MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Shigella boydii CDC 3083-94 plasmid pBS512_211

Total Repeats: 50

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010660	CATTG	2	10	4258	4267	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
2	NC_010660	CTGGT	2	10	11150	11159	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
3	NC_010660	ATGTA	2	10	14695	14704	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_010660	CCATT	2	10	16495	16504	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
5	NC_010660	GTCTG	2	10	17842	17851	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
6	NC_010660	TGGTG	2	10	21631	21640	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
7	NC_010660	ATGAA	2	10	21854	21863	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_010660	ATTAC	2	10	23098	23107	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_010660	TAACG	2	10	25785	25794	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_010660	CGAGT	2	10	25887	25896	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
11	NC_010660	CGAGT	2	10	33800	33809	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
12	NC_010660	TAAGC	2	10	41068	41077	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
13	NC_010660	TGGGC	2	10	42275	42284	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
14	NC_010660	CCGAA	2	10	42876	42885	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
15	NC_010660	CAGCC	2	10	42954	42963	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
16	NC_010660	TTCCC	2	10	50227	50236	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
17	NC_010660	ATATA	2	10	53212	53221	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_010660	GCCCA	2	10	56313	56322	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
19	NC_010660	CACTT	2	10	57141	57150	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
20	NC_010660	AGCGC	2	10	57617	57626	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
21	NC_010660	CAGAC	2	10	66219	66228	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
22	NC_010660	CGTTC	2	10	70512	70521	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
23	NC_010660	CCTGA	2	10	94427	94436	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
24	NC_010660	CGAAC	2	10	97638	97647	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
25	NC_010660	GAACT	2	10	131051	131060	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
26	NC_010660	CAGAC	2	10	131671	131680	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
27	NC_010660	ACCTC	2	10	134893	134902	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
28	NC_010660	TATCA	2	10	137372	137381	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_010660	TTCAT	2	10	142009	142018	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_010660	AATAT	2	10	144172	144181	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_010660	CTGAA	2	10	149800	149809	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_010660	TGGGC	2	10	159227	159236	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
33	NC_010660	TTCAT	2	10	170016	170025	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_010660	CAGGA	2	10	172248	172257	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
35	NC_010660	GGCAG	2	10	172342	172351	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
36	NC_010660	ATTTA	2	10	178370	178379	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_010660	CACGG	2	10	180607	180616	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
38	NC_010660	GTGCT	2	10	181058	181067	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
39	NC_010660	GACCT	2	10	183196	183205	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
40	NC_010660	ACCGG	2	10	187382	187391	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
41	NC_010660	GCCGT	2	10	187453	187462	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
42	NC_010660	ACCTG	2	10	187991	188000	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
43	NC_010660	CCGGG	2	10	190519	190528	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
44	NC_010660	ACTTT	2	10	192827	192836	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_010660	CCTGT	2	10	194313	194322	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
46	NC_010660	GCCCC	2	10	194468	194477	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
47	NC_010660	GCAGG	2	10	194863	194872	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
48	NC_010660	TGGGC	2	10	205705	205714	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
49	NC_010660	ATGAA	2	10	207170	207179	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_010660	GTCTG	2	10	210524	210533	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.