MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Shigella boydii CDC 3083-94 plasmid pBS512_211

Total Repeats: 109

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010660	CCACT	2	10	512	521	20 %	20 %	0 %	60 %	187734302
2	NC_010660	CAGTG	2	10	618	627	20 %	20 %	40 %	20 %	187734302
3	NC_010660	ATCAC	2	10	4759	4768	40 %	20 %	0 %	40 %	187734436
4	NC_010660	CCACT	2	10	5478	5487	20 %	20 %	0 %	60 %	187734319
5	NC_010660	CAGTG	2	10	5584	5593	20 %	20 %	40 %	20 %	187734319
6	NC_010660	ACATC	2	10	7608	7617	40 %	20 %	0 %	40 %	187734373
7	NC_010660	CCGAA	2	10	8607	8616	40 %	0 %	20 %	40 %	187734407
8	NC_010660	CAGCC	2	10	8685	8694	20 %	0 %	20 %	60 %	187734407
9	NC_010660	TGCAA	2	10	12285	12294	40 %	20 %	20 %	20 %	187734514
10	NC_010660	CTGAT	2	10	14137	14146	20 %	40 %	20 %	20 %	187734453
11	NC_010660	GGCAA	2	10	19419	19428	40 %	0 %	40 %	20 %	187734441
12	NC_010660	CTGTG	2	10	19884	19893	0 %	40 %	40 %	20 %	187734403
13	NC_010660	GAACG	2	10	20310	20319	40 %	0 %	40 %	20 %	187734347
14	NC_010660	GATGT	2	10	20782	20791	20 %	40 %	40 %	0 %	187734287
15	NC_010660	ACCGG	2	10	21257	21266	20 %	0 %	40 %	40 %	187734287
16	NC_010660	GTTCG	2	10	28486	28495	0 %	40 %	40 %	20 %	187734510
17	NC_010660	AAGGT	2	10	28835	28844	40 %	20 %	40 %	0 %	187734510
18	NC_010660	AGCGC	2	10	29235	29244	20 %	0 %	40 %	40 %	187734374
19	NC_010660	TCAAA	2	10	29873	29882	60 %	20 %	0 %	20 %	187734374
20	NC_010660	ACCGC	2	10	31190	31199	20 %	0 %	20 %	60 %	187734365
21	NC_010660	TTATG	2	10	31273	31282	20 %	60 %	20 %	0 %	187734365
22	NC_010660	ACAAA	2	10	31351	31360	80 %	0 %	0 %	20 %	187734365
23	NC_010660	TTCCA	2	10	31514	31523	20 %	40 %	0 %	40 %	187734365
24	NC_010660	CAAAT	2	10	34483	34492	60 %	20 %	0 %	20 %	187734335
25	NC_010660	CCACT	2	10	45843	45852	20 %	20 %	0 %	60 %	187734481
26	NC_010660	CAGTG	2	10	45949	45958	20 %	20 %	40 %	20 %	187734481
27	NC_010660	GGCTG	2	10	46968	46977	0 %	20 %	60 %	20 %	187734338
28	NC_010660	GCTCT	2	10	55085	55094	0 %	40 %	20 %	40 %	187734415
29	NC_010660	ATTCC	2	10	62595	62604	20 %	40 %	0 %	40 %	187734321
30	NC_010660	GGGCG	2	10	63263	63272	0 %	0 %	80 %	20 %	187734321
31	NC_010660	AAGTT	2	10	66621	66630	40 %	40 %	20 %	0 %	187734505
32	NC_010660	TCATT	2	10	67585	67594	20 %	60 %	0 %	20 %	187734505
33	NC_010660	ACAAG	2	10	70681	70690	60 %	0 %	20 %	20 %	187734354
34	NC_010660	CTGAA	2	10	73551	73560	40 %	20 %	20 %	20 %	187734496
35	NC_010660	CGTTA	2	10	73998	74007	20 %	40 %	20 %	20 %	187734496
36	NC_010660	GTCTG	2	10	74130	74139	0 %	40 %	40 %	20 %	187734496
