MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Shigella boydii CDC 3083-94 plasmid pBS512_211

Total Repeats: 64

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010660	GCAGAA	2	12	3968	3979	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	187734482
2	NC_010660	TCAGAT	2	12	4475	4486	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	187734436
3	NC_010660	ATGGAA	2	12	5049	5060	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	187734412
4	NC_010660	TGCGGG	2	12	9678	9689	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	187734407
5	NC_010660	CGGCTT	2	12	11021	11032	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	187734400
6	NC_010660	CCCTTC	2	12	18275	18286	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	187734441
7	NC_010660	GCCGGA	2	12	19814	19825	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	187734403
8	NC_010660	AGGGAA	2	12	23682	23693	50 %	0 %	50 %	0 %	187734502
9	NC_010660	CAGGAG	2	12	28468	28479	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	187734510
10	NC_010660	GCTGAT	2	12	38252	38263	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	187734314
11	NC_010660	ATTAAA	2	12	40667	40678	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	187734406
12	NC_010660	TCAGCA	2	12	47212	47223	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	187734345
13	NC_010660	ACATTT	2	12	47786	47797	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	187734345
14	NC_010660	CGGCTT	2	12	52345	52356	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	187734274
15	NC_010660	CTGGCT	2	12	54476	54487	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	187734415
16	NC_010660	TATCGA	2	12	58260	58271	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	187734334
17	NC_010660	AAAATG	2	12	61045	61056	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	187734432
18	NC_010660	CACCGG	2	12	62475	62486	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	187734321
19	NC_010660	GTTTAC	2	12	63589	63600	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	187734465
20	NC_010660	TCTTTT	2	12	75533	75544	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	187734332
21	NC_010660	GAAGGG	2	12	78578	78589	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	187734416
22	NC_010660	ATGCTG	2	12	80202	80213	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	187734511
23	NC_010660	ATGAAG	2	12	80638	80649	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	187734511
24	NC_010660	AACTCA	2	12	82594	82605	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	187734428
25	NC_010660	GCATAA	2	12	84248	84259	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	187734459
26	NC_010660	GCAGAA	2	12	87601	87612	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	187734426
27	NC_010660	AAGCCG	2	12	89855	89866	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	187734316
28	NC_010660	ACCCGC	2	12	96125	96136	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	187734454
29	NC_010660	AGAGAA	2	12	102334	102345	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	187734434
30	NC_010660	TATCTG	2	12	104380	104391	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	187734361
31	NC_010660	GTTCAT	2	12	109662	109673	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	187734307
32	NC_010660	ATACTG	2	12	110873	110884	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	187734507
33	NC_010660	TAAAAA	2	12	112018	112029	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	187734497
34	NC_010660	GAAAAA	2	12	113985	113996	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	187734382
35	NC_010660	AAGTGA	2	12	121808	121819	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	187734344
36	NC_010660	AGTGAA	2	12	121929	121940	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	187734344
37	NC_010660	GATGCG	2	12	122295	122306	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	187734504
38	NC_010660	AGAAAA	2	12	122978	122989	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	187734504
39	NC_010660	TTAATG	2	12	124320	124331	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	187734430
40	NC_010660	CGGTTT	2	12	125323	125334	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	187734342
41	NC_010660	ATTTAA	2	12	129735	129746	50 %	50 %	0 %	0 %	187734501
42	NC_010660	TGCGGG	2	12	133567	133578	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	187734315
43	NC_010660	CGGCTT	2	12	134786	134797	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	187734357
44	NC_010660	TTCCAT	2	12	137911	137922	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	187734326
45	NC_010660	AATCTG	2	12	138484	138495	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	187734492
46	NC_010660	GCAGAA	2	12	140542	140553	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	187734395
47	NC_010660	TAGTGA	2	12	146492	146503	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	187734495
48	NC_010660	GGTTAT	2	12	146697	146708	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	187734495
49	NC_010660	GCGAAG	2	12	150151	150162	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	187734368
50	NC_010660	GCAGAA	2	12	151017	151028	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	187734387
51	NC_010660	TTCCAT	2	12	153425	153436	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	187734467
52	NC_010660	ACCCGC	2	12	154968	154979	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	187734500
53	NC_010660	GCAGAA	2	12	168189	168200	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	187734460
54	NC_010660	GATGCG	2	12	171610	171621	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	187734472
55	NC_010660	TCAGAT	2	12	173077	173088	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	187734392
56	NC_010660	ATGGAA	2	12	173651	173662	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	187734411
57	NC_010660	TCAGAT	2	12	179200	179211	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	187734327
58	NC_010660	ATGGAA	2	12	179774	179785	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	187734462
59	NC_010660	AACACG	2	12	188266	188277	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	187734421
60	NC_010660	TGGGGA	2	12	188533	188544	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	187734421
61	NC_010660	CTTCCG	2	12	189670	189681	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	187734369
62	NC_010660	GCAGAA	2	12	203265	203276	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	187734474
63	NC_010660	GTTTTG	2	12	204728	204739	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	187734301
64	NC_010660	AGTCTG	2	12	204777	204788	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	187734301

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.