MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Shigella boydii CDC 3083-94 plasmid pBS512_211

Total Repeats: 159

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010660	CCACT	2	10	512	521	20 %	20 %	0 %	60 %	187734302
2	NC_010660	CAGTG	2	10	618	627	20 %	20 %	40 %	20 %	187734302
3	NC_010660	CATTG	2	10	4258	4267	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_010660	ATCAC	2	10	4759	4768	40 %	20 %	0 %	40 %	187734436
5	NC_010660	CCACT	2	10	5478	5487	20 %	20 %	0 %	60 %	187734319
6	NC_010660	CAGTG	2	10	5584	5593	20 %	20 %	40 %	20 %	187734319
7	NC_010660	ACATC	2	10	7608	7617	40 %	20 %	0 %	40 %	187734373
8	NC_010660	CCGAA	2	10	8607	8616	40 %	0 %	20 %	40 %	187734407
9	NC_010660	CAGCC	2	10	8685	8694	20 %	0 %	20 %	60 %	187734407
10	NC_010660	CTGGT	2	10	11150	11159	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
11	NC_010660	TGCAA	2	10	12285	12294	40 %	20 %	20 %	20 %	187734514
12	NC_010660	CTGAT	2	10	14137	14146	20 %	40 %	20 %	20 %	187734453
13	NC_010660	ATGTA	2	10	14695	14704	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_010660	CCATT	2	10	16495	16504	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
15	NC_010660	GTCTG	2	10	17842	17851	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
16	NC_010660	GGCAA	2	10	19419	19428	40 %	0 %	40 %	20 %	187734441
17	NC_010660	CTGTG	2	10	19884	19893	0 %	40 %	40 %	20 %	187734403
18	NC_010660	GAACG	2	10	20310	20319	40 %	0 %	40 %	20 %	187734347
19	NC_010660	GATGT	2	10	20782	20791	20 %	40 %	40 %	0 %	187734287
20	NC_010660	ACCGG	2	10	21257	21266	20 %	0 %	40 %	40 %	187734287
21	NC_010660	TGGTG	2	10	21631	21640	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
22	NC_010660	ATGAA	2	10	21854	21863	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_010660	ATTAC	2	10	23098	23107	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_010660	TAACG	2	10	25785	25794	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_010660	CGAGT	2	10	25887	25896	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
26	NC_010660	GTTCG	2	10	28486	28495	0 %	40 %	40 %	20 %	187734510
27	NC_010660	AAGGT	2	10	28835	28844	40 %	20 %	40 %	0 %	187734510
28	NC_010660	AGCGC	2	10	29235	29244	20 %	0 %	40 %	40 %	187734374
29	NC_010660	TCAAA	2	10	29873	29882	60 %	20 %	0 %	20 %	187734374
30	NC_010660	ACCGC	2	10	31190	31199	20 %	0 %	20 %	60 %	187734365
31	NC_010660	TTATG	2	10	31273	31282	20 %	60 %	20 %	0 %	187734365
32	NC_010660	ACAAA	2	10	31351	31360	80 %	0 %	0 %	20 %	187734365
33	NC_010660	TTCCA	2	10	31514	31523	20 %	40 %	0 %	40 %	187734365
34	NC_010660	CGAGT	2	10	33800	33809	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
35	NC_010660	CAAAT	2	10	34483	34492	60 %	20 %	0 %	20 %	187734335
36	NC_010660	TAAGC	2	10	41068	41077	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_010660	TGGGC	2	10	42275	42284	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
38	NC_010660	CCGAA	2	10	42876	42885	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
39	NC_010660	CAGCC	2	10	42954	42963	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
40	NC_010660	CCACT	2	10	45843	45852	20 %	20 %	0 %	60 %	187734481
41	NC_010660	CAGTG	2	10	45949	45958	20 %	20 %	40 %	20 %	187734481
42	NC_010660	GGCTG	2	10	46968	46977	0 %	20 %	60 %	20 %	187734338
43	NC_010660	TTCCC	2	10	50227	50236	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
44	NC_010660	ATATA	2	10	53212	53221	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_010660	GCTCT	2	10	55085	55094	0 %	40 %	20 %	40 %	187734415
46	NC_010660	GCCCA	2	10	56313	56322	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
47	NC_010660	CACTT	2	10	57141	57150	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
48	NC_010660	AGCGC	2	10	57617	57626	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
49	NC_010660	ATTCC	2	10	62595	62604	20 %	40 %	0 %	40 %	187734321
50	NC_010660	GGGCG	2	10	63263	63272	0 %	0 %	80 %	20 %	187734321
51	NC_010660	CAGAC	2	10	66219	66228	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
