MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2 chromosome

Total Repeats: 486

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010830	ATATA	2	10	2169	2178	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_010830	ATATA	2	10	6597	6606	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_010830	TAAAT	2	10	7745	7754	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_010830	AAATA	2	10	8434	8443	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_010830	ATTAT	2	10	11273	11282	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_010830	GCAGT	2	10	20534	20543	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
7	NC_010830	CTGAT	2	10	25465	25474	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
8	NC_010830	TTAAC	2	10	41959	41968	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_010830	AGCAT	2	10	43423	43432	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_010830	TTCCT	2	10	43775	43784	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
11	NC_010830	TATTT	2	10	48961	48970	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_010830	TTTAC	2	10	52019	52028	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_010830	ATTGG	2	10	54215	54224	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
14	NC_010830	TTTAA	2	10	58209	58218	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_010830	ATTAA	2	10	58273	58282	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_010830	ATATT	2	10	74837	74846	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_010830	TTGAG	2	10	84795	84804	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
18	NC_010830	TTTTC	2	10	95351	95360	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_010830	TAATA	2	10	96136	96145	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_010830	TTGAA	2	10	96538	96547	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_010830	TATTT	2	10	104558	104567	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_010830	AGTTT	2	10	109085	109094	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_010830	TAAAT	2	10	110684	110693	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_010830	TATTT	2	10	115469	115478	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_010830	ATATT	2	10	115539	115548	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_010830	TTAAT	2	10	115597	115606	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_010830	TTTAT	2	10	127425	127434	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_010830	GCTTT	2	10	127464	127473	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_010830	TACTC	2	10	128713	128722	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
30	NC_010830	ATGTT	2	10	136875	136884	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_010830	TTTAA	2	10	138068	138077	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_010830	TATGT	2	10	141979	141988	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_010830	AAAGT	2	10	142121	142130	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_010830	ATAAA	2	10	151731	151740	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_010830	TAAGA	2	10	156142	156151	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_010830	TTTAG	2	10	156212	156221	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_010830	ATAAG	2	10	156587	156596	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_010830	TCATT	2	10	156604	156613	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_010830	TAAAA	2	10	163028	163037	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_010830	CATAA	2	10	164679	164688	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_010830	ATGAT	2	10	166082	166091	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_010830	CAATG	2	10	167219	167228	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
43	NC_010830	CAATG	2	10	167318	167327	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_010830	GCTTG	2	10	170218	170227	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
45	NC_010830	ACAAT	2	10	176986	176995	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_010830	TAAAA	2	10	177008	177017	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_010830	ATAAA	2	10	178943	178952	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_010830	TATAG	2	10	179113	179122	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_010830	TATAT	2	10	181145	181154	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_010830	ATAAG	2	10	181362	181371	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_010830	ACAAA	2	10	181633	181642	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_010830	AAATA	2	10	181792	181801	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_010830	AGAAA	2	10	189237	189246	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_010830	AATTA	2	10	189802	189811	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_010830	AGATA	2	10	192241	192250	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_010830	ATATT	2	10	192251	192260	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_010830	ATGCT	2	10	203980	203989	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
58	NC_010830	ATCAG	2	10	207578	207587	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
59	NC_010830	ATGAG	2	10	220115	220124	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
60	NC_010830	GCTAA	2	10	223849	223858	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
61	NC_010830	TTAAC	2	10	224918	224927	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_010830	ATGAG	2	10	234625	234634	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
63	NC_010830	TTAAC	2	10	239428	239437	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_010830	CAAAA	2	10	243562	243571	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_010830	ATACT	2	10	250310	250319	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_010830	CTATG	2	10	250370	250379	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
67	NC_010830	ATAAA	2	10	264446	264455	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_010830	AAATA	2	10	266244	266253	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_010830	TTATT	2	10	274686	274695	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_010830	TCATA	2	10	280332	280341	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_010830	TTAAA	2	10	281564	281573	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_010830	TAAAG	2	10	293428	293437	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_010830	GAACA	2	10	293991	294000	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
74	NC_010830	TCTAT	2	10	294648	294657	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_010830	AAATA	2	10	296739	296748	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_010830	TTATA	2	10	298279	298288	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_010830	TATAT	2	10	298763	298772	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_010830	TAAAT	2	10	300368	300377	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_010830	ACTTA	2	10	304113	304122	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
80	NC_010830	ATTTA	2	10	304791	304800	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_010830	ACAAA	2	10	306092	306101	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_010830	ATAAG	2	10	309704	309713	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_010830	TTTAT	2	10	309879	309888	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_010830	TATAC	2	10	314130	314139	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_010830	TATAC	2	10	314356	314365	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_010830	CTTGA	2	10	323327	323336	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
