MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Helicobacter pylori Shi470 chromosome

Total Repeats: 85

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010698	CTTGCG	2	12	6109	6120	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_010698	AAACAC	2	12	18064	18075	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_010698	TCTTTG	2	12	48591	48602	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_010698	AGCGGG	2	12	58455	58466	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_010698	GTTTTA	2	12	123273	123284	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_010698	TAAAAA	2	12	159414	159425	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_010698	ATTCTT	2	12	177694	177705	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_010698	ACTTAA	2	12	196970	196981	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_010698	TATAAT	2	12	203997	204008	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_010698	AGTGAG	2	12	218688	218699	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_010698	ATTTTA	2	12	240269	240280	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_010698	AAATGA	2	12	311757	311768	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_010698	GATTTA	2	12	314363	314374	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_010698	TTTATT	2	12	372814	372825	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_010698	AAAAAT	2	12	418233	418244	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_010698	TAAAAA	2	12	424455	424466	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_010698	TAAAAA	2	12	438446	438457	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_010698	TATTTT	2	12	463409	463420	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_010698	AGTTTT	2	12	502552	502563	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_010698	CACCCA	2	12	595141	595152	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
21	NC_010698	AAAGAA	2	12	607560	607571	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_010698	TTCAAA	2	12	607904	607915	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_010698	CAAGCT	2	12	613853	613864	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_010698	CTCATT	2	12	662212	662223	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_010698	GCTTTG	2	12	733126	733137	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_010698	TAAATA	2	12	733400	733411	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_010698	TTAAGA	2	12	752067	752078	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_010698	TTTGAT	2	12	761430	761441	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_010698	TTAAAA	2	12	768519	768530	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_010698	CTTTAA	2	12	797048	797059	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_010698	TTTAAA	2	12	801307	801318	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_010698	TTCTAA	2	12	874746	874757	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_010698	TAAAAA	2	12	883232	883243	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_010698	TTTTCT	2	12	931932	931943	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_010698	TTTCAT	2	12	935182	935193	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_010698	AAAGTG	2	12	951302	951313	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_010698	TTGACT	2	12	952329	952340	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_010698	ATTATA	2	12	952580	952591	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_010698	TAAAAT	2	12	952605	952616	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_010698	ATTGAA	2	12	959977	959988	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_010698	TTAATT	2	12	961605	961616	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_010698	TAAGAT	2	12	964864	964875	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_010698	AATATC	2	12	966164	966175	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_010698	ATATTA	2	12	968222	968233	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_010698	TTATTT	2	12	981418	981429	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_010698	TATCCT	2	12	997792	997803	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_010698	TCTTTT	2	12	1006146	1006157	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_010698	GCGCGA	2	12	1006159	1006170	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_010698	GCTTAG	2	12	1031685	1031696	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_010698	TTATAC	2	12	1033030	1033041	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_010698	TTTCTT	2	12	1038512	1038523	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_010698	AAAGAT	2	12	1039030	1039041	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_010698	CTAAAA	2	12	1039806	1039817	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_010698	ACAAAA	2	12	1069753	1069764	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_010698	AATTAA	2	12	1079460	1079471	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_010698	TACCCC	2	12	1083454	1083465	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
57	NC_010698	ATTTGA	2	12	1104226	1104237	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_010698	AATTCA	2	12	1157585	1157596	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_010698	AAAACA	2	12	1159684	1159695	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_010698	AACGCT	2	12	1163316	1163327	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_010698	AAAAAG	2	12	1181608	1181619	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_010698	TTGTAT	2	12	1213071	1213082	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_010698	ACTTAA	2	12	1230169	1230180	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_010698	GTTAAA	2	12	1236068	1236079	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_010698	AAACTT	2	12	1252436	1252447	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_010698	CTTAGC	2	12	1275970	1275981	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_010698	ATTTTT	2	12	1283312	1283323	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_010698	TAAAAA	2	12	1311192	1311203	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_010698	ATCCTA	2	12	1394438	1394449	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_010698	TCTAAA	2	12	1394944	1394955	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_010698	CTTTAG	2	12	1395446	1395457	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_010698	TTGATA	2	12	1395562	1395573	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
73	NC_010698	AGTTTT	2	12	1396044	1396055	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_010698	TTATAC	2	12	1399399	1399410	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_010698	AGCGGG	2	12	1406620	1406631	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_010698	TGTTTA	2	12	1408885	1408896	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_010698	AAAGAC	2	12	1409779	1409790	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_010698	GTTTTA	2	12	1416559	1416570	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_010698	AAAACA	2	12	1430596	1430607	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_010698	CCCCAA	2	12	1447629	1447640	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
81	NC_010698	AGCGTC	2	12	1492896	1492907	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_010698	GAAGTG	2	12	1504231	1504242	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
83	NC_010698	AAGCGG	2	12	1504355	1504366	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_010698	TAAGCC	2	12	1542926	1542937	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_010698	ATGAAG	2	12	1606088	1606099	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.