MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Bordetella avium 197N chromosome

Total Repeats: 102

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010645	GGGCGG	2	12	58188	58199	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_010645	GCGGTG	2	12	114573	114584	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_010645	GGCGAG	2	12	164726	164737	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_010645	GCTGTG	2	12	286801	286812	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_010645	CAGGGC	2	12	319616	319627	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_010645	GGGGCC	2	12	358948	358959	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_010645	AATAGC	2	12	360016	360027	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_010645	CTGTAC	2	12	379067	379078	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_010645	TGGCCG	2	12	402269	402280	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_010645	CCGTTT	2	12	411588	411599	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_010645	TGGCCT	2	12	411781	411792	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_010645	GGGCGG	2	12	446186	446197	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_010645	CGGCGC	2	12	466061	466072	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
14	NC_010645	CCTGCG	2	12	560651	560662	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
15	NC_010645	CAGGGC	2	12	603458	603469	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_010645	CGATAT	2	12	773929	773940	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_010645	GCCTGG	2	12	800717	800728	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_010645	GGGAGG	2	12	803924	803935	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_010645	GTCATC	2	12	885203	885214	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_010645	GCTTTT	2	12	885753	885764	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_010645	TGTCCC	2	12	889230	889241	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
22	NC_010645	GTCGCC	2	12	1002202	1002213	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
23	NC_010645	GGCCAC	2	12	1005378	1005389	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
24	NC_010645	CTGGCC	2	12	1005741	1005752	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
25	NC_010645	ATGGCC	2	12	1007558	1007569	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_010645	GCCGAC	2	12	1040460	1040471	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
27	NC_010645	CGCCAC	2	12	1045014	1045025	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
28	NC_010645	GCCTGA	2	12	1164817	1164828	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_010645	TTTGCG	2	12	1193296	1193307	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_010645	ATCATT	2	12	1219534	1219545	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_010645	CCCGCG	2	12	1246163	1246174	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
32	NC_010645	TCGCGG	2	12	1292925	1292936	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_010645	TTGCTT	2	12	1310189	1310200	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_010645	TCTTTT	2	12	1312005	1312016	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_010645	ATGGTT	2	12	1352618	1352629	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_010645	AGGCGG	2	12	1352752	1352763	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_010645	GCAACA	2	12	1401764	1401775	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_010645	ACGACC	2	12	1463014	1463025	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
39	NC_010645	CCGTTT	2	12	1503205	1503216	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_010645	CCCGCG	2	12	1504575	1504586	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
41	NC_010645	AGGTGG	2	12	1505748	1505759	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_010645	GCCGGC	2	12	1577951	1577962	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
43	NC_010645	TGACCT	2	12	1634718	1634729	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_010645	CCGGCG	2	12	1648732	1648743	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
45	NC_010645	GGCGCT	2	12	1684639	1684650	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_010645	CTGCGC	2	12	1687389	1687400	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
47	NC_010645	CTATGA	2	12	1703242	1703253	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_010645	CGGTGG	2	12	1714965	1714976	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_010645	CCCAAG	2	12	1739799	1739810	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
50	NC_010645	ACCCGG	2	12	1791074	1791085	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
51	NC_010645	TTTACG	2	12	1845113	1845124	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_010645	CCGGCG	2	12	1927356	1927367	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
53	NC_010645	GCTGGC	2	12	1949106	1949117	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_010645	CGAGAA	2	12	1961138	1961149	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_010645	TTTTTC	2	12	1991456	1991467	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_010645	TCAACG	2	12	2212037	2212048	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_010645	AAAACA	2	12	2223048	2223059	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_010645	AGCGCA	2	12	2224288	2224299	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_010645	CATCAA	2	12	2278955	2278966	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_010645	ATAAAA	2	12	2305445	2305456	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_010645	CGCTGG	2	12	2316389	2316400	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_010645	GGCCAC	2	12	2318224	2318235	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
63	NC_010645	CTGGCC	2	12	2318587	2318598	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
64	NC_010645	ATGGCC	2	12	2320400	2320411	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_010645	GCAAAA	2	12	2534385	2534396	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_010645	GCCCCG	2	12	2589155	2589166	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
67	NC_010645	TCGTTG	2	12	2591020	2591031	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_010645	TGCGGC	2	12	2641881	2641892	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_010645	TTGCCG	2	12	2641994	2642005	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_010645	GCCCAG	2	12	2642080	2642091	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
71	NC_010645	GCGCCC	2	12	2643156	2643167	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
72	NC_010645	ACCGTA	2	12	2643645	2643656	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_010645	ACGCCA	2	12	2643945	2643956	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
74	NC_010645	AGCCCC	2	12	2646268	2646279	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
75	NC_010645	AGGATC	2	12	2660424	2660435	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_010645	GCAAAA	2	12	2713227	2713238	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_010645	GCGAAC	2	12	2719423	2719434	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_010645	TCGGCC	2	12	2730095	2730106	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
79	NC_010645	TTGTCT	2	12	2735233	2735244	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_010645	GCTGCG	2	12	2736256	2736267	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_010645	ATTTTG	2	12	2740137	2740148	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_010645	GCCATG	2	12	2768694	2768705	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_010645	GGCGCT	2	12	2814905	2814916	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_010645	CTCGGC	2	12	2827050	2827061	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
85	NC_010645	AAAAAG	2	12	2828713	2828724	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
86	NC_010645	GTCATG	2	12	2880032	2880043	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_010645	TCAAAC	2	12	2900710	2900721	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_010645	AGCCCC	2	12	3037141	3037152	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
89	NC_010645	AGACTA	2	12	3059177	3059188	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_010645	GGGCAG	2	12	3083298	3083309	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_010645	TGGCCC	2	12	3152982	3152993	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
92	NC_010645	GCGCTG	2	12	3160861	3160872	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_010645	GCACAA	2	12	3217648	3217659	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_010645	TCCCTC	2	12	3478007	3478018	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
95	NC_010645	TTCGGG	2	12	3566190	3566201	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_010645	CGGCTG	2	12	3637405	3637416	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_010645	TTTACG	2	12	3655326	3655337	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_010645	TTACGT	2	12	3655778	3655789	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_010645	AGCGTC	2	12	3717039	3717050	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_010645	AGGCCG	2	12	3718764	3718775	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_010645	AATCCC	2	12	3731002	3731013	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
102	NC_010645	GTCTGA	2	12	3731396	3731407	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.