2	10	36197	36206	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_011246	TAAAT	2	10	36217	36226	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_011246	AAATA	2	10	36900	36909	80 %	20 %	0 %	0 %	203288298
48	NC_011246	TGAAT	2	10	37162	37171	40 %	40 %	20 %	0 %	203288298
49	NC_011246	ATATC	2	10	37285	37294	40 %	40 %	0 %	20 %	203288298
50	NC_011246	TTTCA	2	10	37461	37470	20 %	60 %	0 %	20 %	203288298
51	NC_011246	CAAAA	2	10	37591	37600	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_011246	TGAAT	2	10	37924	37933	40 %	40 %	20 %	0 %	203288299
53	NC_011246	ACCTA	2	10	38025	38034	40 %	20 %	0 %	40 %	203288299
54	NC_011246	AATAT	2	10	38315	38324	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_011246	AAAAT	2	10	38378	38387	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_011246	TCTTT	2	10	39766	39775	0 %	80 %	0 %	20 %	203288302
57	NC_011246	CTAAA	2	10	42202	42211	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_011246	TATTT	2	10	42507	42516	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_011246	AAAAC	2	10	42845	42854	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_011246	ATTTA	2	10	43681	43690	40 %	60 %	0 %	0 %	203288305
61	NC_011246	ATTAA	2	10	44074	44083	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_011246	TCAAA	2	10	46095	46104	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_011246	AATTT	2	10	46904	46913	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_011246	ATTAA	2	10	47526	47535	60 %	40 %	0 %	0 %	203288309
65	NC_011246	AATAA	2	10	47599	47608	80 %	20 %	0 %	0 %	203288309
66	NC_011246	ACTTC	2	10	48620	48629	20 %	40 %	0 %	40 %	203288310
67	NC_011246	ATTTT	2	10	48815	48824	20 %	80 %	0 %	0 %	203288310
68	NC_011246	ATCTG	2	10	49523	49532	20 %	40 %	20 %	20 %	203288310
69	NC_011246	ATTAA	2	10	50301	50310	60 %	40 %	0 %	0 %	203288311
70	NC_011246	ATCAT	2	10	50967	50976	40 %	40 %	0 %	20 %	203288312
71	NC_011246	ATTTA	2	10	51737	51746	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_011246	TAAAT	2	10	51795	51804	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_011246	ATACA	2	10	51844	51853	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_011246	AGACA	2	10	52569	52578	60 %	0 %	20 %	20 %	203288313
75	NC_011246	AAATT	2	10	54672	54681	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_011246	TCTTG	2	10	56677	56686	0 %	60 %	20 %	20 %	203288317
77	NC_011246	AAAAT	2	10	57386	57395	80 %	20 %	0 %	0 %	203288317
78	NC_011246	ATTAT	2	10	57452	57461	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_011246	TCTTT	2	10	58570	58579	0 %	80 %	0 %	20 %	203288319
80	NC_011246	AATTA	2	10	59144	59153	60 %	40 %	0 %	0 %	203288319
81	NC_011246	CTTGA	2	10	60101	60110	20 %	40 %	20 %	20 %	203288321
82	NC_011246	TAAAT	2	10	60453	60462	60 %	40 %	0 %	0 %	203288322
83	NC_011246	AACAC	2	10	60684	60693	60 %	0 %	0 %	40 %	203288323
84	NC_011246	GTAAT	2	10	61111	61120	40 %	40 %	20 %	0 %	203288323
85	NC_011246	TATTT	2	10	61760	61769	20 %	80 %	0 %	0 %	203288324
86	NC_011246	AAAAG	2	10	62041	62050	80 %	0 %	20 %	0 %	203288324
87	NC_011246	ATGCA	2	10	62799	62808	40 %	20 %	20 %	20 %	203288326
88	NC_011246	AATAA	2	10	62907	62916	80 %	20 %	0 %	0 %	203288326
89	NC_011246	AAATT	2	10	63004	63013	60 %	40 %	0 %	0 %	203288326
90	NC_011246	TTAAC	2	10	64752	64761	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_011246	TTTTA	2	10	64842	64851	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_011246	ATTTA	2	10	65225	65234	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_011246	ATCTT	2	10	65425	65434	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_011246	TAAAA	2	10	65943	65952	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_011246	TAATT	2	10	66368	66377	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_011246	TAAAT	2	10	66549	66558	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_011246	CACCT	2	10	67625	67634	20 %	20 %	0 %	60 %	203288328
