MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Rhizobium etli CIAT 652 plasmid pB

Total Repeats: 114

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010996	TCGCG	2	10	606	615	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
2	NC_010996	GATTG	2	10	936	945	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
3	NC_010996	CATGC	2	10	2585	2594	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
4	NC_010996	GACGA	2	10	2969	2978	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
5	NC_010996	GCCGC	2	10	7058	7067	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
6	NC_010996	GCCAG	2	10	7594	7603	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
7	NC_010996	GTCGG	2	10	13267	13276	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
8	NC_010996	ACGAA	2	10	31253	31262	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
9	NC_010996	CGACC	2	10	32077	32086	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
10	NC_010996	AGGTG	2	10	35904	35913	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
11	NC_010996	TTGAT	2	10	38624	38633	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_010996	CTGCC	2	10	53987	53996	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
13	NC_010996	GCCGC	2	10	55280	55289	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
14	NC_010996	GAGCG	2	10	56600	56609	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
15	NC_010996	ACCAA	2	10	60862	60871	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
16	NC_010996	GACGC	2	10	64229	64238	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
17	NC_010996	TGAGT	2	10	66889	66898	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
18	NC_010996	TGGCC	2	10	66931	66940	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
19	NC_010996	CGCGG	2	10	69063	69072	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
20	NC_010996	ATGCC	2	10	69682	69691	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
21	NC_010996	CTTTG	2	10	69938	69947	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_010996	AAGAG	2	10	72751	72760	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
23	NC_010996	GATGG	2	10	76010	76019	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
24	NC_010996	ACCGC	2	10	76059	76068	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
25	NC_010996	CGATG	2	10	76263	76272	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
26	NC_010996	GATTG	2	10	77429	77438	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
27	NC_010996	TGACA	2	10	81073	81082	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_010996	CTCGC	2	10	81923	81932	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
29	NC_010996	GGCTC	2	10	85974	85983	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
30	NC_010996	TCCGC	2	10	89786	89795	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
31	NC_010996	AGGTC	2	10	90045	90054	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
32	NC_010996	GGCGG	2	10	103617	103626	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
33	NC_010996	GCCGA	2	10	109368	109377	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
34	NC_010996	CAACG	2	10	113852	113861	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
35	NC_010996	CCGGA	2	10	114917	114926	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
36	NC_010996	CTTCC	2	10	125563	125572	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
37	NC_010996	TCACA	2	10	127467	127476	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
38	NC_010996	CACCT	2	10	127794	127803	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
39	NC_010996	AGGCA	2	10	131973	131982	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_010996	CAACT	2	10	140749	140758	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
41	NC_010996	TCGGC	2	10	146323	146332	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
42	NC_010996	ATGAG	2	10	147249	147258	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
43	NC_010996	ATCAC	2	10	149173	149182	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
44	NC_010996	GTCTT	2	10	156200	156209	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
45	NC_010996	AAAAC	2	10	158410	158419	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_010996	AAGGC	2	10	158524	158533	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
47	NC_010996	TGCAA	2	10	187894	187903	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
48	NC_010996	GTGCA	2	10	188087	188096	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
49	NC_010996	CGCTC	2	10	193005	193014	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
50	NC_010996	CCAAT	2	10	203883	203892	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
51	NC_010996	GCGAT	2	10	215119	215128	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
52	NC_010996	GAACG	2	10	217188	217197	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
53	NC_010996	CAAGC	2	10	231859	231868	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
54	NC_010996	GCGCA	2	10	237333	237342	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
55	NC_010996	GACAG	2	10	237709	237718	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
56	NC_010996	GGCCA	2	10	248524	248533	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
57	NC_010996	TTGAG	2	10	251049	251058	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
58	NC_010996	CGGTT	2	10	252073	252082	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
59	NC_010996	CTGTT	2	10	254324	254333	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
60	NC_010996	ATGCG	2	10	258287	258296	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
61	NC_010996	ATCGG	2	10	271622	271631	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
62	NC_010996	AGGGC	2	10	273801	273810	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
63	NC_010996	CGGCT	2	10	275442	275451	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
64	NC_010996	GCATC	2	10	277457	277466	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
65	NC_010996	GCGGT	2	10	277661	277670	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
66	NC_010996	CCATC	2	10	277710	277719	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
67	NC_010996	GCCTG	2	10	287316	287325	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
68	NC_010996	CAGGC	2	10	287339	287348	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
69	NC_010996	GTTGC	2	10	290922	290931	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
70	NC_010996	CTGCC	2	10	293284	293293	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
71	NC_010996	CAGTT	2	10	298664	298673	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
72	NC_010996	AAGCT	2	10	298683	298692	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
73	NC_010996	CGACA	2	10	300856	300865	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
74	NC_010996	ATGGC	2	10	306694	306703	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
75	NC_010996	TCGCG	2	10	311947	311956	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
76	NC_010996	GCCTG	2	10	317213	317222	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
77	NC_010996	TGATT	2	10	318454	318463	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_010996	TCGTC	2	10	318664	318673	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
79	NC_010996	GTGCC	2	10	321009	321018	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
80	NC_010996	GCGCG	2	10	321912	321921	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
81	NC_010996	ACGGT	2	10	322903	322912	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
82	NC_010996	CGTAC	2	10	323804	323813	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
83	NC_010996	TTCGG	2	10	337446	337455	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
84	NC_010996	CCAGA	2	10	346020	346029	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
85	NC_010996	GATTG	2	10	347231	347240	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
86	NC_010996	CGATC	2	10	349421	349430	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
87	NC_010996	TCGGC	2	10	349563	349572	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
88	NC_010996	CGGCG	2	10	349759	349768	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
89	NC_010996	GTCGC	2	10	350882	350891	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
90	NC_010996	GCACC	2	10	351145	351154	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
91	NC_010996	TCCAC	2	10	352423	352432	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
92	NC_010996	TCACA	2	10	363277	363286	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
93	NC_010996	TTTCG	2	10	365032	365041	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
94	NC_010996	TCCGT	2	10	378623	378632	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
95	NC_010996	GCCTG	2	10	382435	382444	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
96	NC_010996	CAGGC	2	10	382458	382467	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
97	NC_010996	GCTCG	2	10	385328	385337	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
98	NC_010996	GATTG	2	10	385377	385386	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
99	NC_010996	CGGCA	2	10	385649	385658	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
100	NC_010996	TGGAA	2	10	386622	386631	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
101	NC_010996	GCTGG	2	10	386755	386764	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
102	NC_010996	GCGAC	2	10	392136	392145	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
103	NC_010996	CAGTG	2	10	393166	393175	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
104	NC_010996	GGAAC	2	10	400968	400977	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
105	NC_010996	TTTCC	2	10	401823	401832	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
106	NC_010996	GAAGC	2	10	403298	403307	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
107	NC_010996	CGCTT	2	10	404185	404194	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
108	NC_010996	AGGCG	2	10	404323	404332	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
109	NC_010996	CGCCA	2	10	414170	414179	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
110	NC_010996	AAAAG	2	10	414416	414425	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_010996	GAACG	2	10	417271	417280	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
112	NC_010996	CGAAC	2	10	424476	424485	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
113	NC_010996	TCCCC	3	15	424774	424788	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
114	NC_010996	AAAAG	2	10	427753	427762	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.