MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1 chromosome

Total Repeats: 118

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011126	TCAAA	2	10	178	187	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_011126	ATTCA	2	10	10675	10684	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
3	NC_011126	TACTC	2	10	21119	21128	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
4	NC_011126	CGCCT	2	10	54593	54602	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
5	NC_011126	TTTTA	2	10	56592	56601	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_011126	TTTAT	2	10	60181	60190	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_011126	TAAAA	2	10	61325	61334	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_011126	ATAAA	2	10	65512	65521	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_011126	TATAA	2	10	77332	77341	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_011126	TTAAA	2	10	101152	101161	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_011126	TTATA	2	10	112207	112216	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_011126	TATTT	2	10	116666	116675	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_011126	ATATA	2	10	126989	126998	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_011126	CTTTG	2	10	201819	201828	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
15	NC_011126	ATAAA	2	10	205514	205523	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_011126	TATAA	2	10	222200	222209	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_011126	GTTTT	2	10	222397	222406	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_011126	ATTAT	2	10	265493	265502	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_011126	TAGCA	2	10	276668	276677	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
20	NC_011126	TAAAA	2	10	290146	290155	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_011126	CCTTA	2	10	304838	304847	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
22	NC_011126	CTTTG	2	10	310133	310142	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_011126	TAAAA	2	10	321568	321577	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_011126	AAATA	2	10	390761	390770	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_011126	TATAA	2	10	394486	394495	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_011126	TTATA	2	10	405827	405836	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_011126	TTAAA	2	10	406526	406535	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_011126	TTTTA	2	10	412977	412986	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_011126	TGTTT	2	10	413190	413199	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_011126	GCAAA	2	10	413937	413946	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_011126	ATCTT	2	10	415296	415305	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_011126	GAAGA	2	10	415921	415930	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
33	NC_011126	GAGAT	2	10	427812	427821	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
34	NC_011126	TACTA	2	10	446687	446696	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_011126	TATAA	2	10	451394	451403	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_011126	TTTTA	2	10	470156	470165	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_011126	TAAAA	2	10	473685	473694	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_011126	ATAAA	2	10	473710	473719	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_011126	TTTTA	2	10	475116	475125	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_011126	AAACC	2	10	505823	505832	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
41	NC_011126	TATAA	2	10	523538	523547	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_011126	CCAAT	2	10	551333	551342	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
43	NC_011126	TAAAA	2	10	552707	552716	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_011126	TAATA	2	10	576236	576245	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_011126	ATTTT	2	10	577093	577102	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_011126	ATAGT	2	10	587275	587284	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_011126	ATATT	2	10	599043	599052	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_011126	ATTAT	2	10	617437	617446	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_011126	AGCAT	2	10	622491	622500	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
50	NC_011126	CCTTC	2	10	623929	623938	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
51	NC_011126	GATAT	2	10	626915	626924	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_011126	TTAAA	2	10	637125	637134	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_011126	AAAAT	2	10	637281	637290	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_011126	AAGGG	2	10	639527	639536	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
55	NC_011126	GGGAT	2	10	642763	642772	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
56	NC_011126	AATAT	2	10	674714	674723	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_011126	GCTTA	2	10	723834	723843	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
58	NC_011126	TAAAA	2	10	733547	733556	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_011126	ATTTT	2	10	743501	743510	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_011126	TATAA	2	10	762733	762742	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_011126	TTTAT	2	10	779451	779460	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_011126	TAAAA	2	10	786293	786302	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_011126	TTTCC	2	10	789222	789231	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
64	NC_011126	CTGAC	2	10	790063	790072	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
65	NC_011126	GAAAA	2	10	827894	827903	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_011126	TATAA	2	10	862267	862276	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_011126	AATTA	2	10	879878	879887	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_011126	TATAT	2	10	892865	892874	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_011126	TATAA	2	10	930893	930902	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_011126	TATAT	2	10	952468	952477	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_011126	GATAT	2	10	979123	979132	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_011126	ATTTT	2	10	981874	981883	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_011126	ATTAA	2	10	988958	988967	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_011126	TTTAT	2	10	1009252	1009261	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_011126	ATATA	2	10	1016612	1016621	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_011126	TAATA	2	10	1023412	1023421	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_011126	TATTT	2	10	1023480	1023489	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_011126	TTTTA	2	10	1026140	1026149	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_011126	ATTTT	2	10	1037391	1037400	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_011126	TTATA	2	10	1037618	1037627	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_011126	TGTTT	2	10	1038040	1038049	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_011126	TGTTT	2	10	1038568	1038577	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_011126	TGTTT	2	10	1039168	1039177	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_011126	TTGTT	2	10	1039435	1039444	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_011126	TATAA	2	10	1045902	1045911	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_011126	TAATA	2	10	1049887	1049896	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_011126	TAAAA	2	10	1055554	1055563	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_011126	GATAT	2	10	1130330	1130339	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_011126	AAAAT	2	10	1149644	1149653	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_011126	TAAAA	2	10	1166259	1166268	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_011126	TACTC	2	10	1191183	1191192	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
92	NC_011126	AAAAT	2	10	1202178	1202187	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_011126	TATTT	2	10	1214937	1214946	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_011126	TTTAA	2	10	1218069	1218078	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_011126	AAAGA	2	10	1221974	1221983	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_011126	TTTCC	2	10	1252144	1252153	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
97	NC_011126	CTGAC	2	10	1252985	1252994	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
98	NC_011126	AGCAT	2	10	1254385	1254394	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
99	NC_011126	ATATA	2	10	1254406	1254415	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_011126	TTAAA	2	10	1258011	1258020	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_011126	TATAT	2	10	1263076	1263085	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_011126	TAATA	2	10	1264903	1264912	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_011126	TAAAA	2	10	1281347	1281356	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_011126	TAACA	2	10	1289208	1289217	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_011126	ATTTT	2	10	1289409	1289418	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_011126	TATAA	2	10	1305380	1305389	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_011126	TAATA	2	10	1310843	1310852	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_011126	TATCT	2	10	1324205	1324214	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_011126	GCAGA	2	10	1363538	1363547	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
110	NC_011126	TCCTA	2	10	1364860	1364869	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
111	NC_011126	TAAAA	2	10	1380692	1380701	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_011126	TTTAT	2	10	1380708	1380717	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_011126	TATAA	2	10	1396434	1396443	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_011126	CTTAT	2	10	1409041	1409050	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
115	NC_011126	CTCAC	2	10	1437449	1437458	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
116	NC_011126	TAAAA	2	10	1437486	1437495	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_011126	TATAT	2	10	1484567	1484576	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_011126	ATATT	2	10	1553874	1553883	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.