MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Bifidobacterium longum DJO10A chromosome

Total Repeats: 308

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010816	ATCCA	2	10	16418	16427	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
2	NC_010816	TCCCA	2	10	17284	17293	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
3	NC_010816	CGACG	2	10	34065	34074	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
4	NC_010816	TAGTG	2	10	41396	41405	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
5	NC_010816	TGATG	2	10	57194	57203	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_010816	TTGGT	2	10	62791	62800	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
7	NC_010816	CTGCC	2	10	62879	62888	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
8	NC_010816	TGCCG	2	10	74462	74471	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
9	NC_010816	GAGCC	2	10	84635	84644	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
10	NC_010816	ACTCC	2	10	87529	87538	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
11	NC_010816	TTGGA	2	10	120112	120121	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
12	NC_010816	GCGCT	2	10	125195	125204	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
13	NC_010816	CAGTG	2	10	151808	151817	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
14	NC_010816	GTGAA	2	10	168017	168026	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
15	NC_010816	TGAAT	2	10	168665	168674	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_010816	TTTTG	2	10	177510	177519	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_010816	ATGGG	2	10	177775	177784	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
18	NC_010816	TCGTG	2	10	178603	178612	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
19	NC_010816	TGGCG	2	10	179314	179323	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
20	NC_010816	TCGAA	2	10	179400	179409	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_010816	GGGAG	2	10	180064	180073	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
22	NC_010816	TTTTG	2	10	183691	183700	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_010816	ATGGG	2	10	183956	183965	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
24	NC_010816	TCGTG	2	10	184784	184793	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
25	NC_010816	TGGCG	2	10	185497	185506	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
26	NC_010816	TCGAA	2	10	185583	185592	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_010816	GGGAG	2	10	186247	186256	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
28	NC_010816	GTGCC	2	10	199104	199113	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
29	NC_010816	CGCAC	2	10	209926	209935	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
30	NC_010816	TTGAC	2	10	211940	211949	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_010816	TTCCG	2	10	228160	228169	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
32	NC_010816	TGTTT	2	10	232014	232023	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_010816	AGGAA	2	10	250819	250828	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
34	NC_010816	GCCAT	2	10	253769	253778	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
35	NC_010816	TTCCT	2	10	256384	256393	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
36	NC_010816	TTCCT	2	10	259974	259983	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
37	NC_010816	TCGCG	2	10	274701	274710	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
38	NC_010816	TGATT	2	10	285044	285053	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_010816	GGAGC	2	10	292527	292536	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
40	NC_010816	TCAAA	2	10	292575	292584	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_010816	ACGAG	2	10	299282	299291	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
42	NC_010816	CTCCC	2	10	304341	304350	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
43	NC_010816	GAGGC	2	10	316257	316266	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
44	NC_010816	CGTGC	2	10	354762	354771	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
45	NC_010816	GCACG	2	10	354778	354787	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
46	NC_010816	ACGGC	2	10	359584	359593	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
47	NC_010816	TCTCT	2	10	380057	380066	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
48	NC_010816	AGGGG	2	10	383112	383121	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
49	NC_010816	CGTCG	2	10	393205	393214	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
50	NC_010816	GGCAT	2	10	399444	399453	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
51	NC_010816	GTGTC	2	10	415731	415740	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
52	NC_010816	AAAAG	2	10	451338	451347	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_010816	ATCAC	2	10	474917	474926	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
54	NC_010816	GACAT	2	10	477554	477563	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
55	NC_010816	GTCCG	2	10	478888	478897	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
56	NC_010816	AGCGA	2	10	488292	488301	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
57	NC_010816	TCGAC	2	10	506013	506022	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
58	NC_010816	TTGCG	2	10	507376	507385	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
59	NC_010816	AAGGA	2	10	517147	517156	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
60	NC_010816	TCGTT	2	10	538536	538545	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
61	NC_010816	ATCGC	2	10	542207	542216	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
62	NC_010816	TTCTT	2	10	566643	566652	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_010816	CTACC	2	10	568450	568459	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