37	NC_010660	AAATT	2	10	75055	75064	60 %	40 %	0 %	0 %	187734371
38	NC_010660	TTGCC	2	10	77436	77445	0 %	40 %	20 %	40 %	187734416
39	NC_010660	ACGCC	2	10	77684	77693	20 %	0 %	20 %	60 %	187734416
40	NC_010660	GCTCT	2	10	83704	83713	0 %	40 %	20 %	40 %	187734428
41	NC_010660	GCTCT	2	10	85895	85904	0 %	40 %	20 %	40 %	187734297
42	NC_010660	AATTT	2	10	89200	89209	40 %	60 %	0 %	0 %	187734471
43	NC_010660	CAATG	2	10	89396	89405	40 %	20 %	20 %	20 %	187734471
44	NC_010660	GTCTG	2	10	90731	90740	0 %	40 %	40 %	20 %	187734409
45	NC_010660	AGCGA	2	10	93746	93755	40 %	0 %	40 %	20 %	187734399
46	NC_010660	ACCTT	2	10	94840	94849	20 %	40 %	0 %	40 %	187734503
47	NC_010660	GGCTG	2	10	97121	97130	0 %	20 %	60 %	20 %	187734454
48	NC_010660	GTTAT	2	10	99387	99396	20 %	60 %	20 %	0 %	187734483
49	NC_010660	TTTTA	2	10	100360	100369	20 %	80 %	0 %	0 %	187734385
50	NC_010660	TTTAT	2	10	100395	100404	20 %	80 %	0 %	0 %	187734385
51	NC_010660	TGTTT	2	10	101127	101136	0 %	80 %	20 %	0 %	187734298
52	NC_010660	TCTTT	2	10	101179	101188	0 %	80 %	0 %	20 %	187734298
53	NC_010660	AAGTT	2	10	101425	101434	40 %	40 %	20 %	0 %	187734298
54	NC_010660	ATGCT	2	10	101593	101602	20 %	40 %	20 %	20 %	187734298
55	NC_010660	TGTTT	2	10	105669	105678	0 %	80 %	20 %	0 %	187734325
56	NC_010660	GGTGA	2	10	105848	105857	20 %	20 %	60 %	0 %	187734325
57	NC_010660	CAAGA	2	10	107027	107036	60 %	0 %	20 %	20 %	187734498
58	NC_010660	ATTTT	2	10	107790	107799	20 %	80 %	0 %	0 %	187734498
59	NC_010660	TTTTA	2	10	107807	107816	20 %	80 %	0 %	0 %	187734498
60	NC_010660	TTGAA	2	10	111025	111034	40 %	40 %	20 %	0 %	187734507
61	NC_010660	TTTCA	2	10	111666	111675	20 %	60 %	0 %	20 %	187734497
62	NC_010660	CTTCT	2	10	112470	112479	0 %	60 %	0 %	40 %	187734497
63	NC_010660	GAGAG	2	10	112503	112512	40 %	0 %	60 %	0 %	187734497
64	NC_010660	ATATT	2	10	113560	113569	40 %	60 %	0 %	0 %	187734457
65	NC_010660	TTTTA	2	10	115793	115802	20 %	80 %	0 %	0 %	187734478
66	NC_010660	TTGAT	2	10	115984	115993	20 %	60 %	20 %	0 %	187734478
67	NC_010660	TTAAA	2	10	118446	118455	60 %	40 %	0 %	0 %	187734383
68	NC_010660	ATTGT	2	10	118474	118483	20 %	60 %	20 %	0 %	187734383
69	NC_010660	ATTGT	2	10	119259	119268	20 %	60 %	20 %	0 %	187734437
70	NC_010660	TGGCT	2	10	121052	121061	0 %	40 %	40 %	20 %	187734344
71	NC_010660	ATAAG	2	10	123130	123139	60 %	20 %	20 %	0 %	187734504
72	NC_010660	TTGTT	2	10	123256	123265	0 %	80 %	20 %	0 %	187734504
73	NC_010660	GTTAT	2	10	124248	124257	20 %	60 %	20 %	0 %	187734430
