MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Rhizobium etli CIAT 652 plasmid pA

Total Repeats: 294

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010998	CGGAA	2	10	2565	2574	40 %	0 %	40 %	20 %	190895320
2	NC_010998	CGGCA	2	10	3486	3495	20 %	0 %	40 %	40 %	190895322
3	NC_010998	GCTTC	2	10	3753	3762	0 %	40 %	20 %	40 %	190895322
4	NC_010998	GCGCC	2	10	5349	5358	0 %	0 %	40 %	60 %	190895324
5	NC_010998	GGGGA	2	10	7063	7072	20 %	0 %	80 %	0 %	190895325
6	NC_010998	CGGCG	2	10	10447	10456	0 %	0 %	60 %	40 %	190895326
7	NC_010998	GCCGA	2	10	10749	10758	20 %	0 %	40 %	40 %	190895326
8	NC_010998	CCGCT	2	10	10994	11003	0 %	20 %	20 %	60 %	190895326
9	NC_010998	ATTTC	2	10	12837	12846	20 %	60 %	0 %	20 %	190895327
10	NC_010998	GCCGT	2	10	13628	13637	0 %	20 %	40 %	40 %	190895327
11	NC_010998	GCCTT	2	10	13667	13676	0 %	40 %	20 %	40 %	190895327
12	NC_010998	ACCGG	2	10	13691	13700	20 %	0 %	40 %	40 %	190895327
13	NC_010998	CGTGG	2	10	16337	16346	0 %	20 %	60 %	20 %	190895327
14	NC_010998	AATGC	2	10	17147	17156	40 %	20 %	20 %	20 %	190895327
15	NC_010998	TCAAC	2	10	17258	17267	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
16	NC_010998	GACCG	2	10	17796	17805	20 %	0 %	40 %	40 %	190895328
17	NC_010998	CCTGC	2	10	18739	18748	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
18	NC_010998	AAGGC	2	10	23417	23426	40 %	0 %	40 %	20 %	190895334
19	NC_010998	CAGGG	2	10	23748	23757	20 %	0 %	60 %	20 %	190895334
20	NC_010998	GCGGG	2	10	25231	25240	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
21	NC_010998	ATTGA	2	10	27316	27325	40 %	40 %	20 %	0 %	190895337
22	NC_010998	CGATG	2	10	27725	27734	20 %	20 %	40 %	20 %	190895337
23	NC_010998	CGGCG	2	10	28583	28592	0 %	0 %	60 %	40 %	190895338
24	NC_010998	CAGGC	2	10	29536	29545	20 %	0 %	40 %	40 %	190895338
25	NC_010998	GGCCG	2	10	32096	32105	0 %	0 %	60 %	40 %	190895340
26	NC_010998	CGATC	2	10	32860	32869	20 %	20 %	20 %	40 %	190895341
27	NC_010998	ACGCG	2	10	41384	41393	20 %	0 %	40 %	40 %	190895348
28	NC_010998	GCCTC	2	10	41491	41500	0 %	20 %	20 %	60 %	190895348
29	NC_010998	CCCGT	2	10	41596	41605	0 %	20 %	20 %	60 %	190895348
30	NC_010998	ATTGC	2	10	43378	43387	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_010998	AGGCA	2	10	44641	44650	40 %	0 %	40 %	20 %	190895352
32	NC_010998	CCGCG	2	10	45271	45280	0 %	0 %	40 %	60 %	190895353
33	NC_010998	CGGCG	2	10	50180	50189	0 %	0 %	60 %	40 %	190895356
34	NC_010998	ACGCT	2	10	51697	51706	20 %	20 %	20 %	40 %	190895357
35	NC_010998	GCCGA	2	10	53061	53070	20 %	0 %	40 %	40 %	190895358
36	NC_010998	GCGAG	2	10	53459	53468	20 %	0 %	60 %	20 %	190895358
37	NC_010998	CTTCG	2	10	55826	55835	0 %	40 %	20 %	40 %	190895360
38	NC_010998	GCGAT	2	10	56771	56780	20 %	20 %	40 %	20 %	190895361
39	NC_010998	GGTGC	2	10	57904	57913	0 %	20 %	60 %	20 %	190895361
40	NC_010998	AGGGG	2	10	60249	60258	20 %	0 %	80 %	0 %	190895363
41	NC_010998	CGGCG	2	10	63920	63929	0 %	0 %	60 %	40 %	190895367
42	NC_010998	ATGGC	2	10	65467	65476	20 %	20 %	40 %	20 %	190895368
43	NC_010998	AAGCG	2	10	66262	66271	40 %	0 %	40 %	20 %	190895368
44	NC_010998	AGGGC	2	10	67885	67894	20 %	0 %	60 %	20 %	190895370
45	NC_010998	CCGCG	2	10	69944	69953	0 %	0 %	40 %	60 %	190895371
