MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483 chromosome

Total Repeats: 182

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011149	TCTTAA	2	12	23205	23216	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_011149	TGTGGT	2	12	74848	74859	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
3	NC_011149	AAAGAA	2	12	75164	75175	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_011149	TGCCAG	2	12	80570	80581	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_011149	CTCCAG	2	12	113613	113624	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
6	NC_011149	GTTGAA	2	12	116701	116712	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_011149	CGGGTG	2	12	118341	118352	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_011149	AATGCT	2	12	122967	122978	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_011149	AAGAGG	2	12	130157	130168	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
10	NC_011149	GGATAA	2	12	135798	135809	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_011149	CAATAT	2	12	238319	238330	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_011149	TTAATT	2	12	238651	238662	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_011149	ATAAAT	2	12	315631	315642	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_011149	TAAATA	2	12	316985	316996	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_011149	CTGTTG	2	12	321543	321554	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_011149	AGATGA	2	12	333534	333545	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_011149	GTTGCG	2	12	337280	337291	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_011149	TTCTCA	2	12	341522	341533	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_011149	CTCATT	2	12	360976	360987	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_011149	GTGATA	2	12	459298	459309	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_011149	CCAGCA	2	12	462474	462485	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
22	NC_011149	CAGGCG	2	12	523023	523034	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_011149	AGCGCC	2	12	528752	528763	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
24	NC_011149	ATTTTT	2	12	540709	540720	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_011149	TGCAAT	2	12	574172	574183	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_011149	TAACGT	2	12	606982	606993	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_011149	TGCAAA	2	12	619211	619222	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_011149	TGTATC	2	12	709565	709576	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_011149	TTTTTA	2	12	726266	726277	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_011149	CAAAAA	2	12	773219	773230	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_011149	TGAAAA	2	12	864928	864939	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_011149	ATTTTT	2	12	871551	871562	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_011149	CATCGT	2	12	904266	904277	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_011149	GATGAC	2	12	925895	925906	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_011149	AAAAAT	2	12	1032550	1032561	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_011149	TGAGTA	2	12	1046996	1047007	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_011149	AATTGA	2	12	1085478	1085489	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_011149	GATGGT	2	12	1113668	1113679	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
39	NC_011149	TTGAAC	2	12	1122181	1122192	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_011149	TATCAA	2	12	1164191	1164202	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_011149	GCTTTA	2	12	1181785	1181796	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_011149	TACCTG	2	12	1200092	1200103	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_011149	GTGAAA	2	12	1212129	1212140	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
44	NC_011149	CGACCA	2	12	1261262	1261273	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
45	NC_011149	ACGTTG	2	12	1264757	1264768	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_011149	TTAACA	2	12	1300864	1300875	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_011149	AGCCAA	2	12	1305587	1305598	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_011149	GCCGTT	2	12	1349248	1349259	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_011149	GCCGTT	2	12	1349901	1349912	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_011149	CGCAGA	2	12	1390522	1390533	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_011149	CATTTC	2	12	1399910	1399921	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_011149	ACTATA	2	12	1403127	1403138	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_011149	CGCAGC	2	12	1460065	1460076	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
54	NC_011149	AATATA	2	12	1478470	1478481	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_011149	TGGCAG	2	12	1478679	1478690	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_011149	ACATAA	2	12	1487993	1488004	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_011149	GGGGAA	2	12	1539698	1539709	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_011149	TTAATG	2	12	1542612	1542623	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_011149	AATATC	2	12	1558510	1558521	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_011149	TGGGCG	2	12	1561995	1562006	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_011149	TATTGA	2	12	1586838	1586849	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_011149	TATTGA	2	12	1587288	1587299	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_011149	CAAAAA	2	12	1627482	1627493	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_011149	AAGACT	2	12	1754629	1754640	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_011149	GCGAGC	2	12	1769531	1769542	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_011149	AGGCTA	2	12	1813715	1813726	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_011149	ATGTCC	2	12	1844739	1844750	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_011149	ATCACC	2	12	1849183	1849194	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
69	NC_011149	GCGCTT	2	12	1851467	1851478	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_011149	CTTCAC	2	12	1863745	1863756	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
71	NC_011149	TAAACC	2	12	1874665	1874676	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_011149	CAAAAA	2	12	1885858	1885869	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_011149	GTTTTT	2	12	1888481	1888492	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_011149	CTTTTT	2	12	1916407	1916418	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_011149	ATAATT	2	12	1971595	1971606	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_011149	GGCCGT	2	12	1992220	1992231	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_011149	ACATTT	2	12	2001277	2001288	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_011149	GTCAAC	2	12	2004651	2004662	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_011149	ATCTGG	2	12	2045817	2045828	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_011149	GATTCG	2	12	2091853	2091864	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_011149	AATCAG	2	12	2101891	2101902	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_011149	GTTATT	2	12	2146310	2146321	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_011149	ATAACA	2	12	2183138	2183149	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_011149	GGCGCT	2	12	2184746	2184757	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_011149	TTGAGT	2	12	2194654	2194665	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
