MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Shigella boydii CDC 3083-94 plasmid pBS512_211

Total Repeats: 173

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010660	CAGC	2	8	26	33	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
2	NC_010660	ATCT	2	8	122	129	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_010660	TCGT	2	8	169	176	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
4	NC_010660	CTTC	2	8	1250	1257	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
5	NC_010660	ATCA	2	8	1407	1414	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
6	NC_010660	GTAG	2	8	1686	1693	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
7	NC_010660	AATT	2	8	3063	3070	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_010660	AAAT	2	8	3080	3087	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_010660	CTTC	2	8	6216	6223	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
10	NC_010660	ATCA	2	8	6373	6380	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
11	NC_010660	GCTG	2	8	6943	6950	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
12	NC_010660	TGGC	2	8	7076	7083	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
13	NC_010660	CGAC	2	8	8095	8102	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
14	NC_010660	TCTG	2	8	8214	8221	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
15	NC_010660	AGGA	2	8	11100	11107	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
16	NC_010660	ATTG	2	8	14657	14664	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_010660	CATT	2	8	16382	16389	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
18	NC_010660	TTTG	2	8	16847	16854	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_010660	CCAG	2	8	17501	17508	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
20	NC_010660	TTGA	2	8	21826	21833	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_010660	CAAC	2	8	22004	22011	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
22	NC_010660	ACTA	2	8	22124	22131	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
23	NC_010660	ATGA	2	8	22264	22271	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
24	NC_010660	TCAG	2	8	22346	22353	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
25	NC_010660	AAAC	2	8	23908	23915	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
26	NC_010660	ACGA	2	8	23962	23969	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
27	NC_010660	ATGA	2	8	24723	24730	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
28	NC_010660	AAGT	2	8	25583	25590	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
29	NC_010660	GCCA	2	8	27370	27377	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
30	NC_010660	CAGC	2	8	27503	27510	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
31	NC_010660	CCGT	2	8	30395	30402	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
32	NC_010660	TGCA	2	8	30605	30612	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
33	NC_010660	AATG	2	8	35153	35160	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_010660	CAGT	2	8	35316	35323	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
35	NC_010660	CCAC	2	8	35553	35560	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
36	NC_010660	CCAC	2	8	35910	35917	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
37	NC_010660	ATAC	2	8	36090	36097	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
38	NC_010660	GTAA	2	8	36277	36284	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
39	NC_010660	TCTT	2	8	36529	36536	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
40	NC_010660	ATAC	2	8	37443	37450	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
41	NC_010660	AGAA	2	8	37542	37549	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_010660	GCAC	2	8	41134	41141	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
43	NC_010660	CGCT	2	8	41154	41161	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
44	NC_010660	GCAG	2	8	42401	42408	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
45	NC_010660	CAGA	2	8	42438	42445	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
46	NC_010660	TAAG	2	8	42666	42673	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_010660	CAGC	2	8	43063	43070	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
48	NC_010660	GGAT	2	8	43355	43362	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
49	NC_010660	GTCA	2	8	43522	43529	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
50	NC_010660	CTTT	2	8	44015	44022	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
51	NC_010660	AATG	2	8	45217	45224	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
52	NC_010660	GGAA	2	8	45226	45233	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
53	NC_010660	CTTC	2	8	46581	46588	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
54	NC_010660	ATCA	2	8	46738	46745	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
55	NC_010660	GTTG	2	8	50366	50373	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
56	NC_010660	TTAC	2	8	51346	51353	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
57	NC_010660	GTAT	2	8	51533	51540	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
58	NC_010660	GTGG	2	8	51713	51720	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
59	NC_010660	TCTG	2	8	51987	51994	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
60	NC_010660	AGGA	2	8	52424	52431	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
61	NC_010660	GATG	2	8	53331	53338	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
62	NC_010660	CGAA	2	8	53396	53403	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
63	NC_010660	CTGC	2	8	56189	56196	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
64	NC_010660	AGCA	2	8	57293	57300	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
65	NC_010660	CTCA	2	8	57832	57839	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
66	NC_010660	AGAT	2	8	58814	58821	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_010660	TTTA	2	8	58846	58853	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_010660	GCCA	2	8	59244	59251	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
69	NC_010660	CAGC	2	8	59377	59384	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
70	NC_010660	ATAC	2	8	60484	60491	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
71	NC_010660	TGAT	2	8	61994	62001	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
72	NC_010660	TAAT	2	8	69746	69753	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_010660	AGAA	2	8	71124	71131	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
74	NC_010660	ATTA	2	8	74980	74987	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_010660	GCTT	2	8	76968	76975	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
76	NC_010660	CGGC	2	8	77054	77061	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
77	NC_010660	GCCT	2	8	82171	82178	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
78	NC_010660	CCTC	2	8	82203	82210	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
79	NC_010660	TACT	2	8	82306	82313	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
80	NC_010660	AATA	2	8	82404	82411	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_010660	AACT	2	8	82418	82425	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
82	NC_010660	ATAC	2	8	87949	87956	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
83	NC_010660	TCCT	2	8	89780	89787	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
84	NC_010660	GGCT	2	8	91555	91562	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
85	NC_010660	CTGG	2	8	94525	94532	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
86	NC_010660	GAAT	2	8	97683	97690	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
87	NC_010660	GCGA	2	8	97738	97745	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
