MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlorobium phaeobacteroides BS1 chromosome

Total Repeats: 105

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010831	ACGTGA	2	12	9434	9445	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_010831	TTTCTT	2	12	30701	30712	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_010831	CTCTGT	2	12	63246	63257	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_010831	AAAGCT	2	12	104172	104183	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_010831	CGCAGC	2	12	124116	124127	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
6	NC_010831	TTTTTA	2	12	126618	126629	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_010831	CAGAAA	2	12	136613	136624	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_010831	TTACGA	2	12	144474	144485	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_010831	CGCAGC	2	12	151765	151776	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
10	NC_010831	TTTTTA	2	12	154267	154278	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_010831	GTTAGG	2	12	175883	175894	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
12	NC_010831	TTCAAG	2	12	186895	186906	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_010831	ATGCAG	2	12	215682	215693	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_010831	TTCTGC	2	12	217775	217786	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_010831	GAAAAA	2	12	262984	262995	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_010831	TTTTCA	2	12	296045	296056	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_010831	ACCCTT	2	12	298266	298277	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
18	NC_010831	AGCTGA	2	12	360853	360864	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_010831	AGGAAC	2	12	466117	466128	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_010831	GTAAGT	2	12	503489	503500	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_010831	GCGGAA	2	12	549692	549703	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_010831	CTTTCT	2	12	558569	558580	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_010831	GTAAAA	2	12	575925	575936	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_010831	GCGATT	2	12	589116	589127	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_010831	AAAATG	2	12	592894	592905	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_010831	CTATTA	2	12	596348	596359	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_010831	TTGCTT	2	12	602737	602748	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_010831	ACCTTT	2	12	643534	643545	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_010831	CCGCAT	2	12	652346	652357	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
30	NC_010831	TGCTCT	2	12	661895	661906	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_010831	ACGGTG	2	12	671817	671828	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_010831	GCTGAA	2	12	769135	769146	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_010831	GTCAAT	2	12	781256	781267	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_010831	TCCATA	2	12	821297	821308	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_010831	ATTGAA	2	12	863589	863600	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_010831	AGTTGC	2	12	868598	868609	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_010831	TTTCTT	2	12	935287	935298	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_010831	CGGAGA	2	12	935438	935449	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_010831	GCCGAC	2	12	956485	956496	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
40	NC_010831	ATCTGC	2	12	959430	959441	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_010831	TTTATT	2	12	972989	973000	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_010831	GTGATG	2	12	1000310	1000321	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
43	NC_010831	AGCTGA	2	12	1076897	1076908	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_010831	GCCTGA	2	12	1088916	1088927	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_010831	CGCATG	2	12	1119096	1119107	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_010831	GTTTTT	2	12	1133244	1133255	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_010831	GGGGAA	2	12	1137173	1137184	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_010831	GGAAAG	2	12	1165987	1165998	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
49	NC_010831	ATTGTT	2	12	1220469	1220480	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_010831	GCAACA	2	12	1247107	1247118	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_010831	TCATAC	2	12	1305170	1305181	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_010831	CAGAAG	2	12	1311544	1311555	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_010831	TTACCG	2	12	1333741	1333752	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_010831	TGTTTT	2	12	1333796	1333807	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_010831	TTTTCC	2	12	1369655	1369666	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_010831	GAAGGG	2	12	1375557	1375568	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_010831	TGAAAT	2	12	1387831	1387842	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_010831	CTTGGT	2	12	1389218	1389229	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_010831	TTTGTT	2	12	1398911	1398922	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
60	NC_010831	GGAGCG	2	12	1469366	1469377	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_010831	GCCCTA	2	12	1527483	1527494	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
62	NC_010831	CCTACT	2	12	1530608	1530619	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
63	NC_010831	TGTCTC	2	12	1561160	1561171	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_010831	TTCTCT	2	12	1660396	1660407	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_010831	TCTTGC	2	12	1667117	1667128	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_010831	AAAGAA	2	12	1752377	1752388	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_010831	GTCTCG	2	12	1763105	1763116	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_010831	CTCAGA	2	12	1784875	1784886	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_010831	ATCTTT	2	12	1788997	1789008	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_010831	TACCTT	2	12	1789663	1789674	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_010831	TTATAT	2	12	1840534	1840545	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_010831	GGTGGC	3	18	1852358	1852375	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_010831	CCTGCG	2	12	1886802	1886813	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
74	NC_010831	AACATA	2	12	1928092	1928103	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_010831	CCCTGA	2	12	1973063	1973074	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
76	NC_010831	TCACCA	2	12	1979667	1979678	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
77	NC_010831	TGCACA	2	12	2015983	2015994	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_010831	CTTCCC	2	12	2018728	2018739	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
79	NC_010831	CCTTTG	2	12	2057812	2057823	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_010831	ACCTTT	2	12	2057879	2057890	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_010831	GGAGCA	2	12	2060728	2060739	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_010831	TTCTTT	2	12	2073009	2073020	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_010831	CACCAA	2	12	2090215	2090226	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
84	NC_010831	CTTTAA	2	12	2104322	2104333	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_010831	AGAAAA	2	12	2120261	2120272	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
86	NC_010831	TCTGTC	2	12	2133395	2133406	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_010831	ACTCCC	2	12	2156982	2156993	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
88	NC_010831	GGGAGT	2	12	2163601	2163612	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_010831	GGGAGT	2	12	2163712	2163723	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_010831	CCGGCA	2	12	2196971	2196982	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
91	NC_010831	ACAAAA	2	12	2214234	2214245	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_010831	CGCGAT	2	12	2236781	2236792	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_010831	ATGGTT	2	12	2238007	2238018	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
94	NC_010831	TTTATA	2	12	2246546	2246557	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_010831	TTTTAT	2	12	2261447	2261458	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_010831	CACAGA	2	12	2268302	2268313	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_010831	TCAGCA	2	12	2439229	2439240	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_010831	AATATT	2	12	2442596	2442607	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_010831	GGAGTT	2	12	2447951	2447962	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
100	NC_010831	TGAAAA	2	12	2461921	2461932	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_010831	AGGGAA	2	12	2511102	2511113	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
102	NC_010831	TTATTT	2	12	2531289	2531300	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_010831	AGTTCG	2	12	2670896	2670907	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_010831	GTATTA	2	12	2681187	2681198	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
105	NC_010831	ACGGCA	2	12	2728904	2728915	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.