64	NC_010816	TGTGC	2	10	578270	578279	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
65	NC_010816	CATGT	2	10	580555	580564	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
66	NC_010816	TTCCT	2	10	581470	581479	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
67	NC_010816	CCGGC	2	10	582129	582138	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
68	NC_010816	ATACG	2	10	583839	583848	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
69	NC_010816	GCATC	2	10	583936	583945	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
70	NC_010816	GCAGC	2	10	587396	587405	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
71	NC_010816	GTTCG	2	10	592043	592052	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
72	NC_010816	CGCCT	2	10	593454	593463	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
73	NC_010816	GCGCC	2	10	615886	615895	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
74	NC_010816	GGTGA	2	10	621028	621037	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
75	NC_010816	CTCCC	2	10	628704	628713	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
76	NC_010816	CTCAG	2	10	637329	637338	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
77	NC_010816	TTCCG	2	10	637407	637416	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
78	NC_010816	ATACG	2	10	653369	653378	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
79	NC_010816	TCCGG	2	10	659239	659248	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
80	NC_010816	CAATC	2	10	659249	659258	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
81	NC_010816	GTTTC	2	10	672149	672158	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
82	NC_010816	TTGCA	2	10	684832	684841	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
83	NC_010816	CCGGC	2	10	685905	685914	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
84	NC_010816	GCACG	2	10	695464	695473	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
85	NC_010816	ACGGC	2	10	699525	699534	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
86	NC_010816	GCCAT	2	10	702502	702511	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
87	NC_010816	GAACG	2	10	712011	712020	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
88	NC_010816	CTTGC	2	10	712021	712030	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
89	NC_010816	GAACC	2	10	724011	724020	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
90	NC_010816	CGGCT	2	10	731882	731891	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
91	NC_010816	GTTGT	2	10	743559	743568	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
92	NC_010816	ACCGA	2	10	758447	758456	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
93	NC_010816	CCTTT	2	10	762402	762411	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
94	NC_010816	TTACC	2	10	762504	762513	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
95	NC_010816	GGGCC	2	10	769588	769597	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
96	NC_010816	GCCGC	2	10	779676	779685	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
97	NC_010816	ACCCC	2	10	783170	783179	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
98	NC_010816	AATAC	2	10	785032	785041	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_010816	GTTTC	2	10	807990	807999	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_010816	CGTCG	2	10	810670	810679	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
101	NC_010816	CGCAA	2	10	813422	813431	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
102	NC_010816	CATGG	2	10	825354	825363	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
103	NC_010816	CATGG	2	10	825516	825525	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
104	NC_010816	TAATC	2	10	827507	827516	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_010816	CCCAG	2	10	884981	884990	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
106	NC_010816	GTTCT	2	10	899221	899230	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_010816	GTGAT	2	10	903408	903417	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
108	NC_010816	CGTGC	2	10	915968	915977	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
109	NC_010816	AGCCG	2	10	924307	924316	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
110	NC_010816	ACGAA	2	10	928205	928214	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
111	NC_010816	TCCTC	2	10	978953	978962	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
112	NC_010816	GTTTT	2	10	980226	980235	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_010816	TCAGC	2	10	984206	984215	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
114	NC_010816	TCCTC	2	10	995197	995206	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
115	NC_010816	CTGAC	2	10	1002384	1002393	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
116	NC_010816	AGGAA	2	10	1008849	1008858	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
117	NC_010816	GTTCT	2	10	1014518	1014527	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
118	NC_010816	GGATT	2	10	1036925	1036934	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
119	NC_010816	TCAAC	2	10	1040680	1040689	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
120	NC_010816	AGGAA	2	10	1044363	1044372	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
121	NC_010816	CTCCC	2	10	1053769	1053778	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
122	NC_010816	TACTT	2	10	1057337	1057346	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
123	NC_010816	GTTCT	2	10	1062852	1062861	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
124	NC_010816	ACACG	2	10	1064637	1064646	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
125	NC_010816	GCAAC	2	10	1081085	1081094	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
126	NC_010816	CACAC	2	10	1086180	1086189	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
127	NC_010816	CTCTG	2	10	1096370	1096379	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
