MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Rhizobium etli CIAT 652 plasmid pB

Total Repeats: 197

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010996	CGAAG	2	10	1754	1763	40 %	0 %	40 %	20 %	190893985
2	NC_010996	GCTGA	2	10	4271	4280	20 %	20 %	40 %	20 %	190893986
3	NC_010996	GAGAA	2	10	5541	5550	60 %	0 %	40 %	0 %	190893988
4	NC_010996	GCGCT	2	10	9522	9531	0 %	20 %	40 %	40 %	190893990
5	NC_010996	ATCTC	2	10	9772	9781	20 %	40 %	0 %	40 %	190893990
6	NC_010996	GTGCG	2	10	10012	10021	0 %	20 %	60 %	20 %	190893990
7	NC_010996	GGCGC	2	10	12355	12364	0 %	0 %	60 %	40 %	190893990
8	NC_010996	TCATG	2	10	12485	12494	20 %	40 %	20 %	20 %	190893990
9	NC_010996	AGGAA	2	10	15174	15183	60 %	0 %	40 %	0 %	190893993
10	NC_010996	CCAGC	2	10	15711	15720	20 %	0 %	20 %	60 %	190893993
11	NC_010996	GGTTT	2	10	16321	16330	0 %	60 %	40 %	0 %	190893994
12	NC_010996	TTCGC	2	10	18618	18627	0 %	40 %	20 %	40 %	190893995
13	NC_010996	GCAAG	2	10	20282	20291	40 %	0 %	40 %	20 %	190893997
14	NC_010996	CGATA	2	10	23962	23971	40 %	20 %	20 %	20 %	190894000
15	NC_010996	TTTCG	2	10	24487	24496	0 %	60 %	20 %	20 %	190894000
16	NC_010996	GCCGC	2	10	30462	30471	0 %	0 %	40 %	60 %	190894004
17	NC_010996	TGAAC	2	10	31696	31705	40 %	20 %	20 %	20 %	190894006
18	NC_010996	CGGTC	2	10	31775	31784	0 %	20 %	40 %	40 %	190894006
19	NC_010996	TGGGG	2	10	31958	31967	0 %	20 %	80 %	0 %	190894006
20	NC_010996	AGAGG	2	10	36456	36465	40 %	0 %	60 %	0 %	190894011
21	NC_010996	GCTGC	2	10	38386	38395	0 %	20 %	40 %	40 %	190894012
22	NC_010996	GCAGT	2	10	41069	41078	20 %	20 %	40 %	20 %	190894014
23	NC_010996	GCAGG	2	10	43486	43495	20 %	0 %	60 %	20 %	190894017
24	NC_010996	GCCGT	2	10	43893	43902	0 %	20 %	40 %	40 %	190894017
25	NC_010996	GCGCG	2	10	44287	44296	0 %	0 %	60 %	40 %	190894017
26	NC_010996	CGGCG	2	10	49743	49752	0 %	0 %	60 %	40 %	190894022
27	NC_010996	TCTCT	2	10	49810	49819	0 %	60 %	0 %	40 %	190894022
28	NC_010996	CGATC	2	10	52992	53001	20 %	20 %	20 %	40 %	190894026
29	NC_010996	GCATC	2	10	53604	53613	20 %	20 %	20 %	40 %	190894027
30	NC_010996	TCCGG	2	10	53900	53909	0 %	20 %	40 %	40 %	190894027
31	NC_010996	CGGGG	2	10	64516	64525	0 %	0 %	80 %	20 %	190894034
32	NC_010996	AGCGT	2	10	64683	64692	20 %	20 %	40 %	20 %	190894034
33	NC_010996	GATCC	2	10	64727	64736	20 %	20 %	20 %	40 %	190894034
34	NC_010996	GCCCA	2	10	73332	73341	20 %	0 %	20 %	60 %	190894037
35	NC_010996	CGACA	2	10	82629	82638	40 %	0 %	20 %	40 %	190894043
