MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633 plasmid pCVM19633_110

Total Repeats: 82

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011092	CTTCC	2	10	372	381	0 %	40 %	0 %	60 %	194733785
2	NC_011092	AAAAC	2	10	2338	2347	80 %	0 %	0 %	20 %	194733822
3	NC_011092	AGGCC	2	10	5062	5071	20 %	0 %	40 %	40 %	194733786
4	NC_011092	ACGCC	2	10	10130	10139	20 %	0 %	20 %	60 %	194733838
5	NC_011092	CGCGC	2	10	10512	10521	0 %	0 %	40 %	60 %	194733838
6	NC_011092	TCGGC	2	10	11656	11665	0 %	20 %	40 %	40 %	194733781
7	NC_011092	GGCCT	2	10	12296	12305	0 %	20 %	40 %	40 %	194733891
8	NC_011092	GAGCA	2	10	12485	12494	40 %	0 %	40 %	20 %	194733891
9	NC_011092	AAAGC	2	10	18940	18949	60 %	0 %	20 %	20 %	194733834
10	NC_011092	TTGGC	2	10	22071	22080	0 %	40 %	40 %	20 %	194733826
11	NC_011092	TTTTG	2	10	22351	22360	0 %	80 %	20 %	0 %	194733826
12	NC_011092	CGGGC	2	10	25873	25882	0 %	0 %	60 %	40 %	194733830
13	NC_011092	CCCAG	2	10	27143	27152	20 %	0 %	20 %	60 %	194733886
14	NC_011092	GCGCG	2	10	27690	27699	0 %	0 %	60 %	40 %	194733886
15	NC_011092	AAAGG	2	10	31160	31169	60 %	0 %	40 %	0 %	194733848
16	NC_011092	GCTTC	2	10	31901	31910	0 %	40 %	20 %	40 %	194733819
17	NC_011092	TCCCC	2	10	32261	32270	0 %	20 %	0 %	80 %	194733882
18	NC_011092	TGCCC	2	10	32319	32328	0 %	20 %	20 %	60 %	194733882
19	NC_011092	CCCAG	2	10	32631	32640	20 %	0 %	20 %	60 %	194733801
20	NC_011092	GCGCG	2	10	33178	33187	0 %	0 %	60 %	40 %	194733801
21	NC_011092	GCCGT	2	10	33688	33697	0 %	20 %	40 %	40 %	194733856
22	NC_011092	GCGAA	2	10	34201	34210	40 %	0 %	40 %	20 %	194733856
23	NC_011092	AGCGC	2	10	35111	35120	20 %	0 %	40 %	40 %	194733856
24	NC_011092	GGCCT	2	10	37989	37998	0 %	20 %	40 %	40 %	194733797
25	NC_011092	GAGCA	2	10	38178	38187	40 %	0 %	40 %	20 %	194733797
26	NC_011092	GCTGC	2	10	41064	41073	0 %	20 %	40 %	40 %	194733868
27	NC_011092	TGGCG	2	10	42455	42464	0 %	20 %	60 %	20 %	194733879
28	NC_011092	TGCTC	2	10	44886	44895	0 %	40 %	20 %	40 %	194733817
29	NC_011092	AGGCC	2	10	45075	45084	20 %	0 %	40 %	40 %	194733817
30	NC_011092	TATTT	2	10	45807	45816	20 %	80 %	0 %	0 %	194733796
31	NC_011092	GCGCG	2	10	47357	47366	0 %	0 %	60 %	40 %	194733874
32	NC_011092	CGATG	2	10	48535	48544	20 %	20 %	40 %	20 %	194733874
33	NC_011092	TTGGC	2	10	49027	49036	0 %	40 %	40 %	20 %	194733874
34	NC_011092	ATCCT	2	10	50316	50325	20 %	40 %	0 %	40 %	194733793
35	NC_011092	TGCTC	2	10	50995	51004	0 %	40 %	20 %	40 %	194733843
36	NC_011092	AGGCC	2	10	51184	51193	20 %	0 %	40 %	40 %	194733843
37	NC_011092	TCTGG	2	10	51477	51486	0 %	40 %	40 %	20 %	194733824
38	NC_011092	AAAAT	2	10	52675	52684	80 %	20 %	0 %	0 %	194733847
39	NC_011092	ATGCG	2	10	59376	59385	20 %	20 %	40 %	20 %	194733892
40	NC_011092	AAGCG	2	10	59478	59487	40 %	0 %	40 %	20 %	194733892
41	NC_011092	CGAAC	2	10	60865	60874	40 %	0 %	20 %	40 %	194733854