46	NC_010998	CGGGA	2	10	70072	70081	20 %	0 %	60 %	20 %	190895371
47	NC_010998	GCCGG	2	10	71082	71091	0 %	0 %	60 %	40 %	190895372
48	NC_010998	GGCAC	2	10	71347	71356	20 %	0 %	40 %	40 %	190895372
49	NC_010998	TCTCC	2	10	75213	75222	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
50	NC_010998	GGGCG	2	10	76154	76163	0 %	0 %	80 %	20 %	190895378
51	NC_010998	GATCA	2	10	76443	76452	40 %	20 %	20 %	20 %	190895378
52	NC_010998	CAGGA	2	10	76890	76899	40 %	0 %	40 %	20 %	190895379
53	NC_010998	CGGCG	2	10	77006	77015	0 %	0 %	60 %	40 %	190895379
54	NC_010998	TGCCG	2	10	77483	77492	0 %	20 %	40 %	40 %	190895380
55	NC_010998	TGCCG	2	10	79048	79057	0 %	20 %	40 %	40 %	190895381
56	NC_010998	CAGGA	2	10	79172	79181	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
57	NC_010998	TCGTC	2	10	79838	79847	0 %	40 %	20 %	40 %	190895383
58	NC_010998	TGGTT	2	10	82371	82380	0 %	60 %	40 %	0 %	190895386
59	NC_010998	ATCAC	2	10	82956	82965	40 %	20 %	0 %	40 %	190895387
60	NC_010998	CTCTG	2	10	83848	83857	0 %	40 %	20 %	40 %	190895388
61	NC_010998	CGGCA	2	10	85074	85083	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
62	NC_010998	CTTCG	2	10	86152	86161	0 %	40 %	20 %	40 %	190895391
63	NC_010998	GGCGT	2	10	86272	86281	0 %	20 %	60 %	20 %	190895391
64	NC_010998	CGAGA	2	10	86839	86848	40 %	0 %	40 %	20 %	190895392
65	NC_010998	GGCGA	2	10	87724	87733	20 %	0 %	60 %	20 %	190895393
66	NC_010998	GCCGC	2	10	89558	89567	0 %	0 %	40 %	60 %	190895394
67	NC_010998	GGGGA	2	10	90063	90072	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
68	NC_010998	CCGGC	2	10	91923	91932	0 %	0 %	40 %	60 %	190895396
69	NC_010998	GCCGC	2	10	93915	93924	0 %	0 %	40 %	60 %	190895397
70	NC_010998	TCCTC	2	10	97219	97228	0 %	40 %	0 %	60 %	190895402
71	NC_010998	GCTTC	2	10	97534	97543	0 %	40 %	20 %	40 %	190895402
72	NC_010998	ATGAG	2	10	99160	99169	40 %	20 %	40 %	0 %	190895404
73	NC_010998	ACGGC	2	10	99876	99885	20 %	0 %	40 %	40 %	190895405
74	NC_010998	TTTCG	2	10	101676	101685	0 %	60 %	20 %	20 %	190895407
75	NC_010998	TTGCC	2	10	102688	102697	0 %	40 %	20 %	40 %	190895408
76	NC_010998	AGCGC	2	10	102850	102859	20 %	0 %	40 %	40 %	190895408
77	NC_010998	CGTCA	2	10	103097	103106	20 %	20 %	20 %	40 %	190895408
78	NC_010998	TGCCG	2	10	111795	111804	0 %	20 %	40 %	40 %	190895415
79	NC_010998	CGCCC	2	10	113231	113240	0 %	0 %	20 %	80 %	190895417
80	NC_010998	AGGGC	2	10	115590	115599	20 %	0 %	60 %	20 %	190895418
81	NC_010998	CGGCT	2	10	115658	115667	0 %	20 %	40 %	40 %	190895418
82	NC_010998	ATGGC	2	10	117096	117105	20 %	20 %	40 %	20 %	190895419
83	NC_010998	GAGGT	2	10	118715	118724	20 %	20 %	60 %	0 %	190895421
84	NC_010998	AAATC	2	10	118789	118798	60 %	20 %	0 %	20 %	190895421
85	NC_010998	GAGAA	2	10	119719	119728	60 %	0 %	40 %	0 %	190895422
86	NC_010998	TTACG	2	10	120757	120766	20 %	40 %	20 %	20 %	190895422
87	NC_010998	CCGAC	2	10	120888	120897	20 %	0 %	20 %	60 %	190895423
88	NC_010998	TCGCG	2	10	123432	123441	0 %	20 %	40 %	40 %	190895424
89	NC_010998	GCTCG	2	10	125404	125413	0 %	20 %	40 %	40 %	190895427
90	NC_010998	CGCCC	2	10	126391	126400	0 %	0 %	20 %	80 %	190895427
91	NC_010998	GCCCA	2	10	126637	126646	20 %	0 %	20 %	60 %	190895427