86	NC_011149	TCAACC	2	12	2194943	2194954	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
87	NC_011149	TGTTTA	2	12	2199062	2199073	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_011149	TTTATC	2	12	2229072	2229083	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_011149	GAAATT	2	12	2242489	2242500	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_011149	CCTTCA	2	12	2318751	2318762	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
91	NC_011149	CATTAA	2	12	2401387	2401398	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_011149	AGAAAA	2	12	2438110	2438121	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
93	NC_011149	GGCGAT	2	12	2457435	2457446	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_011149	ATTTTT	2	12	2466007	2466018	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_011149	TGGCGT	2	12	2475873	2475884	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_011149	GTAAGT	2	12	2477084	2477095	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
97	NC_011149	TTTTCA	2	12	2486395	2486406	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_011149	CAAGTG	2	12	2503502	2503513	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_011149	CTGTCA	2	12	2548418	2548429	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_011149	CTCAAC	2	12	2585758	2585769	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
101	NC_011149	ACAAAA	2	12	2590208	2590219	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_011149	GCTACA	2	12	2618821	2618832	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_011149	GCCGCT	2	12	2668952	2668963	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
104	NC_011149	TTTGTT	2	12	2693384	2693395	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
105	NC_011149	TATTTT	2	12	2693579	2693590	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_011149	CCGGCA	2	12	2724335	2724346	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
107	NC_011149	TTCATC	2	12	2812748	2812759	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_011149	GTTGCT	2	12	2814630	2814641	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_011149	CTGCTC	2	12	2815503	2815514	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
110	NC_011149	CTTTGC	2	12	2824643	2824654	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_011149	CTTAGG	2	12	2834992	2835003	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_011149	AAATAG	2	12	2835120	2835131	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
113	NC_011149	ATCTTA	2	12	2837912	2837923	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_011149	CAATAA	2	12	2851447	2851458	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_011149	TTAAAA	2	12	2954625	2954636	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_011149	GTTTCT	2	12	2988213	2988224	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_011149	GCGATC	2	12	3058353	3058364	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_011149	CCACCG	2	12	3102580	3102591	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
119	NC_011149	TCGATA	2	12	3118148	3118159	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_011149	TTCAGT	2	12	3169909	3169920	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_011149	AACCGG	2	12	3196257	3196268	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_011149	TTGCAG	2	12	3239899	3239910	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_011149	TATTCT	2	12	3242752	3242763	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_011149	AGTTGT	2	12	3297232	3297243	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
125	NC_011149	AATGAT	2	12	3302900	3302911	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
126	NC_011149	TAACCA	2	12	3341178	3341189	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_011149	TTCGAT	2	12	3366824	3366835	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_011149	GGACAG	2	12	3368171	3368182	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_011149	AACCCT	2	12	3368677	3368688	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
130	NC_011149	TAAGCG	2	12	3387398	3387409	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_011149	CAACTC	2	12	3414388	3414399	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
132	NC_011149	TTCGGC	2	12	3415001	3415012	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_011149	CGTAGT	2	12	3416153	3416164	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
134	NC_011149	TGTTAT	2	12	3430983	3430994	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
135	NC_011149	TGTCGC	2	12	3512868	3512879	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_011149	ATATTG	2	12	3597519	3597530	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
137	NC_011149	CTTAAT	2	12	3696189	3696200	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
138	NC_011149	TAAAAA	2	12	3750173	3750184	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_011149	GCGATC	2	12	3765763	3765774	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_011149	ATTATA	2	12	3799822	3799833	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_011149	GCATTA	2	12	3878030	3878041	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
142	NC_011149	TAAATA	2	12	3883972	3883983	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_011149	ACATGA	2	12	3889802	3889813	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
144	NC_011149	GCTTTG	2	12	4165668	4165679	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
145	NC_011149	GCCCAG	2	12	4166211	4166222	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
146	NC_011149	TTTGTT	2	12	4166819	4166830	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
147	NC_011149	AAATAT	2	12	4188720	4188731	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_011149	TTTTAA	2	12	4188916	4188927	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_011149	TTTTAC	2	12	4233252	4233263	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
150	NC_011149	AGCGTT	2	12	4252092	4252103	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
151	NC_011149	AATAAA	2	12	4293799	4293810	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_011149	TTTTGA	2	12	4319911	4319922	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
153	NC_011149	GATGTC	2	12	4361675	4361686	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
154	NC_011149	TAACCA	2	12	4362141	4362152	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
155	NC_011149	GCGCTT	2	12	4388769	4388780	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
156	NC_011149	GTCTTT	2	12	4424547	4424558	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
157	NC_011149	TGTAAG	2	12	4424650	4424661	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
158	NC_011149	TTTTCA	2	12	4427174	4427185	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
159	NC_011149	CGCGTT	2	12	4433315	4433326	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
160	NC_011149	CAGGCA	2	12	4458653	4458664	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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162	NC_011149	ATAAAA	2	12	4489599	4489610	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_011149	GCACTT	2	12	4490768	4490779	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
164	NC_011149	ACCACA	2	12	4498638	4498649	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
165	NC_011149	CCCCAT	2	12	4507480	4507491	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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179	NC_011149	CAACAG	2	12	4740650	4740661	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
180	NC_011149	TTATCA	2	12	4751562	4751573	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
181	NC_011149	TTTAAT	2	12	4770839	4770850	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.