42	NC_011092	GGCCT	2	10	62343	62352	0 %	20 %	40 %	40 %	194733805
43	NC_011092	GAGCA	2	10	62532	62541	40 %	0 %	40 %	20 %	194733805
44	NC_011092	AAGCG	2	10	64520	64529	40 %	0 %	40 %	20 %	194733792
45	NC_011092	GCGCT	2	10	65346	65355	0 %	20 %	40 %	40 %	194733875
46	NC_011092	GGCCG	2	10	65383	65392	0 %	0 %	60 %	40 %	194733875
47	NC_011092	GGCCT	2	10	66640	66649	0 %	20 %	40 %	40 %	194733860
48	NC_011092	GAGCA	2	10	66829	66838	40 %	0 %	40 %	20 %	194733860
49	NC_011092	GGCCT	2	10	68236	68245	0 %	20 %	40 %	40 %	194733779
50	NC_011092	GAGCA	2	10	68425	68434	40 %	0 %	40 %	20 %	194733779
51	NC_011092	GATCA	2	10	69136	69145	40 %	20 %	20 %	20 %	194733825
52	NC_011092	GTCCG	2	10	70344	70353	0 %	20 %	40 %	40 %	194733782
53	NC_011092	AGGCC	2	10	70406	70415	20 %	0 %	40 %	40 %	194733782
54	NC_011092	GGCCG	2	10	70479	70488	0 %	0 %	60 %	40 %	194733782
55	NC_011092	GCGCC	2	10	71237	71246	0 %	0 %	40 %	60 %	194733795
56	NC_011092	CTCCC	2	10	72491	72500	0 %	20 %	0 %	80 %	194733876
57	NC_011092	AAGGC	2	10	72723	72732	40 %	0 %	40 %	20 %	194733775
58	NC_011092	TATTT	2	10	74366	74375	20 %	80 %	0 %	0 %	194733832
59	NC_011092	TCGTG	2	10	77121	77130	0 %	40 %	40 %	20 %	194733813
60	NC_011092	GGCCT	2	10	80831	80840	0 %	20 %	40 %	40 %	194733841
61	NC_011092	GAGCA	2	10	81020	81029	40 %	0 %	40 %	20 %	194733841
62	NC_011092	GGCCT	2	10	83050	83059	0 %	20 %	40 %	40 %	194733890
63	NC_011092	GAGCA	2	10	83239	83248	40 %	0 %	40 %	20 %	194733890
64	NC_011092	TCCCA	2	10	84442	84451	20 %	20 %	0 %	60 %	194733789
65	NC_011092	TACCT	2	10	84562	84571	20 %	40 %	0 %	40 %	194733789
66	NC_011092	GCAAT	2	10	84734	84743	40 %	20 %	20 %	20 %	194733789
67	NC_011092	GTATT	2	10	86244	86253	20 %	60 %	20 %	0 %	194733833
68	NC_011092	ATGCA	2	10	86293	86302	40 %	20 %	20 %	20 %	194733833
69	NC_011092	TAGCT	2	10	86999	87008	20 %	40 %	20 %	20 %	194733833
70	NC_011092	CCGTC	2	10	89361	89370	0 %	20 %	20 %	60 %	194733837
71	NC_011092	CGCGG	2	10	90617	90626	0 %	0 %	60 %	40 %	194733818
72	NC_011092	CGGGA	2	10	91302	91311	20 %	0 %	60 %	20 %	194733818
73	NC_011092	TCTGG	2	10	94035	94044	0 %	40 %	40 %	20 %	194733870
74	NC_011092	CGGTG	2	10	94473	94482	0 %	20 %	60 %	20 %	194733870
75	NC_011092	ACTGC	2	10	98528	98537	20 %	20 %	20 %	40 %	194733800
76	NC_011092	GCGCA	2	10	100572	100581	20 %	0 %	40 %	40 %	194733844
77	NC_011092	TGCCC	2	10	101784	101793	0 %	20 %	20 %	60 %	194733844
78	NC_011092	TGTTT	2	10	103587	103596	0 %	80 %	20 %	0 %	194733778
79	NC_011092	GCACC	2	10	104079	104088	20 %	0 %	20 %	60 %	194733778
80	NC_011092	AGGCG	2	10	104234	104243	20 %	0 %	60 %	20 %	194733778
81	NC_011092	CGGCG	2	10	106266	106275	0 %	0 %	60 %	40 %	194733783
82	NC_011092	GCTTT	2	10	108367	108376	0 %	60 %	20 %	20 %	194733871

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.