92	NC_010998	GTGAA	2	10	127410	127419	40 %	20 %	40 %	0 %	190895428
93	NC_010998	TGGCG	2	10	127541	127550	0 %	20 %	60 %	20 %	190895428
94	NC_010998	CCATT	2	10	128207	128216	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
95	NC_010998	CCGAC	2	10	129928	129937	20 %	0 %	20 %	60 %	190895429
96	NC_010998	CGCGC	2	10	130423	130432	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
97	NC_010998	GCAGG	2	10	131802	131811	20 %	0 %	60 %	20 %	190895432
98	NC_010998	GCGAA	2	10	133629	133638	40 %	0 %	40 %	20 %	190895435
99	NC_010998	GCCCG	2	10	134121	134130	0 %	0 %	40 %	60 %	190895435
100	NC_010998	TGAAG	2	10	134747	134756	40 %	20 %	40 %	0 %	190895436
101	NC_010998	TCGCA	2	10	134779	134788	20 %	20 %	20 %	40 %	190895436
102	NC_010998	GCCGC	2	10	136770	136779	0 %	0 %	40 %	60 %	190895438
103	NC_010998	CGCGC	3	15	136867	136881	0 %	0 %	40 %	60 %	190895438
104	NC_010998	GCCTC	2	10	139007	139016	0 %	20 %	20 %	60 %	190895438
105	NC_010998	TCGCT	2	10	141886	141895	0 %	40 %	20 %	40 %	190895439
106	NC_010998	TCGGC	2	10	144162	144171	0 %	20 %	40 %	40 %	190895441
107	NC_010998	GCGCA	2	10	144437	144446	20 %	0 %	40 %	40 %	190895441
108	NC_010998	GCCCG	2	10	145413	145422	0 %	0 %	40 %	60 %	190895443
109	NC_010998	GAGGG	2	10	145567	145576	20 %	0 %	80 %	0 %	190895443
110	NC_010998	CGAGA	2	10	146374	146383	40 %	0 %	40 %	20 %	190895444
111	NC_010998	GTCAT	2	10	147397	147406	20 %	40 %	20 %	20 %	190895445
112	NC_010998	GATCC	2	10	149493	149502	20 %	20 %	20 %	40 %	190895447
113	NC_010998	TCCAA	2	10	150657	150666	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
114	NC_010998	ACGGC	2	10	151069	151078	20 %	0 %	40 %	40 %	190895448
115	NC_010998	GGAAT	2	10	153271	153280	40 %	20 %	40 %	0 %	190895450
116	NC_010998	ACCTG	2	10	153874	153883	20 %	20 %	20 %	40 %	190895450
117	NC_010998	CTTCA	2	10	153975	153984	20 %	40 %	0 %	40 %	190895450
118	NC_010998	CGCAG	2	10	154061	154070	20 %	0 %	40 %	40 %	190895450
119	NC_010998	TGCAG	2	10	155642	155651	20 %	20 %	40 %	20 %	190895451
120	NC_010998	CCGTT	2	10	163660	163669	0 %	40 %	20 %	40 %	190895460
121	NC_010998	CAGCG	2	10	165730	165739	20 %	0 %	40 %	40 %	190895463
122	NC_010998	GCCGC	2	10	169649	169658	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
123	NC_010998	GCCGC	2	10	170443	170452	0 %	0 %	40 %	60 %	190895466
124	NC_010998	TGCCA	2	10	172119	172128	20 %	20 %	20 %	40 %	190895467
125	NC_010998	CGCAA	2	10	175919	175928	40 %	0 %	20 %	40 %	190895471
126	NC_010998	CGCTG	2	10	176067	176076	0 %	20 %	40 %	40 %	190895471
127	NC_010998	CGGCG	2	10	178161	178170	0 %	0 %	60 %	40 %	190895473
128	NC_010998	TCGGC	2	10	178259	178268	0 %	20 %	40 %	40 %	190895473
129	NC_010998	TCGCC	2	10	180576	180585	0 %	20 %	20 %	60 %	190895475
130	NC_010998	ATCGG	2	10	181104	181113	20 %	20 %	40 %	20 %	190895476
131	NC_010998	CGATC	2	10	181324	181333	20 %	20 %	20 %	40 %	190895476
132	NC_010998	GATCC	2	10	181862	181871	20 %	20 %	20 %	40 %	190895476
133	NC_010998	CGCGG	2	10	182251	182260	0 %	0 %	60 %	40 %	190895476
134	NC_010998	AGCGC	2	10	182863	182872	20 %	0 %	40 %	40 %	190895476
135	NC_010998	GCAGC	2	10	183481	183490	20 %	0 %	40 %	40 %	190895477