36	NC_010996	CATCC	2	10	84830	84839	20 %	20 %	0 %	60 %	190894045
37	NC_010996	GTGGC	2	10	88629	88638	0 %	20 %	60 %	20 %	190894047
38	NC_010996	CGCCA	2	10	90431	90440	20 %	0 %	20 %	60 %	190894049
39	NC_010996	CGGCC	2	10	93231	93240	0 %	0 %	40 %	60 %	190894051
40	NC_010996	TCGGC	2	10	93527	93536	0 %	20 %	40 %	40 %	190894051
41	NC_010996	TCCGA	2	10	95277	95286	20 %	20 %	20 %	40 %	190894052
42	NC_010996	GGCTC	2	10	95353	95362	0 %	20 %	40 %	40 %	190894052
43	NC_010996	GCTCG	2	10	96536	96545	0 %	20 %	40 %	40 %	190894052
44	NC_010996	GCGCA	2	10	96621	96630	20 %	0 %	40 %	40 %	190894052
45	NC_010996	GCGGA	2	10	97895	97904	20 %	0 %	60 %	20 %	190894054
46	NC_010996	GGCGA	2	10	99132	99141	20 %	0 %	60 %	20 %	190894056
47	NC_010996	GATGG	2	10	99205	99214	20 %	20 %	60 %	0 %	190894056
48	NC_010996	CAGGC	2	10	99534	99543	20 %	0 %	40 %	40 %	190894056
49	NC_010996	CGCCA	2	10	100070	100079	20 %	0 %	20 %	60 %	190894057
50	NC_010996	TCCGG	2	10	101701	101710	0 %	20 %	40 %	40 %	190894059
51	NC_010996	GGCGC	2	10	105103	105112	0 %	0 %	60 %	40 %	190894062
52	NC_010996	GCGCG	2	10	106615	106624	0 %	0 %	60 %	40 %	190894064
53	NC_010996	AAGGC	2	10	107220	107229	40 %	0 %	40 %	20 %	190894064
54	NC_010996	ACCTT	2	10	108157	108166	20 %	40 %	0 %	40 %	190894064
55	NC_010996	TCGGC	2	10	108228	108237	0 %	20 %	40 %	40 %	190894065
56	NC_010996	CGGCG	2	10	108652	108661	0 %	0 %	60 %	40 %	190894065
57	NC_010996	GCCGT	2	10	108815	108824	0 %	20 %	40 %	40 %	190894065
58	NC_010996	ACATC	2	10	111772	111781	40 %	20 %	0 %	40 %	190894069
59	NC_010996	GGGCC	2	10	111786	111795	0 %	0 %	60 %	40 %	190894069
60	NC_010996	AACCC	2	10	113409	113418	40 %	0 %	0 %	60 %	190894072
61	NC_010996	TCTCC	2	10	122751	122760	0 %	40 %	0 %	60 %	190894083
62	NC_010996	AAATC	2	10	122911	122920	60 %	20 %	0 %	20 %	190894084
63	NC_010996	CTCGG	2	10	123342	123351	0 %	20 %	40 %	40 %	190894084
64	NC_010996	AGAGC	2	10	126116	126125	40 %	0 %	40 %	20 %	190894086
65	NC_010996	CGATC	2	10	126240	126249	20 %	20 %	20 %	40 %	190894087
66	NC_010996	GATCC	2	10	126460	126469	20 %	20 %	20 %	40 %	190894087
67	NC_010996	CCGAT	2	10	128459	128468	20 %	20 %	20 %	40 %	190894088
68	NC_010996	GTTAG	2	10	136294	136303	20 %	40 %	40 %	0 %	190894092
69	NC_010996	ACGAT	2	10	139508	139517	40 %	20 %	20 %	20 %	190894094
70	NC_010996	TGCTC	2	10	140862	140871	0 %	40 %	20 %	40 %	190894095
71	NC_010996	GTCAT	2	10	142208	142217	20 %	40 %	20 %	20 %	190894097
72	NC_010996	TGTCG	2	10	142390	142399	0 %	40 %	40 %	20 %	190894097