52	NC_010660	AAGTT	2	10	66621	66630	40 %	40 %	20 %	0 %	187734505
53	NC_010660	TCATT	2	10	67585	67594	20 %	60 %	0 %	20 %	187734505
54	NC_010660	CGTTC	2	10	70512	70521	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
55	NC_010660	ACAAG	2	10	70681	70690	60 %	0 %	20 %	20 %	187734354
56	NC_010660	CTGAA	2	10	73551	73560	40 %	20 %	20 %	20 %	187734496
57	NC_010660	CGTTA	2	10	73998	74007	20 %	40 %	20 %	20 %	187734496
58	NC_010660	GTCTG	2	10	74130	74139	0 %	40 %	40 %	20 %	187734496
59	NC_010660	AAATT	2	10	75055	75064	60 %	40 %	0 %	0 %	187734371
60	NC_010660	TTGCC	2	10	77436	77445	0 %	40 %	20 %	40 %	187734416
61	NC_010660	ACGCC	2	10	77684	77693	20 %	0 %	20 %	60 %	187734416
62	NC_010660	GCTCT	2	10	83704	83713	0 %	40 %	20 %	40 %	187734428
63	NC_010660	GCTCT	2	10	85895	85904	0 %	40 %	20 %	40 %	187734297
64	NC_010660	AATTT	2	10	89200	89209	40 %	60 %	0 %	0 %	187734471
65	NC_010660	CAATG	2	10	89396	89405	40 %	20 %	20 %	20 %	187734471
66	NC_010660	GTCTG	2	10	90731	90740	0 %	40 %	40 %	20 %	187734409
67	NC_010660	AGCGA	2	10	93746	93755	40 %	0 %	40 %	20 %	187734399
68	NC_010660	CCTGA	2	10	94427	94436	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
69	NC_010660	ACCTT	2	10	94840	94849	20 %	40 %	0 %	40 %	187734503
70	NC_010660	GGCTG	2	10	97121	97130	0 %	20 %	60 %	20 %	187734454
71	NC_010660	CGAAC	2	10	97638	97647	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
72	NC_010660	GTTAT	2	10	99387	99396	20 %	60 %	20 %	0 %	187734483
73	NC_010660	TTTTA	2	10	100360	100369	20 %	80 %	0 %	0 %	187734385
74	NC_010660	TTTAT	2	10	100395	100404	20 %	80 %	0 %	0 %	187734385
75	NC_010660	TGTTT	2	10	101127	101136	0 %	80 %	20 %	0 %	187734298
76	NC_010660	TCTTT	2	10	101179	101188	0 %	80 %	0 %	20 %	187734298
77	NC_010660	AAGTT	2	10	101425	101434	40 %	40 %	20 %	0 %	187734298
78	NC_010660	ATGCT	2	10	101593	101602	20 %	40 %	20 %	20 %	187734298
79	NC_010660	TGTTT	2	10	105669	105678	0 %	80 %	20 %	0 %	187734325
80	NC_010660	GGTGA	2	10	105848	105857	20 %	20 %	60 %	0 %	187734325
81	NC_010660	CAAGA	2	10	107027	107036	60 %	0 %	20 %	20 %	187734498
82	NC_010660	ATTTT	2	10	107790	107799	20 %	80 %	0 %	0 %	187734498
83	NC_010660	TTTTA	2	10	107807	107816	20 %	80 %	0 %	0 %	187734498
84	NC_010660	TTGAA	2	10	111025	111034	40 %	40 %	20 %	0 %	187734507
85	NC_010660	TTTCA	2	10	111666	111675	20 %	60 %	0 %	20 %	187734497
86	NC_010660	CTTCT	2	10	112470	112479	0 %	60 %	0 %	40 %	187734497
87	NC_010660	GAGAG	2	10	112503	112512	40 %	0 %	60 %	0 %	187734497
88	NC_010660	ATATT	2	10	113560	113569	40 %	60 %	0 %	0 %	187734457
89	NC_010660	TTTTA	2	10	115793	115802	20 %	80 %	0 %	0 %	187734478
90	NC_010660	TTGAT	2	10	115984	115993	20 %	60 %	20 %	0 %	187734478
91	NC_010660	TTAAA	2	10	118446	118455	60 %	40 %	0 %	0 %	187734383
92	NC_010660	ATTGT	2	10	118474	118483	20 %	60 %	20 %	0 %	187734383
93	NC_010660	ATTGT	2	10	119259	119268	20 %	60 %	20 %	0 %	187734437
94	NC_010660	TGGCT	2	10	121052	121061	0 %	40 %	40 %	20 %	187734344
95	NC_010660	ATAAG	2	10	123130	123139	60 %	20 %	20 %	0 %	187734504
96	NC_010660	TTGTT	2	10	123256	123265	0 %	80 %	20 %	0 %	187734504
97	NC_010660	GTTAT	2	10	124248	124257	20 %	60 %	20 %	0 %	187734430
98	NC_010660	ATGGT	2	10	128827	128836	20 %	40 %	40 %	0 %	187734394
99	NC_010660	GAACT	2	10	131051	131060	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_010660	CAGAC	2	10	131671	131680	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
101	NC_010660	CCGAA	2	10	132496	132505	40 %	0 %	20 %	40 %	187734315
102	NC_010660	CAGCC	2	10	132574	132583	20 %	0 %	20 %	60 %	187734315
103	NC_010660	ACCTC	2	10	134893	134902	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
104	NC_010660	TATCA	2	10	137372	137381	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_010660	AAACA	2	10	137684	137693	80 %	0 %	0 %	20 %	187734463
106	NC_010660	GTGAT	2	10	138203	138212	20 %	40 %	40 %	0 %	187734492
107	NC_010660	TTCAT	2	10	142009	142018	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
108	NC_010660	AATAT	2	10	144172	144181	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_010660	ATGGA	2	10	146173	146182	40 %	20 %	40 %	0 %	187734495