136	NC_010998	GGACT	2	10	185685	185694	20 %	20 %	40 %	20 %	190895480
137	NC_010998	AGACC	2	10	186856	186865	40 %	0 %	20 %	40 %	190895483
138	NC_010998	TCGCG	2	10	187897	187906	0 %	20 %	40 %	40 %	190895483
139	NC_010998	CGGCA	2	10	188567	188576	20 %	0 %	40 %	40 %	190895483
140	NC_010998	GGCTT	2	10	190291	190300	0 %	40 %	40 %	20 %	190895486
141	NC_010998	CGTGC	2	10	190346	190355	0 %	20 %	40 %	40 %	190895486
142	NC_010998	TCGCA	2	10	190563	190572	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
143	NC_010998	ATCAG	2	10	193344	193353	40 %	20 %	20 %	20 %	190895489
144	NC_010998	TTCCG	2	10	194069	194078	0 %	40 %	20 %	40 %	190895490
145	NC_010998	GGGCA	2	10	194671	194680	20 %	0 %	60 %	20 %	190895491
146	NC_010998	GCGTC	2	10	194992	195001	0 %	20 %	40 %	40 %	190895492
147	NC_010998	GAGCC	2	10	196647	196656	20 %	0 %	40 %	40 %	190895495
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149	NC_010998	GCCGC	2	10	198832	198841	0 %	0 %	40 %	60 %	190895497
150	NC_010998	GAAGC	2	10	201360	201369	40 %	0 %	40 %	20 %	190895501
151	NC_010998	CATCG	2	10	201757	201766	20 %	20 %	20 %	40 %	190895502
152	NC_010998	CGCGG	2	10	202851	202860	0 %	0 %	60 %	40 %	190895503
153	NC_010998	CGGGC	2	10	206224	206233	0 %	0 %	60 %	40 %	190895506
154	NC_010998	CGATG	2	10	210241	210250	20 %	20 %	40 %	20 %	190895510
155	NC_010998	GACCA	2	10	210676	210685	40 %	0 %	20 %	40 %	190895511
156	NC_010998	GGATT	2	10	210847	210856	20 %	40 %	40 %	0 %	190895511
157	NC_010998	AACAG	2	10	214552	214561	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
158	NC_010998	CTGCC	2	10	217390	217399	0 %	20 %	20 %	60 %	190895514
159	NC_010998	GGCGG	2	10	217601	217610	0 %	0 %	80 %	20 %	190895515
160	NC_010998	ATCGG	2	10	217713	217722	20 %	20 %	40 %	20 %	190895515
161	NC_010998	GTTCG	2	10	219172	219181	0 %	40 %	40 %	20 %	190895516
162	NC_010998	CATCG	2	10	221049	221058	20 %	20 %	20 %	40 %	190895518
163	NC_010998	GCGCA	2	10	221163	221172	20 %	0 %	40 %	40 %	190895518
164	NC_010998	CCTTG	2	10	223875	223884	0 %	40 %	20 %	40 %	190895521
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166	NC_010998	GACCG	2	10	231685	231694	20 %	0 %	40 %	40 %	190895526
167	NC_010998	AGGCA	2	10	232550	232559	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
168	NC_010998	AGACA	2	10	232640	232649	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
169	NC_010998	TTTAG	2	10	234878	234887	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
170	NC_010998	GAAAC	2	10	235200	235209	60 %	0 %	20 %	20 %	190895529
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172	NC_010998	AGCCG	2	10	237438	237447	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
173	NC_010998	CGTTA	2	10	240419	240428	20 %	40 %	20 %	20 %	190895535
174	NC_010998	TGCCT	2	10	240535	240544	0 %	40 %	20 %	40 %	190895535
175	NC_010998	TTCGC	2	10	243490	243499	0 %	40 %	20 %	40 %	190895538
176	NC_010998	GCAGG	2	10	247436	247445	20 %	0 %	60 %	20 %	190895542
177	NC_010998	CGTGC	2	10	248582	248591	0 %	20 %	40 %	40 %	190895543
178	NC_010998	GGTCG	2	10	254681	254690	0 %	20 %	60 %	20 %	190895549
179	NC_010998	GCGCG	2	10	254768	254777	0 %	0 %	60 %	40 %	190895549
