MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Shigella boydii CDC 3083-94 plasmid pBS512_211

Total Repeats: 86

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010660	GCAGAA	2	12	3968	3979	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	187734482
2	NC_010660	TCAGAT	2	12	4475	4486	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	187734436
3	NC_010660	ATGGAA	2	12	5049	5060	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	187734412
4	NC_010660	TGCGGG	2	12	9678	9689	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	187734407
5	NC_010660	CGGCTT	2	12	11021	11032	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	187734400
6	NC_010660	CCCTTC	2	12	18275	18286	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	187734441
7	NC_010660	GCCGGA	2	12	19814	19825	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	187734403
8	NC_010660	AGGGAA	2	12	23682	23693	50 %	0 %	50 %	0 %	187734502
9	NC_010660	CAGGAG	2	12	28468	28479	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	187734510
10	NC_010660	ATCCCT	2	12	35163	35174	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
11	NC_010660	GCTGAT	2	12	38252	38263	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	187734314
12	NC_010660	ATTAAA	2	12	40667	40678	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	187734406
13	NC_010660	TGCGGG	2	12	43947	43958	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_010660	GGGGAT	2	12	45504	45515	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_010660	TTTACG	2	12	47062	47073	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_010660	TCAGCA	2	12	47212	47223	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	187734345
17	NC_010660	ACATTT	2	12	47786	47797	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	187734345
18	NC_010660	GCAGAA	2	12	51771	51782	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_010660	CGGCTT	2	12	52345	52356	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	187734274
20	NC_010660	CTGGCT	2	12	54476	54487	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	187734415
21	NC_010660	TATCGA	2	12	58260	58271	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	187734334
22	NC_010660	AAAATG	2	12	61045	61056	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	187734432
23	NC_010660	CACCGG	2	12	62475	62486	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	187734321
24	NC_010660	GTTTAC	2	12	63589	63600	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	187734465
25	NC_010660	TCTTTT	2	12	75533	75544	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	187734332
26	NC_010660	GAAGGG	2	12	78578	78589	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	187734416
27	NC_010660	ATGCTG	2	12	80202	80213	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	187734511
28	NC_010660	ATGAAG	2	12	80638	80649	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	187734511
29	NC_010660	TAATTT	2	12	82239	82250	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_010660	AACTCA	2	12	82594	82605	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	187734428
31	NC_010660	GCATAA	2	12	84248	84259	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	187734459
32	NC_010660	GCAGAA	2	12	87601	87612	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	187734426
33	NC_010660	GAGATG	2	12	89596	89607	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
34	NC_010660	AAGCCG	2	12	89855	89866	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	187734316
35	NC_010660	ACCCGC	2	12	96125	96136	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	187734454
36	NC_010660	GCTCCT	2	12	97653	97664	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
37	NC_010660	TATCTT	2	12	98616	98627	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_010660	TGCTGA	2	12	99144	99155	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_010660	TTATAA	2	12	100558	100569	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_010660	AGAGAA	2	12	102334	102345	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	187734434
41	NC_010660	TATCTG	2	12	104380	104391	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	187734361
42	NC_010660	GTTCAT	2	12	109662	109673	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	187734307
43	NC_010660	ATACTG	2	12	110873	110884	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	187734507
44	NC_010660	TAAAAA	2	12	112018	112029	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	187734497
45	NC_010660	GAAAAA	2	12	113985	113996	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	187734382
46	NC_010660	AAGTGA	2	12	121808	121819	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	187734344
47	NC_010660	AGTGAA	2	12	121929	121940	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	187734344
48	NC_010660	GATGCG	2	12	122295	122306	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	187734504
49	NC_010660	AGAAAA	2	12	122978	122989	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	187734504
50	NC_010660	TTAATG	2	12	124320	124331	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	187734430
51	NC_010660	CGGTTT	2	12	125323	125334	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	187734342
52	NC_010660	ATTTAA	2	12	129735	129746	50 %	50 %	0 %	0 %	187734501
53	NC_010660	TGCGGG	2	12	133567	133578	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	187734315
54	NC_010660	CGGCTT	2	12	134786	134797	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	187734357
55	NC_010660	TTCCAT	2	12	137911	137922	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	187734326
56	NC_010660	AATCTG	2	12	138484	138495	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	187734492
57	NC_010660	GCAGAA	2	12	140542	140553	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	187734395
58	NC_010660	GCCTGC	2	12	142450	142461	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
59	NC_010660	CTTCGC	2	12	143706	143717	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
60	NC_010660	TAGTGA	2	12	146492	146503	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	187734495
61	NC_010660	GGTTAT	2	12	146697	146708	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	187734495
62	NC_010660	GCGAAG	2	12	150151	150162	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	187734368
63	NC_010660	GCAGAA	2	12	151017	151028	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	187734387
64	NC_010660	TTCCAT	2	12	153425	153436	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	187734467
65	NC_010660	ACCCGC	2	12	154968	154979	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	187734500
66	NC_010660	AATCTG	2	12	156447	156458	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_010660	GCGACA	2	12	160385	160396	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_010660	GCAGAA	2	12	168189	168200	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	187734460
69	NC_010660	GATGCG	2	12	171610	171621	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	187734472
70	NC_010660	TCAGAT	2	12	173077	173088	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	187734392
71	NC_010660	ATGGAA	2	12	173651	173662	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	187734411
72	NC_010660	CTTCAT	2	12	178891	178902	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_010660	TCAGAT	2	12	179200	179211	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	187734327
74	NC_010660	ATGGAA	2	12	179774	179785	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	187734462
75	NC_010660	ATGTGG	2	12	185719	185730	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
76	NC_010660	TGGGGC	2	12	186025	186036	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_010660	GCAGGT	2	12	186728	186739	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_010660	TGCCCT	2	12	186818	186829	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
79	NC_010660	AACACG	2	12	188266	188277	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	187734421
80	NC_010660	TGGGGA	2	12	188533	188544	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	187734421
81	NC_010660	CTTCCG	2	12	189670	189681	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	187734369
82	NC_010660	GATGTA	2	12	192917	192928	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
83	NC_010660	GCAGAA	2	12	203265	203276	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	187734474
84	NC_010660	GTTTTG	2	12	204728	204739	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	187734301
85	NC_010660	AGTCTG	2	12	204777	204788	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	187734301
86	NC_010660	CGAACC	2	12	210208	210219	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.