110	NC_010660	TCAGC	2	10	148358	148367	20 %	20 %	20 %	40 %	187734495
111	NC_010660	CTGAA	2	10	149800	149809	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
112	NC_010660	TTTCC	2	10	151816	151825	0 %	60 %	0 %	40 %	187734341
113	NC_010660	GTGAT	2	10	153717	153726	20 %	40 %	40 %	0 %	187734282
114	NC_010660	GGCTG	2	10	155964	155973	0 %	20 %	60 %	20 %	187734500
115	NC_010660	TGGGC	2	10	159227	159236	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
116	NC_010660	CTGGC	2	10	160703	160712	0 %	20 %	40 %	40 %	187734303
117	NC_010660	TAATG	2	10	161092	161101	40 %	40 %	20 %	0 %	187734303
118	NC_010660	CCACT	2	10	162504	162513	20 %	20 %	0 %	60 %	187734278
119	NC_010660	CAGTG	2	10	162610	162619	20 %	20 %	40 %	20 %	187734278
120	NC_010660	AAAGC	2	10	163752	163761	60 %	0 %	20 %	20 %	187734280
121	NC_010660	ACTGT	2	10	163790	163799	20 %	40 %	20 %	20 %	187734280
122	NC_010660	GCCAC	2	10	165396	165405	20 %	0 %	20 %	60 %	187734358
123	NC_010660	GTCTG	2	10	166170	166179	0 %	40 %	40 %	20 %	187734304
124	NC_010660	GCCAG	2	10	168729	168738	20 %	0 %	40 %	40 %	187734351
125	NC_010660	GCCCG	2	10	168928	168937	0 %	0 %	40 %	60 %	187734370
126	NC_010660	TTCAT	2	10	170016	170025	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
127	NC_010660	GCTCT	2	10	171205	171214	0 %	40 %	20 %	40 %	187734472
128	NC_010660	CAGGA	2	10	172248	172257	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
129	NC_010660	GGCAG	2	10	172342	172351	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
130	NC_010660	TGAGT	2	10	172859	172868	20 %	40 %	40 %	0 %	187734275
131	NC_010660	ATCAC	2	10	173361	173370	40 %	20 %	0 %	40 %	187734392
132	NC_010660	GGTGG	2	10	173943	173952	0 %	20 %	80 %	0 %	187734411
133	NC_010660	AAATG	2	10	174469	174478	60 %	20 %	20 %	0 %	187734389
134	NC_010660	TCTGG	2	10	174795	174804	0 %	40 %	40 %	20 %	187734389
135	NC_010660	AGTTC	2	10	174850	174859	20 %	40 %	20 %	20 %	187734389
136	NC_010660	TGGTA	2	10	176020	176029	20 %	40 %	40 %	0 %	187734295
137	NC_010660	ATTTA	2	10	178370	178379	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_010660	ATCAC	2	10	179484	179493	40 %	20 %	0 %	40 %	187734327
139	NC_010660	CACGG	2	10	180607	180616	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
140	NC_010660	GTGCT	2	10	181058	181067	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
141	NC_010660	GACCT	2	10	183196	183205	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
142	NC_010660	ACCGG	2	10	187382	187391	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
143	NC_010660	GCCGT	2	10	187453	187462	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
144	NC_010660	ACCTG	2	10	187991	188000	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
145	NC_010660	TCTGG	2	10	188328	188337	0 %	40 %	40 %	20 %	187734421
146	NC_010660	CCGGG	2	10	190519	190528	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
147	NC_010660	AAAAC	2	10	190715	190724	80 %	0 %	0 %	20 %	187734414
148	NC_010660	TAAAG	2	10	192817	192826	60 %	20 %	20 %	0 %	187734439
149	NC_010660	ACTTT	2	10	192827	192836	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
150	NC_010660	CCTGT	2	10	194313	194322	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
151	NC_010660	GCCCC	2	10	194468	194477	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
152	NC_010660	GCAGG	2	10	194863	194872	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
153	NC_010660	AATTT	2	10	200233	200242	40 %	60 %	0 %	0 %	187734424
154	NC_010660	CAATG	2	10	200429	200438	40 %	20 %	20 %	20 %	187734424
155	NC_010660	TGGGC	2	10	205705	205714	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
156	NC_010660	ATGAA	2	10	207170	207179	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
157	NC_010660	CAAAA	2	10	208461	208470	80 %	0 %	0 %	20 %	187734391
158	NC_010660	ACTGG	2	10	208515	208524	20 %	20 %	40 %	20 %	187734391
159	NC_010660	GTCTG	2	10	210524	210533	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.