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182	NC_010998	CCTCG	2	10	260179	260188	0 %	20 %	20 %	60 %	190895553
183	NC_010998	CCGAT	2	10	260580	260589	20 %	20 %	20 %	40 %	190895553
184	NC_010998	ACGCA	2	10	261465	261474	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
185	NC_010998	GCTCG	2	10	261566	261575	0 %	20 %	40 %	40 %	190895555
186	NC_010998	GGGCC	2	10	262175	262184	0 %	0 %	60 %	40 %	190895555
187	NC_010998	GAAAG	2	10	262585	262594	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
188	NC_010998	GGCGA	2	10	263976	263985	20 %	0 %	60 %	20 %	190895557
189	NC_010998	GCGCC	2	10	266921	266930	0 %	0 %	40 %	60 %	190895561
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195	NC_010998	TGATG	2	10	273744	273753	20 %	40 %	40 %	0 %	190895569
196	NC_010998	TGCGC	2	10	280751	280760	0 %	20 %	40 %	40 %	190895577
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198	NC_010998	TCGAT	2	10	288055	288064	20 %	40 %	20 %	20 %	190895585
199	NC_010998	GACGC	2	10	289188	289197	20 %	0 %	40 %	40 %	190895586
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201	NC_010998	GCCGG	2	10	289566	289575	0 %	0 %	60 %	40 %	190895586
202	NC_010998	GCAAG	2	10	291682	291691	40 %	0 %	40 %	20 %	190895589
203	NC_010998	ACCCG	2	10	292412	292421	20 %	0 %	20 %	60 %	190895589
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205	NC_010998	GCCGG	2	10	294559	294568	0 %	0 %	60 %	40 %	190895590
206	NC_010998	ATCCG	2	10	295164	295173	20 %	20 %	20 %	40 %	190895591
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214	NC_010998	CCTCG	2	10	306513	306522	0 %	20 %	20 %	60 %	190895602
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223	NC_010998	CGACG	2	10	317029	317038	20 %	0 %	40 %	40 %	190895612
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232	NC_010998	CCGAT	2	10	333020	333029	20 %	20 %	20 %	40 %	190895626
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240	NC_010998	GCGCT	2	10	341569	341578	0 %	20 %	40 %	40 %	190895631
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249	NC_010998	GCCTT	2	10	347586	347595	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
250	NC_010998	TTGCG	2	10	351261	351270	0 %	40 %	40 %	20 %	190895640
251	NC_010998	GCGCC	2	10	351274	351283	0 %	0 %	40 %	60 %	190895640
252	NC_010998	TGACG	2	10	351326	351335	20 %	20 %	40 %	20 %	190895640
253	NC_010998	TGCCG	2	10	351365	351374	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
254	NC_010998	GGTCA	2	10	351434	351443	20 %	20 %	40 %	20 %	190895641
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256	NC_010998	GAAGG	2	10	351888	351897	40 %	0 %	60 %	0 %	190895641
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258	NC_010998	CGAGC	2	10	363605	363614	20 %	0 %	40 %	40 %	190895650
259	NC_010998	CCGAA	2	10	364706	364715	40 %	0 %	20 %	40 %	190895652
260	NC_010998	CGCCT	2	10	366370	366379	0 %	20 %	20 %	60 %	190895654
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263	NC_010998	ACCGA	2	10	369184	369193	40 %	0 %	20 %	40 %	190895657
264	NC_010998	ACCGC	2	10	369944	369953	20 %	0 %	20 %	60 %	190895657
265	NC_010998	GGCGA	2	10	370810	370819	20 %	0 %	60 %	20 %	190895657
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.