74	NC_010660	ATGGT	2	10	128827	128836	20 %	40 %	40 %	0 %	187734394
75	NC_010660	CCGAA	2	10	132496	132505	40 %	0 %	20 %	40 %	187734315
76	NC_010660	CAGCC	2	10	132574	132583	20 %	0 %	20 %	60 %	187734315
77	NC_010660	AAACA	2	10	137684	137693	80 %	0 %	0 %	20 %	187734463
78	NC_010660	GTGAT	2	10	138203	138212	20 %	40 %	40 %	0 %	187734492
79	NC_010660	ATGGA	2	10	146173	146182	40 %	20 %	40 %	0 %	187734495
80	NC_010660	TCAGC	2	10	148358	148367	20 %	20 %	20 %	40 %	187734495
81	NC_010660	TTTCC	2	10	151816	151825	0 %	60 %	0 %	40 %	187734341
82	NC_010660	GTGAT	2	10	153717	153726	20 %	40 %	40 %	0 %	187734282
83	NC_010660	GGCTG	2	10	155964	155973	0 %	20 %	60 %	20 %	187734500
84	NC_010660	CTGGC	2	10	160703	160712	0 %	20 %	40 %	40 %	187734303
85	NC_010660	TAATG	2	10	161092	161101	40 %	40 %	20 %	0 %	187734303
86	NC_010660	CCACT	2	10	162504	162513	20 %	20 %	0 %	60 %	187734278
87	NC_010660	CAGTG	2	10	162610	162619	20 %	20 %	40 %	20 %	187734278
88	NC_010660	AAAGC	2	10	163752	163761	60 %	0 %	20 %	20 %	187734280
89	NC_010660	ACTGT	2	10	163790	163799	20 %	40 %	20 %	20 %	187734280
90	NC_010660	GCCAC	2	10	165396	165405	20 %	0 %	20 %	60 %	187734358
91	NC_010660	GTCTG	2	10	166170	166179	0 %	40 %	40 %	20 %	187734304
92	NC_010660	GCCAG	2	10	168729	168738	20 %	0 %	40 %	40 %	187734351
93	NC_010660	GCCCG	2	10	168928	168937	0 %	0 %	40 %	60 %	187734370
94	NC_010660	GCTCT	2	10	171205	171214	0 %	40 %	20 %	40 %	187734472
95	NC_010660	TGAGT	2	10	172859	172868	20 %	40 %	40 %	0 %	187734275
96	NC_010660	ATCAC	2	10	173361	173370	40 %	20 %	0 %	40 %	187734392
97	NC_010660	GGTGG	2	10	173943	173952	0 %	20 %	80 %	0 %	187734411
98	NC_010660	AAATG	2	10	174469	174478	60 %	20 %	20 %	0 %	187734389
99	NC_010660	TCTGG	2	10	174795	174804	0 %	40 %	40 %	20 %	187734389
100	NC_010660	AGTTC	2	10	174850	174859	20 %	40 %	20 %	20 %	187734389
101	NC_010660	TGGTA	2	10	176020	176029	20 %	40 %	40 %	0 %	187734295
102	NC_010660	ATCAC	2	10	179484	179493	40 %	20 %	0 %	40 %	187734327
103	NC_010660	TCTGG	2	10	188328	188337	0 %	40 %	40 %	20 %	187734421
104	NC_010660	AAAAC	2	10	190715	190724	80 %	0 %	0 %	20 %	187734414
105	NC_010660	TAAAG	2	10	192817	192826	60 %	20 %	20 %	0 %	187734439
106	NC_010660	AATTT	2	10	200233	200242	40 %	60 %	0 %	0 %	187734424
107	NC_010660	CAATG	2	10	200429	200438	40 %	20 %	20 %	20 %	187734424
108	NC_010660	CAAAA	2	10	208461	208470	80 %	0 %	0 %	20 %	187734391
109	NC_010660	ACTGG	2	10	208515	208524	20 %	20 %	40 %	20 %	187734391

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.