128	NC_010816	CAAAC	2	10	1141393	1141402	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
129	NC_010816	GCCGA	2	10	1141612	1141621	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
130	NC_010816	CGGCT	2	10	1148793	1148802	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
131	NC_010816	CACGC	2	10	1157771	1157780	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
132	NC_010816	AAGGA	2	10	1163737	1163746	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
133	NC_010816	TGCCC	2	10	1167839	1167848	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
134	NC_010816	GACAA	2	10	1174782	1174791	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
135	NC_010816	ATCGC	2	10	1175008	1175017	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
136	NC_010816	TTCCT	2	10	1177886	1177895	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
137	NC_010816	GTGCT	2	10	1181292	1181301	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
138	NC_010816	TCCGC	2	10	1181403	1181412	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
139	NC_010816	TGCTG	2	10	1183442	1183451	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
140	NC_010816	TCCCC	2	10	1185365	1185374	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
141	NC_010816	CACAT	2	10	1186157	1186166	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
142	NC_010816	GTAAC	2	10	1186280	1186289	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
143	NC_010816	ACGCA	2	10	1191206	1191215	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
144	NC_010816	TTTCC	2	10	1201926	1201935	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
145	NC_010816	ACAGC	2	10	1207972	1207981	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
146	NC_010816	ACAGC	2	10	1208064	1208073	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
147	NC_010816	ATTCC	2	10	1209819	1209828	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
148	NC_010816	GAACA	2	10	1209911	1209920	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
149	NC_010816	GGCGC	2	10	1209973	1209982	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
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152	NC_010816	CAACA	3	15	1224896	1224910	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
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154	NC_010816	ACGGC	2	10	1235320	1235329	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
155	NC_010816	TTGGT	2	10	1251091	1251100	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
156	NC_010816	CTTGT	2	10	1256374	1256383	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
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158	NC_010816	AATGG	2	10	1261824	1261833	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
159	NC_010816	TCCTT	2	10	1266779	1266788	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
160	NC_010816	TAGTG	2	10	1274649	1274658	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
161	NC_010816	CTATT	2	10	1279280	1279289	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
162	NC_010816	CCCTA	2	10	1281117	1281126	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
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164	NC_010816	TCATG	2	10	1287254	1287263	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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255	NC_010816	GGGAG	2	10	1944344	1944353	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
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283	NC_010816	GTTGT	2	10	2146795	2146804	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
284	NC_010816	TTCCT	2	10	2149106	2149115	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
285	NC_010816	CGACG	2	10	2152442	2152451	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
286	NC_010816	CTATA	2	10	2167211	2167220	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
287	NC_010816	GGATA	2	10	2170902	2170911	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
288	NC_010816	GCAAC	2	10	2207132	2207141	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
289	NC_010816	GCGGG	2	10	2208812	2208821	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
290	NC_010816	AACTT	2	10	2214620	2214629	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
291	NC_010816	CACAT	2	10	2222867	2222876	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
292	NC_010816	GTGTT	2	10	2226018	2226027	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
293	NC_010816	TTCCT	2	10	2232275	2232284	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
294	NC_010816	GGGCT	2	10	2238597	2238606	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
295	NC_010816	CGATT	2	10	2243600	2243609	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
296	NC_010816	GAACA	2	10	2243702	2243711	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
297	NC_010816	CTCCC	2	10	2256454	2256463	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
298	NC_010816	CGCTG	2	10	2261793	2261802	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
299	NC_010816	TGGCA	2	10	2263788	2263797	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
300	NC_010816	CCCAG	2	10	2264416	2264425	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
301	NC_010816	GATGT	2	10	2276158	2276167	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
302	NC_010816	GTGCA	2	10	2281655	2281664	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
303	NC_010816	AAGTG	2	10	2289571	2289580	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
304	NC_010816	CAGTC	2	10	2292828	2292837	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
305	NC_010816	TCGCC	2	10	2298426	2298435	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
306	NC_010816	AACAC	2	10	2317232	2317241	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
307	NC_010816	ACGTT	2	10	2346813	2346822	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
308	NC_010816	CGGTT	2	10	2363566	2363575	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.