MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Ralstonia pickettii 12J plasmid pRPIC01

Total Repeats: 63

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010683	CGGCC	2	10	1793	1802	0 %	0 %	40 %	60 %	187930827
2	NC_010683	GCAAA	2	10	5054	5063	60 %	0 %	20 %	20 %	187930831
3	NC_010683	TGAGT	2	10	5776	5785	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
4	NC_010683	GTTGA	2	10	5800	5809	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
5	NC_010683	ACTCA	2	10	6159	6168	40 %	20 %	0 %	40 %	187930835
6	NC_010683	TGAGT	2	10	6758	6767	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
7	NC_010683	TGAGT	2	10	6847	6856	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
8	NC_010683	TGAGT	2	10	6886	6895	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
9	NC_010683	CCGAC	2	10	7746	7755	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
10	NC_010683	GAAGG	2	10	8512	8521	40 %	0 %	60 %	0 %	187930837
11	NC_010683	CTGGT	2	10	8730	8739	0 %	40 %	40 %	20 %	187930837
12	NC_010683	GTCAG	2	10	9270	9279	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
13	NC_010683	GTAGG	2	10	9997	10006	20 %	20 %	60 %	0 %	187930839
14	NC_010683	GGCAA	2	10	12593	12602	40 %	0 %	40 %	20 %	187930840
15	NC_010683	CCGTG	2	10	12684	12693	0 %	20 %	40 %	40 %	187930840
16	NC_010683	TTGTG	2	10	12732	12741	0 %	60 %	40 %	0 %	187930840
17	NC_010683	CGAAG	2	10	13300	13309	40 %	0 %	40 %	20 %	187930840
18	NC_010683	ATGGC	2	10	16054	16063	20 %	20 %	40 %	20 %	187930843
19	NC_010683	CTCGG	2	10	16150	16159	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
20	NC_010683	CGCGC	2	10	16945	16954	0 %	0 %	40 %	60 %	187930844
21	NC_010683	AAATC	2	10	20142	20151	60 %	20 %	0 %	20 %	187930847
22	NC_010683	GCCGC	2	10	20682	20691	0 %	0 %	40 %	60 %	187930847
23	NC_010683	TCGAC	2	10	27456	27465	20 %	20 %	20 %	40 %	187930854
24	NC_010683	GTCTG	2	10	28467	28476	0 %	40 %	40 %	20 %	187930855
25	NC_010683	TTCGA	2	10	31337	31346	20 %	40 %	20 %	20 %	187930857
26	NC_010683	ACCAT	2	10	33659	33668	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
27	NC_010683	CCACC	2	10	34719	34728	20 %	0 %	0 %	80 %	187930860
28	NC_010683	TCTGC	2	10	36222	36231	0 %	40 %	20 %	40 %	187930860
29	NC_010683	CGCGC	2	10	37632	37641	0 %	0 %	40 %	60 %	187930861
30	NC_010683	GCCGT	2	10	37997	38006	0 %	20 %	40 %	40 %	187930861
31	NC_010683	CAGCC	2	10	39254	39263	20 %	0 %	20 %	60 %	187930862
32	NC_010683	GACGC	2	10	41247	41256	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
33	NC_010683	TGGCC	2	10	42006	42015	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
34	NC_010683	TGCCT	2	10	44025	44034	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
35	NC_010683	TCCAC	2	10	44993	45002	20 %	20 %	0 %	60 %	187930867
36	NC_010683	AGCTG	2	10	45694	45703	20 %	20 %	40 %	20 %	187930867
37	NC_010683	ACGCC	2	10	46273	46282	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
38	NC_010683	CCCGC	2	10	46622	46631	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
39	NC_010683	GTTGC	2	10	48230	48239	0 %	40 %	40 %	20 %	187930868
40	NC_010683	GGGTG	2	10	49260	49269	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
41	NC_010683	GCCCG	2	10	49697	49706	0 %	0 %	40 %	60 %	187930870
42	NC_010683	AAGCG	2	10	49707	49716	40 %	0 %	40 %	20 %	187930870
43	NC_010683	GTTTG	2	10	50556	50565	0 %	60 %	40 %	0 %	187930872
44	NC_010683	CAGCG	2	10	51531	51540	20 %	0 %	40 %	40 %	187930875
45	NC_010683	GCGTG	2	10	52732	52741	0 %	20 %	60 %	20 %	187930878
46	NC_010683	TTGAG	2	10	53231	53240	20 %	40 %	40 %	0 %	187930879
47	NC_010683	GCGTC	2	10	56125	56134	0 %	20 %	40 %	40 %	187930882
48	NC_010683	TTGGA	2	10	59134	59143	20 %	40 %	40 %	0 %	187930886
49	NC_010683	GTGAT	2	10	61745	61754	20 %	40 %	40 %	0 %	187930887
50	NC_010683	GATAG	2	10	62185	62194	40 %	20 %	40 %	0 %	187930887
51	NC_010683	GACAC	2	10	65925	65934	40 %	0 %	20 %	40 %	187930895
52	NC_010683	GCCGT	2	10	66295	66304	0 %	20 %	40 %	40 %	187930896
53	NC_010683	CGCAG	2	10	68141	68150	20 %	0 %	40 %	40 %	187930897
54	NC_010683	TGCGC	2	10	71955	71964	0 %	20 %	40 %	40 %	187930902
55	NC_010683	GCGCC	2	10	73391	73400	0 %	0 %	40 %	60 %	187930903
56	NC_010683	GCGTC	2	10	75639	75648	0 %	20 %	40 %	40 %	187930905
57	NC_010683	ACCGA	2	10	76022	76031	40 %	0 %	20 %	40 %	187930905
58	NC_010683	CGGAT	2	10	76102	76111	20 %	20 %	40 %	20 %	187930905
59	NC_010683	GCGCG	2	10	77000	77009	0 %	0 %	60 %	40 %	187930906
60	NC_010683	CATTC	2	10	77063	77072	20 %	40 %	0 %	40 %	187930906
61	NC_010683	TCGAC	2	10	78999	79008	20 %	20 %	20 %	40 %	187930909
62	NC_010683	GCGGG	2	10	79047	79056	0 %	0 %	80 %	20 %	187930909
63	NC_010683	TTGAG	2	10	80655	80664	20 %	40 %	40 %	0 %	187930912

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.