87	NC_010830	GTATA	2	10	325086	325095	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_010830	TATAT	2	10	337084	337093	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_010830	TATAA	2	10	340289	340298	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_010830	ATAAA	2	10	341418	341427	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_010830	AATTA	2	10	343975	343984	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_010830	TTAAG	2	10	350768	350777	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_010830	TAAAC	2	10	366230	366239	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_010830	AAACA	2	10	378028	378037	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_010830	TTGTA	2	10	380468	380477	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_010830	AATGA	2	10	382566	382575	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_010830	TATAT	2	10	382673	382682	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_010830	ATGTA	2	10	382683	382692	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_010830	AGTAA	2	10	382734	382743	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_010830	GTTAT	2	10	382797	382806	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_010830	TTTAC	2	10	389449	389458	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_010830	GAAAA	2	10	389730	389739	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_010830	GGCAA	2	10	389829	389838	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
104	NC_010830	GATAG	2	10	389985	389994	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
105	NC_010830	GCTTT	2	10	391994	392003	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_010830	AAGGC	2	10	393281	393290	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
107	NC_010830	AAAGT	2	10	404323	404332	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_010830	CTAAA	2	10	405520	405529	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_010830	ATTTT	2	10	408956	408965	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_010830	ATTAT	2	10	422036	422045	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_010830	TATTT	2	10	423321	423330	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_010830	TAAAT	2	10	423473	423482	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_010830	ATAAG	2	10	426820	426829	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_010830	TTATA	2	10	427093	427102	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_010830	ACTTC	2	10	433785	433794	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
116	NC_010830	TTAAA	2	10	438063	438072	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_010830	ATATA	2	10	438307	438316	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_010830	GTATA	2	10	442683	442692	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
119	NC_010830	GGAAT	2	10	442779	442788	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
120	NC_010830	TTACT	2	10	443150	443159	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
121	NC_010830	GTTTT	2	10	445520	445529	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_010830	AATTT	2	10	445567	445576	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_010830	AAGAA	2	10	452451	452460	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
124	NC_010830	TTAAT	2	10	453244	453253	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_010830	TATAA	2	10	456538	456547	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_010830	ATACA	2	10	457696	457705	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
127	NC_010830	AGCTT	2	10	462479	462488	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
128	NC_010830	TATAA	2	10	463511	463520	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_010830	ATAGG	2	10	466750	466759	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
130	NC_010830	CTTCT	2	10	466938	466947	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
131	NC_010830	TTATA	2	10	467533	467542	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_010830	AAGAA	2	10	468181	468190	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
133	NC_010830	AAGTA	2	10	469123	469132	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
134	NC_010830	GTAAA	2	10	469242	469251	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
135	NC_010830	ATTTA	2	10	471517	471526	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_010830	ACATA	2	10	474455	474464	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
137	NC_010830	AATAG	2	10	476435	476444	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
138	NC_010830	ATAAA	2	10	491544	491553	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_010830	ATTAT	2	10	492737	492746	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_010830	TAAAA	2	10	496945	496954	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_010830	CCTAT	2	10	497848	497857	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
142	NC_010830	AGAAA	2	10	500927	500936	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
143	NC_010830	CCGTA	2	10	501291	501300	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
144	NC_010830	TAAAA	2	10	502803	502812	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_010830	AAATG	2	10	502919	502928	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
146	NC_010830	CTTAG	2	10	503736	503745	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
147	NC_010830	GTTAT	2	10	515156	515165	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
148	NC_010830	AAGTT	2	10	518113	518122	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
149	NC_010830	AATTA	2	10	523461	523470	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_010830	TATAT	2	10	523485	523494	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_010830	GATAG	2	10	530882	530891	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
152	NC_010830	TATGC	2	10	530983	530992	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
153	NC_010830	TAGCA	2	10	537496	537505	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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162	NC_010830	TAGCT	2	10	592857	592866	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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165	NC_010830	TAAAA	2	10	596192	596201	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
166	NC_010830	TTTAG	2	10	596238	596247	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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168	NC_010830	AGGTC	2	10	597711	597720	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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171	NC_010830	ATTAA	2	10	606338	606347	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
172	NC_010830	ATATA	2	10	606775	606784	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
173	NC_010830	GATAA	2	10	607650	607659	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
174	NC_010830	AAATA	2	10	608012	608021	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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193	NC_010830	AATTT	2	10	689980	689989	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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475	NC_010830	TAATA	2	10	1827291	1827300	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
476	NC_010830	TTTTA	2	10	1834152	1834161	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
477	NC_010830	ATGGG	2	10	1836953	1836962	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
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485	NC_010830	TAGCA	2	10	1880101	1880110	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
486	NC_010830	AAATT	2	10	1882926	1882935	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.