MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Vibrio fischeri MJ11 plasmid pMJ100

Total Repeats: 83

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011185	TTTAAT	2	12	3121	3132	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	197336538
2	NC_011185	ATTTGC	2	12	4069	4080	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	197336634
3	NC_011185	TATTGA	2	12	4418	4429	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	197336634
4	NC_011185	AATCTC	2	12	4603	4614	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	197336634
5	NC_011185	ATTAAC	2	12	5802	5813	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	197336485
6	NC_011185	TGCTCC	2	12	9889	9900	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	197336573
7	NC_011185	CGTAAC	2	12	10665	10676	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	197336664
8	NC_011185	TTTTGA	2	12	10974	10985	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	197336664
9	NC_011185	CTGAAT	2	12	15898	15909	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	197336575
10	NC_011185	TGGCTG	2	12	16843	16854	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	197336610
11	NC_011185	TGATTT	2	12	19305	19316	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	197336509
12	NC_011185	TATATT	2	12	20056	20067	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	197336509
13	NC_011185	TAAATA	2	12	24365	24376	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	197336600
14	NC_011185	ATAGGA	2	12	27697	27708	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	197336501
15	NC_011185	TAAAAG	2	12	35825	35836	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	197336571
16	NC_011185	TTAACG	2	12	43173	43184	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	197336607
17	NC_011185	AAATAT	2	12	44137	44148	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	197336632
18	NC_011185	CGCTTG	2	12	48587	48598	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	197336588
19	NC_011185	AAAGCA	2	12	54402	54413	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	197336591
20	NC_011185	TGCAGT	2	12	55835	55846	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	197336587
21	NC_011185	TGCGAT	2	12	60002	60013	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	197336495
22	NC_011185	ATTAAT	2	12	60913	60924	50 %	50 %	0 %	0 %	197336630
23	NC_011185	AATTAA	2	12	61272	61283	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	197336543
24	NC_011185	TTATTT	2	12	64686	64697	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	197336570
25	NC_011185	TGATTT	2	12	67342	67353	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	197336620
26	NC_011185	ATGAAT	2	12	68262	68273	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	197336545
27	NC_011185	TGATAA	2	12	73641	73652	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	197336651
28	NC_011185	ATGCAA	2	12	76635	76646	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	197336522
29	NC_011185	ATTTAA	2	12	76816	76827	50 %	50 %	0 %	0 %	197336522
30	NC_011185	ATGCTT	2	12	76995	77006	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	197336522
31	NC_011185	ATAAAG	2	12	77418	77429	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	197336522
32	NC_011185	ATTTGT	2	12	81553	81564	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	197336641
33	NC_011185	TTATCA	2	12	81939	81950	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	197336641
34	NC_011185	AGTTTT	2	12	83291	83302	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	197336641
35	NC_011185	ATAAAA	2	12	84750	84761	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	197336665
36	NC_011185	TAATTG	2	12	85856	85867	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	197336532
37	NC_011185	TATGGA	2	12	86767	86778	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	197336568
38	NC_011185	AGGGTC	2	12	90725	90736	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	197336653
39	NC_011185	CTTTTT	2	12	91361	91372	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	197336567
40	NC_011185	AATGGA	2	12	92783	92794	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	197336551
41	NC_011185	TGAAAC	2	12	97568	97579	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	197336666
42	NC_011185	TGTATT	2	12	97846	97857	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	197336666
43	NC_011185	ACTAGC	2	12	101889	101900	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	197336611
44	NC_011185	AAATAC	2	12	105904	105915	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	197336529
45	NC_011185	AAACAT	2	12	106081	106092	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	197336529
46	NC_011185	CATAGC	2	12	109992	110003	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	197336636
47	NC_011185	TGTTCA	2	12	111468	111479	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	197336652
48	NC_011185	AATTTG	2	12	115402	115413	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	197336601
49	NC_011185	CAATAG	2	12	117581	117592	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	197336536
50	NC_011185	ATTTCT	2	12	117957	117968	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	197336512
51	NC_011185	TTTTGT	2	12	118109	118120	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	197336512
52	NC_011185	TTTGTT	2	12	119676	119687	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	197336500
53	NC_011185	TATTCC	2	12	126000	126011	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	197336472
54	NC_011185	GCTATT	2	12	126806	126817	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	197336565
55	NC_011185	ATGTTG	2	12	129912	129923	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	197336511
56	NC_011185	AAAAAG	2	12	131325	131336	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	197336605
57	NC_011185	AGTTTT	2	12	133415	133426	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	197336528
58	NC_011185	GGAGCA	2	12	133950	133961	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	197336488
59	NC_011185	AGTTTT	2	12	134570	134581	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	197336488
60	NC_011185	GAAAAA	2	12	134598	134609	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	197336488
61	NC_011185	TTAAAG	2	12	134619	134630	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	197336488
62	NC_011185	AATACA	2	12	135592	135603	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	197336488
63	NC_011185	AATACA	2	12	136118	136129	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	197336488
64	NC_011185	AAAGAT	2	12	136716	136727	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	197336516
65	NC_011185	ATCTTA	2	12	136831	136842	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	197336516
66	NC_011185	TTACTG	2	12	142735	142746	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	197336553
67	NC_011185	CTTGGT	2	12	142800	142811	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	197336553
68	NC_011185	TATTAG	2	12	143939	143950	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	197336553
69	NC_011185	CAAAAA	2	12	144520	144531	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	197336553
70	NC_011185	ACAATG	2	12	145780	145791	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	197336590
71	NC_011185	CATTGG	2	12	153101	153112	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	197336629
72	NC_011185	TCTTTT	2	12	156547	156558	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	197336533
73	NC_011185	TGAACC	2	12	157432	157443	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	197336622
74	NC_011185	AATACC	2	12	157751	157762	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	197336552
75	NC_011185	AATAGG	2	12	160295	160306	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	197336597
76	NC_011185	GAAAGA	2	12	168329	168340	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	197336602
77	NC_011185	TCATAT	2	12	169157	169168	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	197336527
78	NC_011185	AATAAG	2	12	170361	170372	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	197336550
79	NC_011185	AGCAGA	2	12	170489	170500	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	197336648
80	NC_011185	TGAGTT	2	12	174921	174932	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	197336515
81	NC_011185	AATTAA	2	12	176428	176439	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	197336531
82	NC_011185	GAGTTA	2	12	177434	177445	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	197336650
83	NC_011185	TGCGGT	2	12	178420	178431	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	197336589

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.