MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Rhizobium etli CIAT 652 plasmid pB

Total Repeats: 120

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010996	GGCAAT	2	12	4552	4563	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	190893987
2	NC_010996	GCTGTT	2	12	12744	12755	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	190893991
3	NC_010996	TCAACG	2	12	14826	14837	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	190893993
4	NC_010996	AATTGA	2	12	21927	21938	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	190893999
5	NC_010996	TCCTCG	2	12	23406	23417	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	190894000
6	NC_010996	GCCTCC	2	12	23436	23447	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	190894000
7	NC_010996	TCGAGG	2	12	28311	28322	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	190894002
8	NC_010996	CTCGGA	2	12	31595	31606	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	190894006
9	NC_010996	ATCGTC	2	12	32282	32293	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	190894007
10	NC_010996	GCATCG	2	12	44037	44048	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	190894017
11	NC_010996	CGCCGA	2	12	44458	44469	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	190894017
12	NC_010996	GCGGAA	2	12	50001	50012	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	190894022
13	NC_010996	CATCTT	2	12	51820	51831	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	190894023
14	NC_010996	GCGTCG	2	12	60274	60285	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	190894030
15	NC_010996	TCGGTA	2	12	61149	61160	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	190894031
16	NC_010996	TAGGGA	2	12	64470	64481	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	190894034
17	NC_010996	GTGACA	2	12	66497	66508	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	190894034
18	NC_010996	AAGGAC	2	12	94689	94700	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	190894052
19	NC_010996	GCTCGG	2	12	95393	95404	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	190894052
20	NC_010996	ATCGGC	2	12	95634	95645	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	190894052
21	NC_010996	GCATCG	2	12	96481	96492	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	190894052
22	NC_010996	AGCGAG	2	12	97626	97637	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	190894053
23	NC_010996	GGCCAG	2	12	100770	100781	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	190894058
24	NC_010996	TCGCCA	2	12	102794	102805	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	190894060
25	NC_010996	TCGCCT	2	12	103799	103810	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	190894061
26	NC_010996	TGCCGT	2	12	107368	107379	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	190894064
27	NC_010996	ATGGCG	2	12	108141	108152	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	190894064
28	NC_010996	TGGTGC	2	12	110080	110091	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	190894066
29	NC_010996	GGCAAC	2	12	113551	113562	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	190894073
30	NC_010996	TATCTC	2	12	118200	118211	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	190894080
31	NC_010996	ACGTCG	2	12	118612	118623	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	190894080
32	NC_010996	TTCGAT	2	12	121175	121186	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	190894082
33	NC_010996	GGGCAG	2	12	121226	121237	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	190894082
34	NC_010996	TTGCTG	2	12	122410	122421	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	190894083
35	NC_010996	GAGACG	2	12	130989	131000	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	190894090
36	NC_010996	GAACGC	2	12	135340	135351	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	190894092
37	NC_010996	ACGGTC	2	12	135655	135666	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	190894092
38	NC_010996	CGGAGG	2	12	139100	139111	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	190894094
39	NC_010996	ATCGAA	2	12	140254	140265	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	190894094
40	NC_010996	ATTTCA	2	12	141508	141519	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	190894096
41	NC_010996	AGATGC	2	12	141933	141944	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	190894097
42	NC_010996	AGGTTG	2	12	142185	142196	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	190894097
43	NC_010996	CAACGT	2	12	145631	145642	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	190894100
44	NC_010996	TGCCGC	2	12	148460	148471	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	190894101
45	NC_010996	CAAGCT	2	12	149747	149758	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	190894104
46	NC_010996	GAAATG	2	12	150120	150131	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	190894104
47	NC_010996	TCAAAG	2	12	150244	150255	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	190894104
48	NC_010996	TTCGGC	2	12	153265	153276	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	190894106
49	NC_010996	CGCGCT	2	12	160088	160099	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	190894113
50	NC_010996	GGTTGC	2	12	162339	162350	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	190894115
51	NC_010996	GGCGTC	2	12	163464	163475	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	190894116
52	NC_010996	TTGGCA	2	12	163660	163671	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	190894116
53	NC_010996	AAATCG	2	12	164450	164461	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	190894117
54	NC_010996	GAACGA	2	12	175317	175328	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	190894124
55	NC_010996	CCAGAA	2	12	181139	181150	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	190894131
56	NC_010996	CTACGG	2	12	182466	182477	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	190894133
57	NC_010996	GCGAGG	2	12	183240	183251	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	190894135
58	NC_010996	CATCGG	2	12	187055	187066	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	190894139
59	NC_010996	CGATGA	2	12	188579	188590	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	190894141