98	NC_011246	TTAAT	2	10	68296	68305	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_011246	AAAAC	2	10	68406	68415	80 %	0 %	0 %	20 %	203288329
100	NC_011246	CAACA	2	10	68458	68467	60 %	0 %	0 %	40 %	203288329
101	NC_011246	AAATA	2	10	69089	69098	80 %	20 %	0 %	0 %	203288329
102	NC_011246	ATTTA	2	10	69575	69584	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_011246	ATAAA	2	10	69680	69689	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_011246	TCAAT	2	10	69894	69903	40 %	40 %	0 %	20 %	203288330
105	NC_011246	TATAT	2	10	70594	70603	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_011246	TTAAA	2	10	70922	70931	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_011246	ATTAT	2	10	70962	70971	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_011246	AACAA	2	10	71234	71243	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_011246	TTAAA	2	10	72203	72212	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_011246	AAAAT	2	10	72245	72254	80 %	20 %	0 %	0 %	203288331
111	NC_011246	ATAAA	2	10	73031	73040	80 %	20 %	0 %	0 %	203288331
112	NC_011246	AAACA	2	10	73180	73189	80 %	0 %	0 %	20 %	203288331
113	NC_011246	TTATA	2	10	73632	73641	40 %	60 %	0 %	0 %	203288331
114	NC_011246	TTATC	2	10	74201	74210	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
115	NC_011246	TAGTA	2	10	74249	74258	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
116	NC_011246	TAAAT	2	10	75968	75977	60 %	40 %	0 %	0 %	203288332
117	NC_011246	AATAA	2	10	76179	76188	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_011246	TTCAA	2	10	76380	76389	40 %	40 %	0 %	20 %	203288333
119	NC_011246	TAAAT	2	10	77534	77543	60 %	40 %	0 %	0 %	203288333
120	NC_011246	AAAAC	2	10	78926	78935	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
121	NC_011246	AAAAT	2	10	78986	78995	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_011246	TGTAC	2	10	81875	81884	20 %	40 %	20 %	20 %	203288335
123	NC_011246	AATTA	2	10	82459	82468	60 %	40 %	0 %	0 %	203288335
124	NC_011246	AAAAT	2	10	82688	82697	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_011246	TAATA	2	10	83290	83299	60 %	40 %	0 %	0 %	203288336
126	NC_011246	ATAAA	2	10	84466	84475	80 %	20 %	0 %	0 %	203288338
127	NC_011246	CTCTT	2	10	84637	84646	0 %	60 %	0 %	40 %	203288338
128	NC_011246	AATAA	2	10	84735	84744	80 %	20 %	0 %	0 %	203288338
129	NC_011246	TAAAA	2	10	85049	85058	80 %	20 %	0 %	0 %	203288338
130	NC_011246	AAAAT	2	10	85797	85806	80 %	20 %	0 %	0 %	203288339
131	NC_011246	TAAAA	2	10	86113	86122	80 %	20 %	0 %	0 %	203288339
132	NC_011246	ATTAA	2	10	86276	86285	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_011246	CTACA	2	10	86304	86313	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
134	NC_011246	AGATT	2	10	86626	86635	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
135	NC_011246	TAAAA	2	10	87305	87314	80 %	20 %	0 %	0 %	203288340
136	NC_011246	TTTTA	2	10	87624	87633	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_011246	AAGTA	2	10	88713	88722	60 %	20 %	20 %	0 %	203288341
138	NC_011246	TTTAA	2	10	89083	89092	40 %	60 %	0 %	0 %	203288342
139	NC_011246	TTCAT	2	10	89113	89122	20 %	60 %	0 %	20 %	203288342
140	NC_011246	TAATT	2	10	89639	89648	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_011246	TAATA	2	10	89855	89864	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_011246	ATCCC	2	10	92776	92785	20 %	20 %	0 %	60 %	203288346
143	NC_011246	TCTTT	2	10	93103	93112	0 %	80 %	0 %	20 %	203288346
144	NC_011246	ATTGT	2	10	95143	95152	20 %	60 %	20 %	0 %	203288349
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179	NC_011246	AAAAT	2	10	123871	123880	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.