73	NC_010996	GGAGA	2	10	142859	142868	40 %	0 %	60 %	0 %	190894097
74	NC_010996	TTGCG	2	10	144553	144562	0 %	40 %	40 %	20 %	190894099
75	NC_010996	ACCTG	2	10	145450	145459	20 %	20 %	20 %	40 %	190894100
76	NC_010996	CTTCG	2	10	147918	147927	0 %	40 %	20 %	40 %	190894101
77	NC_010996	CATGG	2	10	148745	148754	20 %	20 %	40 %	20 %	190894102
78	NC_010996	ATGCG	2	10	155506	155515	20 %	20 %	40 %	20 %	190894109
79	NC_010996	CAACA	2	10	157155	157164	60 %	0 %	0 %	40 %	190894110
80	NC_010996	TGGCG	2	10	157771	157780	0 %	20 %	60 %	20 %	190894111
81	NC_010996	GGATC	2	10	158847	158856	20 %	20 %	40 %	20 %	190894112
82	NC_010996	GCGGT	2	10	161073	161082	0 %	20 %	60 %	20 %	190894113
83	NC_010996	CGACG	2	10	168637	168646	20 %	0 %	40 %	40 %	190894120
84	NC_010996	CGCGG	2	10	168682	168691	0 %	0 %	60 %	40 %	190894120
85	NC_010996	TGCTC	2	10	174265	174274	0 %	40 %	20 %	40 %	190894123
86	NC_010996	TGTCA	2	10	176430	176439	20 %	40 %	20 %	20 %	190894125
87	NC_010996	AAGCA	2	10	177519	177528	60 %	0 %	20 %	20 %	190894127
88	NC_010996	GGGGC	2	10	178303	178312	0 %	0 %	80 %	20 %	190894129
89	NC_010996	CCGAT	2	10	178803	178812	20 %	20 %	20 %	40 %	190894130
90	NC_010996	CCGAG	2	10	178934	178943	20 %	0 %	40 %	40 %	190894130
91	NC_010996	GGCGA	2	10	179287	179296	20 %	0 %	60 %	20 %	190894130
92	NC_010996	TGCTC	2	10	181525	181534	0 %	40 %	20 %	40 %	190894132
93	NC_010996	ATTTC	2	10	181715	181724	20 %	60 %	0 %	20 %	190894133
94	NC_010996	CGGCG	2	10	184428	184437	0 %	0 %	60 %	40 %	190894136
95	NC_010996	CGGGA	2	10	186371	186380	20 %	0 %	60 %	20 %	190894138
96	NC_010996	GCAAG	2	10	191746	191755	40 %	0 %	40 %	20 %	190894145
97	NC_010996	TCTCT	2	10	193164	193173	0 %	60 %	0 %	40 %	190894148
98	NC_010996	CGAAG	2	10	195256	195265	40 %	0 %	40 %	20 %	190894151
99	NC_010996	AGCGC	2	10	195472	195481	20 %	0 %	40 %	40 %	190894151
100	NC_010996	CCTTT	2	10	196506	196515	0 %	60 %	0 %	40 %	190894153
101	NC_010996	CGCGG	2	10	196604	196613	0 %	0 %	60 %	40 %	190894153
102	NC_010996	GACAT	2	10	197531	197540	40 %	20 %	20 %	20 %	190894154
103	NC_010996	GCGAT	2	10	198419	198428	20 %	20 %	40 %	20 %	190894154
104	NC_010996	CGCGC	2	10	200375	200384	0 %	0 %	40 %	60 %	190894154
105	NC_010996	GCTCA	2	10	202091	202100	20 %	20 %	20 %	40 %	190894155
106	NC_010996	AGGTG	2	10	205718	205727	20 %	20 %	60 %	0 %	190894159
107	NC_010996	GGATC	2	10	205815	205824	20 %	20 %	40 %	20 %	190894159
108	NC_010996	ATCTG	2	10	208599	208608	20 %	40 %	20 %	20 %	190894161
