MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Rhizobium etli CIAT 652 chromosome

Total Repeats: 175

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010994	AAGCTT	2	12	13844	13855	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_010994	CATTTG	2	12	64639	64650	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_010994	TCCGGG	2	12	67547	67558	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_010994	CGTTCC	2	12	168846	168857	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
5	NC_010994	AATGAG	2	12	168912	168923	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_010994	AAAAGC	2	12	202497	202508	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_010994	ATGTTT	2	12	244553	244564	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_010994	GCGTTG	2	12	282853	282864	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_010994	CGCTGG	2	12	307078	307089	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_010994	TGAGCG	2	12	308139	308150	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_010994	CAAAAG	2	12	308182	308193	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_010994	AGATGC	2	12	331324	331335	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_010994	GCAAGC	2	12	333875	333886	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_010994	TCAGCT	2	12	351699	351710	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_010994	GAATTC	2	12	390132	390143	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_010994	ATTTTT	2	12	405432	405443	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_010994	AAAATC	2	12	425414	425425	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_010994	AGCGCA	2	12	425490	425501	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_010994	AGTTCA	2	12	450849	450860	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_010994	GCGCCG	2	12	482153	482164	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
21	NC_010994	ACCGTC	2	12	509197	509208	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
22	NC_010994	GCGCCG	2	12	546259	546270	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
23	NC_010994	TCGTGC	2	12	578023	578034	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_010994	AATAAC	2	12	579888	579899	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_010994	GTAAAG	2	12	601733	601744	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_010994	GAAAGC	2	12	640279	640290	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_010994	GCTACC	2	12	649724	649735	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
28	NC_010994	GCAAGC	2	12	650501	650512	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_010994	GACAAG	2	12	711668	711679	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_010994	GTGCAC	2	12	815257	815268	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_010994	CCGCGG	2	12	860638	860649	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
32	NC_010994	CACGCG	2	12	860846	860857	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
33	NC_010994	TATCAA	2	12	864634	864645	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_010994	GCGGGG	2	12	935027	935038	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_010994	GTCCGG	2	12	963529	963540	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_010994	CCGGTC	2	12	964135	964146	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
37	NC_010994	TTTGCA	2	12	965289	965300	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_010994	CCCTGC	2	12	988358	988369	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
39	NC_010994	GAAGGA	2	12	1006498	1006509	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
40	NC_010994	CAGCGC	2	12	1009181	1009192	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
41	NC_010994	ATCGCG	2	12	1015727	1015738	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_010994	GACAGC	2	12	1056503	1056514	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_010994	AGGGCG	2	12	1112736	1112747	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_010994	AGGGTT	2	12	1126426	1126437	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
45	NC_010994	GGCGAC	2	12	1181056	1181067	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_010994	GCTGAT	2	12	1193557	1193568	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_010994	GAGTGG	2	12	1203045	1203056	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_010994	CAAAAA	2	12	1232292	1232303	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_010994	AAGGAG	2	12	1253148	1253159	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
50	NC_010994	GGCTTG	2	12	1261327	1261338	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_010994	GGGTTC	2	12	1268474	1268485	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_010994	CGCTGT	2	12	1269449	1269460	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_010994	AAGCGC	2	12	1271839	1271850	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_010994	AGCGCA	2	12	1271918	1271929	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_010994	GGATTG	2	12	1310127	1310138	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
56	NC_010994	ATCGCC	2	12	1353489	1353500	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
57	NC_010994	GAATCT	2	12	1414542	1414553	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_010994	TTCGAT	2	12	1448134	1448145	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_010994	GGCCCC	2	12	1464318	1464329	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
60	NC_010994	AACGGT	2	12	1610961	1610972	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_010994	CAGCGT	2	12	1656902	1656913	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_010994	TCATCG	2	12	1689606	1689617	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_010994	GCGATT	2	12	1717510	1717521	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_010994	GTAGCG	2	12	1719165	1719176	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_010994	GGCCCA	2	12	1755290	1755301	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
66	NC_010994	CCAGAA	2	12	1769785	1769796	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_010994	CTGCGC	2	12	1773881	1773892	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
68	NC_010994	TTTTTC	2	12	1776968	1776979	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_010994	GATTAT	2	12	1837750	1837761	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_010994	GGCGCG	2	12	1846405	1846416	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_010994	AGGCAT	2	12	1914740	1914751	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_010994	CGCCGA	2	12	1930768	1930779	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
73	NC_010994	GTTTTT	2	12	1973243	1973254	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_010994	GTGACG	2	12	2038476	2038487	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_010994	CCGCGC	2	12	2095596	2095607	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
76	NC_010994	TGCCGG	2	12	2116043	2116054	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_010994	GGCGCA	2	12	2116076	2116087	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_010994	CCGGAC	2	12	2119668	2119679	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
79	NC_010994	AAAAAG	2	12	2135880	2135891	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
80	NC_010994	GATTTG	2	12	2145888	2145899	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_010994	GCGATC	2	12	2165604	2165615	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_010994	GTCGAC	2	12	2201377	2201388	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_010994	CGATGC	2	12	2203839	2203850	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_010994	CGCCGG	2	12	2234382	2234393	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
85	NC_010994	TTGAGA	2	12	2271578	2271589	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
86	NC_010994	TGTTAT	2	12	2292650	2292661	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_010994	GAAAAA	2	12	2316861	2316872	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_010994	TCCTGC	2	12	2333394	2333405	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