60	NC_010996	CAGTTC	2	12	188616	188627	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	190894141
61	NC_010996	GGACCG	2	12	188770	188781	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	190894141
62	NC_010996	CGAGAT	2	12	193587	193598	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	190894149
63	NC_010996	ACATCA	2	12	194683	194694	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	190894151
64	NC_010996	ATCTCC	2	12	196575	196586	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	190894153
65	NC_010996	GCCGGC	2	12	198127	198138	0 %	0 %	50 %	50 %	190894154
66	NC_010996	TTCTCG	2	12	205044	205055	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	190894158
67	NC_010996	CCACCT	2	12	205970	205981	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	190894159
68	NC_010996	CGAGAT	2	12	209621	209632	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	190894162
69	NC_010996	TCCTGC	2	12	220610	220621	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	190894176
70	NC_010996	GCCCGC	2	12	228080	228091	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	190894181
71	NC_010996	TCTCGC	2	12	229154	229165	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	190894182
72	NC_010996	CGCGGC	2	12	240740	240751	0 %	0 %	50 %	50 %	190894192
73	NC_010996	CCGCTC	2	12	251206	251217	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	190894199
74	NC_010996	AGTTGA	2	12	253439	253450	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	190894203
75	NC_010996	CCGAGG	2	12	260861	260872	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	190894205
76	NC_010996	CCGAGG	2	12	268757	268768	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	190894208
77	NC_010996	GGAATG	2	12	280127	280138	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	190894212
78	NC_010996	CGGATC	2	12	282068	282079	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	190894215
79	NC_010996	GAAATG	2	12	283198	283209	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	190894217
80	NC_010996	AGGGCG	2	12	297780	297791	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	190894229
81	NC_010996	TTCTCG	2	12	299983	299994	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	190894230
82	NC_010996	CGTGCC	2	12	300679	300690	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	190894231
83	NC_010996	TGGAGC	2	12	301993	302004	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	190894233
84	NC_010996	CGGCGA	2	12	302581	302592	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	190894233
85	NC_010996	TCGATC	2	12	303708	303719	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	190894234
86	NC_010996	GTCGCG	2	12	307876	307887	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	190894237
87	NC_010996	TCCGAT	2	12	309682	309693	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	190894241
88	NC_010996	AACGGA	2	12	311447	311458	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	190894242
89	NC_010996	GCTGAT	2	12	313276	313287	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	190894243
90	NC_010996	ACATAG	2	12	313579	313590	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	190894243
91	NC_010996	CGTTTT	2	12	324209	324220	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	190894247
92	NC_010996	GCGTTG	2	12	326453	326464	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	190894248
93	NC_010996	GCAGGA	2	12	326730	326741	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	190894249
94	NC_010996	CGGCGC	2	12	331879	331890	0 %	0 %	50 %	50 %	190894252
95	NC_010996	GGCCAA	2	12	332307	332318	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	190894253
96	NC_010996	ACGGGT	2	12	333431	333442	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	190894253
97	NC_010996	GGGCTG	2	12	334406	334417	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	190894254
98	NC_010996	GATCGG	2	12	348534	348545	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	190894271
99	NC_010996	GCAATG	2	12	348604	348615	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	190894271
100	NC_010996	CATAGC	2	12	354538	354549	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	190894274
101	NC_010996	ACGCTC	2	12	357557	357568	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	190894277
102	NC_010996	TGTAGG	2	12	364740	364751	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	190894283
103	NC_010996	GCAGAT	2	12	364798	364809	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	190894283
104	NC_010996	CGAAGG	2	12	365976	365987	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	190894285
105	NC_010996	ACCGCG	2	12	366281	366292	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	190894285
106	NC_010996	GCGCCG	2	12	366993	367004	0 %	0 %	50 %	50 %	190894285
107	NC_010996	TCGCCT	2	12	367227	367238	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	190894285
108	NC_010996	TGAGCC	2	12	368329	368340	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	190894287
109	NC_010996	GGCATG	2	12	374881	374892	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	190894292
110	NC_010996	AAACCG	2	12	377177	377188	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	190894294
111	NC_010996	GGATCG	2	12	380202	380213	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	190894301
112	NC_010996	GCGACC	2	12	386272	386283	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	190894306
113	NC_010996	ATCAGC	2	12	391188	391199	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	190894311
114	NC_010996	GCCCGA	2	12	397613	397624	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	190894317
115	NC_010996	CGTGGC	2	12	403531	403542	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	190894322
116	NC_010996	CCAAGG	2	12	418921	418932	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	190894331
117	NC_010996	AAGGTT	2	12	418998	419009	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	190894331
118	NC_010996	TTGATC	2	12	425971	425982	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	190894337
119	NC_010996	AGTTCA	2	12	426436	426447	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	190894337
120	NC_010996	AGAGCA	2	12	427617	427628	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	190894338

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.