109	NC_010996	CGCAG	2	10	211993	212002	20 %	0 %	40 %	40 %	190894165
110	NC_010996	GATCG	2	10	212159	212168	20 %	20 %	40 %	20 %	190894165
111	NC_010996	TCGGC	2	10	212412	212421	0 %	20 %	40 %	40 %	190894165
112	NC_010996	CGCAT	2	10	214637	214646	20 %	20 %	20 %	40 %	190894168
113	NC_010996	CAGAA	2	10	214721	214730	60 %	0 %	20 %	20 %	190894168
114	NC_010996	GCGCC	2	10	215541	215550	0 %	0 %	40 %	60 %	190894169
115	NC_010996	CTGCA	2	10	217540	217549	20 %	20 %	20 %	40 %	190894172
116	NC_010996	GCAGT	2	10	219921	219930	20 %	20 %	40 %	20 %	190894176
117	NC_010996	ATTAT	2	10	220139	220148	40 %	60 %	0 %	0 %	190894176
118	NC_010996	TCCGC	2	10	226317	226326	0 %	20 %	20 %	60 %	190894179
119	NC_010996	GCCGG	2	10	226635	226644	0 %	0 %	60 %	40 %	190894179
120	NC_010996	TCGAA	2	10	229774	229783	40 %	20 %	20 %	20 %	190894182
121	NC_010996	CACGT	2	10	230439	230448	20 %	20 %	20 %	40 %	190894184
122	NC_010996	TCGAA	2	10	230774	230783	40 %	20 %	20 %	20 %	190894184
123	NC_010996	ATTGA	2	10	232050	232059	40 %	40 %	20 %	0 %	190894185
124	NC_010996	GCTCA	2	10	240771	240780	20 %	20 %	20 %	40 %	190894192
125	NC_010996	CCTTC	2	10	241687	241696	0 %	40 %	0 %	60 %	190894192
126	NC_010996	GGGGC	2	10	246638	246647	0 %	0 %	80 %	20 %	190894195
127	NC_010996	GGAGA	2	10	249164	249173	40 %	0 %	60 %	0 %	190894197
128	NC_010996	CGTGC	2	10	249595	249604	0 %	20 %	40 %	40 %	190894197
129	NC_010996	AAGGG	2	10	251982	251991	40 %	0 %	60 %	0 %	190894200
130	NC_010996	CGGTG	2	10	252405	252414	0 %	20 %	60 %	20 %	190894201
131	NC_010996	GCGTC	2	10	252546	252555	0 %	20 %	40 %	40 %	190894201
132	NC_010996	TCGGA	2	10	261002	261011	20 %	20 %	40 %	20 %	190894205
133	NC_010996	CGGAC	2	10	261912	261921	20 %	0 %	40 %	40 %	190894205
134	NC_010996	TCGGA	2	10	265040	265049	20 %	20 %	40 %	20 %	190894206
135	NC_010996	TCGGA	2	10	265349	265358	20 %	20 %	40 %	20 %	190894206
136	NC_010996	CGGAC	2	10	268899	268908	20 %	0 %	40 %	40 %	190894208
137	NC_010996	CGGAC	2	10	269208	269217	20 %	0 %	40 %	40 %	190894208
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177	NC_010996	GACGA	2	10	389141	389150	40 %	0 %	40 %	20 %	190894310
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192	NC_010996	AGGTC	2	10	421186	421195	20 %	20 %	40 %	20 %	190894334
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197	NC_010996	CCCTC	2	10	427356	427365	0 %	20 %	0 %	80 %	190894338

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.