88	NC_010660	ATAA	2	8	98231	98238	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_010660	TGAA	2	8	98827	98834	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
90	NC_010660	TAAG	2	8	98922	98929	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
91	NC_010660	GACG	2	8	99205	99212	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
92	NC_010660	GTTC	2	8	99252	99259	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
93	NC_010660	AAAT	2	8	100510	100517	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_010660	TGTA	2	8	102057	102064	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
95	NC_010660	CAAT	2	8	111600	111607	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
96	NC_010660	AATT	2	8	125831	125838	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_010660	CTTT	2	8	131260	131267	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
98	NC_010660	GTTT	2	8	131383	131390	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
99	NC_010660	CGAC	2	8	132068	132075	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
100	NC_010660	TCTG	2	8	132187	132194	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
101	NC_010660	AGGA	2	8	134865	134872	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
102	NC_010660	CTGC	2	8	135293	135300	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
103	NC_010660	CTGA	2	8	135548	135555	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
104	NC_010660	GTTT	2	8	136472	136479	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
105	NC_010660	ATTG	2	8	140877	140884	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
106	NC_010660	CCAG	2	8	141375	141382	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
107	NC_010660	CTTA	2	8	141919	141926	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
108	NC_010660	TCAA	2	8	142039	142046	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
109	NC_010660	GCAG	2	8	142260	142267	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
110	NC_010660	TCGT	2	8	142348	142355	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
111	NC_010660	CAGG	2	8	143026	143033	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
112	NC_010660	TCTT	2	8	143525	143532	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
113	NC_010660	AGAA	2	8	145660	145667	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
114	NC_010660	TGGC	2	8	156365	156372	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
115	NC_010660	GCAG	2	8	159353	159360	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
116	NC_010660	CAGA	2	8	159390	159397	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
117	NC_010660	AACC	2	8	159918	159925	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
118	NC_010660	CTTC	2	8	163242	163249	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
119	NC_010660	ATCA	2	8	163399	163406	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
120	NC_010660	CTGT	2	8	163884	163891	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
121	NC_010660	CAGT	2	8	164858	164865	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
122	NC_010660	ACTG	2	8	164872	164879	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
123	NC_010660	TAAA	2	8	165770	165777	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_010660	AACA	2	8	165859	165866	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
125	NC_010660	TCCT	2	8	166013	166020	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
126	NC_010660	TTAC	2	8	169016	169023	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
127	NC_010660	TAAC	2	8	169897	169904	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
128	NC_010660	CAGC	2	8	172329	172336	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
129	NC_010660	GGAA	2	8	172378	172385	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
130	NC_010660	TAAA	2	8	174054	174061	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_010660	TGCC	2	8	178532	178539	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
132	NC_010660	CAGC	2	8	178613	178620	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
133	NC_010660	GACT	2	8	180009	180016	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
134	NC_010660	TTCT	2	8	180017	180024	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
135	NC_010660	GACA	2	8	180492	180499	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
136	NC_010660	TCTG	2	8	180599	180606	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
137	NC_010660	TACC	2	8	180987	180994	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
138	NC_010660	ATCC	2	8	181050	181057	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
139	NC_010660	GGCT	2	8	181174	181181	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
140	NC_010660	GGCC	2	8	183058	183065	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
141	NC_010660	CGGA	2	8	183343	183350	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
142	NC_010660	CGCA	2	8	183867	183874	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
143	NC_010660	CCGT	2	8	184250	184257	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
144	NC_010660	TCGC	2	8	184373	184380	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
145	NC_010660	CTGG	2	8	184874	184881	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
146	NC_010660	CCGG	2	8	185078	185085	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
147	NC_010660	CCTG	2	8	185234	185241	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
148	NC_010660	CCGT	2	8	187796	187803	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
149	NC_010660	GAAT	2	8	190494	190501	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
150	NC_010660	TAAA	2	8	190657	190664	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_010660	TCAT	2	8	190680	190687	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
152	NC_010660	GCCA	2	8	191120	191127	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
153	NC_010660	CAGC	2	8	191253	191260	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
154	NC_010660	ATAA	2	8	191727	191734	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_010660	TGGC	2	8	192879	192886	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
156	NC_010660	GCTC	2	8	193079	193086	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
157	NC_010660	CATT	2	8	194283	194290	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
158	NC_010660	GACA	2	8	194324	194331	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
159	NC_010660	CCCT	2	8	194445	194452	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
160	NC_010660	CTGG	2	8	194550	194557	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
161	NC_010660	TCGT	2	8	197660	197667	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
162	NC_010660	ACAG	2	8	198654	198661	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
163	NC_010660	TATC	2	8	198817	198824	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
164	NC_010660	ATAC	2	8	198979	198986	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
165	NC_010660	TCCT	2	8	204813	204820	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
166	NC_010660	GCAG	2	8	205831	205838	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
167	NC_010660	CAGA	2	8	205868	205875	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
168	NC_010660	TTGA	2	8	207142	207149	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
169	NC_010660	AGGT	2	8	208125	208132	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
170	NC_010660	AATA	2	8	208200	208207	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
171	NC_010660	TTAA	2	8	208248	208255	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
172	NC_010660	TCCT	2	8	209574	209581	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
173	NC_010660	CAGA	2	8	210010	210017	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.