MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Burkholderia phytofirmans PsJN plasmid pBPHYT01

Total Repeats: 115

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010679	CTGCC	2	10	4201	4210	0 %	20 %	20 %	60 %	187921871
2	NC_010679	GACGT	2	10	5790	5799	20 %	20 %	40 %	20 %	187921872
3	NC_010679	AGGCG	2	10	6118	6127	20 %	0 %	60 %	20 %	187921872
4	NC_010679	TCCGC	2	10	6534	6543	0 %	20 %	20 %	60 %	187921872
5	NC_010679	ATGCA	2	10	8376	8385	40 %	20 %	20 %	20 %	187921874
6	NC_010679	CGGTG	2	10	9353	9362	0 %	20 %	60 %	20 %	187921875
7	NC_010679	AATCA	2	10	12444	12453	60 %	20 %	0 %	20 %	187921878
8	NC_010679	TTGGG	2	10	13017	13026	0 %	40 %	60 %	0 %	187921879
9	NC_010679	CCCGC	2	10	13474	13483	0 %	0 %	20 %	80 %	187921879
10	NC_010679	CGATG	2	10	14592	14601	20 %	20 %	40 %	20 %	187921880
11	NC_010679	TGAAA	2	10	16403	16412	60 %	20 %	20 %	0 %	187921881
12	NC_010679	GCGCC	2	10	16811	16820	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
13	NC_010679	CCGCG	2	10	20121	20130	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
14	NC_010679	CGGCG	2	10	21341	21350	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
15	NC_010679	ATTAA	2	10	21378	21387	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_010679	GTAGA	2	10	21471	21480	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
17	NC_010679	GAAGC	2	10	23191	23200	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
18	NC_010679	TGTCC	2	10	24105	24114	0 %	40 %	20 %	40 %	187921892
19	NC_010679	CGAAT	2	10	24811	24820	40 %	20 %	20 %	20 %	187921894
20	NC_010679	TCATG	2	10	25125	25134	20 %	40 %	20 %	20 %	187921895
21	NC_010679	TTCAT	2	10	25729	25738	20 %	60 %	0 %	20 %	187921896
22	NC_010679	CGCAG	2	10	26246	26255	20 %	0 %	40 %	40 %	187921896
23	NC_010679	TGGCT	2	10	28448	28457	0 %	40 %	40 %	20 %	187921898
24	NC_010679	GCGAG	2	10	29624	29633	20 %	0 %	60 %	20 %	187921900
25	NC_010679	GCCGA	2	10	29851	29860	20 %	0 %	40 %	40 %	187921900
26	NC_010679	GCCGA	2	10	32525	32534	20 %	0 %	40 %	40 %	187921906
27	NC_010679	GCTTC	2	10	32649	32658	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
28	NC_010679	TGCTT	2	10	34420	34429	0 %	60 %	20 %	20 %	187921912
29	NC_010679	CAACG	2	10	35182	35191	40 %	0 %	20 %	40 %	187921914
30	NC_010679	TGCCG	2	10	35792	35801	0 %	20 %	40 %	40 %	187921915
31	NC_010679	CTTTC	2	10	36430	36439	0 %	60 %	0 %	40 %	187921916
32	NC_010679	AGTAC	2	10	36961	36970	40 %	20 %	20 %	20 %	187921918
33	NC_010679	CTTCG	2	10	37232	37241	0 %	40 %	20 %	40 %	187921918
34	NC_010679	GCGAC	2	10	38001	38010	20 %	0 %	40 %	40 %	187921920
35	NC_010679	GCCCG	2	10	38674	38683	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
36	NC_010679	GCCGG	2	10	39416	39425	0 %	0 %	60 %	40 %	187921923
37	NC_010679	TGGCG	2	10	39614	39623	0 %	20 %	60 %	20 %	187921923
38	NC_010679	TCCCT	2	10	40577	40586	0 %	40 %	0 %	60 %	187921924
39	NC_010679	CCCTA	2	10	41737	41746	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
40	NC_010679	GGAAA	2	10	42167	42176	60 %	0 %	40 %	0 %	187921927
41	NC_010679	CCCTA	2	10	45354	45363	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
42	NC_010679	GCGGT	2	10	45506	45515	0 %	20 %	60 %	20 %	187921935
43	NC_010679	GCGCT	2	10	46252	46261	0 %	20 %	40 %	40 %	187921936
44	NC_010679	CGATG	2	10	46517	46526	20 %	20 %	40 %	20 %	187921936
45	NC_010679	CGCTG	2	10	47603	47612	0 %	20 %	40 %	40 %	187921938
46	NC_010679	CGCTT	2	10	48042	48051	0 %	40 %	20 %	40 %	187921940
47	NC_010679	ACCGC	2	10	49582	49591	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
48	NC_010679	CGGGC	2	10	49606	49615	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
49	NC_010679	CCCTA	2	10	49985	49994	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
50	NC_010679	TCAGG	2	10	50963	50972	20 %	20 %	40 %	20 %	187921946
51	NC_010679	ACCGC	2	10	51883	51892	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
52	NC_010679	CGGGC	2	10	51907	51916	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
53	NC_010679	CCCTA	2	10	52286	52295	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
54	NC_010679	GCGCT	2	10	55654	55663	0 %	20 %	40 %	40 %	187921950
55	NC_010679	GCCGT	2	10	57682	57691	0 %	20 %	40 %	40 %	187921951
56	NC_010679	TGAAC	2	10	58222	58231	40 %	20 %	20 %	20 %	187921952