89	NC_010994	GCAGCG	2	12	2336159	2336170	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_010994	ATTCAA	2	12	2356133	2356144	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_010994	ATCCTG	2	12	2378278	2378289	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_010994	CACGAA	2	12	2430476	2430487	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_010994	AGGCAA	2	12	2450556	2450567	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_010994	CAGAGA	2	12	2450666	2450677	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_010994	GCCAGC	2	12	2475805	2475816	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
96	NC_010994	AGCTCA	2	12	2485922	2485933	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_010994	GCTGAA	2	12	2489985	2489996	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_010994	GCCGGT	2	12	2551158	2551169	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_010994	CTGCGC	2	12	2556759	2556770	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
100	NC_010994	GAGGGT	2	12	2564426	2564437	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_010994	GGAATA	2	12	2659005	2659016	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
102	NC_010994	AATCGG	2	12	2680798	2680809	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_010994	CGGCAA	2	12	2698026	2698037	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_010994	GCCTTG	2	12	2700081	2700092	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_010994	ATTTTA	2	12	2706889	2706900	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_010994	GGGCGC	2	12	2750025	2750036	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_010994	GGTTGA	2	12	2780440	2780451	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
108	NC_010994	GACAGT	2	12	2797522	2797533	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_010994	TCCGCT	2	12	2806148	2806159	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
110	NC_010994	GGCCGC	2	12	2816130	2816141	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
111	NC_010994	CGCCCT	2	12	2835330	2835341	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
112	NC_010994	ATCAAT	3	18	2843561	2843578	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_010994	CGCTGG	2	12	2846645	2846656	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_010994	GGACGG	2	12	2847482	2847493	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_010994	TGCCGA	2	12	2888300	2888311	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_010994	GGTGAG	2	12	2898377	2898388	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
117	NC_010994	CATCGC	2	12	2931389	2931400	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
118	NC_010994	GAAAAT	2	12	2954132	2954143	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_010994	TCGCAT	2	12	2966841	2966852	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_010994	GATGGT	2	12	3075447	3075458	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
121	NC_010994	ATTGGT	2	12	3085117	3085128	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
122	NC_010994	CCAGCG	2	12	3110689	3110700	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
123	NC_010994	CTGCCG	2	12	3131794	3131805	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
124	NC_010994	ATTTCC	2	12	3157255	3157266	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_010994	AAATCG	2	12	3202409	3202420	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_010994	GCAATC	2	12	3205648	3205659	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_010994	CCTCAC	2	12	3236646	3236657	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
128	NC_010994	CGCCTT	2	12	3272753	3272764	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
129	NC_010994	TTGTAG	2	12	3314347	3314358	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
130	NC_010994	TCGGCC	2	12	3319135	3319146	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
131	NC_010994	CTGCCC	2	12	3337977	3337988	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
132	NC_010994	GCAAGC	2	12	3360382	3360393	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_010994	GTCCAA	2	12	3361890	3361901	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_010994	GCCAGC	2	12	3366141	3366152	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
135	NC_010994	TTCTCG	2	12	3366788	3366799	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_010994	CCGCGG	2	12	3398620	3398631	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
137	NC_010994	CACGCG	2	12	3398828	3398839	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
138	NC_010994	GATTCC	2	12	3420875	3420886	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_010994	CGAAAG	2	12	3428912	3428923	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
140	NC_010994	AGGTAA	2	12	3430901	3430912	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
141	NC_010994	ATTTTA	2	12	3469111	3469122	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_010994	TGGCGA	2	12	3496917	3496928	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
143	NC_010994	AACAGA	2	12	3503928	3503939	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
144	NC_010994	CTTTGC	2	12	3520907	3520918	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_010994	CGCTCA	2	12	3529393	3529404	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
146	NC_010994	CCCGGA	2	12	3674551	3674562	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
147	NC_010994	CAAATG	2	12	3677459	3677470	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
148	NC_010994	TTCCAA	2	12	3679888	3679899	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
149	NC_010994	CACCGC	2	12	3704358	3704369	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
150	NC_010994	TGGAGA	2	12	3711270	3711281	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
151	NC_010994	CGCGCC	2	12	3752370	3752381	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
152	NC_010994	ACAGGC	2	12	3785756	3785767	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
153	NC_010994	AGATGA	2	12	3817225	3817236	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
154	NC_010994	GCAACA	2	12	3893325	3893336	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
155	NC_010994	GCCGAG	2	12	3899823	3899834	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
156	NC_010994	AAATAC	2	12	3958548	3958559	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
157	NC_010994	GACGCT	2	12	3965680	3965691	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
158	NC_010994	GCACCG	2	12	4062166	4062177	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
159	NC_010994	CCCGGA	2	12	4078520	4078531	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
160	NC_010994	CAAATG	2	12	4081428	4081439	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
161	NC_010994	CAATAA	2	12	4089971	4089982	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
162	NC_010994	CACGAT	2	12	4125919	4125930	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
163	NC_010994	ACGCCG	2	12	4178273	4178284	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
164	NC_010994	GGCGCA	2	12	4208393	4208404	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
165	NC_010994	CGCCTC	2	12	4209534	4209545	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
166	NC_010994	TGCGGT	2	12	4217764	4217775	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
167	NC_010994	CCGATT	2	12	4218068	4218079	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
168	NC_010994	ACGTAA	2	12	4250589	4250600	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
169	NC_010994	CGACCA	2	12	4253004	4253015	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
170	NC_010994	AGAAAA	2	12	4327099	4327110	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
171	NC_010994	CTTCGG	2	12	4341606	4341617	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
172	NC_010994	GATAAT	2	12	4386225	4386236	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
173	NC_010994	AGCGGG	2	12	4449276	4449287	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
174	NC_010994	CGGCGC	2	12	4493000	4493011	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
175	NC_010994	GTGAAA	2	12	4493369	4493380	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.