57	NC_010679	CGCGC	2	10	58752	58761	0 %	0 %	40 %	60 %	187921953
58	NC_010679	TCGGA	2	10	59071	59080	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
59	NC_010679	ACCGC	2	10	59962	59971	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
60	NC_010679	CGGGC	2	10	59986	59995	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
61	NC_010679	CCCTA	2	10	60365	60374	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
62	NC_010679	CGGGC	2	10	62640	62649	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
63	NC_010679	CTGGT	2	10	65266	65275	0 %	40 %	40 %	20 %	187921966
64	NC_010679	GCGCG	2	10	65472	65481	0 %	0 %	60 %	40 %	187921966
65	NC_010679	GCGTC	2	10	68154	68163	0 %	20 %	40 %	40 %	187921967
66	NC_010679	GGCAA	2	10	68223	68232	40 %	0 %	40 %	20 %	187921967
67	NC_010679	GAGCA	2	10	68566	68575	40 %	0 %	40 %	20 %	187921967
68	NC_010679	CGAGG	2	10	68628	68637	20 %	0 %	60 %	20 %	187921967
69	NC_010679	GTTCG	2	10	68793	68802	0 %	40 %	40 %	20 %	187921967
70	NC_010679	AACGG	2	10	69030	69039	40 %	0 %	40 %	20 %	187921967
71	NC_010679	GTCAG	2	10	70683	70692	20 %	20 %	40 %	20 %	187921967
72	NC_010679	CCGTG	2	10	71045	71054	0 %	20 %	40 %	40 %	187921967
73	NC_010679	CGGTA	2	10	72620	72629	20 %	20 %	40 %	20 %	187921969
74	NC_010679	CCGGG	2	10	73852	73861	0 %	0 %	60 %	40 %	187921971
75	NC_010679	CGTTC	2	10	74267	74276	0 %	40 %	20 %	40 %	187921972
76	NC_010679	CCCGA	2	10	77207	77216	20 %	0 %	20 %	60 %	187921973
77	NC_010679	CGCTG	2	10	77904	77913	0 %	20 %	40 %	40 %	187921974
78	NC_010679	CGGCG	2	10	77949	77958	0 %	0 %	60 %	40 %	187921974
79	NC_010679	CAACC	2	10	80387	80396	40 %	0 %	0 %	60 %	187921976
80	NC_010679	ACTCG	2	10	81406	81415	20 %	20 %	20 %	40 %	187921977
81	NC_010679	GCAGA	2	10	83352	83361	40 %	0 %	40 %	20 %	187921979
82	NC_010679	AGCCG	2	10	83732	83741	20 %	0 %	40 %	40 %	187921979
83	NC_010679	ATTCC	2	10	85938	85947	20 %	40 %	0 %	40 %	187921983
84	NC_010679	GTGCC	2	10	86441	86450	0 %	20 %	40 %	40 %	187921983
85	NC_010679	GATTC	2	10	89680	89689	20 %	40 %	20 %	20 %	187921985
86	NC_010679	GATCA	2	10	90399	90408	40 %	20 %	20 %	20 %	187921985
87	NC_010679	GCGTC	2	10	90762	90771	0 %	20 %	40 %	40 %	187921985
88	NC_010679	CGCTA	2	10	91362	91371	20 %	20 %	20 %	40 %	187921987
89	NC_010679	GGCCG	2	10	91477	91486	0 %	0 %	60 %	40 %	187921987
90	NC_010679	TACGT	2	10	92494	92503	20 %	40 %	20 %	20 %	187921989
91	NC_010679	TCCGA	2	10	92991	93000	20 %	20 %	20 %	40 %	187921989
92	NC_010679	GACTG	2	10	93156	93165	20 %	20 %	40 %	20 %	187921989
93	NC_010679	GGCAC	2	10	93332	93341	20 %	0 %	40 %	40 %	187921990
94	NC_010679	GCGAT	2	10	97230	97239	20 %	20 %	40 %	20 %	187921992
95	NC_010679	GCAGC	2	10	97761	97770	20 %	0 %	40 %	40 %	187921994
96	NC_010679	TCGCT	2	10	98603	98612	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
97	NC_010679	AGGGC	2	10	98803	98812	20 %	0 %	60 %	20 %	187921995
98	NC_010679	GCGCC	2	10	99259	99268	0 %	0 %	40 %	60 %	187921995
99	NC_010679	GCGAA	2	10	100277	100286	40 %	0 %	40 %	20 %	187921999
100	NC_010679	GCGAA	2	10	103561	103570	40 %	0 %	40 %	20 %	187922004
101	NC_010679	TTCCA	2	10	104355	104364	20 %	40 %	0 %	40 %	187922006
102	NC_010679	GTTGC	2	10	104988	104997	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
103	NC_010679	AACGC	2	10	108392	108401	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
104	NC_010679	CGGCT	2	10	111560	111569	0 %	20 %	40 %	40 %	187922019
105	NC_010679	TGCGT	2	10	111693	111702	0 %	40 %	40 %	20 %	187922020
106	NC_010679	CTGCC	2	10	111900	111909	0 %	20 %	20 %	60 %	187922020
107	NC_010679	ACCGT	2	10	112928	112937	20 %	20 %	20 %	40 %	187922023
108	NC_010679	ATCGC	2	10	113549	113558	20 %	20 %	20 %	40 %	187922023
109	NC_010679	CAAAT	2	10	114331	114340	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
110	NC_010679	CGGCC	2	10	114525	114534	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
111	NC_010679	TGCCA	2	10	115599	115608	20 %	20 %	20 %	40 %	187922024
112	NC_010679	TCCGA	2	10	116560	116569	20 %	20 %	20 %	40 %	187922027
113	NC_010679	CGTCG	2	10	117917	117926	0 %	20 %	40 %	40 %	187922030
114	NC_010679	TCGCG	2	10	118474	118483	0 %	20 %	40 %	40 %	187922031
115	NC_010679	ACGGC	2	10	121016	121025	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.